Способ относится к области медицины, а именно к аллергологии в педиатрии, детской гастроэнтерологии, и может быть использован для диагностики аллергической энтеропатии, индуцированной белком коровьего молока у детей грудного возраста. Сущность способа заключается в определении в копрофильтратах у детей с подозрением на энтеропатию до начала элиминационной терапии зонулина, β-дефензина 2, эозинофильного катионного протеина. При повышении β-дефензин 2 более 34,8 нг/мл, зонулина более 1,59 нг/мл, эозинофильного катионного протеина более 455,57 нг/мл у пациента регистрируется непереносимость белков коровьего молока. Способ обеспечивает безопасную, неинвазивную и эффективную диагностику пищевой гиперчувствительности у детей любого возраста и позволяет своевременно определять тактику патогенетической терапии. 1 табл., 3 пр.