Антигены и антигенные композиции
Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой иммуногенную композицию, содержащую выделенный или рекомбинантный полипептидный антиген нетипируемого штамма H. influenzae NTHI1292 (NT067) и один или более фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей и/или адъювантов, для применения в способе индукции защитного иммунного ответа против инфекции H. influenzae у млекопитающего, причем указанный антиген NT067 представляет собой полипептид, включающий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 52. Изобретение касается также способа профилактики или лечения инфекций, вызываемых нетипируемым штаммом H. influenzae, который включает стадию введения млекопитающему эффективного количества описанной выше композиции. 3 н. и 15 з.п. ф-лы, 5 табл.
По этой заявке испрашивается приоритет временной заявки на патент Великобритании № 1207385.4, поданной 26 апреля 2012 г., и заявки на европейский патент № ЕР12199079.0, поданной 21 декабря 2012 г., которые полностью включены в настоящее описание изобретения в качестве ссылки в соответствии со всеми целями изобретения.
Область техники, к которой относится изобретение
Настоящее изобретение относится к области иммунологии и вакцинологии Haemophilus influenzae, в частности, нетипируемых штаммов H. influenzae (NTHI). Настоящее изобретение относится к антигенным полипептидам и комбинациям антигенных полипептидов, предназначенным для образования антител и возбуждения иммунных реакций против штаммов H. influenzae. Настоящее изобретение также относится к композициям, содержащим такие антигены, и их применению в качестве вакцин или лекарственных средств против H. influenzae. Настоящее изобретение также относится к иммуногенным композициям, содержащим такие антигены, которые могут быть использованы отдельно или в комбинации либо вместе с другими вакцинами. Настоящее изобретение также относится к способам возбуждения иммунных реакций против H. influenzae и способам лечения или профилактики инфекций, вызываемых H. influenzae.
Уровень техники
Haemophilus influenzae представляет собой мелкую, неподвижную, грамотрицательную коккобактерию. Указанная коккобактерия является патогенным микроорганизмом дыхательных путей, вызывающим широкий спектр инфекций у человека, в том числе: бессимптомное образование колоний микроорганизмов в верхних дыхательных путях (то есть носительство бактерий); инфекции, обусловленные микроорганизмами, колонизирующими слизистые поверхности, которые вызывают отит (воспаление среднего уха), бронхит, конъюнктивит, синусит, инфекции мочевых путей и пневмонию; и инвазивные инфекции, такие как бактериемия, септический артрит, эпиглоттит, пневмония, эмпиема, перикардит, целлюлит, остеомиелит и менингит. H. influenzae была первой бактерией, для которой была опубликована полная геномная последовательность [1].
Штаммы H. influenzae являются капсулированными (типируемыми) или некапсулированными (нетипируемыми), при этом имеется шесть основных серологических типов капсулированных штаммов (а-f). 95% инвазивных заболеваний, обусловленных H. influenzae, вызывают штаммы H. influenzae типа b (‘Hib’). Самым серьезным заболеванием, вызываемым Hib, является менингит, но создание в 1980-х годах вакцин на основе сахаридов, конъюгированных с капсульным Hib, существенно сократило число случаев заболевания менингитом.
Несмотря на то, что в настоящее время с инфекциями, вызываемыми Hib, можно бороться вакцинацией, другие патогенные штаммы H. influenzae по-прежнему являются опасными. Например, нетипируемый штамм H. influenzae (NTHI) вызывает отит (ОМ), в частности, хронический и острый отит. Отит, который редко является причиной смерти, характеризуется высокой степенью заболеваемости. Наиболее распространенным осложнением отита является глухота, которая сопровождается задержками поведенческого, образовательного и речевого развития при возникновении отита в раннем возрасте. Острый отит является самой распространенной бактериальной инфекцией у детей в США. Нетипируемый штамм H. influenzae египетской биогруппы вызывает эпидемический конъюнктивит и бразильскую пурпуру (BPF) [2], при которой смертность достигает 70%.
В настоящее время антибиотики являются главным средством борьбы с широким спектром клинических патогенных микроорганизмов, известных как ОМ, но негативным результатом широкого применения антибиотиков для лечения отита стало появление микроорганизмов, устойчивых к многим антибиотикам. Процесс создания вакцины замедлен из-за недостаточного понимания патогенеза отита и иммунной реакции на указанное заболевание.
Геномная последовательность штамма KW20 серотипа d [1,3] имеет важное значение для понимания основополагающей биологии H. influenzae, но не является такой же полезной для противодействия патогенным штаммам H. influenzae, так как штаммы серотипа d обычно не являются патогенными микроорганизмами. Полипептиды из патогенных нетипируемых штаммов H. influenzae были идентифицированы и исследованы в качестве вакцин-кандидатов. В ссылке 4 описаны иммуногенные полипептиды, выделенные из патогенного нетипируемого штамма H. influenzae.
Однако по-прежнему существует потребность в вакцине, способной защитить от широкого спектра штаммов Haemophilus influenzae. H. influenzae является микроорганизмом, способным размножаться в различных тканях, адаптироваться к новым нишам и вызывать широкий спектр заболеваний. Факторы приспособляемости, вирулентности и колонизации могут изменяться, позволяя указанному микроорганизму адаптироваться к разным тканям и хозяевам. Поэтому потенциальные антигены подвергаюся сильному селективному давлению, в результате чего в разных штаммах может иметь место вариабельность последовательностей.
Таким образом, сохраняется потребность в идентификации новых и улучшенных антигенов, предназначенных для использования в вакцинах против нетипируемых штаммов Haemophilus influenzae и, в частности, в вакцинах, пригодных для борьбы с многочисленными патологиями, вызываемыми NTHI.
База данных геномов на сайте ncbi.nlm.nih.gov в разделе геномов патогенных и непатогенных штаммов Haemophilus influenzae включает от 2500 до 4000 белков. Однако в данном списке не указаны белки, которые являются консервативными для значительной части патогенных NTHI, а также области, которые являются консервативными в указанных белках, и белки среди тысяч потенциальных белков, которые могут быть использованы в вакцине для возбуждения иммунной реакции, достаточной для защиты от патогенных штаммов NTHI, что требует скрининга большого числа белков для идентификации лучших кандидатов.
Объектом настоящего изобретения являются новые и лучшие антигены и/или комбинации, позволяющие эффективно вызывать иммунные реакции против разных штаммов H. influenzae, которые могут быть использованы при создании вакцин для профилактики и/или лечения инфекций, вызываемых патогенными микроорганизмами H. influenzae, в частности, нетипируемыми штаммами H. influenzae. Объектом настоящего изобретения являются полипептиды и комбинации полипептидов, предназначенные для использования в усовершенствованных иммуногенных композициях и вакцинах для профилактики и/или лечения таких инфекций, в частности, острого отита и хронического обструктивного заболевания легких (COPD). Указанные полипептиды могут быть также пригодны для диагностических целей и в качестве мишеней для антибиотиков.
Описание изобретения
Настоящее изобретение относится к полипептидам нетипируемых штаммов Haemophilus influenzae (NTHI), пригодным для иммунизации как отдельно, так и в комбинации. Указанные полипептиды могут быть объединены с другими полипептидами NTHI. Указанные антигены предназначены для использования в вакцинах против NTHI, но могут быть также использованы в качестве компонентов в вакцинах для иммунизации против многочисленных патогенных микроорганизмов.
Благодаря применению двух параллельных методов, а именно обратной вакцинологии и протеомного анализа пузырьков наружной мембраны (OMV), стало возможным идентифицировать антигены, которые являются консервативными в 86 разных штаммах NTHI. В обратной вакцинологии использован анализ in silico для идентификации белков, являющихся консервативными в геномах разных штаммов NTHI и потенциально экспонированных на поверхности. Второй метод наоборот сфокусирован на идентификации антигенов при помощи масс-спектрометрического анализа белков, присутствующих в пузырьках наружной мембраны, продуцированных NTHI.
Геном штамма NTHI включает примерно 1800 генов. Авторы настоящего изобретения идентифицировали 274 консервативных антигена в 15 полных геномах и 39 штаммах, выбранных на основе географического распределения, и 32 штаммах, выделенных из финской коллекции отита, которые в настоящее время являются общедоступными. Из указанных 274 антигенов авторы настоящего изобретения выбрали 53 полипептида, представляющих определенный интерес. Указанные антигены были выбраны из штамма NP86-028 за исключением антигена CGSHiGG_00130, выбранного из штамма PittG, CGSHiGG_02400, выбранного из штамма PittG, gi-145633184, выбранного из штамма 3655, и gi-145628236, выбранного из штамма 22.1-21.
Из группы, состоящей из 53 антигенов, был произведен дальнейший отбор с учетом критериев иммуногенности и консерватизма:
- набор из 26 антигенов, определяемый в настоящем описании изобретения как ”первая группа антигенов”;
- набор из 6 антигенов, определяемый в настоящем описании изобретения как ”вторая группа антигенов”;
- набор из 21 антигена, определяемый в настоящем описании изобретения как ”третья группа антигенов”.
Наиболее предпочтительным набором антигенов по настоящему изобретению является ”первая группа антигенов”. Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, включающей по меньшей мере один антиген, предпочтительно один или несколько (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше) антигенов, выбираемых из группы, состоящей из: (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (5) NTHI1292 (NT067), (6) NTHI0877 (NT001), (7) NTHI0266 (NT016), (8) CGSHiGG_00130 (NT052), (9) NTHI1627 (NT002), (10) NTHI1109 (NT026), (11) NTHI0821 (NT009), (12) NTHI0409 (NT025), (13) NTHI1954 (NT028), (14) NTHI0371 (NT029), (15) NTHI0509 (NT031), (16) NTHI0449 (NT015), (17) NTHI1473 (NT023), (18) gi-145633184 (NT100), (19) NTHI1110 (NT040), (20) gi-46129075 (NT048), (21) gi-145628236 (NT053), (22) NTHI1230 (NT066), (23) NTHI0522 (NT097), (24) NT004, (25) NT014, (26) NT022. Указанные антигены обладают положительной бактериальной активностью, как показано в таблице III и таблице IV.
В первой группе антигенов предпочтительные антигены выбраны из подгруппы, включающей (1) антиген NTHI0915 (NT018), (2) антиген NTHI1416 (NT024), (3) антиген NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (5) антиген NTHI1292 (NT067), (6) антиген NTHI0877 (NT001), (8) антиген NT052, (24) антиген NT004, (25) антиген NT014, (26) антиген NT022, (7) антиген NTHI0266 NT016. Указанные антигены характеризуются высокой степенью очистки, как показано в таблице II, и иммуногенной эффективностью, как показано в таблицах III и IV.
Особенно предпочтительными антигенами были NT067, NT014, NT016, NT022.
Таким образом, настоящее изобретение относится к иммуногенной композиции, включающей один или несколько (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше) антигенов, выбираемых из группы, состоящей из ”первой группы антигенов”.
Также были идентифицированы 6 следующих полипептидов: (24) Р48 (NTHI0254, также определяемый как NT007), (25) HtrA (NTHI1905, также определяемый как NT006), (26) PE (NTHI0267, также определяемый как NT035), (27) Р26 (NTHI0501, также определяемый как NT010), (28) PHiD (NTHI0811, также определяемый как NT080), (29) Р6 (NTHI0501, также определяемый как NT081). Указанный набор из 6 антигенов определяется в настоящем описании изобретения как ”вторая группа антигенов”.
Также были идентифицированы 22 следующих полипептида: (30) NTHI0532 (NT013), (31) NTHI0363 (NT106), (32) NTHI0370 (NT107), (33) NTHI0205 (NT108), (34) NTHI0374 (NT109), (35) NTHI0579 (NT110), (36) NTHI0837 (NT111), (37) NTHI0849 (NT112), (38) NTHI0921 (NT113), (39) NTHI0995 (NT114), (40) NTHI1091 (NT115), (41) NTHI1169 (NT116), (42) NTHI1208 (NT117), (43) NTHI1318 (NT118), (44) NTHI1796 (NT123), (45) NTHI1930 (NT124), (46) NTHI1565 (NT119), (47) NTHI1569 (NT120), (48) NTHI1571 (NT121), (49) NTHI1667 (NT122), (50) NTHI0588 (NT061), (51) NTHI0915 (NT017). Указанный набор из 22 антигенов определяется в настоящем описании изобретения как ”третья группа антигенов”.
В одном варианте осуществления изобретения композиция включает по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из первой группы антигенов, и/или по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из второй группы антигенов, и/или по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из третьей группы антигенов. Антигены из первой группы антигенов могут быть выбраны из наиболее предпочтительной подгруппы антигенов.
Настоящее изобретение предпочтительно относится к иммуногенной композиции, включающей один антиген, выбираемый из первой группы антигенов, второй группы антигенов или третьей группы антигенов.
Таким образом, настоящее изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей комбинацию антигенов, которая включает два или больше (то есть 2, 3, 4, 5, 6 или больше) антигенов, выбираемых из группы, состоящей из ”первой группы антигенов”, ”второй группы антигенов” и/или ”третьей группы антигенов”.
Когда композиция включает антиген из ”второй группы антигенов”, желательно, чтобы указанная композиция также включала (i) по меньшей мере еще один антиген из ”второй группы антигенов” или (ii) по меньшей мере один антиген из ”первой группы антигенов” или “третьей группы антигенов”. Таким образом, в объем настоящего изобретения не входит композиция, включающая в качестве единственного антигенного компонента один антиген из ”второй группы антигенов”. Когда композиция включает два или больше антигенов из ”второй группы антигенов”, желательно, чтобы композиция включала по меньшей мере один антиген, который не является (а) антигеном Р48, (b) антигеном HtrA, (c) антигеном РЕ или (d) антигеном Р26. Таким образом, некоторые варианты осуществления изобретения не относятся к комбинациям, включающим только антигены Р48, HtrA, PE и/или Р26. Аналогичным образом некоторые варианты осуществления изобретения не относятся к гибридным антигенам, включающим 'X' части, состоящие только из антигенов Р48, HtrA, PE и/или Р26.
11 предпочтительных антигенов из первой группы антигенов образуют 55 возможных пар разных антигенов. Все такие пары рассмотрены в настоящем описании изобретения и являются частью изобретения. Таким образом, настоящее изобретение относится к иммуногенной композиции, включающей одну пару антигенов, при этом данная пара является одной из 55 указанных пар.
В одном варианте осуществления изобретения композиция включает по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из первой группы антигенов, и/или по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из второй группы антигенов, и/или по меньшей мере один антиген (то есть 1, 2, 3, 4, 5, 6 или больше), выбираемый из третьей группы антигенов.
Во всех случаях антигены из первой группы антигенов могут быть выбраны из наиболее предпочтительной подгруппы антигенов, состоящей из (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (5) NTHI1292 (NT067), (6) NTHI0877 (NT001), (8) NT052, (24) NT004, (25) NT014, (26) NT022, (7) NT016.
Настоящее изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей комбинацию антигенов, которая включает два или больше (то есть 2, 3, 4 или 5) антигенов, выбираемых из группы, состоящей из: (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (5) NTHI1292 (NT067), (6) NTHI0877 (NT001), (8) NT052, (24) NT004, (25) NT014, (26) NT022, (7) NT016. Указанная композиция может также содержать адъювант, например, адъювант, включающий эмульсию масла в воде или соль алюминия.
В ссылке 5 рассмотрены антигены нетипируемого штамма H. influenzae наряду с прочими кандидатами для возможного использования в вакцинах. В ссылках 6-10 представлены полипептиды Р48, HtrA, PE и Р26 нетипируемого штамма H. influenzae и охарактеризован их иммуногенный потенциал. В ссылке 5 также указаны полипептиды HtrA, PE и Р26 среди большого числа кандидатов для использования в вакцинах, и ссылка 10 относится к полипептиду РЕ. Однако в приведенных публикациях не было рассмотрено использование указанных антигенов, относящихся ко ”второй группе антигенов”, в комбинации. Как установлено в настоящее время, комбинация одного или нескольких указанных антигенов (из второй группы антигенов) по меньшей мере с одним антигеном из ”первой группы антигенов” является особенно полезной для возбуждения защитной иммунной реакции против нетипируемого штамма H. influenzae, и, таким образом, является объектом настоящего изобретения.
Предпочтительными комбинациями по настоящему изобретению являются такие комбинации, в которых два или больше антигенов действуют синергически. Таким образом, защита от патогенного микроорганизма NTHI, достигаемая при объединенном введении указанных антигенов, превышает защиту, ожидаемую в результате простого сложения защитной эффективности каждого из указанных антигенов.
Первая группа антигенов
Антиген NT018
Антиген ”NT018” аннотирован как белок, содержащий повтор TPR, а также как гемолизная субъединица созревания цитохрома CcmH2. Данный антиген был аннотирован как NTHI0915 в штамме 86-028NP. Указанная последовательность является высококонсервативной во всех анализированных штаммах и предположительно представляет собой мембраносвязанную металлопептидазу. Антиген NT018 экспонирован на поверхности, как показано в таблице III. Антиген NT018 был клонирован и экспрессирован в другом нетипируемом штамме Fi176, который является штаммом, полученным из финской коллекции отита.
Приемлемые антигены NT018 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:1, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:1; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:1, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT018 включают варианты SEQ ID NO:1, такие как SEQ ID NO:49, которая была клонирована, экспрессирована и испытана в отношении иммуногенности (таблица III, IV). Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:1. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 26, 27, 28 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:1 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:1. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT018 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 28 нативными N-концевыми аминокислотами NT018 (MNFTLIFILTTLVVALICFYPLLRQFKA; SEQ ID NO:69) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT024
Антиген ”NT024” аннотирован как ”гипотетический белок” и был аннотирован как NTHI1416 в геноме 86-028NP. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT024 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:2, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:2; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:2, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT024 включают варианты SEQ ID NO:2, такие как SEQ ID NO:50, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:2. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:2 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:2. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT024 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 20 нативными N-концевыми аминокислотами NT024 (MKLKLFFHIVLLCFSLPVWA; SEQ ID NO:70) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT032
Антиген ”NT032” аннотирован как ”гипотетический белок” и был аннотирован как NTHI2017 в геноме 86-028NP. Наиболее консервативный домен в исследованных штаммах описан как ”бактериальный ОВ-складчатый (BOF) белок”. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT032 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:3, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:3; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:3, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT032 включают варианты SEQ ID NO:3, такие как SEQ ID NO:51, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:3. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:3 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:3. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT032 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами NT032 (MKKFALATIFALATTSAFA; SEQ ID NO:71) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT067
Антиген ”NT067” аннотирован как белок-транспортер АВС, и его гипотетическая функция была определена в качестве периплазматического олигопептид-связывающего белка ОррА. Антиген NT0676 был аннотирован как NTHI1292 в штамме 86-028NP. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT067 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:5, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:5; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:5, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT067 включают варианты SEQ ID NO:5, такие как SEQ ID NO:52, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:5. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:5 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:5. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT067 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 20 нативными N-концевыми аминокислотами NT067 (MQHKLLFSAIALALSYSVQA; SEQ ID NO:72) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT038
Указанный антиген, известный как белок Hia (адгезин Haemophilus influenzae) [11], был идентифицирован в штамме CGSHiGG_02400 как белок, состоящий из 282 аминокислот, однако, указанный белок является усеченной формой белка Hia (616 аминокислот), который был первоначально описан в штамме 86-028NP и в других штаммах NTHi. Указанный антиген был клонирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT038 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:4, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:4; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:4, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT038 включают варианты SEQ ID NO:4, такие как SEQ ID NO:53, в которой отсутствуют первые 23 нативные N-концевые аминокислоты и 102 аминокислоты в положении С-конца. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:4. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца (даже до 102 аминокислот) и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 23, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:4 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:4. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT038 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 23 нативными N-концевыми аминокислотами NT038 (MPFQYVTEDGKTVVKVGNGYYEA; SEQ ID NO:73) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT001
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0877 в геноме 86-028NP и известен как D-метионин-связывающий липопротеин MetQ. MetD является транспортером АВС, кодирующим систему поглощения DL метионина. Данный антиген ранее был описан как BASB202 (28 кДа) [12, 13] и предложен для использования в качестве вакцины против NTHI. Указанный антиген на 99,63% идентичен гомологичному антигену, описанному в ссылке (4) и, как установлено, является высококонсервативным во всех штаммах, рассмотренных в настоящем описании изобретения. В настоящем изобретении указанный антиген клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT001 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:6, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:6; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:6, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT001 включают варианты SEQ ID NO:4, такие как SEQ ID NO:54. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:6. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 21, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:6 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:6. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT001 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 21 нативной N-концевой аминокислотой NT001 (MKLKQLFAITAIASALVLTGC; SEQ ID NO:74) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT016
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0266 в штамме 86-028NP и описан в качестве гипотетического липопротеина. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT016 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:7, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:7; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:7, где 'n' равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Указанные белки NT016 включают варианты SEQ ID NO:7, такие как SEQ ID NO:55. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:7. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:7 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:7. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT016 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 16 нативными N-концевыми аминокислотами NT016 (MRKIKSLALLAVAALVIGC; SEQ ID NO:75) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT052
Указанный антиген был аннотирован как CGSHiGG_00130 в штамме PittGG. Данный антиген является частью семейства белков, содержащих домен Sel1. Указанный антиген был клонирован в штамме R2846, и клонированная последовательность представлена как SEQ ID NO:8. Несмотря на то, что последовательность, клонированная в штамме R2846, только на 64,16% идентична последовательности, аннотированной как CGSHiGG_00130, было установлено, что данная последовательность содержит повторяющиеся консервативные домены Sel1, обладающие эффективными антигенными свойствами. Консенсусной последовательностью для указанных повторов является SEQ ID NO: EAVKWYRKAAEQ.
Приемлемые антигены NT052 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:8, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:8; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:8, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT052 включают варианты SEQ ID NO:8, такие как SEQ ID NO:56. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:8. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:8 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:8. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT052 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 11 нативными N-концевыми аминокислотами NT052 (MLLFILSIAWA; SEQ ID NO:76) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT002
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1627 в штамме 86-026NP и как липопротеин. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT002 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:9, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:9; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:9, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT002 включают варианты SEQ ID NO:9, такие как SEQ ID NO:57. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:9. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:9 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:9. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT002 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT002 (MKVYKSFLIATASLFLFA; SEQ ID NO:77) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT026
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1109 в штамме 86-026NP. Данный антиген, согласно прогнозу, является цитоплазматическим мембранным белком. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT026 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:10, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:10; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:10, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT026 включают варианты SEQ ID NO:10, такие как SEQ ID NO:58, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:10. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:10 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:10. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT026 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 24 нативными N-концевыми аминокислотами NT026 (MQKGMTLVELLIGLAIISIVLNFA; SEQ ID NO:78) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT009
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0821 в штамме 86-026NP и является частью семейства белков ОМР85. Данный антиген локализован в наружной мембране бактерий. Указанный антиген клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT009 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:11, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:11; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:11, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT009 включают варианты SEQ ID NO:11, такие как SEQ ID NO:59, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:11. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 22, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:11 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:11. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT009 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 22 нативными N-концевыми аминокислотами NT009 (MNKTLLKLTALFLALNCFPAFA; SEQ ID NO:79) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT025
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0409 в штамме 86-026NP и относится к семейству белков с субъединицей пилина IV типа. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT025 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:12, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:12; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:12, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT025 включают варианты SEQ ID NO:12, такие как SEQ ID NO:60, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:12. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 23, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:12 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:12. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT025 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 23 нативными N-концевыми аминокислотами NT025 (MKLTTQQTLKKGFTLIELMIVIA; SEQ ID NO:80) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT028
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1954 в штамме 86-026NP и как липопротеин NlpC. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT028 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:13, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:13; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:13, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT028 включают варианты SEQ ID NO:13, такие как SEQ ID NO:61, клонированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:13. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:13 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:13. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT028 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 21 нативной N-концевой аминокислотой NT028 (MLKRILVIIGLAVLATACSNA; SEQ ID NO:81) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT028 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT029
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0371 в штамме 86-026NP и как гем/гемопексин-связывающий белок А, относящийся к семейству белков наружной мембраны. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT029 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:14, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:14; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:14, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT029 включают варианты SEQ ID NO:14, такие как SEQ ID NO:62, клонированная в штамме R2846. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:14. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:14 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:14. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT029 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 21 нативной N-концевой аминокислотой NT029 (MYKLNVISLIILTTYTGATYA; SEQ ID NO:82) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT031
Указанный антиген был аннотирован как индуцибельный липопротеин наружной мембраны клеток, выращенных на минимальной среде, NTHI0509 в штамме 86-026NP. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT031 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:15, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:15; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:15, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT031 включают варианты SEQ ID NO:15, такие как SEQ ID NO:63, клонированная и экспрессированная в штамме R2846. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:15. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 18, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:15 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:15. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT031 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT031 (MKGKITLFFTALCFGLTG; SEQ ID NO:83) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT031 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT015
Указанный антиген был аннотирован как ассоциированный с помутнением белок ОарВ NTHI0449 в штамме 86-026NP. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT015 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:16, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:16; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:16, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT015 включают варианты SEQ ID NO:16, такие как SEQ ID NO:64, клонированная и экспрессированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:16. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:16 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:16. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT015 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 17 нативными N-концевыми аминокислотами NT015 (MLKKTSLIFTALLLAGC; SEQ ID NO:84) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT023
Указанный антиген был аннотирован как липопротеин наружной мембраны РСР, NTHI1473 в штамме 86-026NP. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT023 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:17, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:17; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:17, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT023 включают варианты SEQ ID NO:17, такие как SEQ ID NO:65, клонированная и экспрессированная в штамме Fi176. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:17. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:17 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:17. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT023 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 20 нативными N-концевыми аминокислотами NT023 (MKKTNMALALLVAFSVTGCA; SEQ ID NO:85) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT023 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT100
Указанный антиген был аннотирован как ”предполагаемый рецептор железосодержащего сидерофора типа гидроксамата” и по классификации NCBI как gi-145633184 в штамме 3655. Данный антиген был клонирован в штамме R246.
Приемлемые антигены NT100 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:18, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:18; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:18, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT100 включают варианты SEQ ID NO:18, такие как SEQ ID NO:66. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:18. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:18 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:18. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT100 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 30 нативными N-концевыми аминокислотами NT100 (MDLGPIYNTRDINDGKVINIDNPNYTNPVA; SEQ ID NO:86) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT040
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1110 в штамме 86-026NP. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT040 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:19, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:19; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:19, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT040 включают варианты SEQ ID NO:19. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:19. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:19 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:19. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT040 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 26 нативными N-концевыми аминокислотами NT040 (MMKTLLKGQTLLALMISLTLSSLLLL; SEQ ID NO:87) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT048
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1169 в штамме 86-028NP. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT048 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:20, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:20; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:20, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT048 включают варианты SEQ ID NO:20. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:20. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:20 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:20. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT048 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT048 (MKSVPLITGGLSFLLSAC; SEQ ID NO:88) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT053
Указанный антиген был аннотирован как gi-145628236 в штамме R2846 и клонирован в указанном штамме.
