Способы лизиса микроорганизмов и выделения из них нуклеиновых кислот предусматривают использование системы для лизиса микроорганизмов и очистки нуклеиновых кислот указанных микроорганизмов. Указанная система включает установленное на средстве позиционирования устройство для лизиса микроорганизмов, содержащее картридж, имеющий зону задерживания микроорганизмов со средством для их лизиса, установленный в картридже ротор со средством его вращения, крышку, контейнер для приема нуклеиновых кислот и средство для аспирации/выпускания жидкости.