Приемлемые антигены NT053 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:21, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:21; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:21, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT053 включают варианты SEQ ID NO:21. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:21. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:21 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:21. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT053 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с нативным N-концевым Met NT053 или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT066
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1230 в штамме NP86-028 и локализован в периплазме бактерий. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT066 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:22, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:22; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:22, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT066 включают варианты SEQ ID NO:22, такие как SEQ ID NO:67. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:22. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 27, 30, 33 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:22 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:22. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT066 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 33 нативными N-концевыми аминокислотами NT066 (MKIYLRFVWILIIILNFLLNLFITTNGVIIVNA; SEQ ID NO:90) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT097
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0522 в штамме NP86-028 и описан как белок-транспортер, подобный длинноцепочной жирной кислоте FadL, присутствующий, согласно прогнозу, в среде наружной мембраны. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме R2846.
Приемлемые антигены NT097 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:23, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:23; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:23, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT097 включают варианты SEQ ID NO:23. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:23. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 22, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:23 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:23. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT097 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 22 нативными N-концевыми аминокислотами NT097 (MKKFNQSILATAMLLAAGGANA; SEQ ID NO:91) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT004
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок CGSHiGG_08215 штамма PittGG в среде наружной мембраны. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT004 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:122, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:122; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:122, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT004 включают варианты SEQ ID NO:122. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:122. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 22, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:122 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:122. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT004 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 20 нативными N-концевыми аминокислотами NT004 (MKKKNQILVSLSIVALLGGC; SEQ ID NO:125) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT014
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок HI1658 в штамме Rd KW20. Данный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Приемлемые антигены NT014 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:123, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:123; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:123, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT014 включают варианты SEQ ID NO:123. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:123. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 22, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:123 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:123. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT014 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 22 нативными N-концевыми аминокислотами NT014 (MTLSPLKKLAILLGATIFLQGC; SEQ ID NO:126) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT022
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0830 в штамме NP96-028 и идентифицирован в качестве возможного антигенного липопротеина В наружной мембраны. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176. Было также обнаружено, что указанный антиген содержит каталитический домен LytM, экспонирован на поверхности и секретирован.
Приемлемые антигены NT022 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:124, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:124; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:124, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT022 включают варианты SEQ ID NO:124. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:124. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 22, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:124 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:124. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT022 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT022 (MKKSFLLLPLSLVVLSAC; SEQ ID NO:127) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Вторая группа антигенов
Антиген Р48
Полипептид Р48 был аннотирован в научной литературе как Na(+)-перемещающая субъединица А NADH-хинонредуктазы. Непроцессированная аминокислотная последовательность Р48 представлена в настоящем описании изобретения для справки как SEQ ID NO:24.
Предпочтительные полипептиды Р48, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:24, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:24, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды Р48 включают варианты SEQ ID NO:24. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:24. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:24 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:24. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген Р48 по настоящему изобретению в идеальном варианте не содержит 25 нативных N-концевых аминокислот Р48 (MITIKKGLDLPIAGKPAQVIHSGNA; SEQ ID NO:92) и поэтому должен быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген Р48 может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами HtrA, PE, P26, PHiD и/или Р6, в частности, например, с антигеном HtrA.
Антиген HtrA
Полипептид HtrA был аннотирован в научной литературе как do/HhoA-подобный предшественник периплазматической сериновой протеазы и описан как хитшоковый белок или белок-компаньон. Непроцессированная аминокислотная последовательность HtrA представлена в настоящем описании изобретения для справки как SEQ ID NO:25.
Предпочтительные полипептиды HtrA, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:25, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:25, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды HtrA включают варианты SEQ ID NO:25. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:25. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:25 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:25. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген HtrA по настоящему изобретению в идеальном варианте не содержит 26 нативных N-концевых аминокислот HtrA (MKKTRFVLNSIALGLSVLSTSFVAQA; SEQ ID NO:93) и поэтому должен быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген HtrA может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами P48, PE, P26, Р6 и/или PHiD, в частности, например, с антигеном P48.
Антиген РЕ
Полипептиид РЕ был аннотирован как белок, связывающий липопротеин - витронектин, или как связывающий IgD и действующий в качестве адгезина для альвеолярных клеток 2-го типа. Непроцессированная аминокислотная последовательность РЕ представлена в настоящем описании изобретения для справки как SEQ ID NO:26.
Предпочтительные полипептиды РЕ, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:26, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:24, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды РЕ включают варианты SEQ ID NO:26. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:26. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:26 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:26. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген РЕ по настоящему изобретению в идеальном варианте не содержит 16 нативных N-концевых аминокислот РЕ (MKKIILTLSLGLLTAC; SEQ ID NO:94) и поэтому должен быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген РЕ может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами Р48, HtrA, P26, P6 и/или PHiD по настоящему изобретению.
Антиген Р26
Полипептид Р26 известен также как белок наружной мембраны 26. Указанный полипептид был аннотирован как член семейства белков Skp, предполагаемой функцией которых является транслокация белков наружной мембраны [5]. Непроцессированная аминокислотная последовательность Р26 представлена в настоящем описании изобретения для справки как SEQ ID NO:27.
Предпочтительные полипептиды Р26, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:27, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:27, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды Р26 включают варианты SEQ ID NO:27. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:27. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:27 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:27. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген Р26 может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами Р48, HtrA, PE, PHiD и/или Р6 по настоящему изобретению, в частности, с любым или всеми антигенами Р48, HtrA и/или РЕ.
Антиген PHiD
Антиген PHiD, известный также как ”протеин D”, был использован главным образом в качестве белка-носителя в гликоконъюгатной вакцине против NTHI [95]. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Предпочтительные полипептиды PHiD, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:28, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:28, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды PHiD включают варианты SEQ ID NO:28. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:28. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:28 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:28. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген PhiD по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами PhiD (MKLKTLALSLLAAGVLAG; SEQ ID NO:95) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген PHiD может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами Р48, HtrA, PE, P26 и/или Р6 по настоящему изобретению.
Антиген PhiD по настоящему изобретенмию может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген Р6
Антиген Р6 известен также как белок наружной мембраны 6 (ОМР 6) [14]. Указанный антиген был клонирован и экспрессирован в штамме Fi176.
Предпочтительные полипептиды Р6, предназначенные для использования в настоящем изобретении, включают аминокислотную последовательность, которая: (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:29, например, идентична на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:29, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150 или больше; например, 20 или больше; например, 50 или больше; например, 80 или больше). Указанные полипептиды Р6 включают варианты SEQ ID NO:29. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:29. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:29 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:29. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген P6 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами P6 (MNKFVKSLLVAGSVAALAA; SEQ ID NO:96) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
В соответствии с настоящим изобретением антиген P6 может быть успешно объединен с одним или несколькими (например, 1, 2 или 3) антигенами Р48, HtrA, PE, P26 и/или PHiD по настоящему изобретению.
Антиген P6 по настоящему изобретенмию может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Третья группа антигенов
Антиген NT013
Антиген ”NT013” аннотирован как белок, содержащий повтор TPR, а также как гемолиазная субъединица созревания цитохрома CcmH2. Данный антиген был выделен в виде NTHI0532 в штамме 86-028NP. NT013 был аннотирован как антиген, относящийся к семейству белков металлопротеазы и содержащий каталитический домен LytM.
Приемлемые антигены NT013 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:30, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:30; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:30, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT013 включают варианты SEQ ID NO:30. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:30. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:30 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:30. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT013 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 42 нативными N-концевыми аминокислотами NT013 (MPVQHVKLARDRRKKRTYIKVGVFFVAILLILTGILLTIKDK; SEQ ID NO:97) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT106
Антиген ”NT106”, аннотированный как липопротеин, был выделен в виде NTHI0363 в геноме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT106 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:31, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:31; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:31, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT106 включают варианты SEQ ID NO:31. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:31. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:31 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:31. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT106 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 17 нативными N-концевыми аминокислотами NT106 (MKKIILNLVTAIILAGC; SEQ ID NO:98) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT106 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT107
Антиген “NT107”, аннотированный как ”гем/гемопексин-связывающий белок В”, выделен в виде NTHI0370 в геноме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT107 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:32, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:32; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:32, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT107 включают варианты SEQ ID NO:32. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:32. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:32 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:32. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT107 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 28 нативными N-концевыми аминокислотами NT107 (MKMRPRYSVIASAVSLGFVLSKSVMALG; SEQ ID NO:99) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT108
Антиген ”NT108” аннотирован как липопротеин трансгликозилазы А муреина. Указанный антиген был аннотирован как NTHI0205 в штамме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT108 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:33, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:33; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:33, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT108 включают варианты SEQ ID NO:33. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:33. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:33 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:33. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT108 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 24 нативными N-концевыми аминокислотами NT108 (MSVCKPFWFKTFSISIITALLVSC; SEQ ID NO:100) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT108 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT109
Указанный антиген, аннотированный как белок рецептора нитрата/нитрита NarQand, был идентифицирован как NTHI0374 в штамме 86-028NP, при этом было установлено, что данный антиген является консервативным во всех исследованных штаммах.
Приемлемые антигены NT109 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:34, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:34; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:34, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT109 включают варианты SEQ ID NO:34. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:34. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:34 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:34. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT109 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 33 нативными N-концевыми аминокислотами NT109 (MYTKGSVSTRIAKYLFIILIVAGVISSLSLAIM; SEQ ID NO:101) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT110
Указанный антиген, аннотированный как NTHI0579 в геноме 86-028NP, известен как предполагаемый гемолизин TlyC. Установлено, что данный антиген ассоциирован с наружной мембраной.
Приемлемые антигены NT110 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:35.
Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:35. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:35 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:35. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT110 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 30 нативными N-концевыми аминокислотами NT110 (MIMELFHTILAIVALILSSAVVSSAEISLA; SEQ ID NO:102) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT111
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0837 в штамме 86-028NP и описан как предполагаемый липопротеин.
Приемлемые антигены NT111 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:36, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:36; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:36, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT111 включают варианты SEQ ID NO:36. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:36. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:36 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:36. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT111 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами NT111 (MKKTLVAALISSVILLTGC; SEQ ID NO:103) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT111 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT112
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0849 в штамме NP96-028. Данный антиген аннотирован как липопротеин VacJ.
Приемлемые антигены NT112 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:37, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:37; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:37, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT112 включают варианты SEQ ID NO:37. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:37. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:37 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:37. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT112 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами NT112 (MKTKVILTALLSAIALTGC; SEQ ID NO:104) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT112 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT113
Указанный антиген был аннотирован как NTHI0921 в штамме 86-026NP и как липопротеин.
Приемлемые антигены NT113 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:38, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:38; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:38, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT113 включают варианты SEQ ID NO:38. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:38. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:38 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:38. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT113 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 16 нативными N-концевыми аминокислотами NT113 (MKKYLLLALLPFLYAC; SEQ ID NO:105) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT113 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT114
Указанный антиген был аннотирован как растворимый литический белок трансгликозилазы муреина и как NTHI0995 в штамме 86-026NP.
Приемлемые антигены NT114 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:39, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:39; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:39, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT114 включают варианты SEQ ID NO:39. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:39. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:39 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:39. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT114 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами NT114 (MKKVALISLCIFTALSAFA; SEQ ID NO:106) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT115
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1091 в штамма 86-026NP и как предполагаемый липопротеин LptE. Данный антиген локализован во внеклеточной среде.
Приемлемые антигены NT115 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:40, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:40; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:40, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT115 включают варианты SEQ ID NO:40. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:40. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:40 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:40. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT115 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 35 нативными N-концевыми аминокислотами NT115 (MKYLHFTRPTIKVIFMINSIKTLLLIATLAILSAC; SEQ ID NO:107) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT115 по настоящему изобретению может быть липопротеином, например, липидированным в положении N-концевого цистеина.
Антиген NT116
Указанный антиген, аннотированный как NTHI1169 в штамме 86-026NP, относится к семейству трансферрин-связывающих белков.
Приемлемые антигены NT116 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:41, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:41; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:41, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT116 включают варианты SEQ ID NO:41. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:41. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:41 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:41. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT116 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT116 (MKSVPLITGGLSFLLSAC; SEQ ID NO:108) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT117
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1208 в штамме 86-026NP и предполагаемая трансглутаминаза. Данный антиген локализован в наружной мембране.
Приемлемые антигены NT117 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:42, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:42; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:42, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT117 включают варианты SEQ ID NO:42. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:42. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:42 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:42. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT117 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 19 нативными N-концевыми аминокислотами NT117 (MKKLIAVAVFSACGLAHA; SEQ ID NO:109) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT118
Указанный антиген был аннотирован как NTHI1318 в штамме 86-026NP и как гипотетический белок.
Приемлемые антигены NT118 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:43, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:43; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:43, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT118 включают варианты SEQ ID NO:43. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:43. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:43 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:43. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT118 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 18 нативными N-концевыми аминокислотами NT118 (MNIRWNVILGVIALCALA; SEQ ID NO:110) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT119
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1565 в штамме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT119 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:114, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:114; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:114, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT119 включают варианты SEQ ID NO:114. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:114. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:114 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:114. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT119 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 26 нативными N-концевыми аминокислотами NT119 (MRFTKTLFTTALLGASIFSFQSTAWA; SEQ ID NO:118) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT120
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1569 в штамме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT120 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:115, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:115; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:115, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT120 включают варианты SEQ ID NO:115. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:115. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:115 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:115. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT120 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 26 нативными N-концевыми аминокислотами NT120 (MKLTKTLLTTALFGASVFSFQSTAWA; SEQ ID NO:119) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT121
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1571 в штамме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT121 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:116, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:116; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:116, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT121 включают варианты SEQ ID NO:116. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:116. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:116 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:116. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT121 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 26 нативными N-концевыми аминокислотами NT121 (MKLTKTLLTTALLGASVFSFQSTAWA; SEQ ID NO:120) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT122
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1667 в штамме 86-028NP.
Приемлемые антигены NT122 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:117, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:117; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:117, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT122 включают варианты SEQ ID NO:117. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:117. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:117 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:117. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT122 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 23 нативными N-концевыми аминокислотами NT122 (MEKIMKKLTLALVLGSALAVTGC; SEQ ID NO:121) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT123
Указанный антиген был аннотирован как цинксодержащая протеаза NTHI1796 в штамме 86-026NP.
Приемлемые антигены NT123 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:44, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:44; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:44, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT123 включают варианты SEQ ID NO:44. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:44. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:44 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:44. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT123 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 17 нативными N-концевыми аминокислотами NT123 (MKKTTALFLLIFSLIAC; SEQ ID NO:111) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT124
Указанный антиген был аннотирован как гипотетический белок NTHI1930 в штамме 86-026NP.
Приемлемые антигены NT124 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:45, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:45; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:45, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT124 включают варианты SEQ ID NO:45. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:45. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:45 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:45. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT124 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 22 нативными N-концевыми аминокислотами NT124 (MKKSKIAAGVVISLAAVWCAGA; SEQ ID NO:89) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT061
Указанный антиген был аннотирован как SurA-подобный белок выживания NTHI0588 в штамме 86-026NP.
Приемлемые антигены NT061 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:128, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:128; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:128, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT061 включают варианты SEQ ID NO:128. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:128. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:128 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:128. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT061 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 27 нативными N-концевыми аминокислотами NT061 (MKMKKFILKSFLLATLGCVAFTSMAQA; SEQ ID NO:129) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Антиген NT017
Указанный антиген был аннотирован как SurA-подобный белок выживания NTHI0915 в штамме 86-026NP.
Приемлемые антигены NT017 могут вызывать образование антитела (например, при введении человеку), узнающего SEQ ID NO:130, и/или могут включать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) идентична SEQ ID NO:130; и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот SEQ ID NO:130, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше). Указанные белки NT017 включают варианты SEQ ID NO:130. Предпочтительные фрагменты (b) включают эпитоп из SEQ ID NO:130. В других предпочтительных фрагментах отсутствует одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении С-конца и/или одна или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или больше) в положении N-конца SEQ ID NO:130 при сохранении по меньшей мере одного эпитопа SEQ ID NO:130. В других фрагментах отсутствует один или несколько доменов белка.
Антиген NT017 по настоящему изобретению может быть экспрессирован с 20 нативными N-концевыми аминокислотами NT017 (MLRFGVNQKTSLLLTALLSC; SEQ ID NO:131) или может быть экспрессирован с альтернативной N-концевой последовательностью, например, с простым N-концевым метионином, Met-Ala- или лидерным пептидом, обеспечивающим требуемую направленную доставку или миграцию экспрессированного белка.
Гибридные полипептиды
Полипептиды, использованные в настоящем изобретении, могут быть экспрессированы отдельно или независимо в отдельных полипептидных цепях. Альтернативно два или более полипептидов по настоящему изобретению могут быть экспрессированы в виде одной полипептидной цепи (“гибридный” полипептид). Гибридные полипептиды могут быть представлены формулой NH2-A-{-X-L-}n-B-COOH, где: А означает необязательную N-концевую аминокислотную последовательность; В означает необязательную С-концевую аминокислотную последовательность; n означает целое число, равное 2 или больше (например, 2, 3, 4, 5, 6 и т.д.), где по меньшей мере один из элементов Xn означает аминокислотную последовательность антигена по настоящему изобретению (как было описано выше); и L означает необязательную линкерную аминокислотную последовательность. В соответствии с настоящим изобретением каждый элемент Xn может включать аминокислотные последовательности антигена, выбираемого из группы, состоящей из: (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038, но данный антиген не входит в категорию предпочтительных антигенов), (5) NTHI1292 (NT067), (6) NTHI0877 (NT001), (7) NTHI0266 (NT016), (8) CGSHiGG_00130 (NT052), (9) NTHI1627 (NT002), (10) NTHI1109 (NT026), (11) NTHI0821 (NT009), (12) NTHI0409 (NT025), (13) NTHI1954 (NT028), (14) NTHI0371 (NT029), (15) NTHI0509 (NT031), (16) NTHI0449 (NT015), (17) NTHI1473 (NT023), (18) gi-145633184 (NT100), (19) NTHI1110 (NT040), (20) gi-46129075 (NT048), (21) gi-145628236 (NT053), (22) NTHI1230 (NT066), (23) NTHI0522 (NT097), (24) Р48 (NTHI0254, также определяемый как NT007), (25) HtrA (NTHI1905, также определяемый как NT006), (26) PE (NTHI0267, также определяемый как NT035), (27) P26 (NTHI0501, также определяемый как NT010), (28) PHiD (NTHI0811, также определяемый как NT080), (29) P6 (NTHI0501, также определяемый как NT081), (30) NT013, (31) NT106, (32) NT107, (33) NT108, (34) NT109, (35) NT110, (36) NT111, (37) NT112, (38) NT113, (39) NT114, (40) NT115, (41) NT116, (42) NT117, (43) NT118, (44) NT119, (45) NT120, (46) NT121, (47) NT122, (48) NT123, (49) NT124, (50) NT004, (51) NT014, (52) NT022 (также аннотированный как NTHI0830), (53) NT016 (также аннотированный как NTHI0266).
В соответствии с настоящим изобретением Xn может включать аминокислотные последовательности двух или более антигенов, выбираемых из группы, состоящей из любых антигенов, указанных в ”первой группе антигенов”, и любых антигенов, указанных во ”второй группе антигенов”. Каждый Xn может означать аминокислотную последовательность антигена из комбинации антигенов по настоящему изобретению (описанных выше). В определенных вариантах осуществления изобретения n равно 2. Когда n равно 2, в настоящем изобретении может быть также использована любая комбинация из двух вышеописанных антигенов. Когда n равно 3, может быть использована любая комбинация по настоящему изобретению, состоящая из трех вышеописанных антигенов. Как правило, два или более Xn могут означать одинаковые антигены или, когда n равно 2, 3 или 4, каждый Xn может означать разный антиген. Когда два или более Xn означают последовательности одного и того же антигена, два или более указанных Xn могут иметь одинаковые или разные полипептидные последовательности, например, могут представлять собой разные варианты или фрагменты данного антигена.
Когда антигены определяются на основании (а) наличия 50% или более высокой идентичности (например, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) с данной последовательностью и/или (b) наличия фрагмента, состоящего по меньшей мере из ‘n’ смежных аминокислот данной последовательности, где 'n' равно 7 или больше (например 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше), степень идентичности в пункте (а) или значение 'n' в пункте (b) могут быть одинаковыми для каждого элемента Х.
В гибридном белке может присутствовать или отсутствовать последовательность лидерного пептида каждой части -Х- дикого типа. В некоторых вариантах осуществления изобретения лидерные пептиды могут быть удалены за исключением части -Х- в положении N-конца гибридного белка, то есть лидерный пептид Х1 будет сохранен, а лидерные пептиды Х2... Xn будут удалены. Такое положение равнозначно удалению всех лидерных пептидов и использованию лидерного пептида Х1 в качестве части -А-.
Во всех случаях, когда n означает {-X-L-}, может присутствовать или отсутствовать линкерная аминокислотная последовательность -L-. Например, когда n=2, гибрид может представлять собой NH2-X1-L1-X2-L2-COOH, NH2-X1-X2-COOH, NH2-X1-L1-X2-COOH, NH2-X1-X2-L2-COOH и т.д. Линкерные аминокислотные последовательности -L- обычно являются короткими (например, 20 или меньше аминокислот, то есть 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). В качестве примеров можно привести короткие пептидные последовательности, облегчающие клонирование, полиглициновые линкеры (то есть включающие Glyn, где n=2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или больше) и гистидиновые метки (то есть Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или больше). Специалистам в данной области должны быть известны другие приемлемые линкерные аминокислотные последовательности. Приемлемым линкером является последовательность GSGGGG (SEQ ID NO:46) или GSGSGGGG (SEQ ID NO:47), при этом дипептид Gly-Ser образуется из сайта рестрикции BamHI, что облегчает клонирование и манипуляцию, и тетрапептид (Gly)4 является типичным полиглициновым линкером. Другие приемлемые линкеры, в частности, предназначенные для использования в качестве конечного Ln, включают дипептид Leu-Glu.
-А- означает необязательную N-концевую аминокислотную последовательность. Указанная последовательность обычно является короткой (например, 40 или меньше аминокислот, то есть 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). В качестве примеров можно привести лидерные последовательности, обеспечивающие направленную миграцию белка, или короткие пептидные последовательности, облегчающие клонирование или очистку (например, гистидиновые метки, то есть Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или больше), такие как SEQ ID NO:48. Специалистам в данной области должны быть известны другие приемлемые N-концевые аминокислотные последовательности. Если в Х1 отсутствует собственный N-концевой метионин, -А- предпочтительно означает олигопептид (например, содержащий 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 аминокислот), который предоставляет N-концевой метионин, например, Met-Ala-Ser, или один остаток Met.
-В- означает необязательную С-концевую аминокислотную последовательность. Указанная последовательность обычно является короткой (например, 40 или меньше аминокислот, то есть 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). В качестве примеров можно привести последовательности, обеспечивающие направленную миграцию белка, короткие пептидные последовательности, облегчающие клонирование или очистку (например, включающие гистидиновые метки, то есть Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или больше, такие как SEQ ID NO:68), или последовательности, повышающие устойчивость белка. Специалистам в данной области должны быть известны другие приемлемые С-концевые аминокислотные последовательности.
Штаммы и варианты
Антигены обозначены в настоящем описании изобретения в соответствии с правилами наименования, принятыми в научной литературе, например, с использованием нумерации “NTHI” (из генома штамма 86-028NP) или нумерации CGSHiGG (из генома штамма PittGG). Такие правила более подробно рассмотрены в ссылке 15 (в частности, в таблице 1). В таблице V, приведенной в настоящем описании изобретения, существующая номенклатура соотносится с номенклатурой ”NT”, использованной в настоящем изобретении. Таким образом, типичные аминокислотные и нуклеотидные последовательности для любых антигенов по настоящему изобретению могут быть легко найдены в общедоступным базах данных последовательностей для указанных штаммов (вместе с дополнительной информацией, такой как аннотации функциональных характеристик), но настоящее изобретение не ограничено последовательностями из штаммов 86-028NP, 3655 или PittGG. Существуют геномные последовательности нескольких других штаммов NTHI (см. таблицу 1 в ссылке 15). Для идентификации гомологов любых указанных (или других) геномных последовательностей по настоящему изобретению могут быть использованы стандартные методы поиска и сравнительного анализа. Кроме того, существующие последовательности могут быть использованы для создания затравок для амплификации гомологичных последовательностей из других штаммов. Таким образом, настоящее изобретение не ограничено указанными конкретными штаммами, и в объем изобретения входят варианты и гомологи из других штаммов NTHI, а также неприродные варианты. Как правило, приемлемые варианты конкретной последовательности включают ее аллельные варианты, полиморфные формы, гомологи, ортологи, паралоги, мутанты и т.д. Например, SEQ ID NO:49, 52, 54, 55, 57-59, 64, 65 и 67 включают описанные ниже мутации.
Например, полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут включать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и т.д.) замен аминокислот, в частности, консервативных замен (то есть замен одной аминокислоты другой аминокислотой, имеющей родственную боковую цепь). Генетически кодированные аминокислоты обычно подразделяются на четыре семейства: (1) кислотные, то есть аспартат, глутамат; (2) основные, то есть лизин, аргинин, гистидин; (3) неполярные, то есть аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин, триптофан; и (4) незаряженные полярные, то есть глицин, аспарагин, глутамин, цистеин, серин, треонин, тирозин. Фенилаланин, триптофан и тирозин иногда классифицируются как ароматические аминокислоты. Как правило, замена единичной аминокислоты в указанных семействах не оказывает значительного влияния на биологическую активность. Полипептиды могут также включать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и т.д.) делеций единичных аминокислот по сравнению с указанными последовательностями. Полипептиды могут также включать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и т.д.) инсерций (например, 1, 2, 3, 4 или 5 аминокислот) по сравнению с указанными последовательностями.
Аналогичным образом полипептид, используемый в настоящем изобретении, может включать амиинокислотную последовательность, которая:
(а) полностью идентична (то есть идентична на 100%) последовательности, приведенной в списке последовательностей;
(b) неполностью идентична (например, идентична на 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше) последовательности, приведенной в списке последовательностей;
(с) содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 (или больше) изменений единичных аминокислот (делеций, инсерций, замен), которые могут находиться в удаленных друг от друга или смежных положениях по сравнению с последовательностями (а) или (b); и/или
(d) при сравнении с конкретной последовательностью из списка последовательностей при помощи алгоритма попарного сравнения каждое окно х аминокислот, перемещающееся от N-конца к С-концу (аналогично сравнительному анализу, охватывающему р аминокислот, где p>x, существует р-х+1 таких окон), содержит по меньшей мере х.у идентичных аминокислот, где х выбирают из 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200; у выбирают из 0,50, 0,60, 0,70, 0,75, 0,80, 0,85, 0,90, 0,91, 0,92, 0,93, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99; и, если произведение х.у не равно целому числу, оно округляется до ближайшего целого числа. Предпочтительным алгоритмом попарного сравнения является алгоритм глобального сравнения Нидлмана-Ванша [16] с использованием параметров по умолчанию (например, штраф за открытый разрыв=10,0 и штраф за удлинение разрыва=0,5 при использовании оценочной матрицы EBLOSUM62). Указанный алгоритм обычно применяется в вспомогательной программе needle пакета программ EMBOSS [17].
При использовании гибридных полипептидов отдельные антигены в гибриде (то есть отдельные -Х- части) могут быть получены из одного или нескольких штаммов. Когда n=2, Х2 может быть выделен из того же штамма, что и Х1, или из другого штамма. Когда n=3, могут быть использованы следующие штаммы: (i) Х1=Х2=Х3, (ii) Х1=Х2≠Х3, (iii) Х1≠Х2=Х3, (iv) Х1≠Х2≠Х3 или (v) Х1=Х3≠Х2 и т.д.
Делеции и замены в группе (с) могут быть выполнены в положении N-конца и/или С-конца или между двух концов. Таким образом, усечение является примером делеции. Усечения могут включать делецию до 40 (или больше) аминокислот в положении N-конца и/или С-конца. В результате усечения N-конца могут быть удалены лидерные пептиды, например, для облегчения рекомбинантной экспрессии в гетерологичном хозяине. В результате усечения С-конца могут быть удалены якорные последовательности, например, для облегчения рекомбинантной экспрессии в гетерологичном хозяине.
Как правило, когда антиген включает последовательность, которая не идентична последовательности NTHI из списка последовательностей (например, когда антиген включает последовательность, которая менее чем на 100% идентична последовательности в списке последовательностей, или когда антиген включает фрагмент указанной последовательности), в каждом отдельном случае желательно, чтобы антиген мог образовывать антитело, способное узнавать соответствующую последовательность NTHI из списка последовательностей.
Бактерии-мутанты
Настоящее изобретение также относится к бактерии NTHi, в которой удален один или несколько антигенов по настоящему изобретению [18]. Методы создания бактерий с выбитыми генами хорошо известны, и выбивание генов из штаммов NTHi описано, например, в ссылке 19. Мутация с выбитым геном может находиться в кодирующей области гена или в регуляторных областях транскрипции (например, в промоторе). Мутация с выбитым геном снижает уровень мРНК, кодирующей антиген, до <1% от уровня, продуцируемого бактерией дикого типа, предпочтительно до <0,5%, более предпочтительно до <0,1% и наиболее предпочтительно до 0%.
Настоящее изобретение также относится к бактерии NTHI, в которой один или несколько антигенов по настоящему изобретению содержат мутацию, подавляющую их активность. Ген, кодирующий антиген, будет иметь мутацию, которая изменяет кодированную аминокислотную последовательность или отменяет его экспрессию. Мутация может включать делецию, замену и/или инсерцию, которые могут охватывать одну или несколько аминокислот.
Один вариант осуществления изобретения относится к делециям одного или нескольких генов, кодирующих антигены по настоящему изобретению.
Известно, что в E. coli два компонента механизма деления с доменами LytM (EnvC и NlpD) являются прямыми регуляторами гидролаз (амидаз) клеточной стенки, отвечающими за разделение клеток (AmiA, AmiB и AmiC) [20]. Также известно, что металлопротеазы LytM в Е. coli абсолютно необходимы для отделения дочерних клеток.
Один вариант осуществления изобретения относится к генам NTHI, кодирующим полипептиды, содержащим каталитический домен LytM. Металлопротеазы обычно содержат домены аминокислот НхН и HxxxD в каталитических доменах. Указанные один или несколько генов предпочтительно кодируют любой антиген NT013, NT022 или NT017.
В соответствии с настоящим изобретением мутация или делеция одного или нескольких генов, кодирующих полипептиды, содержащие каталитический домен LytM, существенно изменяют деление бактериальных клеток и фенотип бактерии.
Кроме того, было установлено, что указанная мутация или делеция вызывает высвобождение пузырьков, известных как OMV или пузырьки наружной мембраны, хотя те же штаммы NTHi дикого типа обычно не высвобождают OMV.
В соответствии с одним особенно предпочтительным вариантом осуществления изобретения делеция NT013 и/или NT022 не только влияет на деление бактериальных клеток, но также вызывает образование и высвобождение пузырьков наружной мембраны (OMV) в штаммах NTHI, которые обычно не высвобождают OMV.
Предпочтительные варианты осуществления изобретения относятся к штаммам NTHI, содержащим делеции одного или нескольких генов, кодирующих любой антиген NT013, NT022 или NT017. Например, удаленные гены могут быть заменены кластером устойчивости к антибиотикам, например, кластером устойчивости к эритромицину. Установлено, что все вышеуказанные полипептиды содержат каталитический домен LytM и являются металлопротеазами.
Также было установлено, что домен LytM в антигенах NT013 и NT022 является консервативным. Активный каталитический сайт NT013 представлен следующими аминокислотными фрагментами -HKGD- и -HLH- в положении С-конца. Активный каталитический сайт NT022 представлен следующими аминокислотными фрагментами -NKGID- и -KLH- в положении С-конца.
Настоящее изобретение также относится к бактерии, такой как бактерия NTHi, которая сверхэкспрессирует антиген по настоящему изобретению.
Настоящее изобретение также относится к бактерии, такой как бактерия NTHi, которая конститутивно экспрессирует антиген по настоящему изобретению. Настоящее изобретение также относится к Е. coli, включающему по меньшей мере один ген, кодирующий антиген по настоящему изобретению, при этом указанный ген контролируется индуцибельным промотором.
Вакцина на основе OMV
Грамотрицательные бактерии отделены от внешней среды двумя слоями мембранных структур. Указанные структуры, определяемые как цитоплазматическая мембрана и наружная мембрана (ОМ), отличаются в структурном и функциональном отношении. Наружная мембрана имеет важное значение для взаимодействия патогенной бактерии с соответствующими хозяевами. Поэтому экспонированные на поверхности молекулы бактерий являются важными мишенями для иммунной реакции хозяина, что делает компоненты наружной мембраны привлекательными кандидатами для создания вакцины, диагностических и терапевтических реагентов.
Бактерии-мутанты по настоящему изобретению особенно пригодны для получения пузырьков наружной мембраны бактерии, включающих антигены NTHi (например, антигены по настоящему изобретению), которые могут быть использованы в качестве иммуногенов.
Настоящее изобретение относится также к бактерии, такой как бактерия NTHi, которая сверхэкспрессирует по меньшей мере один антиген по настоящему изобретению, предпочтительно в результате сверхпродуцирования OMV.
Увеличение продуцирования OMV может быть использовано для повышения уровней приемлемых белков NTHi в пузырьках наружной мембраны (OMV).
Настоящее изобретение также относится к способу создания бактерии NTHi, сверхпродуцирующей OMV по настоящему изобретению, который включает генетическую модификацию штамма грамотрицательных бактерий с помощью одного или нескольких следующих процессов: (а) создание штамма с пониженной экспрессией одного или нескольких генов Tol; (b) мутация одного или нескольких генов, кодирующих белок, включающий пептидогликан-ассоциированный сайт, для ослабления пептидогликан-связывающей активности белка; (с) мутация или делеция одного или нескольких генов, кодирующих полипептиды, содержащие каталический домен LytM. В одном особенно предпочтительном варианте осуществления изобретения NTHi не может экспрессировать активные гены NT013, NT022 и/или любые гены Tol [19], [18].
Настоящее изобретение также относится к способу получения пузырька NTHi, который включает стадию обработки бактерии NTHI по настоящему изобретению, вызывающей образование пузырьков наружной мембраной.
Настоящее изобретение также относится к способу получения пузырька NTHi, который включает стадию культивирования бактерии NTHi по настоящему изобретению в условиях, в которых наружная мембрана спонтанно выделяет пузырьки.
Настоящее изобретение также относится к бактерии NTHi, которая сверхпродуцирует OMV и сверхэкспрессирует антигены по настоящему изобретению.
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении
В настоящем изобретении могут быть использованы полипептиды разных типов (например, нативные, гибридизированные, гликозилированные, негликозилированные, липидированные, нелипидированные, фосфорилированные, нефосфорилированные, миристоилированные, немиристоилированные, мономерные, мультимерные, в виде частиц, денатурированные и т.д.)
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут быть получены разными способами (например, методом рекомбинантной экспрессии, очистки из культуры клеток, химического синтеза и т.д.). Наиболее предпочтительными являются рекомбинантно экспрессированные белки, особенно для гибридных полипептидов.
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении, предпочтительно получают в очищенной или по существу очищенной форме, то есть по существу свободной от других полипептидов (например, при отсутствии природных полипептидов), в частности, от других полипептидов H. influenzae или клетки-хозяина, с чистотой, равной по меньшей мере примерно 50% (по массе), и обычно примерно 90%, то есть менее примерно 50% или более предпочтительно менее примерно 10% (например, 5%) композиции состоит из других экспрессированных полипептидов. Таким образом, антигены в композициях отделены от всего организма, в котором данная молекула была экспрессирована.
Термин ”полипептид” означает аминокислотные полимеры любой длины. Полимер может быть линейным или разветвленным, может включать модифицированные аминокислоты, и цепь полимера может прерываться кислотами, отличными от аминокислот. В определение данного термина также входит аминокислотный полимер, который был модифицирован естественным или искусственным путем, например, в результате образования дисульфидных связей, гликозилирования, липидирования, ацетилирования, фосфорилирования или любой другой манипуляции или модификации, такой как конъюгация с меткой. Указанный термин также означает полипептиды, содержащие один или несколько аналогов аминокислот (включающих, например, неприродные аминокислоты и т.д.), а также другие модификации, известные в данной области. Полипептиды могут включать отдельные цепи или ассоциированные цепи.
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут включать последовательность -Р-Q- или -Q-Р-, где -Р- означает вышеуказанную аминокислотную последовательность и -Q- не является вышеуказанной последовательностью, то есть может представлять собой слитые белки. Когда N-концевой кодон -Р- не является ATG и отсутствует в положении N-конца полипептида, указанный кодон транслируется как стандартная аминокислота для данного кодона, а не как Met. Однако, когда указанный кодон присутствует в положении N-конца полипептида, данный кодон транслируется как Met. Примеры частей -Q- включают, не ограничиваясь ими, гистидиновые метки (то есть Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или больше, например, SEQ ID NO:68), мальтоза-связывающий белок или глутатион-S-трансферазу (GST).
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут включать последовательность -Р-Q- или -Q-Р- в случае первичной экспрессии в качестве зарождающегося белка, но в некоторых вариантах осуществления изобретения часть -Q- может отсутствовать в белке на данной стадии, например, лидерный пептид может быть расщеплен после трансляции.
Приемлемой N-концевой последовательностью для экспрессии является SEQ ID NO:48.
Хотя полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут быть экспрессированы в H. influenzae, обычно для экспрессии используют гетерологичный хозяин (рекомбинантная экспрессия). Гетерологичный хозяин может быть прокариотическим (например, бактерией) или эукариотическим организмом. Таким организмом может быть E. coli, но другие приемлемые хозяева включают Bacillus subtilis, Vibrio cholerae, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Neisseria lactamica, Neisseria cinerea, Mycobacteria (например, M. tuberculosis), дрожжи и т.д. По сравнению с генами H. influenzae дикого типа, кодирующими полипептиды по настоящему изобретению, полезно заменить кодоны для оптимизации эффективности экспрессии в таких хозяевах, не оказывая воздействия на кодированные аминокислоты.
Полипептиды, используемые в настоящем изобретении, могут быть синтезированы способом, включающим стадию химического синтеза по меньшей мере части полипептида.
Нуклеиновые кислоты
Настоящее изобретение также относится к нуклеиновым кислотам (например, комбинациям нуклеиновых кислот, векторам или комбинациям векторов), кодирующим полипептиды, используемые в настоящем изобретении, комбинации полипептидов или гибридные полипептиды по настоящему изобретению. Настоящее изобретение также относится к нуклеиновым кислотам, включающим нуклеотидную последовательность, кодирующую один или несколько (например, 2, 3 или 4) полипептидов или гибридных полипептидов антигенных комбинаций по настоящему изобретению. Нуклеиновая кислота может быть, например, вектором (например, клонирующим или экспрессирующим вектором).
Нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептиды одного или нескольких (по меньшей мере одного) антигенов и антигенных комбинаций по настоящему изобретению, хорошо известны (см., например, ссылки 6-9) или могут быть созданы в соответствии с генетическим кодом. Таким образом, в контексте настоящего изобретения такая нуклеотидная последовательность может кодировать один или несколько антигенов (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (5) NTHI1292 (NT067), (6) NTHI0877 (NT001), (7) NTHI0266 (NT016), (8) CGSHiGG_00130 (NT052), (9) NTHI1627 (NT002), (10) NTHI1109 (NT026), (11) NTHI0821 (NT009), (12) NTHI0409 (NT025), (13) NTHI1954 (NT028), (14) NTHI0371 (NT029), (15) NTHI0509 (NT031), (16) NTHI0449 (NT015), (17) NTHI1473 (NT023), (18) gi-145633184 (NT100), (19) NTHI1110 (NT040), (20) gi-46129075 (NT048), (21) gi-145628236 (NT053), (22) NTHI1230 (NT066), (23) NTHI0522 (NT097) или антиген Р48 (такой как SEQ ID NO:24), антиген HtrA (такой как SEQ ID NO:25), антиген РЕ (такой как SEQ ID NO:26), антиген Р26 (такой как SEQ ID NO:27), антиген PHiD (такой как SEQ ID NO:28), антиген Р6 (такой как SEQ ID NO:29), (24) NT004, (25) NT014, (26) NT022 или один или несколько антигенов из ”третьей группы антигенов” или может кодировать аминокислотную последовательность, которая (а) на 50% или больше идентична вышеуказанным полипептидам (например, на 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% или больше, например, идентичная на 90% или больше, идентична на 95% или больше либо идентична на 99% или больше); и/или (b) включает фрагмент, состоящий по меньшей мере из 'n' смежных аминокислот любых указанных полипептидов, где 'n' равно 7 или больше (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или больше, например, 20 или больше; или, например, 50 или больше; или, например, 80 или больше).
Настоящее изобретение также относится к нуклеиновой кислоте, которая может гибридизировать с указанными нуклеиновыми кислотами. Реакции гибридизации могут быть выполнены в условиях разной ”строгости”. Условия увеличения строгости реакции гибридизации широко известны и опубликованы в данной области (например, страница 752 ссылки 121). Примеры соответствующих условий включают (в порядке увеличения строгости) температуры инкубации: 25°С, 37°С, 50°С, 55°С и 68°С; концентрации буферов: 10-кратный SSC, 6-кратный SSC, 1-кратный SSC, 0,1-кратный SSC (где SSC включает 0,15 М NaCl и 15 мМ цитратного буфера) и их эквиваленты при использовании других буферных систем; концентрации формамида: 0%, 25%, 50% и 75%; время инкубации от 5 минут до 24 часов; 1, 2 или более стадий промывки; время промывки: 1, 2 или 15 минут; и промывочные растворы: 6-кратный SSC, 1-кратный SSC, 0,1-кратный SSC или деионизированная вода. Методы гибридизации и оптимизации хорошо известны в данной области (см., например, ссылки 21, 22 и 123).
Нуклеиновая кислота может гибридизировать с мишенью в условиях пониженной строгости; в других вариантах осуществления изобретения нуклеиновая кислота гибридизирует в условиях средней строгости; в предпочтительных вариантах осуществления изобретения нуклеиновая кислота гибридизирует в строгих условиях. Типичная совокупность параметров гибридизации в условиях пониженной строгости включает 50°С и 10-кратный SSC. Типичная совокупность параметров гибридизации в условиях средней строгости включает 55°С и 1-кратный SSC. Типичная совокупность параметров гибридизации в строгих условиях включает 68°С и 0,1-кратный SSC.
Настоящее изобретение относится к нуклеиновой кислоте, включающей последовательности, комплементарные указанным последовательностям (например, антисмысловые или зондирующие последовательности, а также затравки).
Нуклеиновая кислота по настоящему изобретению может быть использована в разных формах (например, одноцепочечная, двухцепочечная, векторы, затравки, зонды, меченые и т.д.). Нуклеиновые кислоты по настоящему изобретению могут быть циклическими или разветвленными, но обычно являются линейными. За исключением особо оговоренных случаев или случаев, определяемых потребностью, в любом варианте осуществления изобретения, в котором использована нуклеиновая кислота, такая нуклеиновая кислота может иметь двухцепочечную конфигурацию или любую из двух комплементарных одноцепочечных конфигураций, образующих двухцепочечную конфигурацию. Затравки и зонды обычно являются одноцепочечными, как и антисмысловые нуклеиновые кислоты.
Нуклеиновые кислоты, кодирующие антигены по настоящему изобретению, предпочтительно получают в очищенном или по существу очищенном виде, то есть по существу свободными от других нуклеиновых кислот (например, при отсутствии природных нуклеиновых кислот), в частности, от других нуклеиновых кислот H. influenzae или клетки-хозяина, как правило, с чистотой, равной по меньшей мере примерно 50% (по массе), и обычно по меньшей мере примерно 90%. Нуклеиновые кислоты по настоящему изобретению предпочтительно являются нуклеиновыми кислотами H. influenzae.
Нуклеиновые кислоты, кодирующие антигены по настоящему изобретению, могут быть получены многими способами, например, в результате полного или неполного химического синтеза (например, фосфорамидитного синтеза ДНК), расщепления более длинных нуклеиновых кислот нуклеазами (например, рестрикционными ферментами), соединения более коротких нуклеиновых кислот или нуклеотидов (например, при помощи лигаз или полимераз), из геномных библиотек или библиотек кДНК и т.д.
Нуклеиновые кислоты могут быть присоединены к твердой подложке (такой как, например, гранула, пластина, фильтр, пленка, предметное стекло, микроматрица, смола и т.д.). Нуклеиновые кислоты могут быть помечены, например, радиоактивной или флуоресцентной меткой, биотиновой меткой. Такое мечение является особенно полезным при использовании нуклеиновой кислоты в детектирующих методах, например, при использовании нуклеиновой кислоты в качестве затравки или зонда.
Термин ”нуклеиновая кислота” обычно означает полимерную форму нуклеотидов любой длины, включающих дезоксирибонуклеотиды, рибонуклеотиды и/или их аналоги. Нуклеиновая кислота включает ДНК, РНК, гибриды ДНК/РНК. Нуклеиновая кислота также включает аналоги ДНК или РНК, например, содержащие модифицированные остовы (например, нуклеиновые кислоты пептидов (PNA) или фосфортиоаты) или модифицированные основания. Таким образом, в объем настоящего изобретения входят мРНК, тРНК, рРНК, рибозимы, ДНК, кДНК, рекомбинантные нуклеиновые кислоты, разветвленные нуклеиновые кислоты, плазмиды, векторы, зонды, затравки и т.д. В нуклеиновой кислоте по настоящему изобретению, являющейся РНК, может присутствовать или отсутствовать 5'-кэп.
Нуклеиновые кислоты, кодирующие антигены по настоящему изобретению, могут быть частью вектора, то есть частью конструкции нуклеиновой кислоты, созданной для трансдукции/трансфекции клеток одного или нескольких типов. Векторы могут быть, например, ”клонирующими векторами”, предназначенными для выделения, размножения и репликации вставленных нуклеотидов, ”экспрессирующими векторами”, предназначенными для экспрессии нуклеотидной последовательности в клетке-хозяине, ”вирусными векторами”, предназначенными для продуцирования рекомбинантного вируса или вирусоподобной частицы, или ”шаттл-векторами”, включающими признаки векторов нескольких типов. Предпочтительными векторами являются плазмиды. ”Клетка-хозяин” представляет собой единичную клетку или культуру клеток, которая может быть реципиентом экзогенной нуклеиновой кислоты. Клетки-хозяева включают потомство единичной клетки-хозяина, при этом потомство необязательно должно быть полностью идентично (в отношении морфологии или общего комплемента ДНК) исходной клетке-хозяину вследствие природных, случайных или намеренных мутаций и/или изменений. Клетки-хозяева включают клетки, трансфицированные или инфицированные in vivo или in vitro нуклеиновой кислотой по настоящему изобретению.
Термин ”комплемент” или “комплементарный” применительно к нуклеиновым кислотам означает спаривание оснований Ватсона-Крика. Таким образом, комплементом С является G, комплементом G является С, комплементом А является Т (или U) и комплементом Т (или U) является А. В качестве комплементов пиримидинов (С или Т), например, также могут быть использованы основания, такие как I (инозин пурина).
Нуклеиновые кислоты, кодирующие антигены по настоящему изобретению, могут быть использованы, например, для продуцирования полипептидов, в качестве гибридизирующих зондов для обнаружения нуклеиновой кислоты в биологических образцах, для создания дополнительных копий нуклеиновых кислот, для получения рибозим или антисмысловых олигонуклеотидов, в качестве одноцепочечных затравок или зондов ДНК или для образования трехцепочечных олигонуклеотидов.
Настоящее изобретение относится к способу получения нуклеиновой кислоты, кодирующей антигены по настоящему изобретению, который включает полный или неполный химический синтез нуклеиновой кислоты.
Настоящее изобретение относится к векторам, включающим нуклеотидные последовательности, кодирующие антигены по настоящему изобретению (например, к клонирующим или экспрессирующим векторам), и к клеткам-хозяевам, трансформированным такими векторами.
В определенных вариантах осуществления изобретения нуклеиновые кислоты предпочтительно включают по меньшей мере 7 нуклеотидов (например, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 225, 250, 275, 300 нуклеотидов).
В определенных вариантах осуществления изобретения нуклеиновые кислоты предпочтительно включают самое большее 500 нуклеотидов (например, 450, 400, 350, 300, 250, 200, 150, 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 75, 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15 нуклеотидов или меньше).
Иммуногенные композиции и лекарственные средства
Иммуногенные композиции по настоящему изобретению могут быть использованы в качестве вакцин. Вакцины по настоящему изобретению могут быть профилактическими (то есть предназначенными для предотвращения инфекционного заболевания) или терапевтическими (то есть предназначенными для лечения инфекционного заболевания), но обычно являются профилактическими.
Таким образом, композиции могут быть фармацевтически приемлемыми. Помимо антигенов композиции включают дополнительные компоненты, например, такие композиции обычно включают один или несколько фармацевтических носителей и/или наполнителей. Такие компоненты всесторонне рассмотрены в ссылке 118.
Композиции обычно вводят млекопитающему в водной форме. Однако до введения композиция может представлять собой неводную форму. Например, некоторые вакцины производят в водной форме, затем расфасовывают, распространяют и вводят также в водной форме, другие вакцины лиофилизируют в процессе производства и восстанавливают в водной форме во время использования. Таким образом, композиция по настоящему изобретению может быть высушена, как, например, лиофилизированный препарат.
Композиция может включать консерванты, такие как тиомерсаль или 2-феноксиэтанол. Однако, желательно, чтобы вакцина по существу не содержала (то есть менее 5 мкг/ил) ртути, то есть тиомерсаля. Вакцины, не содержащие ртути, являются более предпочтительными. Особенно предпочтительными являются вакцины без консервантов.
Для улучшения теплостойкости композиция может включать термозащитный агент. Такие агенты более подробно описаны ниже.
Для контроля тоничности желательно использовать физиологическую соль, такую как соль натрия. Предпочтительным является хлорид натрия (NaCl), который может присутствовать в количестве от 1 до 20 мг/мл, например, примерно 10±2 мг/мл NaCl. Другие соли, которые могут быть использованы в композиции, включают хлорид калия, дигидрофосфат калия, динатрийдигидрофосфат, хлорид магния, хлорид кальция и т.д.
Осмотическая концентрация композиций обычно составляет от 200 мОсм/кг до 400 мОсм/кг, предпочтительно 240-360 мОсм/кг и более предпочтительно находится в диапазоне 290-310 мОсм/кг.
Композиции могут включать один или несколько буферов. Типичными буферами являются фосфатный буфер, трис-буфер, боратный буфер, сукцинатный буфер, гистидиновый буфер (в частности, с адъювантом, являющимся гидроксидом алюминия) или цитратный буфер. Буферы обычно используют в количестве 5-20 мМ.
Значение рН композиции обычно находится в пределах от 5,0 до 8,1, более предпочтительно в пределах от 6,0 до 8,0, например, от 6,5 до 7,5 или от 7,0 до 7,8.
Композиция предпочтительно является стерильной. Композиция предпочтительно является апирогенной, например, содержащей <1 EU (эндотоксиновая единица, стандартная мера) на дозу, предпочтительно <0,1 EU/дозу. Композиция предпочтительно не содержит глютена.
Композиция может содержать вещество для одной иммунизации или нескольких иммунизаций (то есть упаковка ”для многократного применения”). В лекарственное средство для многократного применения предпочтительно вводят консервант. В качестве альтернативы (или дополнительно) введения консерванта в композиции для многократного применения может быть использован контейнер с асептическим адаптером для удаления необходимого количества вещества.
Вакцины, предназначенные для человека, обычно вводят в дозе около 0,5 мл, при этом детям может быть введена половина дозы (то есть примерно 0,25 мл).
Иммуногенные композиции по настоящему изобретению могут также включать один или несколько иммунорегуляторных агентов. Один или несколько иммунорегуляторных агентов предпочтительно включают один или несколько адъювантов. Адъюванты могут включать адъювант ТН1 и/или адъювант ТН2, рассмотренные ниже.
Адъюванты, которые могут быть использованы в композициях по настоящему изобретению, включают, не ограничиваясь ими:
- минеральные соли, такие как соли алюминия и соли кальция, в том числе гидроксиды (например, оксигидроксиды), фосфаты (например, гидроксифосфаты, ортофосфаты), сульфаты и т.д. [см., например, главы 8 и 9 ссылки 23];
- эмульсии масла в воде, такие как эмульсии сквалена в воде, включающие MF59 (5% сквалена, 0,5% твина-80 и 0,5% спана-85, полученные в виде субмикронных частиц при помощи микрофлюидизатора) (глава 10 ссылки 23; см. также ссылки 24-26 и главу 12 ссылки 27), полный адъювант Фрейнда (CFA) и неполный адъювант Фрейнда (IFA);
- препараты сапонина [глава 22 ссылки 23], такие как QS21 [28] и ISCOM [глава 23 ссылки 23];
- виросомы и вирусоподобные частицы (VLP) [29-35];
- бактериальные и микробные производные, такие как нетоксичные производные липополисахаридов энтеробактерий (LPS), производные липида А [36, 37], иммуностимулирующие олигонуклеотиды [38-43], такие как IC-31™ [44] (дезоксинуклеотид, включающий 26-членную последовательность 5'-(IC)13-3' (SEQ ID NO:112) и поликатионный полипептид, включающий 11-членную аминокислотную последовательность KLKLLLLLKLK (SEQ ID NO:113) и ADP-рибозилированные токсины и их детоксифицированные производные [45-54];
- человеческие иммуномодуляторы, включающие цитокины, такие как интерлейкины (например, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12 [55, 56], интерфероны (например, γ-интерферон), колониестимулирующий фактор макрофагов и фактор некроза опухолей;
- биоадгезивы и мукоадгезивы, такие как хитозан и его производные, микросферы этерифицированной гиалуроновой кислоты [57] или мукоадгезивы, такие как перекрестносшитые производные полиакриловой кислоты, поливиниловый спирт, поливинилпирролидон, полисахариды и карбоксиметилцеллюлоза [58];
- микрочастицы (то есть частица с диаметром от ~100 нм до ~150 мкм, более предпочтительно с диаметром от ~200 нм до ~30 мкм и наиболее предпочтительно с диаметром от ~500 нм до ~10 мкм), образованные из биоразрушаемых и нетоксичных веществ (например, поли-α-оксикислоты, полигидроксимасляной кислоты, полиортоэфира, полиангидрида, поликапролактона и т.д.);
- липосомы [главы 13 и 14 ссылки 23, ссылки 59-61];
- простые эфиры полиоксиэтилена и сложные эфиры полиоксиэтилена [62];
- препараты РСРР [63 и 64];
- мурамилпептиды, включающие N-ацетилмурамил-L-треонил-D-изоглутамин (thr-MDP), N-ацетилнормурамил-l-аланил-d-изоглутамин (nor-MDP) и N-ацетилмурамил-l-аланил-d-изоглутаминил-l-аланин-2-(1'-2'-дипальмитоил-sn-глицеро-3-гидроксифосфорилокси)этиламин (МТР-РЕ); и
- соединения имидазохинолона, включающие имиквамод и его гомологи (например, ”резиквимод 3М”) [65 и 66].
Иммуногенные композиции и вакцины по настоящему изобретению могут также включать комбинации одного или нескольких вышеуказанных адъювантов. Например, в настоящем изобретении могут быть использованы следующие композиции адъювантов: (1) сапонин и эмульсия масла в воде [67]; (2) сапонин (например, QS21) + нетоксичное производное LPS (например, 3dMPL) [68]; сапонин (например, QS21) + нетоксичное производное LPS (например, 3dMPL) + холестерин; (4) сапонин (например, QS21) + 3dMPL + IL-12 (необязательно + стерол) [69]; (5) комбинации 3dMPL, например, с QS21 и/или эмульсиями масла в воде [70]; (6) SAF, содержащий 10% сквалена, 0,4% твина-80™, 5% блоксополимера L121 и thr-MDP, микрофлюидизированные с образованием эмульсии с частицами в субмикронном диапазоне или интенсивно перемешанные с образованием эмульсии с частицами более крупного размера. (7) Система адъювантов Ribi™ (RAS) (Ribi Immunochem), содержащая 2% сквалена, 0,2% твина-80 и один или несколько компонентов оболочки бактериальной клетки, выбираемых из группы, состоящей из монофосфорлипида А (MPL), трегалозодимиколата (TDM) и каркаса клеточной оболочки (CWS), предпочтительно MPL + CWS (Detox™); и (8) одна или несколько минеральных солей (таких как соль алюминия) + нетоксичное производное LPS (такое как 3dMPL).
Другие вещества, действующие в качестве иммуностимулирующих агентов, рассмотрены в главе 7 ссылки 23.
Особенно предпочтительными в качестве адъювантов являются гидроксид алюминия и/или фосфат алюминия, так как антигены обычно адсорбируются указанными солями. Фосфат кальция является еще одним предпочтительным адъювантом. Другие предпочтительные комбинации адъювантов включают комбинации адъювантов Th1 и Th2, такие как CpG и квасцы или резиквимод и квасцы. Может быть использована комбинация фосфата алюминия и 3dMPL (указанная комбинация была признана эффективной при иммунизации против пневмококка [71]). Использование MF59 является предпочтительным в случае внутримышечной (IM) или внутрибрюшинной (IP) иммунизации.
Композиции по настоящему изобретению могут индуцировать как клеточно-опосредованную иммунную реакцию, так и гуморальную иммунную реакцию. Указанная иммунная реакция вызывает образование долговременных (например, нейтрализующих) антигенов и клеточно-опосредованного иммунитета, который может быстро реагировать на NTHI.
Обычно считается, что для индукции и/или усиления клеточно-опосредованного иммунитета и гуморального иммунитета необходимы Т-клетки двух типов, CD4 и CD8 клетки. CD8 Т-клетки могут экспрессировать корецептор CD8 и обычно определяются как цитотоксические Т-лимфоциты (CTL). CD8 Т-клетки способны узнавать и взаимодействовать с антигенами, отображаемыми на молекулах МНС I класса.
CD4 Т-клетки могут экспрессировать корецептор CD4 и обычно определяются как Т-клетки-хелперы. CD4 Т-клетки способны узнавать антигенные пептиды, связанные с молекулами МНС II класса. При взаимодействии с молекулой МНС II класса D4 клетки могут секретировать такие факторы как цитокины. Секретированные цитокины могут активировать В-клетки, цитотоксические Т-клетки, макрофаги и другие клетки, участвующие в иммунной реакции. Т-клетки-хелперы или CD4+ клетки могут быть далее разделены на две функционально разные субпопуляции: фенотип ТН1 и фенотип ТН2, которые отличаются цитокинами и эффекторной функцией.
Активированные ТН1 клетки усиливают клеточный иммунитет (включая увеличение продуцирования антигенспецифических CTL) и поэтому имеют особенно важное значение для реагирования на внутриклеточные инфекции. Активированные ТН1 клетки могут секретировать один или несколько IL-2, IFN-γ и TNF-β. Иммунная реакция ТН1 может вызвать местные воспалительные реакции в результате активации макрофагов, естественных клеток-киллеров (NK) и цитотоксических CD8 Т-клеток (CTL). Иммунная реакция ТН1 может также усиливать иммунную реакцию, стимулируя рост В- и Т-клеток с IL-12. ТН1-стимулированные В-клетки могут секретировать IgG2a.
Активированные ТН2 клетки усиливают продуцирование антител и поэтому имеют важное значение для реагирования на внеклеточные инфекции. Активированные ТН2 клетки могут секретировать один или несколько IL-4, IL-5, IL-6 и IL-10. Иммунная реакция ТН2 может вызвать продуцирование IgG1, IgE, IgA и В-клеток памяти для обеспечения последующей защиты.
Усиленная иммунная реакция может включать одну или несколько усиленных иммунных реакций ТН1 и иммунную реакцию ТН2.
Иммунная реакция ТН1 может включать увеличение CTL, увеличение цитокинов, ассоциированных с иммунной реакцией ТН1 (таких как IL-2, IFN-γ и TNF-β), увеличение активированных макрофагов, усиление активности естественных клеток-киллеров (NK) или увеличение продуцирования IgG2a. Усиленная иммунная реакция ТН1 предпочтительно включает увеличение продуцирования IgG2a. Иммунная реакция ТН1 может быть вызвана с помощью адъюванта ТН1. Адъювант ТН1 обычно вызывает более высокое продуцирование IgG2a по сравнению с иммунизацией антигеном без адъюванта. Адъюванты ТН1, пригодные для использования в настоящем изобретении, могут включать, например, препараты сапонина, виросомы и вирусоподобные частицы, нетоксичные производные липополисахарида энтеробактерий (LPS), иммуностимулирующие олигонуклеотиды. Иммуностимулирующие олигонуклеотиды, такие как олигонуклеотиды, содержащие фрагмент CpG, являются предпочтительными адъювантами ТН1 для использования в настоящем изобретении.
Иммунная реакция ТН2 может включать увеличение цитокинов, ассоциированных с иммунной реакцией ТН2 (таких как IL-4, IL-5, IL-6 и IL-10), или увеличение продуцирования IgG1, IgE, IgA и В-клеток памяти. Усиленная иммунная реакция ТН2 предпочтительно включает увеличение продуцирования IgG1.
Иммунная реакция ТН2 может быть индуцирована с помощью адъюванта ТН2. Адъювант ТН2 обычно вызывает более высокое продуцирование IgG1 по сравнению с иммунизацией антигеном без адъюванта. Адъюванты ТН2, пригодные для использования в настоящем изобретении, включают, например, композиции, содержащие минералы, масляные эмульсии, ADP-рибозилирующие токсины и их детоксифицированные производные. Композиции, содержащие минералы, такие как соли алюминия, являются предпочтительными адъювантами ТН2 для использования в настоящем изобретении.
Настоящее изобретение предпочтительно относится к композиции, включающей комбинацию адъюванта ТН1 и адъюванта ТН2. Такая композиция вызывает усиленную реакцию ТН1 и ТН2, то есть увеличение продуцирования IgG1 и IgG2a по сравнению с иммунизацией без адъюванта. Композиция, включающая комбинацию адъювантов ТН1 и ТН2, вызывает более сильную иммунную реакцию ТН1 и ТН2 по сравнению с иммунизацией одним адъювантом (то есть по сравнению с иммунизацией только адъювантом ТН1 или иммунизацией только адъювантом ТН2).
Иммунная реакция может представлять собой только иммунную реакцию ТН1 или иммунную реакцию ТН2 либо обе иммунную реакции. Указанная иммунная реакция предпочтительно является более сильной реакцией ТН1 или более сильной реакцией ТН2 либо обеими более сильными иммунными реакциями.
Более сильная иммунная реакция может быть системной иммунной реакцией или иммунной реакцией слизистой оболочки либо обеими иммунными реакциями. Указанная иммунная реакция предпочтительно является более сильной системной иммунной реакцией или более сильной иммунной реакцией слизистой оболочки либо обеими более сильными иммунными реакциями. Иммунная реакция слизистой оболочки предпочтительно является иммунной реакцией ТН2. Иммунная реакция слизистой оболочки предпочтительно включает увеличение продуцирования IgA.
Инфекции H. influenzae могут поражать разные участки тела, поэтому композиции по настоящему изобретению могут быть получены в разных формах. Например, композиции могут быть получены в виде инъецируемых препаратов, представляющих собой жидкие растворы или суспензии. Также могут быть изготовлены твердые формы, пригодные для получения раствора или суспензии в жидких носителях (например, лиофилизированная композиция или композиция, высушенная распылением). Может быть получена композиция для местного применения, например, мазь, крем или порошок. Может быть получена композиция для перорального введения, например, в виде таблетки или капсулы, в виде аэрозоля или сиропа (необязательно ароматизированного). Может быть получена композиция для введения в легкие, например, с помощью ингалятора, содержащего тонкоизмельченный порошок или аэрозоль. Указанная композиция может быть получена в виде анального или вагинального суппозитория. Может быть получена композиция для введения в нос, уши или глаза, например, в виде капель. Композиция может входить в набор, составленный с возможностью восстановления объединенной композиции непосредственно перед введением субъекту. Такие наборы могут включать один или несколько антигенов в жидкой форме и один или несколько лиофилизированных антигенов.
Если в набор входит композиция, предназначенная для приготовления по индивидуальному рецепту (например, при наличии компонента в лиофилизированной форме), набор может включать две ампулы либо один готовый к использованию шприц и одну ампулу, при этом содержимое шприца может быть использовано для реактивации содержимого ампулы перед инъекцией.
Иммуногенные композиции, используемые в качестве вакцин, включают иммунологически эффективное количество антигенов, а также любые другие необходимые компоненты. Термин ”иммунологически эффективное количество” означает, что введение указанного количества субъекту в виде однократной дозы или части многократно используемого количества, оказывает эффективное воздействие в случае лечения или профилактики. Указанное количество изменяется в зависимости от заболевания и физического состояния субъекта, подлежащего лечению, возраста, таксономической группы подлежащего лечению субъекта (например, примат кроме человека, примат и т.д.), способности иммунной системы субъекта синтезировать антитела, степени требуемой защиты, состава вакцины, оценки лечащим врачом медицинской ситуации и других подобных факторов. Предполагается, что указанное количество находится в относительно широком диапазоне, который может быть определен в результате выполнения стандартных экспериментов. Когда композиция включает несколько антигенов, указанные два антигена могут присутствовать в одинаковой дозе или в разных дозах.
Как было указано выше, композиция может включать термозащитный агент, который может быть особенно полезен в композициях с адъювантом (особенно в композициях, содержащих минеральный адъювант, такой как соль алюминия). Как указано в ссылке 72, жидкий термозащитный агент может быть добавлен к жидкой вакцинной композиции для снижения температуры замерзания, например, для снижения температуры замерзания ниже 0°С. Таким образом, композицию можно хранить при температуре ниже 0°С, но выше температуры замерзания во избежание термического разрушения. Термозащитный агент позволяет замораживать композицию, защищая адъюванты в виде минеральных солей от агломерации или осаждения после замораживания и оттаивания, а также может защищать композицию при повышенных температурах, например, выше 40°С. Исходная водная вакцина и жидкий термозащитный агент могут быть смешаны таким образом, чтобы жидкий термозащитный агент составлял 1-80% от объема конечной смеси. Приемлемые термозащитные агенты должны быть безопасны для человека, легко смешиваться и растворяться в воде и не разрушать другие компоненты (например, антиген и адъювант) в композиции. Примеры термозащитных агентов включают глицерин, пропиленгликоль и/или полиэтиленгликоль (PEG). Приемлемые полиэтиленгликоли могут иметь среднюю молекулярную массу в диапазоне 200-20000 Да. В предпочтительном варианте осуществления изобретения средняя молекулярная масса полиэтиленгликоля может быть равна примерно 300 Да (‘PEG-300’).
Композиции по настоящему изобретению могут быть получены путем смешивания (i) водной композиции, включающей два или более (например, 1, 2, 3, 4) антигенов из комбинаций антигенов по настоящему изобретению, с (ii) термозащитным агентом. Затем смесь можно хранить при температуре ниже 0°С, 0-20°С, 20-35°С, 35-55°С или выше. Полученную смесь можно хранить в жидком или замороженном виде. Смесь может быть лиофилизирована. Указанная композиция может быть альтернативно получена путем смешивания (i) высушенной композиции, включающей два или более (например, 1, 2, 3, 4) антигенов из комбинаций антигенов по настоящему изобретению, с (ii) жидкой композицией, включающей термозащитный агент. Таким образом, компонент (ii) может быть использован для восстановления компонента (i).
Способ лечения и введения вакцины
Настоящее изобретение относится к способу возбуждения иммунной реакции у млекопитающего, который включает стадию введения эффективного количества композиции по настоящему изобретению либо одну или несколько стадий введения по меньшей мере одного или нескольких (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10) антигенов по настоящему изобретению. Иммунная реакция предпочтительно является защитной и предполагает образование антител и/или возникновение клеточно-опосредованного иммунитета. Указанный способ может вызвать вторичную иммунную реакцию.
Данное изобретение также относится по меньшей мере к одному или нескольким антигенам по настоящему изобретению, используемым совместно в качестве лекарственного средства для возбуждения иммунной реакции у млекопитающего.
Данное изобретение также относится к использованию по меньшей мере одного или нескольких антигенов по настоящему изобретению для приготовления лекарственного средства, предназначенного для возбуждения иммунной реакции у млекопитающего.
В способах и применениях по настоящему изобретению по меньшей мере один или несколько (например, 1, 2, 3, 4) антигенов по настоящему изобретению могут быть введены одновременно, отдельно или последовательно.
Благодаря возбуждению у млекопитающего иммунной реакции указанными способами такое млекопитающее может быть защищено от инфекции H. influenzae. Настоящее изобретение позволяет эффективно бороться с H. influenzae разных серотипов, но особенно хорошо защищает от заболевания, вызываемого инфицированием нетипируемым штаммом H. influenzae (NTHI). В соответствии с настоящим изобретением инфекция может вызывать заболевание или состояние, выбираемое из отита (включая острый отит), бронхита, конъюнктивита, синусита, инфекции мочевых путей, пневмонии, бактериемии, септического артрита, эпиглоттита, пневмонии, эмпиемы, перикардита, целлюлита, остеомиелита, инфекции нижнего отдела дыхательных путей и менингита. Настоящее изобретение особенно пригодно для лечения или профилактики воспаления среднего уха либо для лечения или профилактики хронических обструктивных заболеваний легких (COPD) благодаря возбуждению иммунной реакции, препятствующей перемещению бактерий по слуховой трубе из горла в среднее ухо, которое бактерии затем колонизируют.
Настоящее изобретение также относится к набору, включающему первый компонент и второй компонент, в котором ни первый компонент, ни второй компонент не являются вышеописанной композицией по настоящему изобретению, которая образуется при объединении первого и второго компонентов. Указанный набор может далее включать третий компонент, такой как инструкции, шприц или другое устройство для доставки, адъювант или фармацевтически приемлемый раствор для приготовления лекарственного средства.
Настоящее изобретение также относится к устройству для доставки, предварительно заполненному иммуногенной композицией по настоящему изобретению.
Млекопитающее предпочтительно является человеком, например, субъектом, подлежащим лечению. Если вакцина предназначена для профилактического применения, человек предпочтительно является ребенком (например, ребенком, начинающим ходить, или ребенком до семи лет) или подростком; если вакцина предназначена для терапевтического применения, человек предпочтительно является подростком или взрослым. Вакцину, предназначенную для детей, можно также вводить взрослым, например, для оценки безопасности, дозировки, иммуногенности и т.д. Млекопитающее (например, человек, в частности, субъект, подлежащий лечению) может быть подвержено риску заболевания или может быть беременной женщиной ('иммунизация матерей').
Одним способом проверки эффективности терапевтического лечения является контролирование инфекции H. influenzae после введения композиций по настоящему изобретению. Одним способом проверки эффективности профилактического лечения является контролирование иммунных реакций во всем организме (в частности, контролирование продуцирования IgG1 и IgG2a) и/или в слизистой оболочке (в частности, контролирование продуцирования IgA) против антигенов в композициях по настоящему изобретению после введения композиции. Иммуногенность композиций по настоящему изобретению можно определить путем введения указанных композиций испытуемым субъектам (например, детям в возрасте 12-16 месяцев или животным моделям, таким как модель с использованием шиншиллы [73]), и последующего определения стандартных параметров, включающих титры ELISA (GMT) IgG. Указанные иммунные реакции обычно определяют примерно через 4 недели после введения композиции и сравнивают со значениями, полученными до введения композиции. При введении более одной дозы композиции может быть произведено несколько определений после введения композиции. Реакции антигенспецифических сывороточных антител обычно определяют после имимунизации и до контрольного заражения, при этом реакции антигенспецифических антител слизистой оболочки определяют после иммунизации и после контрольного заражения.
Другим способом оценки иммуногенности композиций по настоящему изобретению является рекомбинантная экспрессия белков для исследования сыворотки субъекта или секреций слизистой оболочки при помощи иммуноблоттинга и/или микроматриц. Положительная реакция между белком и образцом, полученным у субъекта, показывает, что у субъекта возникла иммунная реакция на рассматриваемый белок. Указанный метод может быть также использован для идентификации иммунодоминантных антигенов и/или эпитопов в антигенах.
Эффективность вакцинных композиций можно также определить in vivo путем исследования иммунизации на животных моделях инфекции H. influenzae, например, с использованием морских свинок, шиншилл или мышей. Одна такая модель описана в ссылке 74.
Другая приемлемая животная модель, используемая для определения in vivo эффективности вакцинных композиций по настоящему изобретению, описана в ссылке 75.
Композиции по настоящему изобретению обычно вводят субъекту методом прямой доставки. Прямая доставка может быть осуществлена при помощи парентеральной инъекции (например, подкожной, внутрибрюшинной, внутривенной, внутримышечной или в интерстициальное пространство ткани) или введения в слизистую оболочку, такого как ректальное, пероральное (например, таблетка, аэрозоль), вагинальное, местное, чрескожное введение, введение в нос, глаза, уши, легкое или другие слизистые оболочки.
Настоящее изобретение может быть использовано для достижения системного иммунитета и/или иммунитета слизистой оболочки, предпочтительно для достижения более сильного системного иммунитета и/или иммунитета слизистой оболочки.
Более сильный системный иммунитет и/или иммунитет слизистой оболочки находит отражение в более сильной иммунной реакции ТН1 и/или ТН2. Более сильная иммунная реакция включает увеличение продуцирования IgG1, IgG2a и/или IgA.
Схема иммунизации может включать однократное или многократное введение дозы. Многократное введение производят в соответствии со схемой первичной иммунизации и/или повторной иммунизации. В схеме многократного введения разные дозы могут быть введены одинаковыми или разными способами, например, первичная иммунизация может быть произведена путем парентерального введения и повторная иммунизация может быть произведена путем введения в слизистую оболочку, либо первичная иммунизация может быть произведена путем введения в слизистую оболочку и повторная иммунизация может быть произведена путем парентерального введения и т.д. В соответствии со схемой многократного введения дозы вводят с промежутком, равным по меньшей мере 1 недели (например, примерно через 2 недели, примерно через 3 недели, примерно через 4 недели, примерно через 6 недель, примерно через 8 недель, примерно через 10 недель, примерно через 12 недель, примерно через 16 недель и т.д.).
Вакцины, полученные по настоящему изобретению, могут быть использованы для лечения детей и взрослых. Таким образом, возраст субъекта может быть меньше 1 года, 1-5 лет, 5-15 лет, 15-55 лет или по меньшей мере 55 лет. Предпочтительными субъектами для введения вакцин являются пожилые люди (например, ≥50 лет, ≥60 лет и предпочтительно ≥65 лет), дети (например, ≤5 лет), госпитализированные субъекты, работники здравоохранения, военнослужащие и обслуживающий персонал, беременные женщины, хронически больные субъекты или субъекты с иммунодефицитом. Однако вакцины предназначены не только для указанных групп населения и могут быть использованы для имммунизации всего населения.
Вакцины, полученные по настоящему изобретению, могут быть введены субъектам по существу одновременно (например, во время медицинского обследования, посещения лечебного учреждения или центра вакцинации) с другими вакцинами, например, по существу одновременно с вакциной против кори, вакциной против паротита, вакциной против краснухи, вакциной против MMR, вакциной против ветряной оспы, вакциной против MMRV, вакциной против дифтерии, протитвостолбнячной вакциной, коклюшной вакциной, вакций против DTP, конъюгированной вакциной против H. influenzae типа b, инактивированной полиомиелитной вакциной, коъюгатной менингококковой вакциной (такой как четырехвалентная вакцина A-C-W135-Y), вакциной против респираторно-синцитиального вируса и т.д.
Иммунизация слизистой оболочки
Настоящее изобретение относится к антигенам, комбинациям антигенов и композициям для иммунизации слизистой оболочки. Например, настоящее изобретение относится к иммуногенной композиции, включающей (i) комбинацию полипептидных антигенов по настоящему изобретению и (ii) бактериальный ADP-рибозилирующий токсин и/или его детоксифицированное производное. Настоящее изобретение также относится к способу усиления иммунной реакции у млекопитающего, который включает стадию введения млекопитающему эффективного количества такой иммуногенной композиции. Указанную композицию предпочтительно вводят через слизистую оболочку (на поверхность слизистой оболочки), например, композиция может быть введена в нос.
Токсин компонента (ii) может быть выделен из теплолабильного энтеротоксина (“LT”) E. coli. Указанное производное может иметь детоксифицирующую мутацию в субъединице А, например, такая мутация может включать LT-K63 или LT-R72. Такая мутация, в частности, может представлять собой LT-K63. В других вариантах осуществления изобретения указанная мутация не является мутацией LT-K63.
Предпочтительным является назальное введение антигенов или композиций по настоящему изобретению и адъюванта LT-K63. Такое введение может уменьшить бактериальную нагрузку H. influenzae в носоглотке, легких и крови и увеличить коэффициент выживаемости инфицированных млекопитающих.
Другие антигенные компоненты композиций по настоящему изобретению
Настоящее изобретение также относится к композициям, включающим по меньшей мере еще один антиген нетипируемого штамма H. influenzae.
Настоящее изобретение также относится к композициям, включающим по меньшей мере еще один антиген, не являющийся антигеном нетипируемого штамма H. influenzae.
В частности, настоящее изобретение также относится к композиции, включающей один или несколько полипептидов по настоящему изобретению и один или несколько следующих дополнительных антигенов:
- антиген из серогруппы N. meningitidis A, B, C, W135 и/или Y;
- сахаридный или полипептидный антиген из Streptococcus pneumoniae [например, ссылки 76, 77, 78];
- антиген из вируса гепатита А, в частности, инактивированного вируса [например, ссылки 79, 80];
- антиген из вируса гепатита В, в частности, поверхностный и/или ядерный антиген [например, ссылки 80, 81];
- дифтерийный антиген, в частности, дифтерийный токсоид [например, глава 3 ссылки 82] или мутант CRM197 [например, ссылка 83];
- столбнячный антиген, в частности, столбнячный токсоид [например, глава 4 ссылки 82];
- антиген из Bordetella pertussis, в частности, коклюшный голотоксин (РТ) и нитчатый гемагглютинин (FHA) из B. pertussis, необязательно также в комбинации с пертактином и/или агглютиногенами 2 и 3 [например, ссылки 84 и 85];
- полноклеточный коклюшный антиген;
- сахаридный антиген из Haemophilus influenzae B [например, ссылка 86];
- полиомиелитный антиген [например, ссылки 87, 88], такой как IPV;
- антигены кори, пароцита и/или краснухи [например, главы 9, 10 и 11 ссылки 82];
- антиген гриппа [например, глава 19 ссылки 82], в частности, поверхностные белки гемагглютинина и/или нейраминидазы;
- антиген из Moraxella catarrhalis [например, ссылка 89];
- белковый антиген из Streptococcus agalactiae (стрептококк группы В) [например, ссылки 90, 91];
- сахаридный антиген из Streptococcus agalactiae (стрептококк группы В);
- антиген из Streptococcus pyogenes (стрептококк группы А) [например, ссылки 91, 92, 93];
- антиген из Staphylococcus aureus [например, ссылка 94];
- антиген из респираторно-синцитиального вируса, например, рекомбинантный белок F [например, ссылка 142];
- вакцинная композиция, включающая конъюгатную вакцину (адсорбированную) против дифтерии (D), столбняка (Т), коклюша (бесклеточный компонент) (Ра), гепатита В (рДНК) (HBV), полиомиелита (инактивированный) (IPV) и Haemophilus influenzae типа b (Hib), например, Infantrix-hexa.
Композиция может включать один или несколько указанных дополнительных антигенов. Комбинации с вакциной против RSV и/или c DTPa-содержащей вакциной являются особенно интересными.
Токсичные белковые антигены при необходимости могут быть детоксифицированы (например, детоксификация коклюшного токсина химическими и/или генетическими средствами [ссылка 85]).
При введении в композицию дифтерийного антигена желательно также включить в указанную композицию столбнячный антиген и коклюшный антиген. Аналогичным образом, при введении коклюшного антигена, желательно также включать дифтерийный и столбнячный антигены. Такие образом, предпочтительными являются комбинации DTP.
Сахаридные антигены предпочтительно используют в форме конъюгатов. Белки-носители для конъюгатов включают дифтерийный токсин, столбнячный токсин, белок наружной мембраны N. meningitidis [95], синтетические пептиды [96, 97], хитшоковые белки [98, 99], коклюшные белки [100, 101], протеин D из H.influenzae [102], цитокины [103], лимфокины [103], стрептококковые белки, гормоны [103], факторы роста [103], токсин А или В из C.difficile [104], железопоглощающие белки [105] и т.д. Предпочтительным белком-носителем является мутант CRM197 дифтерийного токсина [106].
Антигены обычно присутствуют в указанных композициях в концентрации, равной по меньшей мере 1 мкг/мл каждого антигена. Как правило, концентрация любого данного антигена должна быть достаточной для возбуждения иммунной реакции против данного антигена.
В качестве альтернативы использованию белковых антигенов в иммуногенных композициях по настоящему изобретению может быть использована нуклеиновая кислота (предпочтительно ДНК в форме плазмиды), кодирующая данный антиген.
Антигены предпочтительно адсорбируют на соли алюминия.
Антитела
Антитела против антигенов по настоящему изобретению могут быть использованы для пассивной иммунизации [107]. Таким образом, настоящее изобретение относится к антителам, специфичным к антигенам по настоящему изобретению, которые предназначены для использования в терапии. Указанные антитела могут быть использованы отдельно или в комбинации. Настоящее изобретение также относится к иммуногенным и фармацевтическим композициям, включающим такие антитела.
Антитела могут быть использованы в медицине и терапии, например, для пассивной иммунизации против NTHI или для уничтожения инфекции NTHI. Настоящее изобретение также относится к использованию таких антител в приготовлении лекарственного средства. Настоящее изобретение также относится к способу лечению млекопитающего, который включает стадию введения эффективного количества антитела по настоящему изобретению. Как было указано выше для иммуногенных композиций, указанные способы и применения позволяют защитить млекопитающего от инфекций NTHI. В частности, антитела по настоящему изобретению могут быть использованы в способах лечения или профилактики инфекций, вызываемых NTHI, которые включают стадию введения млекопитающему эффективного количества антитела по настоящему изобретению или композиции, включающей такое антитело.
Термин ”антитело” означает интактную молекулу иммуноглобулина (такую как паливизумаб) и ее фрагменты, способные связываться с антигеном NTHI. Указанные молекулы включают гибридные (химерные) антитела [108, 109], F(ab’)2 и F(ab) фрагменты и Fv молекулы, нековалентно связанные гетеродимеры [110, 111], одноцепочечные Fv молекулы (sFv) [112], димерные и тримерные конструкции фрагментов антител, минитела [113, 114], гуманизированные антитела [115-117] и любые функциональные фрагменты, полученные из таких молекул, а также антитела, полученные нестандартными методами, такими как отображение на фаге. Антитела предпочтительно являются моноклональными антителами. Методы получения моноклональных антител хорошо известны в данной области. Предпочтительными являются гуманизированные или полностью человеческие антитела. Антитела и комбинации антител по настоящему изобретению могут быть очищены или выделены.
Общая часть
При осуществлении настоящего изобретения использованы, за исключением особо оговоренных случаев, стандартные методы, применяемые в химии, биохимии, молекулярной биологии, иммунологии и фармакологии и хорошо известные в данной области. Такие методы всесторонне описаны в научной литературе. См., например, ссылки 118-125 и т.д.
Применительно к настоящему изобретению термин “эпитоп” означает В-клеточный эпитоп и/или Т-клеточный эпитоп. Такие эпитопы могут быть идентифицированы эмпирически (например, с помощью метода PEPSCAN [126, 127] или подобных методов) или прогнозированы (например, при помощи антигенного индекса Джеймсона-Вульфа [128], матричных методов [129], MAPITOPE [130], TEPITOPE [131, 132], невральных сетей [133], OptiMer & Epimer [134, 135], ADEPT [136], Tsites [137], гидрофильности [138], антигенного индекса [139] или методов, описанных в ссылках 140-144, и т.д.). Эпитопы являются частями антигена, узнаваемыми антителами и связывающимися с антигенсвязывающими центрами антител или Т-клеточными рецепторами, которые могут быть также определены как “антигенные детерминанты”.
Отсутствие ”домена” антигена может означать отсутствие сигнального пептида, цитоплазматического домена, трансмембранного домена, внеклеточного домена и т.д.
Термин ”включающий” также имеет значение “состоящий из”, например, композиция, ”включающая” Х, может состоять исключительно из компонентов Х или может включать некоторые дополнительные компоненты, например Х+Y.
Термин ”примерно” применительно к числовому значению х является необязательным и означает, например, х±10%.
Ссылка на процентное значение идентичности аминокислотных последовательностей означает, что при выполнении сравнительного анализа процентное значение аминокислот является одинаковым в двух сравниваемых последовательностях. Выполнить сравнительный анализ, определить процентное значение гомологии или идентичности последовательностей можно при помощи программного обеспечения, известного в данной области, которое описано, например, в разделе 7.7.18 ссылки 22. Предпочтительный сравнительный анализ выполняют при помощи алгоритма поиска гомологии Смита-Ватермана с выявлением разрывов при штрафе за открытый разрыв 12 и штрафе за удлинение разрыва 2, матрицы BLOSUM 62. Алгоритм поиска гомологии Смита-Ватермана описан в ссылке 145.
Краткое описание чертежей
На фигуре 1 показана минииндукция, подтверждающая сильную экспрессию антигенов в клетках BL21 (DE3)T1r. (LMWM: стандартные маркеры молекулярной массы).
На фигуре 2 показаны разные результаты для NT001, NT007, NT018, NT024, NT032 и NT067. Аналогичные результаты экспрессии были получены для других предпочтительных антигенов, таких как NT052, NT004, NT014, NT016 или NT022. В каждом блоке представлены данные вестерн-блоттинга и данные FACS. Вестерн-блоты были получены с использованием мышиной сыворотки, полосы показывают взаимодействие с полными бактериальными экстрактами (“ТЕ”), пузырьками, полученными из наружных мембран NTHI (“OMV”), или очищенным рекомбинантным белком (“РР”). Анализы FACS выполняют после инкубации инактивированных бактерий с сывороткой мышей, иммунизированных разными антигенными композициями, с использованием только квасцов в качестве отрицательного контрольного образца; отрицательные контрольные образцы сыворотки, полученной до иммунизации, показаны в виде закрашенных участков, и сигнал экспрессии на поверхности экспериментальной сыворотки, показан одной линией.
На фигуре 3 схематически изображен 96-луночный планшет, использованный при выполнении бактерицидного анализа сыворотки для проверки способности антисыворотки против антигенов по настоящему изобретению уничтожать NTHI.
Варианты осуществления изобретения
Общий обзор
Все антигены, которые были признаны консервативными в результате выполнения сравнительного анализа по меньшей мере 86 разных штаммов NTHI, были клонированы и экспрессированы. Белки очищали и использовали для иммунизации мышей. Антисыворотку иммунизированных мышей использовали для проверки поверхностной локализации и защитных способностей белков, использованных для иммунизации (таблица III и/или таблица IV). Полученные результаты показывают, что иммунизация антигенами NT052, NT024, NT032, NT001, NT067, NT004, NT014, NT022, NT016 хорошо защищает от NTHI, при этом была обнаружена более высокая или по меньшей мере сравнимая активность в отношении уничтожения бактерий при выполнении бактерицидного анализа сыворотки (SBA) даже при сравнении со ”второй группой антигенов”.
Штаммы и варианты
Было установлено, что гены, кодирующие антигены NT022, NT016, NT014, NT018, NT024, NT032, NT067 и NT001, присутствуют во всех 86 анализированных геномных последовательностях и являются консервативными.
Кодированные последовательности антигена NT018 были на 95-100% идентичны панели, состоящей из 15 полных геномов и 32 штаммов из финской коллекции отита. Кодированные последовательности антигена NT024 были на 90-100% идентичны панели, состоящей из 15 полных геномов и 32 штаммов из финской коллекции отита.
Кодированные последовательности антигена NT032 были на 95-100% идентичны панели, состоящей из 15 полных геномов и 32 штаммов из финской коллекции отита; кодированные последовательности антигена NT067 были на 95-100% идентичны панели, состоящей из 15 полных геномов и 32 штаммов из финской коллекции отита. Кодированные последовательности антигена NT001 были на 95-100% идентичны панели, состоящей из 15 полных геномов и 32 штаммов из финской коллекции отита.
Консерватизм кодированных аминокислотных последовательностей показан в таблице I.
| Таблица I Консерватизм антигенов (% идентичности) в геномах и штаммах Haenophilus |
|||||
| Антиген | NT018 | NT024 | NT032 | NT067 | NT001 |
| % | 95-100 | 90-100 | 95-100 | 95-100 | 95-100 |
В соответствии с целями экспрессии антигены, относящиеся к ”первой группе антигенов” и/или ”второй группе антигенов”, были клонированы в штамме Fi176, предоставленном финской коллекцией штаммов, полученных у субъектов, страдающих отитом, или в штамме R2846 [146]. Большинство отобранных антигенов, которые были испытаны в животной модели, также являются консервативными в таких штаммах как, например, NT016, NT067, NT022, NT014.
В некоторых случаях в последовательности дикого типа были введены мутации. Указанные мутации подчеркнуты в последовательностях, приведенных для антигенов NT018, NT067, NT001, NT016, NT002, NT026, NT009, NT015, NT023 и NT066 (см. SEQ ID NO:49, 52, 54, 55, 57-59, 64, 65 и 67).
Клонирование и экспрессия рекомбинантных белков NTHI
Антигены могут быть клонированы и экспрессированы стандартными методами [121].
Открытые рамки считывания (ORF) для штамма NTHI Fi176 или R2846 амплифицировали методом ПЦР, используя специфические олигонуклеотиды и хромосомную ДНК NTHI в качестве матрицы. Полученные продукты ПЦР клонировали в pET15b (Novagen) методом PIPE [147], который включает амплификацию методом ПЦР клонирующего вектора (V-PCR) и амплификацию методом ПЦР вставки (I-PCR). Затем 1 мкл V-PCR и 1 мкл I-PCR смешивали и переносили в химически компетентные клетки НК100 [148]. Реакции I-PCR выполняли, используя 1 мкМ верхних и нижних затравок, однократный буфер для взаимодействия с ДНК-полимеразой Pfu, 2,5 ед. ДНК-полимеразы Pfu Turbo (Stratagene), 200 мкМ каждого dNTP (Invitrogen) и 50 нг геномной матричной ДНК. Реакции выполняли следующим образом: первичная денатурация в течение 2 минут при 95°С, затем 25 циклов при 95°С в течение 30 секунд, при 55°С в течение 45 секунд и при 68°С в течение 3 минут и последующее конечное охлаждение до 4°С. Реакции V-PCR были идентичны реакциям I-PCR, но стадии при 68°С продолжались 14 минут и в качестве матричной ДНК было использовано 2 нг плазмиды pET15b. Правильные трансформанты были отобраны путем скрининга методом ПЦР и секвенирования плазмидной ДНК в области соединения вектора - вставки. Из отобранных клонов НК100 была получена правильная плазмида, которую использовали для трансформации клеток BL21(DE3)T1r (Sigma) с целью экспрессии белка.
Для экспрессии клонированных белков клоны BL21(DE3)T11, содержащие конструкции pET15b, выращивали в среде LB, содержащей 100 мкг/мл ампициллина, при 37°С до достижения OD600=0,5. Экспрессию белка индуцировали, добавляя 1 мМ IPTG и выращивая при той же температуре в течение еще 3 часов. Белок экстрагировали стандартными методами и анализировали методом DSD-PAGE для проверки экспрессии белка. На фигуре 1 показана минииндукция, подтверждающая хорошую экспрессию антигенов.
Очистка белков
Белки очищали следующим методом: сырую биомассу BL21(DE3)T1 суспендировали в лизирующем буфере и очищали центрифугированием. Для очистки растворимого белка супернатанты после лизиса наносили на высокопроизводительные 96-луночные планшеты, содержащие 50 мкл Ni-сефарозы с меткой His, Multitrap HP. Для очистки нерастворимого белка (HtrA, PE и Р48) гранулы, содержащие нерастворимую фракцию, после лизиса солюбилизировали в 6 М растворе гуанидингидрохлорида и супернатанты наносили на высокопроизводительные 96-луночные планшеты, содержащие 50 мл Ni-сефарозы с меткой His, Multitrap HP.
Выходящий поток собирали и все лунки промывали буфером, содержащим 20 мМ имидазола. Белки, гибридизированные с меткой His, элюировали 250 мМ имидазола. Указанную процедуру выполняли в вакуумной системе. Очищенные антигены использовали в схемах иммунизации по настоящему изобретению.
Очистку выполняли в соответствии со следующим протоколом:
1) Гранулу BL21(DE3)T1 (1 г) ресуспендируют в 1,5 мл буфера B-PER™ (PIERCE), добавляют 15 мкл лизоцима, 7,5 мкл ДНКазы и 3 мкл 1 М раствора MgCl2
2) Инкубируют в течение 30 минут для лизиса
3) Центрифугируют со скоростью 20000 об./мин при 4°С в течение 30 минут; для очистки любого нераствормого белка гранулы, содержащие нерастворимую фракцию после лизиса, солюбилизируют 6 М раствором гуанидингидрохлорида и повторно центрифугируют
4) Супернатант выделяют и фильтруют (поры 0,8 мкм)
5) Используют высокопроизводительный 96-луночный планшет, содержащий 50 мкл Ni-сефарозы с меткой His, Multitrap HP, соединенный с вакуумной системой.
Буфер А: 50 мМ NaPPi, 300 мМ NaCl, рН8.
Буфер В: 50 мМ NaPPi, 300 мМ NaCl, 250 мМ имидазола, рН8.
Буфер С: 50 мМ NaPPi, 300 мМ NaCl, 20 мМ имидазола, рН8.
1-я стадия: удаление этанола с планшета.
2-я стадия: промывка планшета 400 мкл Н2О milliQ.
3-я стадия: уравновешивание планшета 400 мкл буфера А.
4-я стадия: введение 600 мкл исходного вещества для каждого белка в одну из 12 колонок. Если объем исходного вещества больше объема колонки, процедуру повторяют, пока все вещество не будет введено в колонку.
Сбор вытекающего потока.
5-я стадия: стадия промывки: 4 промывки 400 мкл буфера С. Удаление вытекающего потока.
6-я стадия: элюирование: 2 × 300 мкл буфера В (2 стадии элюирования).
Создание вакуума в течение 15 минут после добавления буфера.
1 мкл полного экстракта, 1 мкл исходного вещества, 1 мкл вытекающего потока и 10 мкл элюируемого объема (для каждого белка) анализируют методом SDS-PAGE.
Для нерастворимого белка буфер В заменяют 10 мМ трис-буфера, 50 мМ Na2HPO4, 8 М раствором мочевины, 250 мМ имидазола, 40% глицерина.
Испытание LAL
Испытание LAL позволяет измерять концентрацию эндотоксина в образце вакцины при помощи метода endosafe®-PTS™ Charles River.
Методика испытания
В методе PTS использована хромогенная кинетика LAL для измерения интенсивности цвета, которая непосредственно связана с концентрацией эндотоксина в образце. Каждый картридж содержит точное количество лицензированного реагента LAL, хромогенного субстрата и контрольного стандартного эндотоксина (CSE). Картриджи изготавливают при строгом контроле качества для гарантии точности испытания и устойчивости продукта.
| Таблица II Очистка предпочтительных антигенов |
|||||||||
| Идентификатор | Аннотация | кДа (ожидаемая масса) | кДа (масса, измеренная методом SE) | Растворимый белок | % чистоты | Испытание LAL эндотоксиновые ед./мкг | |||
| денситометрия | обращенная ВЭЖХ | вытеснительная ГЖХ | вытеснительная ВЭЖХ | ||||||
| nt001 | NTHI0877 | 30 | 36 | да | 97 | 84 | мономер | 0,47 | |
| nt018 | NTHI0915 | 34 | 46 | да | 80 | 88 | мономер | 0,18 | |
| nt024 | NTHI1416 | 20 | 20 | да | 81 | 85 | 97 | мономер | 3,77 |
| nt032 | NTHI2017 | 13 | 16 | да | 91 | 76 | мономер | 0,82 | |
| nt067 | NTHI1292 | 60 | 50 | да | 88 | 78 | мономер | 0,06 | |
| nt052 | CGSHiGG_00130 | 34 | 46 | да | 88 | 88 | мономер | 0,18 | |
| nt004 | CGSHiGG_08215 | 20 | 34 | да | 95 | 95 | мономер | 0,09 | |
| nt014 | HI1658 | 20 | 17 | да | 89 | 87 | мономер | 0,10 | |
| nt022 | NTHI0830 | 43 | 77 | да | 93 | 93 | мономер | 0,10 |
| nt016 | NTHI0266 | 29 | 30 | да | 98% | мономер | 0,13 |
Иммунизация мышей и продуцирование антисыворотки
Мышей CD1 в возрасте пяти недель (8 для каждого антигена) иммунизировали 10 микрограммами очищенных белковых антигенов с адъювантом Фрейнда (200 микролитров/мышь) или с квасцами (адъювант на основе гидроксида алюминия, 2 мг/мл), выполняя 3 внутрибрюшинные инъекции (через каждые две недели). Сыворотку собирали через две недели после третьей инъекции и хранили при -20°С. Контрольным мышам инъецировали только адъювант Фрейнда или только квасцы.
Анализ FACS
Анализ методом FACS с поверхностным мечением выполняли для определения экспонирования отобранных антигенов на поверхности и уровней экспрессии в разных штаммах. NTHI инкубировали с сывороткой, полученной у мышей, иммунизированных рекомбинантными белками, или с отрицательными контрольными образцами сыворотки, и анализировали методом FACS. Полученные результаты приведены на фигуре 2. На фигуре 2 отрицательные контрольные образцы сыворотки до иммунизации показаны в виде закрашенных участков, и сигнал экспериментальной сыворотки показан одной линией. Результаты анализов FACS антигенов Р48, HtrA, РЕ и Р26 показывают, что каждый из указанных антигенов экспонирован на поверхности бактерии и, следовательно, доступен для связывания антителом.
При выполнении указанного анализа были использованы следующие материалы и методы.
Материалы
1. 96-луночные планшеты с U-образными лунками.
2. Блокирующий и промывочный буфер: PBS, содержащий 1% (мас./об.) BSA.
3. Антитело козы против IgG мыши, меченное флуоресцинизотиоцианатом (FITC).
4. PBS, содержащий 0,5% (об./об.) параформальдегида: исходный раствор разводят 4% (об./об.) параформальдегида в PBS до 0,5% (об./об.) непосредственно перед выполнением анализа и стерилизуют фильтрацией (0,22 мкм фильтр).
5. PBS, содержащий 1% (мас./об.) BSA. Для получения указанного раствора 1% (мас./об.) BSA растворяют в PBS, получая по меньшей мере 100 мл для каждого штамма. Раствор стерилизуют фильтрацией (0,22 мкм фильтр) и получают непосредственно перед использованием.
6. Пробирки для анализа FACS (FACScan, Becton Dickson).
7. Проточный цитометр для анализа FACS (FACScalibur, Becton Dickson).
Методы
1. NTHI выращивают до достижения значения ODλ600, равного 0,5, затем 1 мл культуры переносят в стерильную 1,5 мл пробирку Eppendorf и центрифугируют с ускорением 13000g в микроцентрифуге в течение 3 минут для осаждения бактерий. Супернатант удаляют и осадок суспендируют в 1 мл PBS, содержащем 1% (мас./об.) BSA. И наконец, бактериальную суспензию разводят в отношении 1/50 в PBS, содержащем 1% (мас./об.) BSA.
2. 50 мкл образцы сыворотки, разведенной в блокирующем буфере (в отношении 1/100, 1/200 и 1/400), переносят на 96-луночный планшет. Вводят положительные контрольные образцы, такие как антисыворотка против OMV.
3. В каждую лунку добавляют 50 мкл бактериальных клеток и выдерживают планшет при 4°С в течение 2 часов.
4. Клетки центрифугируют в течение 5 минут с ускорением 3500 g, удаляют супернатант и промывают клетки, добавляя 200 мкл/лунку промывочного буфера.
5. В каждую лунку добавляют 50 мкл FITC-конъюгированного антитела козы против Ig мыши, разведенного в отношении 1/100, и выдерживают планшет при 4°С в течение 1 часа.
6. Клетки центрифугируют с ускорением 3500 g в течение 5 минут и промывают осадок 200 мкл/лунку PBS.
7. Повторяют стадию центрифугирования, удаляют супернатант и добавляют 200 мкл/лунку PBS, содержащего 0,5% (об./об.) параформальдегида для фиксации клеток.
8. Фиксированные образцы переносят в отдельные пробирки FACScan и анализируют при помощи проточной цитометрии в соответствии с инструкциями производителя оборудования.
Бактерицидный анализ сыворотки (SBA)
Антисыворотку, полученную у мышей, иммунизированных рекомбинантными белками, испытывали, выполняя бактерицидный анализ сыворотки, для проверки наличия функциональных антител, способных индуцировать уничтожение NTHI. Сыворотку, полученную до иммунизации, и сыворотку, полученную у мышей, которым инъецировали только адъювант, использовали в качестве отрицательных контрольных образцов. Культуру NTHI (штамм 176) (BHI+NAD и гемин) инкубировали, встряхивая, при 37°С до достижения значения OD595, равного 0,25-0,27. Бактериальные клетки разводили в буфере D-PBS в отношении 1:50000. Сыворотку инактивировали при 56°С в течение 30 минут и затем серийно разводили в D-PBS на 96-луночном планшете с U-образными лунками (см. фигуру 3). В вертикальных рядах 11 и 12 планшета, показанного на фигуре 3, находятся отрицательные контрольные образцы, использованные для оценки роста бактерий и обнаружения любого не опосредованного комплементом уничтожения бактерий. Бактерии и источник комплемента (Rabbit 7504, Cedarlane) добавляли в каждую лунку за исключением лунок с контрольными образцами комплемента, в которые вводили термоинактивированный комплемент.
Как показано на фигуре 3, лунки в вертикальных рядах 1-10 содержат 25 мкл разведенной сыворотки, 12,5 мкл активного комплемента и 12,5 мкл бактерий. Лунки в 11-м вертикальном ряду содержат 25 мкл буфера, 12,5 мкл активного комплемента и 12,5 мкл бактерий. Лунки в 12-м вертикальном ряду содержат 25 мкл буфера, 5 мкл сыворотки, 12,5 мкл термоинактивированного комплемента и 12,5 мкл бактерий.
Для выполнения анализа 10 мкл контрольных образцов (вертикальные ряды 11-12) высевали в нулевой период времени (Т0) на агаровую пластинку с шоколадом (Biomerieux) методом нанесения пятна и наклона. Планшеты инкубировали при 37°С. Аналитические титрационные микропланшеты инкубировали в течение 1 часа при 37°С. По истечении указанного периода (Т60) 7 мкл культуры из каждой лунки наносили в виде пятна на агаровую пластинку с шоколадом (культуру из каждой лунки высевали в двух копиях). Число колоний (колониеобразующие единицы, CFU) подсчитывали при помощи счетчика колоний или вручную. Бактерицидный эффект считался обоснованным при уменьшении числа колоний на 50% по сравнению с периодом времени Т=0.
Обзор полученных результатов представлен в таблице III и таблице IV, приведенных ниже.
| Таблица III Результаты иммуногенности |
|||||
| Внутренний идентификатор | Аннотация | SEQ ID NO: | кДа | Титры SBA с адъювантом Фрейнда (176wt) | FACS |
| NT001 | NTHI0877 | SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 54 | 30 | 2048-8192 | +++++ |
| NT016 | NTHI0266 | SEQ ID NO: 7 или SEQ ID NO: 55 | 29 | 2048-8192 | +++++ |
| NT024 | NTHI1416 | SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 50 | 20 | 2048-8192 | ++ |
| NT032 | NTHI2017 | SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 51 | 13 | 2048-8192 | + |
| NT018 | NTHI0915 | SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 49 | 34 | 2048-4096 | + |
| NT038 | CGSHiGG_02400 | SEQ ID NO: 4 или SEQ ID NO: 50 | 22 | 2048-4096 | ++ |
| NT052 | CGSHiGG_00130 | SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 56 | 44 | 2048-4096 | ++ |
| NT067 | NTHI1292 | SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 52 | 60 | 2048 | ++ |
| NT002 | NTHI1627 | SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 57 | 18 | 1024-2048 | +++ |
| NT026 | NTHI1109 | SEQ ID NO: 10 или SEQ IDNO: 58 | 19 | 4096-8192 | ++++ |
| NT009 | NTHI0821 | SEQ ID NO: 11 или SEQ ID NO:59 | 64 | 4096 | +++ |
| NT025 | NTHI0409 | SEQ ID NO: 12 или SEQ ID NO: 60 | 17 | 4096 | ++++ |
| NT028 | NTHI1954 | SEQ ID NO: 13 SEQ ID NO: 61 |
20 | 4096 | +++ |
| NT029 | NTHI0371 | SEQ ID NO: 14 SEQ ID NO: 62 | 101 | 4096 | +++ |
| NT031 | NTHI0509 | SEQ ID NO: 15 SEQ ID NO: 63 |
20 | 4096 | + |
| NT015 | NTHI0449 | SEQ ID NO: 16 SEQ ID NO: 64 | 15 | 2048-4096 | ++ |
| NT023 | NTHI1473 | SEQ ID NO: 17 SEQ ID NO: 65 | 17 | 2048-4096 | ++ |
| NT100 | gi145633184 | SEQ ID NO: 18 SEQ ID NO: 66 | 34 | 2048-4096 | + |
| NT040 | NTHI1110 | SEQ ID NO: 19 | 26 | 1024-2048 | + |
| NT048 | gi-46129075 | SEQ ID NO: 20 | 71 | 1024-2048 | + |
| NT053 | gi145628236 | SEQ ID NO: 21 | 17 | 1024-2048 | + |
| NT066 | NTHI1230 | SEQ ID NO: 22 SEQ ID NO: 67 | 59 | 1024-2048 | + |
| NT097 | NTHI0522 | SEQ ID NO: 23 | 50 | 1024-2048 | ++ |
| NT006 (HtrA) | NTHI1905 | SEQ ID NO: 25 | 51 | 2048 | ++++ |
| NT035 (PE) | NTHI0267 | SEQ ID NO: 26 | 18 | 512-1024 | ++ |
| NT080 (PHiD) | NTHI0811 | SEQ ID NO: 28 | 512 | ||
| NT081(P6) | NTHI0501 | SEQ ID NO: 29 | 512 | ||
| NT010 (P26) | NTHI1083 | SEQ ID NO: 27 | 22 | 128-512 | +++ |
| NT007 (P48) | NTHI0254 | SEQ ID NO: 24 | 48 | 8192-16384 | +++++ |
| Неродственный антиген | 16 | + | |||
| Только адъювант Фрейнда | 512/1024 |
Полученные результаты показывают, что отобранные антигены эффективно уничтожают патогенные микроорганизмы NTHI. В частности, антигены NT018, NT001, NT024, NT032, NT067, NT016 демонстрируют особенно сильное защитное действие.
| Таблица IV Эксперименты по иммунизации с использованием композиций, включающих антигены NTHI и квасцы |
||||||
| Белковый антиген | Чистота | SBA (адъювант Фрейнда) | SBA (квасцы) | FACS (адъювант Фрейнда) | FACS (квасцы) | Растворимость |
| NT001 | 97% | 2048-8192 | 512-1024 | +++++ | +++ | Да |
| NT024 | 94% | 2048-8192 | 1024 | ++ | +++ | Да |
| NT038 | 97% | 2048-4096 | 64 | ++ | - | Да |
| NT018 | 80% | 2048-4096 | 512-1024 | + | +++ | Да |
| NT032 | 99% | 2048-8192 | 64-128 | + | + | Да |
| NT067 | 88% | 2048 | 512-2048 | ++ | +++ | Да |
| NT025 | 94% | 4096 | 128-256 | ++++ | + | Нет |
| NT026 | 64% | 4096-8192 | 64 | ++++ | - | Нет |
| NT028 | 81% | 4096 | 128-256 | +++ | ++ | Нет |
| NT029 | 52% | 4096 | 128 | +++ | ++ | Да |
| NT023 | 80% | 2048-4096 | 256-512 | ++ | + | Да |
| NT015 | 78% | 2048-4096 | 128-256 | ++ | + | Нет |
| NT031 | 90% | 4096 | 128 | + | + | Нет |
| NT100 | 81% | 2048-4096 | 512 | + | + | Да |
| NT081 (P6) | 88% | 2048 | 256 | + | + | Нет |
| NT080 (PHiD) | 92% | 1024 | 128 | + | + | |
| NT006 (HtrA) | 57% | 2048 | 256 | ++++ | ++++ | |
| NT007 (P48) | 79% | 8192-16384 | 256-512 | +++++ | +++++ | |
| NT052 | 88% | 2048-4096 | 512-1024 | + | +++ | Да |
| NT014 | 87% | 1024 | 512-1024 | ++ | ++ | Да |
| NT004 | 95% | 256-512 | 128-256 | ++ | + | Да |
| NT022 | 93% | 64-256 | 1024 | +++ | + | Да |
| NT016 | 98% | 2048-8192 | 128 | +++ | ++++ | Да |
| NT106 | 82% | Не испытывался | 64-128 | ++ | +++ | Да |
| NT113 | 92% | Не испытывался | 128 | ++ | +++ | Да |
| NT061 | 83% | Не испытывался | 128 | +++ | +++ | Да |
| Адъювант Фрейнда | 512 | Данные отсутствуют | ||||
| Квасцы | Данные отсутствуют | 4-8 |
Полученные результаты далее подтверждают, что отобранные антигены эффективно уничтожают патогенные микроорганизмы NTHI при использовании в иммуногенных композициях, содержащих квасцы в качестве адъюванта.
В частности, антигены NT016, NT052, NT018, NT001, NT024, NT032, NT067, NT014, NT022 демонстрируют такое же сильное защитное действие, как и измеренное при выполнении бактерицидного анализа сыворотки (SBA).
Особенно предпочтительными антигенами являются NT067, NT014, NT016, NT022. Указанные антигены были также испытаны в животной модели in vivo в соответствии с протоколом, описанным в ссылке 75.
Испытание эффективности вакцины in vivo
Отдельные антигены, представленные в таблице IV, могут быть испытаны в отношении их способности защищать от инфицирования отитом (ОМ) в модели in vivo, такой как мыши-мутанты Junbo и Jeff [75].
Эффективность вакцины в эксперименте по защите in vivo определяют при трехкратном введении (в 0-й, 21-й, 35-й день) 10 микрограммов/мышь очищенных рекомбинантных белковых антигенов с адъювантом или без него с последующей назальной инокуляцией отобранных патогенных штаммов NTHI.
Сыворотку, полученную до иммунизации, сыворотку, полученную после иммунизации, и последнюю сыворотку, полученную через 7 дней после инокуляции NTHI, собирали и хранили при -80°С. Контрольных мышей иммунизировали адъювантом или неродственным антигеном в качестве контрольного антигена. Образцы промывки среднего уха и носоглотки собирали и высевали для определения числа NTHI; затем вычисляли скорости переноса инфекции в среднее ухо и носоглотку и определяли титры NTHI в среднем ухе.
Следует отметить, что в настоящее изобретение, описанное выше на основании примеров, могут быть внесены модификации при сохранении объема и сущности изобретения.
| Таблица V Перекрестная ссылка на номенклатуру типичных штаммов |
||||
| 86028NP | Штамм 3655 | Штамм PittG | ||
| SEQ ID NO: | Название | № NTHI | ||
| 1 или 49 | NT018 | NTHI0915 |
| 2 или 50 | NT024 | NTHI1416 | ||
| 3 или 51 | NT032 | NTHI2017 | ||
| 4 или 53 | NT038 | CGSHiGG_02400 | ||
| 5 или 52 | NT067 | NTHI1292 | ||
| 6 или 54 | NT001 | NTHI0877 | ||
| 7 или 55 | NT016 | NTHI0266 | ||
| 8 или 56 | NT052 | CGSHiGG_00130 | ||
| 9 или 57 | NT002 | NTHI1627 | ||
| 10 или 58 | NT026 | NTHI1109 | ||
| 11 или 59 | NT009 | NTHI0821 | ||
| 12 или 60 | NT025 | NTHI0409 | ||
| 13 или 61 | NT028 | NTHI1954 | ||
| 14 или 62 | NT029 | NTHI0371 | ||
| 15 или 63 | NT031 | NTHI0509 | ||
| 16 или 64 | NT015 | NTHI0449 | ||
| 17 или 65 | NT023 | NTHI1473 | ||
| 18 или 66 | NT100 | gi-145633184 | ||
| 19 | NT040 | NTHI1110 | ||
| 20 | NT048 | gi-46129075 | ||
| 21 | NT053 | gi-145628236 | ||
| 22 или 67 | NT066 | NTHI1230 | ||
| 23 | NT097 | NTHI0522 | ||
| 24 | NT007 | P48 | ||
| 25 | NT006 | HtrA | ||
| 26 | NT035 | PE | ||
| 27 | NT010 | P26 | ||
| 28 | NT080 | PHiD | ||
| 29 | NT081 | P6 | ||
| 30 | NT013 | NTHI0532 | ||
| 31 | NT106 | NTHI0363 | ||
| 32 | NT107 | NTHI0370 | ||
| 33 | NT108 | NTHI0205 | ||
| 34 | NT109 | NTHI0374 | ||
| 35 | NT110 | NTHI0579 | ||
| 36 | NT111 | NTHI0837 | ||
| 37 | NT112 | NTHI0849 | ||
| 38 | NT113 | NTHI0921 | ||
| 39 | NT114 | NTHI0995 | ||
| 40 | NT115 | NTHI1091 | ||
| 41 | NT116 | NTHI1169 |
| 42 | NT117 | NTHI1208 | ||
| 43 | NT118 | NTHI1318 | ||
| 44 | NT123 | NTHI1796 | ||
| 45 | NT124 | NTHI1930 | ||
| 114 | NT119 | NTHI1565 | ||
| 115 | NT120 | NTHI1569 | ||
| 116 | NT121 | NTHI1571 | ||
| 117 | NT122 | NTHI1667 | ||
| 122 | NT004 | CGSHiGG_08215 | ||
| 123 | NT014 | gi-145629254 | ||
| 124 | NT022 | NTHI0830 | ||
| 128 | NT061 | NTHI0588 | ||
| 130 | NT017 | NTHI0915 |
Ссылочные материалы
[1] Fleischmann et al. (1995) Science 269:496-512.
[2] Li et al. (2003) Mol Microbiol 47:1101-1111.
[3] GenBank accession NC_000907.
[4] WO2005/111066
[5] Murphy et al. Current Infectious Disease report (2009)11:177-182.
[6] Webb DC et al. - Investigation of the potential of a 48 kDa protein as a vaccine candidate for infection against nontypable Haemophilus influenzae. Vaccine. 2007 May 16;25(20):4012-9.
[7] Hallström T et al. - Nontypeable Haemophilus influenzae protein E binds vitronectin and is important for serum resistance. J Immunol. 2009 Aug 15;183(4):2593-601.
[8] Loosmore SM et al. - The Haemophilus influenzae HtrA protein is a protective antigen. Infect Immun. 1998 Mar; 66(3):899-906.
[9] Kyd JM et al. - Potential of a novel protein, OMP26, from nontypeable Haemophilus influenzae to enhance pulmonary clearance in a rat model. Infect Immun. 1998 May;66(5):2272-8.
[10] Ronander E, The Journal of Infectious Diseases (2009): 199 p522-530
[11] WO00/55191.
[12] WO02/24729.
[13] Chanyangam M. et al., (1991) Infection and Immunity, Vol. 59 (2), 600-608
[14] Munson R.S.; Granoff D.M. (1985) Infection and Immunity 49 (3):544-549
[15] Hogg et al. (2007) Genome Biology 8:R103.
[16] Needleman & Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48, 443-453.
[17] Rice et al. (2000) Trends Genet 16:276-277.
[18] Bernadac A., et al. (1998) Journal of Bacteriology 180 (18): 4872-4878
[19] WO2002/062378
[20] Uehara T. et al., The EMBO Journal (2010) 29, 1412-1422
[21] US patent 5,707,829
[22] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al. eds., 1987) Supplement 30.
[23] Vaccine Design (1995) eds. Powell & Newman. ISBN: 030644867X. Plenum.
[24] WO90/14837.
[25] Podda & Del Giudice (2003) Expert Rev Vaccines 2:197-203.
[26] Podda (2001) Vaccine 19: 2673-2680.
[27] Vaccine Adjuvants: Preparation Methods and Research Protocols (Volume 42 of Methods in Molecular Medicine series). ISBN: 1-59259-083-7. Ed. O’Hagan.
[28] US 5,057,540.
[29] Niikura et al. (2002) Virology 293:273-280.
[30] Lenz et al. (2001) J Immunol 166:5346-5355.
[31] Pinto et al. (2003) J Infect Dis 188:327-338.
[32] Gerber et al. (2001) J Virol 75:4752-4760.
[33] WO03/024480.
[34] WO03/024481.
[35] Gluck et al. (2002) Vaccine 20:B10-B16.
[36] Meraldi et al. (2003) Vaccine 21:2485-2491.
[37] Pajak et al. (2003) Vaccine 21:836-842.
[38] Krieg (2003) Nature Medicine 9:831-835.
[39] McCluskie et al. (2002) FEMS Immunology and Medical Microbiology 32:179-185.
[40] WO98/40100.
[41] US 6,207,646.
[42] US 6,239,116.
[43] US 6,429,199.
[44] Schellack et al. (2006) Vaccine 24:5461-72.
[45] Johnson et al. (1999) Bioorg Med Chem Lett 9:2273-2278.
[46] Evans et al. (2003) Expert Rev Vaccines 2:219-229.
[47] Beignon et al. (2002) Infect Immun 70:3012-3019.
[48] Pizza et al. (2001) Vaccine 19:2534-2541.
[49] Pizza et al. (2000) Int J Med Microbiol 290:455-461.
[50] Scharton-Kersten et al. (2000) Infect Immun 68:5306-5313.
[51] Ryan et al. (1999) Infect Immun 67:6270-6280.
[52] Partidos et al. (1999) Immunol Lett 67:209-216.
[53] Peppoloni et al. (2003) Expert Rev Vaccines 2:285-293.
[54] Pine et al. (2002) J Control Release 85:263-270.
[55] WO99/40936.
[56] WO99/44636.
[57] Singh et al] (2001) J Cont Release 70:267-276.
[58] WO99/27960.
[59] US 6,090,406.
[60] US 5,916,588.
[61] EP-A-0626169.
[62] WO99/52549.
[63] Andrianov et al. (1998) Biomaterials 19:109-115.
[64] Payne et al. (1998) Adv Drug Delivery Review 31:185-196.
[65] Stanley (2002) Clin Exp Dermatol 27:571-577.
[66] Jones (2003) Curr Opin Investig Drugs 4:214-218.
[67] WO99/11241.
[68] WO94/00153.
[69] WO98/57659.
[70] European patent applications 0835318, 0735898 and 0761231.
[71] Ogunniyi et al. (2001) Infect Immun 69:5997-6003.
[72] WO2006/110603.
[73] Mason et al. (2003) Infect Immun 71:3454-3462.
[74] Zwijnenburg et al. (2001) J Infect Dis 183:1143-6.
[75] Cheeseman M. T. et al. (2011) PLoS Genetics 7 (10): e1002336.
[76] Watson (2000) Pediatr Infect Dis J 19:331-332.
[77] Rubin (2000) Pediatr Clin North Am 47:269-285, v.
[78] Jedrzejas (2001) Microbiol Mol Biol Rev 65:187-207.
[79] Bell (2000) Pediatr Infect Dis J 19:1187-1188.
[80] Iwarson (1995) APMIS 103:321-326.
[81] Gerlich et al. (1990) Vaccine 8 Suppl:S63-68 & 79-80.
[82] Vaccines (1988) eds. Plotkin & Mortimer. ISBN 0-7216-1946-0.
[83] Del Guidice et al. (1998) Molecular Aspects of Medicine 19:1-70.
[84] Gustafsson et al. (1996) N. Engl. J. Med. 334:349-355.
[85] Rappuoli et al. (1991) TIBTECH 9:232-238.
[86] Costantino et al. (1999) Vaccine 17:1251-1263.
[87] Sutter et al. (2000) Pediatr Clin North Am 47:287-308.
[88] Zimmerman & Spann (1999) Am Fam Physician 59:113-118, 125-126.
[89] McMichael (2000) Vaccine 19 Suppl 1:S101-107.
[90] Schuchat (1999) Lancet 353(9146):51-6.
[91] WO02/34771.
[92] Dale (1999) Infect Dis Clin North Am 13:227-43, viii.
[93] Ferretti et al. (2001) PNAS USA 98: 4658-4663.
[94] Kuroda et al. (2001) Lancet 357(9264):1225-1240; see also pages 1218-1219.
[95] EP-A-0372501
[96] EP-A-0378881
[97] EP-A-0427347
[98] WO93/17712
[99] WO94/03208
[100] WO98/58668
[101] EP-A-0471177
[102] WO00/56360
[103] WO91/01146
[104] WO00/61761
[105] WO01/72337
[106] Research Disclosure, 453077 (Jan 2002)
[107] Brandt et al. (2006) J Antimicrob Chemother. 58(6):1291-4. Epub 2006 Oct 26
[108] Winter et al., (1991) Nature 349:293-99
[109] US 4,816,567.
[110] Inbar et al., (1972) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 69:2659-62.
[111] Ehrlich et al., (1980) Biochem 19:4091-96.
[112] Huston et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:5897-83.
[113] Pack et al., (1992) Biochem 31, 1579-84.
[114] Cumber et al., (1992) J. Immunology 149B, 120-26.
[115] Riechmann et al., (1988) Nature 332, 323-27.
[116] Verhoeyan et al., (1988) Science 239, 1534-36.
[117] GB 2,276,169.
[118] Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472.
[119] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)
[120] Handbook of Experimental Immunology, Vols. I-IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific Publications)
[121] Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press).
[122] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRC Press, 1997)
[123] Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols).
[124] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory Course, (Ream et al., eds., 1998, Academic Press)
[125] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed. (Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)
[126] Geysen et al. (1984) PNAS USA 81:3998-4002.
[127] Carter (1994) Methods Mol Biol 36:207-23.
[128] Jameson, BA et al. 1988, CABIOS 4(1):181-186.
[129] Raddrizzani & Hammer (2000) Brief Bioinform 1(2):179-89.
[130] Bublil et al. (2007) Proteins 68(1):294-304.
[131] De Lalla et al. (1999) J. Immunol. 163:1725-29.
[132] Kwok et al. (2001) Trends Immunol 22:583-88.
[133] Brusic et al. (1998) Bioinformatics 14(2):121-30
[134] Meister et al. (1995) Vaccine 13(6):581-91.
[135] Roberts et al. (1996) AIDS Res Hum Retroviruses 12(7):593-610.
[136] Maksyutov & Zagrebelnaya (1993) Comput Appl Biosci 9(3):291-7.
[137] Feller & de la Cruz (1991) Nature 349(6311):720-1.
[138] Hopp (1993) Peptide Research 6:183-190.
[139] Welling et al. (1985) FEBS Lett. 188:215-218.
[140] Davenport et al. (1995) Immunogenetics 42:392-297.
[141] Tsurui & Takahashi (2007) J Pharmacol Sci. 105(4):299-316.
[142] Tong et al. (2007) Brief Bioinform. 8(2):96-108.
[143] Schirle et al. (2001) J Immunol Methods. 257(1-2):1-16.
[144] Chen et al. (2007) Amino Acids 33(3):423-8.
[145] Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482-489.
[146] Lundström et al. (2008) Biochemistry, 47 (22): 6025-38 Structural analysis of the lipopolysaccharide from nontypeable Haemophilus influenzae strain R2846.
[148] Klock, H.E., et al. (2008). Proteins 71:982-994
[148] Klock, H. E., et al. (2005) J. Struct. Funct. Genomics 6, 89-94
--->
СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> Novartis AG
<120> АНТИГЕНЫ И АНТИГЕННЫЕ КОМПОЗИЦИИ
<130> PAT054802-WO-PCT
<140> PCT/EP2013/
<141> Evendate Herewith
<150> GB1207385.4
<151> 2012-04-26
<150> EP12199079.0
<151> 2012-12-21
<160> 131
<170> BiSSAP 1.2
<210> 1
<211> 277
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT018
<400> 1
Lys His Gly Gln Lys Arg Asp Asp Leu Asn Lys Ala Leu Tyr Phe Ser
1 5 10 15
Arg Leu Glu Glu Ile Glu Gln Asp Asn Ser Gln Gly Leu Val Glu Asn
20 25 30
Val Glu Gln Leu Lys Gln Glu Leu Gln Lys Thr Leu Leu Asp Asp Val
35 40 45
Pro Ser Lys Val Gln Glu Asn Val Asp Tyr Ser Gly Lys Ser Tyr Gly
50 55 60
Lys Ile Trp Phe Val Ser Gly Val Leu Ala Leu Gly Ile Ile Ala Gly
65 70 75 80
Ser Ser Tyr Phe Met Val Gly Ser Trp Gln Ala Glu Ser Met Leu Glu
85 90 95
Gln Thr Tyr Ala Lys Leu Pro Tyr Phe Phe Asp Arg Met Lys Asp Glu
100 105 110
Asp Lys Asn Pro Phe Ser Asp Ala Glu Met Gln Gln Phe Ser Ile Ala
115 120 125
Leu Arg Ile Asp Leu Gln Lys Asn Pro Thr Asp Ala Lys Lys Trp Trp
130 135 140
Met Leu Gly Gln Ile Gly Met Asn Leu Gly Asp Ala Arg Leu Ala Phe
145 150 155 160
Asp Ser Tyr Gln Lys Ala Asn Lys Leu Glu Pro Asp Asn Val Gln Tyr
165 170 175
Lys Leu Gly Tyr Ala Arg Ile Leu Met Phe Ser Glu Asp Ala Thr Asp
180 185 190
Lys Leu Lys Gly Gly Asn Leu Leu Arg Glu Val Ile Arg Gln Glu His
195 200 205
Thr Asn Ile Glu Ala Leu Ser Leu Leu Ala Phe Arg Tyr Phe Glu Thr
210 215 220
Glu Asp Tyr Lys Met Ala Ala Val Thr Trp Ala Met Met Leu Arg Leu
225 230 235 240
Met Pro Lys Asp Asp Glu Arg Val Pro Leu Ile Glu Lys Ser Ile Arg
245 250 255
Thr Ala Arg Asp Ala Leu Glu Ala Gln Asn Glu Glu Lys Ser Lys Ser
260 265 270
Ile Thr Pro Glu Lys
275
<210> 2
<211> 160
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT024
<400> 2
Met Lys Thr Ile Asp Ile Thr Ala Asn Ser Lys Met Asp Asp Gln Ala
1 5 10 15
Arg Met Asn Leu Ala Gln Glu Phe Ala Asn Lys Gln Gln Trp Ser Ser
20 25 30
Val Phe Asp Ile Met Tyr Pro Met Ala Leu Glu Gly Asn Thr Thr Ala
35 40 45
Gln Ser Asn Leu Gly Met Leu Tyr Asn Leu Gly Arg Gly Thr Val Arg
50 55 60
Asp Tyr Glu Lys Ala Tyr Trp Trp Phe Ser Glu Ala Ala Glu Lys Gly
65 70 75 80
Ser Val Lys Gly Leu Asn Asn Leu Gly Val Met Tyr Leu Arg Gly Asp
85 90 95
Tyr Val Lys Gln Asn Thr Glu Gln Ala Ile Lys Leu Phe Glu Arg Thr
100 105 110
Ala Arg Ala Lys Asp Thr Asp Ala Met Met Met Leu Ser Asn Ile Tyr
115 120 125
Arg Leu Gln Asn Gln Pro Glu Lys Ser Leu Glu Trp Leu Lys Lys Ala
130 135 140
Ala Glu Leu Gly Asn Lys Glu Ala Lys Gln Arg Leu Ser Ser Gln Pro
145 150 155 160
<210> 3
<211> 102
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT032
<400> 3
Gly Phe Asn Gly Asn Asn Ser Gln Gly Gly Phe Gln Gln Thr Ala Pro
1 5 10 15
Ala Ala Ile Ser Val Lys Gln Ala Leu Ser Ala Ala Asp Asn Ser Met
20 25 30
Ile Thr Leu Val Gly Asn Ile Thr Gln Gln Ile Asp Asp Asp Glu Phe
35 40 45
Trp Phe Thr Asp Gly Thr Gly Gln Ile Lys Ile Glu Ile Lys Lys Arg
50 55 60
Val Trp Asn Gly Leu Asn Val Asp Ser Lys Asp Lys Val Lys Ile Tyr
65 70 75 80
Gly Lys Leu Asp Asn Glu Ala Phe Glu Lys Ala Glu Leu Asp Val Leu
85 90 95
Arg Val Glu Lys Ala Glu
100
<210> 4
<211> 259
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT038
<400> 4
Lys Gln Asp Gly Ser Ala Asp Met Asp Lys Lys Val Lys Asn Gly Glu
1 5 10 15
Leu Val Lys Thr Lys Val Lys Leu Val Ser Ala Asn Gly Thr Asn Pro
20 25 30
Val Lys Ile Ser Asn Val Ala Glu Gly Thr Glu Asp Thr Asp Ala Val
35 40 45
Ser Phe Lys Gln Leu Lys Ala Leu Gln Asn Lys Gln Val Thr Leu Ser
50 55 60
Ala Ser Asn Ala Tyr Ala Asn Gly Gly Ser Asp Ala Asp Val Gly Lys
65 70 75 80
Val Thr Gln Thr Leu Ser Asn Gly Leu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Thr
85 90 95
Asp Gly Glu Leu Leu Asn Ile Lys Ala Asp Lys Asp Thr Val Thr Ile
100 105 110
Thr Arg Ala Ser Gly Ala Asn Gly Ala Ala Ala Thr Asp Ala Asp Lys
115 120 125
Ile Lys Val Ala Ser Asp Gly Ile Ser Ala Gly Asn Lys Ala Val Lys
130 135 140
Asn Val Ala Ala Gly Glu Ile Ser Ala Thr Ser Thr Asp Ala Ile Asn
145 150 155 160
Gly Ser Gln Leu Tyr Ala Val Ala Lys Gly Val Thr Asn Leu Ala Gly
165 170 175
Gln Val Asn Lys Val Gly Lys Arg Ala Asp Ala Gly Thr Ala Ser Ala
180 185 190
Leu Ala Ala Ser Gln Leu Pro Gln Ala Ser Met Pro Gly Lys Ser Met
195 200 205
Val Ser Ile Ala Gly Ser Ser Tyr Gln Gly Gln Ser Gly Leu Ala Ile
210 215 220
Gly Val Ser Arg Ile Ser Asp Asn Gly Lys Leu Ile Ile Arg Leu Ser
225 230 235 240
Gly Thr Thr Asn Ser Gln Gly Lys Thr Gly Val Ala Ala Gly Val Gly
245 250 255
Tyr Gln Trp
<210> 5
<211> 521
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT067
<400> 5
Val Ile Val Pro Glu Gly Thr Gln Leu Asp Glu Lys Gln His Ile Val
1 5 10 15
Ile Asn Asn Gly Ala Glu Pro Gln Ser Phe Asn Pro His Lys Thr Glu
20 25 30
Gly Val Pro Glu Ser Asn Val Ala Tyr Gln Leu Leu Glu Gly Leu Val
35 40 45
Thr Ser Asp Ser Glu Gly Lys Leu Gln Pro Gly Ala Ala Glu Ser Trp
50 55 60
Glu Asn Thr Pro Asp Phe Lys Thr Trp Thr Phe His Leu Arg Lys Asp
65 70 75 80
Ala Lys Trp Ser Asn Gly Asp Pro Val Thr Ala His Asp Phe Val Phe
85 90 95
Ala Trp Arg Arg Leu Val Asp Pro Ala Thr Ala Ala Pro Tyr Ala Ser
100 105 110
Tyr Leu Ser Tyr Leu Gln Val Glu Asn Ala Gln Asp Ile Ile Asp Gly
115 120 125
Lys Lys Lys Pro Ala Glu Leu Gly Val Glu Ala Lys Asp Asp Tyr Thr
130 135 140
Phe Val Val His Ala Thr Asn Pro Val Pro Tyr Ala Val Ser Leu Thr
145 150 155 160
Thr His Gln Ser Leu Leu Pro Leu Pro Gln Lys Val Val Glu Lys Leu
165 170 175
Gly Asp Ala Trp Val Lys Lys Glu Asn Tyr Val Gly Asn Gly Ala Tyr
180 185 190
Lys Leu Ala Asn His Ile Ile Asn Glu Lys Ile Glu Phe Glu Arg Asn
195 200 205
Pro Leu Tyr Trp Asn Asp Lys Glu Thr Val Ile Asn Ser Ala Thr Phe
210 215 220
Leu Ala Ile Glu Asn Pro Ser Thr Asp Val Ala Arg Tyr Arg Ala Gly
225 230 235 240
Asp Leu Asp Met Thr Ser Tyr Gly Leu Pro Pro Glu Gln Phe Ala Lys
245 250 255
Leu Lys Lys Glu Leu Leu Gly Glu Val Tyr Val Thr Arg Thr Leu Gly
260 265 270
Thr Tyr Ser Tyr Glu Leu Asn Asn Lys Lys Ala Pro Phe Asp Asn Val
275 280 285
Asn Ile Arg Lys Ala Leu Asn Leu Ser Leu Asp Arg Asn Val Ile Thr
290 295 300
Asp Lys Val Leu Gly Gln Gly Gln Thr Pro Thr Tyr Val Phe Thr Pro
305 310 315 320
Thr Tyr Ile Glu Glu Gly His Leu Ile Gln Gln Pro Ala Tyr Ser Lys
325 330 335
Glu Pro Met Ala Gln Arg Asn Glu Glu Ala Ile Lys Leu Leu Glu Glu
340 345 350
Ala Gly Tyr Ser Lys Ala Asn Pro Leu Lys Phe Ser Ile Leu Tyr Asn
355 360 365
Thr Asn Glu Asn His Lys Lys Val Ala Ile Ala Ala Ala Ser Met Trp
370 375 380
Lys Ala Asn Thr Lys Gly Leu Ile Asp Val Lys Leu Glu Asn Gln Glu
385 390 395 400
Trp Lys Thr Tyr Ile Asp Ser Arg Arg Ala Gly Arg Tyr Asp Val Ala
405 410 415
Arg Ala Gly Trp His Ala Asp Tyr Asn Gln Ala Thr Thr Phe Gly Asn
420 425 430
Tyr Phe Leu Ser Asn Ser Ser Asn Asn Thr Ala Lys Tyr Ala Asn Pro
435 440 445
Glu Tyr Asp Lys Ala Met Ala Glu Ser Tyr Ala Ala Thr Asp Ala Glu
450 455 460
Gly Arg Ala Lys Ala Tyr Ala Lys Ala Glu Glu Ile Leu Gly Lys Asp
465 470 475 480
Tyr Gly Ile Val Pro Ile Phe Asn Tyr Val Asn Pro Arg Leu Val Lys
485 490 495
Pro Tyr Val Lys Gly Tyr Ser Gly Lys Asp Pro Gln Asp His Ile Tyr
500 505 510
Leu Arg Asn Leu Tyr Ile Ile Lys His
515 520
<210> 6
<211> 252
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT001
<400> 6
Lys Glu Asp Lys Lys Pro Glu Ala Ala Val Ala Pro Leu Lys Ile Lys
1 5 10 15
Val Gly Val Met Ser Gly Pro Glu His Gln Val Ala Glu Ile Ala Ala
20 25 30
Lys Val Ala Lys Glu Lys Tyr Gly Leu Asp Val Gln Phe Val Glu Phe
35 40 45
Asn Asp Tyr Ala Leu Pro Asn Glu Ala Val Ser Lys Gly Asp Leu Asp
50 55 60
Ala Asn Ala Met Gln His Lys Pro Tyr Leu Asp Glu Asp Ala Lys Ala
65 70 75 80
Lys Asn Leu Asn Asn Leu Val Ile Val Gly Asn Thr Phe Val Tyr Pro
85 90 95
Leu Ala Gly Tyr Ser Lys Lys Ile Lys Asn Val Asn Glu Leu Gln Asp
100 105 110
Gly Ala Lys Val Val Val Pro Asn Asp Pro Thr Asn Arg Gly Arg Ala
115 120 125
Leu Ile Leu Leu Glu Lys Gln Gly Leu Ile Lys Leu Lys Asp Ala Asn
130 135 140
Asn Leu Leu Ser Thr Val Leu Asp Ile Val Glu Asn Pro Lys Lys Leu
145 150 155 160
Asn Ile Thr Glu Val Asp Thr Ser Val Ala Ala Arg Ala Leu Asp Asp
165 170 175
Val Asp Leu Ala Val Val Asn Asn Thr Tyr Ala Gly Gln Val Gly Leu
180 185 190
Asn Ala Gln Asp Asp Gly Val Phe Val Glu Asp Lys Asp Ser Pro Tyr
195 200 205
Val Asn Ile Ile Val Ser Arg Thr Asp Asn Lys Asp Ser Lys Ala Val
210 215 220
Gln Asp Phe Val Lys Ser Tyr Gln Thr Glu Glu Val Tyr Gln Glu Ala
225 230 235 240
Gln Lys His Phe Lys Asp Gly Val Val Lys Gly Trp
245 250
<210> 7
<211> 243
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT016
<400> 7
Ser Ser Gly Ser Lys Asp Val Glu Gln Ala Ser Val Asn Glu Leu Tyr
1 5 10 15
Thr Lys Gly Thr Thr Ser Leu Gln Glu Gly Ser Tyr Ser Glu Ala Ile
20 25 30
Arg Tyr Leu Lys Ala Thr Thr Glu Arg Phe Pro Gly Ser Val Tyr Gln
35 40 45
Glu Gln Ala Met Leu Asp Leu Ile Tyr Ala Asn Tyr Lys Thr Gln Asp
50 55 60
Tyr Thr Gln Val Leu Leu Met Val Asp Ser Phe Leu His Gln Phe Pro
65 70 75 80
Gln Ser Pro Asn Gln Ala Tyr Ala Val Tyr Met Ala Gly Leu Thr Asn
85 90 95
Ala Ala Thr Gly Asp Asn Phe Ile Gln Asp Phe Phe Gly Ile Asp Arg
100 105 110
Ala Thr Arg Glu Thr Thr Ser Met Arg Thr Ala Phe Ser Asn Phe Gln
115 120 125
Asn Leu Val Arg Val Phe Pro Asn Ser Pro Tyr Ser Gln Asp Ala Leu
130 135 140
Ala Arg Met Ala Tyr Ile Lys Asp Ala Leu Ala Arg His Glu Leu Glu
145 150 155 160
Ile Ala Lys Phe Tyr Ala Lys Arg Lys Ala Trp Val Ala Val Ala Asn
165 170 175
Arg Val Val Gly Met Leu Lys Gln Tyr Pro Asp Thr Lys Ala Thr Tyr
180 185 190
Glu Gly Leu Phe Leu Met Gln Ala Ala Tyr Glu Lys Met Gly Leu Thr
195 200 205
Ala Leu Ala Asn Asp Thr Gln Lys Ile Ile Asp Ala Asn Lys Asp Lys
210 215 220
Thr Phe Ala Pro Ile Glu Lys Pro Asn Glu Pro Asp Leu Lys Val Pro
225 230 235 240
Ala Val Lys
<210> 8
<211> 337
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT052
<400> 8
Asp Thr Leu Glu Gln Gln Phe Gln Gln Gly Leu Glu Ala Thr Lys Arg
1 5 10 15
Gly Asp Tyr Gln Thr Ala Phe Lys Leu Trp Leu Pro Leu Ala Glu Gln
20 25 30
Gly Asn Ala Ser Ile Gln Phe Asn Leu Gly Leu Met Tyr Lys Lys Gly
35 40 45
Gln Gly Ile Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys
50 55 60
Ala Ala Glu Gln Gly Val Ala Asp Ala Gln Leu Asn Leu Gly Asn Met
65 70 75 80
Tyr Ala Lys Gly Leu Gly Val Lys Gln Asp Asp Val Glu Ala Val Lys
85 90 95
Trp Tyr Arg Gln Ala Ala Glu Gln Gly Asn Ala Lys Ala Gln Phe Asn
100 105 110
Leu Gly Leu Met Tyr Asp Asn Gly Arg Gly Val Lys Gln Asp Tyr Phe
115 120 125
Glu Ala Val Lys Trp Phe Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Asp
130 135 140
Ala Gln Phe Asn Leu Gly Asn Met Tyr Tyr Asn Gly His Gly Val Lys
145 150 155 160
Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys Ala Ala Glu Gln
165 170 175
Gly Tyr Ala Asp Ala Gln Phe Asn Leu Gly Asn Met Tyr Tyr Asn Gly
180 185 190
His Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys
195 200 205
Ala Ala Glu Gln Gly His Ala Lys Ala Gln Tyr Asn Leu Gly Asn Met
210 215 220
Tyr Ala Asn Gly Arg Gly Val Lys Gln Asp Tyr Phe Glu Ala Val Lys
225 230 235 240
Trp Tyr Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Asp Ala Gln Ala Asn
245 250 255
Leu Gly Ser Ala Tyr Ser Ala Gly His Gly Val Arg Gln Asp Tyr Ile
260 265 270
Glu Ala Val Lys Trp Phe Lys Lys Ala Ala Glu Asn Gly Ser Ala Asp
275 280 285
Gly Gln Phe Lys Leu Gly Leu Val Tyr Leu Ile Gly Gln Gly Ile Gln
290 295 300
Lys Asp Arg Thr Leu Ala Lys Glu Trp Leu Gly Lys Ala Cys Asp Asn
305 310 315 320
Gly Asn Gln Asn Gly Cys Glu Tyr Tyr Gly Glu Leu Asn Arg Gly Glu
325 330 335
Arg
<210> 9
<211> 143
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT002
<400> 9
Cys Ser Ser Phe Gln Asn Asp Asp Tyr Ala Met Asn Tyr Lys Gly Gln
1 5 10 15
Ile Gly Asp Pro Ile Met Ala Ile Ala Met Leu Ser Glu Gln Gln His
20 25 30
Glu Trp Ala Gly Thr Pro Tyr Val Leu Gly Gly Val Ser Arg Arg Gly
35 40 45
Val Asp Cys Ser Gly Phe Val Gln Lys Thr Phe Phe Asp Arg Phe Asn
50 55 60
Leu Arg Leu Pro Arg Ser Thr Val Glu Gln Ala Asn Tyr Gly Lys His
65 70 75 80
Val Arg Lys Glu His Ile Gln Thr Gly Asp Leu Ile Phe Phe Lys Thr
85 90 95
Gly Leu Gly Pro Asn Gly Tyr His Val Gly Ile Tyr Val Lys Glu Asp
100 105 110
Lys Phe Leu His Ala Ser Thr Arg Gly Gly Val Val Tyr Ser Ser Met
115 120 125
Asn Asn Pro Tyr Trp Ser Lys Ala Phe Trp Gln Val Arg Arg Ile
130 135 140
<210> 10
<211> 146
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT026
<400> 10
Val Pro Leu Trp Lys Thr Asp Ser Pro Lys Thr Ile Leu Ala Lys Glu
1 5 10 15
Gln His Arg Leu Tyr Leu Phe Leu Arg Gln Ile Gln Ala Arg Ala Glu
20 25 30
Asn Ser Ser Glu Val Trp Phe Leu Leu Ile Asn Arg Asn Leu Ala Thr
35 40 45
Gln Gln Trp Cys Leu Thr Ala Gln Val Lys Asn Asn Gln Thr Cys Asp
50 55 60
Cys Leu Asn Pro Ile Asn Cys Pro Lys Glu Val Tyr Ala His Phe Tyr
65 70 75 80
Tyr Pro Tyr Phe Pro Asn Lys Thr Met Ile Gln Ser His His Ile Tyr
85 90 95
Pro Lys Glu Ile Thr Arg Phe Asp Gly Ile Arg Asn Thr Ile Val Thr
100 105 110
Arg Cys Phe Ile Leu Gln Ala Glu Asn Glu Arg Thr Leu Phe Leu Phe
115 120 125
Phe Asn Val Gly Ser Ile Arg Leu Lys Thr Asn Gln Phe Asp Ser Ala
130 135 140
Cys Asn
145
<210> 11
<211> 556
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT009
<400> 11
Glu Gln Thr Val Asp Ile Glu Val Gln Gly Ile Arg Gly Phe Arg Ala
1 5 10 15
Val Arg Asn Thr Asp Leu Asn Val His Leu Ile Asn Lys Glu Glu Met
20 25 30
Asp Gly Ser Glu Arg Tyr Gln His Leu Val Thr Lys Ala Val Asp Arg
35 40 45
Gly Leu Arg Val Phe Gly Tyr Tyr Asp Ser Ser Val Arg Phe Glu Arg
50 55 60
Lys Gln Arg Gln Gly Lys Arg Asp Leu Leu Ile Ala His Val Thr Pro
65 70 75 80
Gly Glu Pro Thr Lys Ile Ala Gly Thr Asp Val Gln Ile Glu Gly Glu
85 90 95
Ala Ala Gln Asp Glu Asn Phe Asn Ala Leu Arg Lys Asn Leu Pro Lys
100 105 110
Asp Gly Val Leu Val Glu His Gln Thr Tyr Asp Asp Tyr Lys Thr Ala
115 120 125
Ile Ser Arg Leu Ala Leu Asn Arg Gly Tyr Phe Asp Gly Glu Phe Lys
130 135 140
Ile Ser Arg Leu Glu Ile Ser Pro Glu Thr His Gln Ala Trp Trp Arg
145 150 155 160
Met Leu Phe Asp Ser Gly Val Arg Tyr His Tyr Gly Asn Ile Thr Phe
165 170 175
Ser His Ser Gln Ile Arg Asp Asp Tyr Leu Asn Asn Ile Leu Asn Ile
180 185 190
Lys Ser Gly Asp Pro Tyr Leu Met Asn Asn Leu Ser Asp Leu Thr Ser
195 200 205
Asp Phe Ser Ser Ser Asn Trp Phe Asn Ser Val Leu Val Gln Pro Asn
210 215 220
Ile Asn His Lys Ser Lys Thr Val Asp Ile Glu Ile Ile Leu Tyr Pro
225 230 235 240
Arg Lys Lys Asn Ala Met Glu Leu Gly Val Gly Phe Asp Thr Asp Gly
245 250 255
Gly Val His Gly Gln Ile Gly Trp Thr Lys Pro Trp Ile Asn Ser Arg
260 265 270
Gly His Ser Leu Arg Ser Asn Leu Tyr Leu Ser Ala Pro Lys Gln Thr
275 280 285
Leu Glu Ala Thr Tyr Arg Ile Pro Leu Leu Lys Asn Pro Leu Asn Tyr
290 295 300
Tyr Tyr Asp Phe Ala Val Gly Trp Glu Gly Glu Lys Glu Asn Asp Thr
305 310 315 320
Asn Thr Arg Ala Leu Thr Leu Ser Ala Leu Arg Tyr Trp Asn Asn Ala
325 330 335
Arg Gly Trp Gln Tyr Phe Gly Gly Leu Arg Ala Arg Tyr Asp Ser Phe
340 345 350
Thr Gln Ala Asp Ile Thr Asp Lys Thr Leu Leu Leu Tyr Pro Thr Val
355 360 365
Gly Phe Thr Arg Thr Arg Leu Arg Gly Gly Ser Phe Ala Thr Trp Gly
370 375 380
Asp Val Gln Lys Ile Thr Phe Asp Leu Ser Lys Arg Ile Trp Leu Ser
385 390 395 400
Glu Ser Ser Phe Ile Lys Val Gln Ala Ser Ser Ala Trp Ile Arg Thr
405 410 415
Tyr Ala Glu Asn His Arg Ile Val Ala Arg Ala Glu Ile Gly Tyr Leu
420 425 430
His Thr Lys Asp Ile Glu Lys Ile Pro Pro Thr Leu Arg Phe Phe Ala
435 440 445
Gly Gly Asp Arg Ser Val Arg Gly Tyr Gly Tyr Lys Lys Ile Ala Pro
450 455 460
Lys Asn Lys Asn Gly Lys Leu Val Gly Gly Ser Arg Leu Leu Thr Gly
465 470 475 480
Ser Leu Glu Tyr Gln Tyr Gln Val Tyr Pro Asn Trp Trp Ala Ala Thr
485 490 495
Phe Val Asp Ser Gly Leu Val Ala Asp Asn Tyr Thr Ala Lys Glu Leu
500 505 510
Arg Tyr Gly Ala Gly Val Gly Val Arg Trp Ala Ser Pro Val Gly Ala
515 520 525
Ile Lys Phe Asp Ile Ala Thr Pro Ile Arg Asp Lys Asp Asn Ser Lys
530 535 540
Asn Ile Gln Phe Tyr Ile Gly Leu Gly Thr Glu Ile
545 550 555
<210> 12
<211> 126
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT025
<400> 12
Ile Ile Ala Ile Leu Ala Thr Ile Ala Ile Pro Ser Tyr Gln Asn Tyr
1 5 10 15
Thr Lys Lys Ala Ala Val Ser Glu Leu Leu Gln Ala Ser Ala Pro Tyr
20 25 30
Lys Ala Asp Val Glu Leu Cys Val Tyr Ser Thr Asn Glu Thr Thr Asn
35 40 45
Cys Thr Gly Gly Lys Asn Gly Ile Ala Ala Asp Ile Thr Thr Ala Lys
50 55 60
Gly Tyr Val Lys Ser Val Thr Thr Ser Asn Gly Ala Ile Thr Val Lys
65 70 75 80
Gly Asp Gly Thr Leu Ala Asn Met Glu Tyr Ile Leu Gln Ala Thr Gly
85 90 95
Asn Ala Ala Thr Gly Val Thr Trp Thr Thr Thr Cys Lys Gly Thr Asp
100 105 110
Ala Ser Leu Phe Pro Ala Asn Phe Cys Arg Ser Val Thr Lys
115 120 125
<210> 13
<211> 162
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT028
<400> 13
Pro Arg Thr Val Ser His Gln Val Ile Ser Glu Asn Asp Asp Ile Gln
1 5 10 15
Leu Thr Gly Leu Ile Asn Asn Leu Glu Lys Asp Asn Arg Thr Gly Ile
20 25 30
Phe His Lys Val Arg Thr Asn Arg Ser Ser Ala Leu Met Gly Asp Lys
35 40 45
Ala Leu Ala Ser Val Tyr Asn Glu Trp Val Gly Thr Arg Tyr Arg Met
50 55 60
Gly Gly Thr Thr Lys Arg Gly Ile Asp Cys Ser Ala Phe Met Gln Thr
65 70 75 80
Thr Phe Ser Glu Val Phe Gly Ile Glu Leu Pro Arg Ser Thr Ala Glu
85 90 95
Gln Arg His Leu Gly Arg Lys Ile Asn Lys Ser Glu Leu Lys Lys Gly
100 105 110
Asp Leu Val Phe Phe Arg Lys Asn Asn His Val Gly Val Tyr Ile Gly
115 120 125
Asn Asn Gln Phe Met His Ala Ser Thr Gly Gln Gly Val Thr Ile Ser
130 135 140
Ser Leu Asp Glu Lys Tyr Trp Ala Arg Thr Tyr Thr Gln Ser Arg Arg
145 150 155 160
Ile Met
<210> 14
<211> 895
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT029
<400> 14
Ser Thr Pro Asp Leu Pro Gln Asn His Lys Ile Ile Thr Gly Thr Ala
1 5 10 15
Thr Val Ser His Thr Glu Asn Glu Met Thr Ile Lys Gln Thr Thr Pro
20 25 30
Thr Thr Gln Ile Asn Trp Asp Ser Phe Asn Ile Gly Lys Asp Lys Glu
35 40 45
Val Lys Phe Glu Gln Pro Ser Thr Ser Ala Val Ala Tyr Asn Arg Val
50 55 60
Thr Gly Gly Asn Ala Ser His Ile Gln Gly Lys Leu Thr Ala Asn Gly
65 70 75 80
Lys Val Tyr Leu Ala Asn Pro Asn Gly Val Ile Ile Thr Lys Gly Ala
85 90 95
Glu Ile Asn Val Ala Gly Leu Leu Ala Thr Thr Lys Asp Leu Glu Arg
100 105 110
Ile Ser Glu Asn Gly Asn Thr Asn Thr Asn Lys Phe Thr Arg Lys Ala
115 120 125
Lys Glu Gly Lys Val Leu Thr Glu Gly Gln Val Ile Asn Glu Gly Glu
130 135 140
Ile Lys Ala Lys Asp Phe Val Val Leu Asn Gly Asp Glu Val Ile Asn
145 150 155 160
Lys Gly Asn Ile Asn Val Glu Lys Asn Ser Thr Ile Asn Gly Glu Val
165 170 175
Tyr Leu Ser Ser Ser Asn Asn Phe Thr Phe Thr Leu Ser Asp Ser Gly
180 185 190
Ile Ser Val Ala Leu Glu Asp Asn Thr Val Gln Gly Ile Val Lys Asn
195 200 205
Glu Gly Ile Val Lys Asn Glu Gly Ser Ile Lys Ala Gly Glu Ile Thr
210 215 220
Leu Ser Ala Lys Gly Arg Lys Glu Ala Leu Asp Ser Leu Val Val Asn
225 230 235 240
Asn Gly Val Leu Glu Ala Thr Lys Val Ser Asn Arg Lys Gly Lys Ile
245 250 255
Val Leu Ser Ala Asp Asp Val Gln Leu Asn Asn Asn Ser Asp Ile Lys
260 265 270
Gly Glu Ile Val Asn Phe Gly Thr Glu Val Thr Ser Asn Glu Asp Lys
275 280 285
Lys Leu Lys Ile Thr Ser Gln Thr Gly Ser Lys Val Thr Ser Pro Lys
290 295 300
Ile Asn Phe Lys Gly Lys Ser Val Asn Ile Lys Gly Asp Phe Gly Arg
305 310 315 320
Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Tyr Asp Asp Glu His Lys Lys Leu Lys Thr
325 330 335
Glu Val Asn Ile Asp Val Pro Asn Thr Glu Asn Ile Gln Ile Ala Asp
340 345 350
Lys Asp Asn Ala Gly Thr Asp Ser Phe Ile Gln Thr Gly Ala Leu Ser
355 360 365
Ser Leu Leu Ala Asn Asn Gly Lys Val Asn Leu Lys Gly Lys Asp Val
370 375 380
Asn Ile Ser Gly Asn Ile Asn Ile Asn Ser Phe Arg Gly Thr Asp Ser
385 390 395 400
Leu Leu Lys Leu Thr Asn Lys Gly His Ile Asn Ile Asn His Ala Asp
405 410 415
Ile His Ser Lys Gly Arg Leu Phe Phe Ile Thr Ser Leu Gln Asn Asp
420 425 430
Val Asp Phe Gln Ser Asn Ile Thr Ile Thr Asp Ser Lys Ile Asn Leu
435 440 445
Gly Asn Gly Ala Met Gly Leu Gly Arg Ser Val Asn Glu Asn Asp Leu
450 455 460
Asp Arg Trp Arg Arg Thr Glu Tyr Ser Gln Arg Lys Lys Phe Asn Val
465 470 475 480
Asn Met Arg Asn Val Val Phe Asp Gln Val Asp Asp Val Val Val Ala
485 490 495
Gly Gly Phe Lys Glu Val Asn Leu Asn Asn Ile Val Ala Thr Gly Gln
500 505 510
Thr Asn Phe Tyr Ile Asp Gly Gly Val Ser Arg Asn Arg Asn Gly Val
515 520 525
Ser Ser Lys Tyr Glu Tyr Gly Val Leu Asp Leu Asp Lys Arg Thr Gln
530 535 540
Leu Ser Glu Leu Asp Gln Arg Arg Arg Arg Trp Gly Tyr Tyr Pro Asp
545 550 555 560
Leu Asp Leu Asp Met Asn Lys Ala Tyr Trp His Arg Phe Asp Met Phe
565 570 575
Ala Ser Lys Asn Thr Gly Arg Ser Thr Ile Lys Asp Thr Glu Ile Asn
580 585 590
Ile Ser Asn Ser Lys Ile Asn Leu Lys Asn Gly Phe Val His Leu Leu
595 600 605
Ala Glu Lys Ile Lys Leu Asp Asn Ser Lys Ile Asp Ile Thr Phe Asp
610 615 620
Lys Asp Asn Ser Gln Asp Ile Ser Thr Gln Ile Asn Arg Leu Gly Met
625 630 635 640
Asn Gly Lys Val Ser Met Val Asn Ser His Ile Lys Ile Val Gly Asp
645 650 655
Glu Lys Ile Asp Ile Ser Ala Lys Ala Pro Tyr Ala Thr Met Phe Leu
660 665 670
Ile Gly Glu Leu Ile Gly Glu Lys Ser Ser Ile Phe Val Lys Ser His
675 680 685
Gln Gly Tyr Thr Phe Arg Thr Asp Gly Asp Thr Lys Ile Ala Gly Lys
690 695 700
Asn Ser Lys Asp Asp Leu Lys Ile Thr Ala Ile Asn Thr Gly Gly Arg
705 710 715 720
Thr Gly Lys Glu Val Ile Ile Asn Gly Ala Pro Gly Ser Ile Asp Asn
725 730 735
Asp Ala Asn Ile Ala Asn Met Ala Phe Thr Ile Gly Asp Asn Ala Asn
740 745 750
Thr Lys Thr Thr Ile Glu Asn Ala Asp Ile Thr Ala Leu Ala Pro Asn
755 760 765
Gly Gly Thr Ala Tyr Leu Ser Ser Lys Gly Val Glu Ile Glu Val Asn
770 775 780
Pro Asn Ser Asn Phe Thr Phe Phe Glu Leu Pro Arg Glu Lys Asn Phe
785 790 795 800
Asn Gln Thr Lys Ile Asn Gly Asp Ser Thr Lys Leu Ser Glu Arg Gly
805 810 815
Phe Ala Arg Leu Tyr Asp Lys Ile Asn Gly Val Arg Ala Ser Asn Leu
820 825 830
Ser Ala Glu Gln Leu Asn Val Thr Asp Ser Ser Glu Lys Ile Ile Asn
835 840 845
Thr Lys Leu Val Ser Ser Leu Asp Val Glu Lys Leu Val Ser Val Ala
850 855 860
Val Cys Asp Ala Gly Lys Gly Cys Glu Glu Gln Gln Phe Gly Asp Lys
865 870 875 880
Gly Asn Asn Thr Lys Val Ser Val Gly Glu Leu Glu Ala Glu Gln
885 890 895
<210> 15
<211> 165
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT031
<400> 15
Cys Ile Ala Pro Pro Lys Gly Leu Glu Lys Glu Arg Phe Ser Ile Asn
1 5 10 15
Ser Tyr Arg Glu Ile Ser Pro Gln Asp Leu Thr Cys His Cys Asn Thr
20 25 30
Val Arg Leu Gly Gly Lys Ile Val Asn Thr Thr Val Leu Ala Asn Gln
35 40 45
Thr Lys Ile Glu Val Leu Ser Leu Pro Val Ser Ser Ile Ser Gly Lys
50 55 60
Pro Phe Val Glu Leu Gln Ser Asp Gly Arg Phe Ile Val Tyr Phe Asn
65 70 75 80
Gly Phe Val Glu Pro Glu Asn Leu Lys Glu Arg Tyr Ile Thr Val Gly
85 90 95
Gly Gln Leu Thr Gly Thr Glu Lys Gly Lys Ile Glu Gln Ala Asp Tyr
100 105 110
Thr Tyr Pro Val Val Gln Ala Asp Lys Tyr Arg Ile Trp Thr Leu Ser
115 120 125
Thr Thr Tyr Asn Tyr Pro Thr Asp Asp Trp Asp Glu Asp Asp Asp Trp
130 135 140
Gly Phe Phe Arg Trp Arg His Arg Pro Trp Tyr Val Gln Pro Glu Ile
145 150 155 160
His Tyr Tyr Leu Asn
165
<210> 16
<211> 117
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT015
<400> 16
Ala Gln Asn Ala Asn Val Thr Thr Pro Gln Thr Gln Lys Met Gln Val
1 5 10 15
Glu Lys Val Asp Lys Ala Leu Gln Lys Gly Glu Ala Asp Arg Tyr Leu
20 25 30
Cys Gln Asp Asp Lys Val Val Arg Val Val His Ala Thr His Lys Lys
35 40 45
Tyr Lys Lys Asn Leu His Tyr Val Thr Val Thr Phe Gln Gly Val Ser
50 55 60
Glu Lys Leu Thr Leu Met Ile Ser Glu Arg Gly Lys Asn Tyr Ala Asn
65 70 75 80
Ile Arg Trp Met Trp Gln Glu Arg Asp Asp Phe Ser Thr Leu Lys Thr
85 90 95
Asn Leu Gly Glu Ile Leu Ala Thr Gln Cys Val Ser Gln Thr Ser Glu
100 105 110
Arg Leu Ser Gly Gln
115
<210> 17
<211> 134
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT023
<400> 17
Asn Thr Asp Ile Phe Ser Gly Asp Val Tyr Ser Ala Ser Gln Ala Lys
1 5 10 15
Glu Ala Arg Ser Ile Thr Tyr Gly Thr Ile Val Ser Val Arg Pro Val
20 25 30
Lys Ile Gln Ala Asp Asn Gln Gly Val Val Gly Thr Leu Gly Gly Gly
35 40 45
Ala Leu Gly Gly Ile Ala Gly Ser Thr Ile Gly Gly Gly Arg Gly Gln
50 55 60
Ala Ile Ala Ala Val Val Gly Ala Ile Gly Gly Ala Ile Ala Gly Ser
65 70 75 80
Lys Ile Glu Glu Lys Met Ser Gln Val Asn Gly Ala Glu Leu Val Ile
85 90 95
Lys Lys Asp Asp Gly Gln Glu Ile Val Val Val Gln Lys Ala Asp Ser
100 105 110
Ser Phe Val Ala Gly Arg Arg Val Arg Ile Val Gly Gly Gly Ser Ser
115 120 125
Leu Asn Val Ser Val Leu
130
<210> 18
<211> 315
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT100
<400> 18
Ile Lys Lys Asn Glu Asn Asn Asn Ala Tyr Gln Phe Asn His Leu Lys
1 5 10 15
Thr Leu Gly Leu Tyr Ile Gln Asn Thr Thr Tyr Phe Thr Asp Asn Phe
20 25 30
Ile Ile Thr Gly Gly Leu Arg Tyr Glu Tyr Phe Asp Gln Val Val Gly
35 40 45
Arg Ser Thr Leu Lys Asn Ile Arg Ser Gly Tyr Leu Ala Gln Lys Asp
50 55 60
Gly Lys Leu Leu Tyr Gln Leu Gly Ser Val Tyr Lys Phe Thr Pro Asn
65 70 75 80
Ile Ala Thr Phe Phe Asn His Ala Glu Ser Phe Arg Pro Gln Asn Asn
85 90 95
Arg Thr Leu Ile Ile Asn Gly Glu Leu Pro Ala Glu Gln Gly Lys Ser
100 105 110
Phe Glu Thr Gly Leu Lys Tyr Glu Asn Ala Tyr Leu Asn Ala Thr Val
115 120 125
Ala Leu Phe Asn Ile Asn Lys Arg Asn Val Ala Glu Thr Val Asn Val
130 135 140
Asn Gly Thr Asn Glu Leu Gln Ile Val Gly Lys Gln Arg Ser Arg Gly
145 150 155 160
Ile Glu Phe Asp Leu Asn Gly Gln Leu Thr Asp Asn Leu Ser Ile Ala
165 170 175
Ala Asn Tyr Thr Tyr Thr Lys Val Lys Asn Leu Glu Asn His Asn Asn
180 185 190
Lys Leu Ala Val Gly Lys Gln Leu Ser Gly Val Pro Lys His Gln Ala
195 200 205
Ser Leu Phe Leu Ala Tyr Asn Ile Gly Glu Phe Asp Phe Gly Asn Ile
210 215 220
Arg Val Gly Gly Gly Ala Arg Tyr Leu Gly Ser Trp Tyr Ala Tyr Asn
225 230 235 240
Asn Thr Tyr Thr Lys Ala Tyr Lys Leu Pro Gln Ala Ile Val Tyr Asp
245 250 255
Ala Phe Ile Ala Tyr Asp Thr Lys Ile Ser Gly Lys Lys Val Ser Phe
260 265 270
Gln Leu Asn Gly Lys Asn Leu Ser Asn Lys Val Tyr Ser Pro Ser Thr
275 280 285
Ser Gly Asn Ala Ser Arg Thr Leu Ile Pro Val Ala Leu Gly Tyr Ala
290 295 300
Arg Glu Val Ile Leu Asn Thr Lys Ile Glu Phe
305 310 315
<210> 19
<211> 212
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT040
<400> 19
Ser Ile Ser His Phe Tyr Val Gln Ile Gln Thr Gln Asn Gln Gln Met
1 5 10 15
Leu Leu His Leu Lys Leu Gln Ala Glu Leu Gln Arg Thr Leu Gln Leu
20 25 30
Ile Gly Lys Asp Leu Arg Arg Leu Gly Phe Arg Ala Leu Asn Ala Lys
35 40 45
Leu Thr Glu Ser Asn Leu Ser Leu Phe Glu Leu Asp Glu Gln Gly Thr
50 55 60
Ala Ile Phe Ile Ser Gln Glu Asp Asn Ala Pro Pro Asn Ser Cys Val
65 70 75 80
Leu Phe Phe Tyr Asp Leu Asn Lys Asn Gly Cys Ile Gly Lys Gly Ser
85 90 95
Pro Lys Thr Cys Met Lys Lys Gly Lys Asn Thr Ser Lys Ser Ser Thr
100 105 110
Glu Glu Leu Phe Gly Tyr Lys Val Ser Asn Lys Met Ile Lys Thr Lys
115 120 125
Leu Thr Tyr Gln Ser Val Ile Pro Thr Asn Cys Thr Ala Glu Thr Cys
130 135 140
Lys Arg Ala Phe Gln Gln Thr Ala Cys Asn Ala Gly Gly Gly Trp Ala
145 150 155 160
Asp Leu Leu Asp Asn Asn Glu Tyr Glu Ile Thr Arg Leu Gln Phe Asn
165 170 175
Trp Leu Ile Glu Gly Lys Gly Leu Glu Ile Lys Leu Lys Gly Asn Leu
180 185 190
Lys Gln Thr Pro Asn Ile Ser Tyr Glu Thr Ser Leu Val Val Ala Leu
195 200 205
Trp Asn Gln Lys
210
<210> 20
<211> 630
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT048
<400> 20
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Phe Asp Val Asp Asp Val Ser Asn Pro Ser
1 5 10 15
Ser Ser Lys Pro Arg Tyr Gln Asp Asp Thr Ser Ser Ser Arg Thr Lys
20 25 30
Ser Lys Leu Glu Asn Leu Ser Ile Pro Ser Leu Gly Gly Gly Met Lys
35 40 45
Leu Val Ala Gln Asn Leu Arg Asp Arg Thr Lys Pro Ser Leu Leu Asn
50 55 60
Glu Asp Asp Tyr Met Ile Phe Ser Ser Leu Ser Thr Ile Lys Ala Asp
65 70 75 80
Val Glu Lys Glu Asn Lys His Tyr Thr Ser Pro Val Gly Ser Ile Asp
85 90 95
Glu Pro Ser Thr Thr Asn Pro Lys Glu Asn Asp His Gly Gln Arg Tyr
100 105 110
Val Tyr Ser Gly Leu Tyr Tyr Ile Pro Ser Trp Asn Leu Asn Asp Leu
115 120 125
Lys Asn Asn Lys Tyr Tyr Tyr Ser Gly Tyr Tyr Gly Tyr Ala Tyr Tyr
130 135 140
Phe Gly Lys Gln Thr Ala Thr Thr Leu Pro Val Asn Gly Lys Val Thr
145 150 155 160
Tyr Lys Gly Thr Trp Ser Phe Ile Thr Ala Ala Glu Asn Gly Lys Arg
165 170 175
Tyr Pro Leu Leu Ser Asn Gly Ser Gln Ala Tyr Phe Arg Arg Ser Ala
180 185 190
Ile Pro Glu Asp Ile Asp Leu Glu Val Lys Asn Asp Glu Asn Arg Glu
195 200 205
Lys Gly Leu Val Ser Glu Phe Ser Ala Asp Phe Gly Thr Lys Lys Leu
210 215 220
Thr Gly Gly Leu Phe Tyr Thr Lys Arg Gln Thr His Ile Gln Asn His
225 230 235 240
Glu Lys Lys Lys Leu Tyr Asp Ile Asp Ala His Ile Tyr Ser Asn Arg
245 250 255
Phe Arg Gly Lys Val Asn Pro Thr Gln Lys Asp Ser Lys Glu His Pro
260 265 270
Phe Thr Ser Glu Gly Thr Leu Glu Gly Gly Phe Tyr Gly Pro Glu Gly
275 280 285
Gln Glu Leu Gly Gly Lys Phe Leu Ala Gly Asp Lys Lys Val Phe Gly
290 295 300
Val Phe Ser Ala Lys Gly Thr Glu Glu Asn Lys Lys Leu Pro Lys Glu
305 310 315 320
Thr Leu Ile Asp Gly Lys Leu Thr Thr Phe Ser Thr Lys Thr Thr Asp
325 330 335
Ala Lys Thr Asn Ala Thr Ala Asn Ala Thr Thr Ser Thr Ala Ala Asn
340 345 350
Thr Thr Thr Asp Thr Thr Ala Asn Thr Ile Thr Asp Ala Glu Asn Phe
355 360 365
Lys Thr Lys Asp Ile Ser Ser Phe Gly Glu Ala Asp Tyr Leu Leu Ile
370 375 380
Asp Asn Tyr Pro Val Pro Leu Leu Pro Glu Ser Gly Asp Phe Ile Ser
385 390 395 400
Ser Lys His His Thr Val Gly Lys Lys Thr Tyr Gln Val Lys Ala Cys
405 410 415
Cys Ser Asn Leu Ser Tyr Val Lys Phe Gly Met Tyr Tyr Glu Val Pro
420 425 430
Pro Lys Glu Glu Glu Lys Asp Lys Glu Lys Lys Glu Lys Glu Lys Glu
435 440 445
Lys Gln Ala Thr Asn Leu Ser Asn Thr Tyr Tyr Gln Phe Leu Leu Gly
450 455 460
Leu Arg Thr Pro Ser Ser Glu Ile Pro Lys Gly Gly Ser Ala Lys Tyr
465 470 475 480
Leu Gly Ser Trp Phe Gly Tyr Leu Ser Asp Gly Ser Thr Ser Tyr Ser
485 490 495
Pro Ser Gly Asp Lys Lys Arg Glu Asn Asn Ala Leu Ala Glu Phe Asn
500 505 510
Val Asn Phe Ala Asp Lys Thr Leu Lys Gly Gln Leu Lys Arg His Asp
515 520 525
Asn Gln Asn Thr Val Phe Thr Ile Asp Ala Thr Phe Lys Ser Gly Lys
530 535 540
Asn Asn Phe Thr Gly Thr Ala Thr Ala Asn Asn Val Ala Ile Asp Pro
545 550 555 560
Gln Ser Thr Gln Gly Thr Ser Asn Val Asn Phe Thr Ala Thr Val Asn
565 570 575
Gly Ala Phe Tyr Gly Pro Asn Ala Thr Glu Leu Gly Gly Tyr Phe Thr
580 585 590
Tyr Asn Gly Asn Pro Thr Asp Lys Ser Ser Ser Thr Val Pro Ser Ser
595 600 605
Ser Asn Ser Lys Asn Ala Arg Ala Ala Val Val Phe Gly Ala Arg Gln
610 615 620
Gln Val Glu Thr Thr Lys
625 630
<210> 21
<211> 157
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT053
<400> 21
Ala Asp Ser Ser Asp Lys Thr Trp Gln Leu Gln Thr Gly Gln Gly Leu
1 5 10 15
Asp Ala Lys Arg Gly Gln Val Asn Asn Gln Phe Thr Gln Val Asp Thr
20 25 30
Arg Leu Asn Arg Thr Asp Leu Arg Ile Asn Arg Val Gly Ala Ser Ala
35 40 45
Thr Ala Leu Ala Ser Leu Lys Pro Ala Gln Leu Gly Glu Asp Asp Lys
50 55 60
Phe Ala Leu Ser Leu Gly Val Gly Ser Tyr Lys Asn Ala Gln Ala Met
65 70 75 80
Ala Met Gly Ala Val Phe Lys Pro Ala Glu Asn Val Leu Leu Asn Val
85 90 95
Ala Gly Ser Phe Ser Gly Ser Glu Lys Ile Val Gly Ala Gly Val Ser
100 105 110
Trp Lys Phe Gly Ser Lys Ser Lys Pro Ala Val Ser Thr Gln Ser Ala
115 120 125
Val Asn Ser Ala Glu Val Leu Gln Leu Arg Gln Glu Ile Ser Ala Met
130 135 140
Gln Lys Glu Leu Ala Glu Leu Lys Lys Ala Leu Arg Lys
145 150 155
<210> 22
<211> 505
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT066
<400> 22
Phe Lys Lys Ser Leu Ile Val Ala Ala Ser Phe Ala Ser Leu Ser Leu
1 5 10 15
Phe Asn Ser Ala Thr Ala Glu Leu Val Tyr Lys Pro Leu Glu Gln Pro
20 25 30
Val Glu Pro Ala Lys Pro Asp Leu Lys Ile Glu Ser Val Asn Glu Lys
35 40 45
Phe Ala Glu Lys Tyr Pro Asn Gln Tyr Asn Ser Trp Arg Ser Thr Ala
50 55 60
Asn Gly Asp Gly Glu Asn Ile Ile Tyr Ala Asp Glu Glu Asn Pro Arg
65 70 75 80
Leu Ile Val Leu Trp Gly Gly Tyr Ala Phe Ala Lys Glu Tyr Asn Ala
85 90 95
Pro Arg Gly His Phe Tyr Ala Val Thr Asp Val Arg Asn Ile Leu Arg
100 105 110
Thr Gly Ala Pro Lys Thr Ala Asn Asp Gly Pro Gln Ala Met Ala Cys
115 120 125
Trp Thr Cys Lys Gly Pro Asp Val Pro Arg Leu Ile Ala Glu Trp Gly
130 135 140
Glu Lys Asp Tyr Phe Asn Ala Lys Trp Ala Lys Gly Gly Pro Glu Ile
145 150 155 160
Val Asn Ser Ile Gly Cys Ala Asp Cys His Asp Thr Thr Ser Lys Asp
165 170 175
Phe Ala Glu Gly Lys Pro Ala Leu Arg Ile Ala Arg Pro His Ile Leu
180 185 190
Arg Ala Leu Asp Ala Leu Glu Lys Ala Thr Ala Glu Lys Asp Lys Ala
195 200 205
Glu Gly Arg Pro His Asn Asn Leu Ser Phe Asn Thr Ala Ala Arg Thr
210 215 220
Glu Lys Arg Ala Glu Ile Cys Ala Asn Cys His Val Glu Tyr Tyr Phe
225 230 235 240
Ser Gly Asp Ile Lys Gln Val Thr Phe Pro Trp Asp Asn Gly Gln Thr
245 250 255
Val Asp Asp Ile Glu Lys Tyr Tyr Asp Asp Ile Gly Phe Thr Asp Trp
260 265 270
Thr His Ser Leu Ser Lys Ala Pro Met Leu Lys Ala Gln His Pro Asp
275 280 285
Phe Glu Ile Trp Ser Leu Gly Met His Gly Lys Asn Gly Val Thr Cys
290 295 300
Val Asp Cys His Met Pro Lys Val Gln Gly Ala Asp Gly Lys Val Tyr
305 310 315 320
Thr Asp His Gln Ile Gln Asn Pro Phe Glu Ala Phe Asp Ser Thr Cys
325 330 335
Ala Asn Cys His Asp Gln Ser Lys Glu Lys Leu Arg Asp Ile Val Thr
340 345 350
Ser Arg Lys Lys Glu Val Lys Asp Val Met Gly Arg Leu Glu Asp Gln
355 360 365
Val Val Lys Ala His Phe Glu Ala Lys Glu Ala Trp Asp Ala Gly Ala
370 375 380
Thr Lys Lys Glu Met Glu Ala Ala Leu Met Asp Ile Arg His Ala Gln
385 390 395 400
Trp Arg Trp Asp Tyr Thr Ala Ala Ser His Gly Gly His Met His Ala
405 410 415
Pro Glu Val Val Leu Arg Val Leu Ala Ser Gly Leu Asp Lys Val Ala
420 425 430
Asp Ala Arg Thr Lys Leu Ala Val Ile Leu Thr Lys His Gly Val Lys
435 440 445
Thr Pro Val Gln Ile Pro Asp Ile Ser Thr Ala Asp Lys Ala Trp Lys
450 455 460
Val Met Gly Ile Asp Ile Glu Lys Glu Arg Lys Ala Lys Glu Glu Phe
465 470 475 480
Leu Lys Thr Val Val Pro Gln Trp Glu Gln Gln Ala Arg Glu Lys Gly
485 490 495
Leu Leu Val Asp Pro Pro Ala Gln Lys
500 505
<210> 23
<211> 429
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT097
<400> 23
Ala Ala Phe Gln Leu Ala Glu Val Ser Thr Ser Gly Leu Gly Arg Ala
1 5 10 15
Tyr Ala Gly Glu Ala Ala Ile Ala Asp Asn Ala Ser Val Val Ala Thr
20 25 30
Asn Pro Ala Leu Met Ser Leu Phe Lys Thr Ala Gln Phe Ser Thr Gly
35 40 45
Gly Val Tyr Ile Asp Ser Arg Ile Asn Met Asn Gly Asp Val Asn Ser
50 55 60
Tyr Leu Asn Ser Gly Ser Met Ala Leu Thr Lys Tyr Gly Ser Ala Ser
65 70 75 80
Gln Arg Asn Val Val Pro Gly Ala Phe Val Pro Asn Leu Tyr Phe Val
85 90 95
Ala Pro Val Asn Asp Lys Phe Ala Leu Gly Ala Gly Met Asn Val Asn
100 105 110
Phe Gly Leu Lys Ser Glu Tyr Asp Asp Ser Tyr Asp Ala Gly Val Phe
115 120 125
Gly Gly Lys Thr Asp Leu Asn Ala Ile Asn Leu Asn Leu Ser Gly Ala
130 135 140
Tyr Arg Val Ile Glu Gly Leu Ser Leu Gly Leu Gly Val Asn Ala Val
145 150 155 160
Tyr Ala Asn Ala Gln Val Glu Arg Asn Ala Gly Ile Ile Ala Asp Ser
165 170 175
Leu Gln Asp Ser Gln Val Lys Gly Ala Leu Lys Ile Val Asp Ser Thr
180 185 190
Asn Lys Ala Pro Asp Arg Leu Thr Ser Lys Asp Lys Ser Val Val Ser
195 200 205
Leu Gln Asp Arg Ala Ala Trp Gly Phe Gly Trp Asn Ala Gly Val Met
210 215 220
Tyr Gln Phe Asn Glu Ala Asn Arg Ile Gly Leu Ala Tyr His Ser Lys
225 230 235 240
Val Asp Ile Asp Phe Ala Asp Arg Thr Ala Thr Ser Phe Gly Lys Lys
245 250 255
Asp Ile Val Ala Gly Lys Thr Gly Asn Leu Thr Phe Thr Leu Pro Asp
260 265 270
Tyr Leu Glu Leu Ser Gly Phe His Gln Leu Thr Asp Lys Phe Ala Val
275 280 285
His Tyr Ser Tyr Lys Tyr Thr His Trp Ser Arg Leu Thr Lys Leu His
290 295 300
Ala Ser Tyr Glu Asn Gly Glu Lys Ala Phe Asp Lys Glu Leu Gln Tyr
305 310 315 320
Ser Asn Asn Ser Arg Val Ala Leu Gly Ala Ser Tyr Asn Leu Asp Glu
325 330 335
Lys Leu Thr Leu Arg Ala Gly Ile Ala Tyr Asp Gln Ala Ala Ser Arg
340 345 350
His Gln Arg Ser Ala Ala Ile Pro Asp Thr Asp Arg Thr Trp Tyr Ser
355 360 365
Leu Gly Gly Thr Tyr Lys Phe Thr Pro Asn Leu Ser Val Asp Leu Gly
370 375 380
Tyr Ala Tyr Leu Lys Gly Lys Lys Val His Phe Lys Glu Val Gln Lys
385 390 395 400
Ala Ala Gly Gly His Ile Thr Thr Thr Ala Asn Tyr Thr Ser Gln Ala
405 410 415
His Ala Asn Leu Tyr Gly Leu Asn Leu Asn Tyr Ser Phe
420 425
<210> 24
<211> 422
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> P48 (NT007)
<400> 24
Val Asn Gln Val Ala Ile Leu Gly Glu Glu Tyr Val Gly Met Arg Pro
1 5 10 15
Ser Met Lys Val Arg Glu Gly Asp Val Val Lys Lys Gly Gln Val Leu
20 25 30
Phe Glu Asp Lys Lys Asn Pro Gly Val Ile Phe Thr Ala Pro Ala Ser
35 40 45
Gly Thr Ile Thr Ala Ile Asn Arg Gly Glu Lys Arg Val Leu Gln Ser
50 55 60
Val Val Ile Asn Val Glu Gly Asp Glu Lys Ile Thr Phe Ala Lys Tyr
65 70 75 80
Ser Thr Glu Gln Leu Asn Thr Leu Ser Ser Glu Gln Val Lys Gln Asn
85 90 95
Leu Ile Glu Ser Gly Leu Trp Thr Ala Leu Arg Thr Arg Pro Phe Ser
100 105 110
Lys Val Pro Ser Ile Glu Ser Glu Ala Ser Ser Ile Phe Val Asn Ala
115 120 125
Met Asp Thr Asn Pro Leu Ala Ala Asp Pro Ser Val Val Leu Lys Glu
130 135 140
Tyr Ser Gln Asp Phe Thr Asn Gly Leu Thr Val Leu Ser Arg Leu Phe
145 150 155 160
Pro Ser Lys Pro Leu His Leu Cys Lys Ala Gly Asp Ser Asn Ile Pro
165 170 175
Thr Ala Asp Leu Glu Asn Leu Gln Ile His Asp Phe Thr Gly Val His
180 185 190
Pro Ala Gly Leu Val Gly Thr His Ile His Phe Ile Asp Pro Val Gly
195 200 205
Ile Gln Lys Thr Val Trp His Ile Asn Tyr Gln Asp Val Ile Ala Val
210 215 220
Gly Lys Leu Phe Thr Thr Gly Glu Leu Tyr Ser Glu Arg Val Ile Ser
225 230 235 240
Leu Ala Gly Pro Gln Val Lys Glu Pro Arg Leu Val Arg Thr Ile Ile
245 250 255
Gly Ala Asn Leu Ser Gln Leu Thr Gln Asn Glu Leu Ser Ala Gly Lys
260 265 270
Asn Arg Val Ile Ser Gly Ser Val Leu Cys Gly Gln Ile Ala Lys Asp
275 280 285
Ser His Asp Tyr Leu Gly Arg Tyr Ala Leu Gln Val Ser Val Ile Ala
290 295 300
Glu Gly Asn Glu Lys Glu Phe Phe Gly Trp Ile Met Pro Gln Ala Asn
305 310 315 320
Lys Tyr Ser Val Thr Arg Thr Val Leu Gly His Phe Ser Lys Lys Leu
325 330 335
Phe Asn Phe Thr Thr Ser Glu Asn Gly Gly Glu Arg Ala Met Val Pro
340 345 350
Ile Gly Ser Tyr Glu Arg Val Met Pro Leu Asp Ile Leu Pro Thr Leu
355 360 365
Leu Leu Arg Asp Leu Ile Val Gly Asp Thr Asp Gly Ala Gln Glu Leu
370 375 380
Gly Cys Leu Glu Leu Asp Glu Glu Asp Leu Ala Leu Cys Ser Phe Val
385 390 395 400
Cys Pro Gly Lys Tyr Glu Tyr Gly Ser Ile Leu Arg Gln Val Leu Asp
405 410 415
Lys Ile Glu Lys Glu Gly
420
<210> 25
<211> 437
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> HtrA (NT006)
<400> 25
Thr Leu Pro Ser Phe Val Ser Glu Gln Asn Ser Leu Ala Pro Met Leu
1 5 10 15
Glu Lys Val Gln Pro Ala Val Val Thr Leu Ser Val Glu Gly Lys Ala
20 25 30
Lys Gly Asp Ser Arg Ser Pro Phe Leu Asp Asp Ile Pro Glu Glu Phe
35 40 45
Lys Phe Phe Phe Gly Asp Arg Phe Ala Glu Gln Phe Gly Gly Arg Gly
50 55 60
Glu Ser Lys Arg Asn Phe Arg Gly Leu Gly Ser Gly Val Ile Ile Asn
65 70 75 80
Ala Ser Lys Gly Tyr Val Leu Thr Asn Asn His Val Ile Asp Gly Ala
85 90 95
Asp Lys Ile Thr Val Gln Leu Gln Asp Gly Arg Glu Phe Lys Ala Lys
100 105 110
Leu Val Gly Lys Asp Glu Gln Ser Asp Ile Ala Leu Val Gln Leu Glu
115 120 125
Lys Ser Ser Asn Leu Thr Glu Ile Lys Phe Ala Asp Ser Asp Lys Leu
130 135 140
Arg Val Gly Asp Phe Thr Val Ala Ile Gly Asn Pro Phe Gly Leu Gly
145 150 155 160
Gln Thr Val Thr Ser Gly Val Val Ser Ala Leu Gly Arg Ser Thr Gly
165 170 175
Ser Asp Ser Gly Thr Tyr Glu Asn Tyr Ile Gln Thr Asp Ala Ala Val
180 185 190
Asn Arg Gly Asn Ser Gly Gly Ala Leu Val Asn Leu Asn Gly Glu Leu
195 200 205
Ile Gly Ile Asn Thr Ala Ile Ile Ser Pro Ser Gly Gly Asn Ala Gly
210 215 220
Ile Ala Phe Ala Ile Pro Ser Asn Gln Ala Ser Asn Leu Val Gln Gln
225 230 235 240
Ile Leu Glu Phe Gly Gln Val Arg Arg Gly Leu Leu Gly Ile Lys Gly
245 250 255
Gly Glu Leu Asn Ala Asp Leu Ala Lys Ala Phe Asn Val Ser Ala Gln
260 265 270
Gln Gly Ala Phe Val Ser Glu Val Leu Pro Lys Ser Ala Ala Glu Lys
275 280 285
Ala Gly Leu Lys Ala Gly Asp Ile Ile Thr Ala Met Asn Gly Gln Lys
290 295 300
Ile Ser Ser Phe Ala Glu Met Arg Ala Lys Ile Ala Thr Thr Gly Ala
305 310 315 320
Gly Lys Glu Ile Ser Leu Thr Tyr Leu Arg Asp Gly Lys Ser His Asp
325 330 335
Val Lys Val Lys Leu Gln Ala Asp Asp Gly Ser Gln Leu Ser Ser Lys
340 345 350
Thr Glu Leu Leu Ala Leu Asp Gly Ala Thr Leu Lys Asp Tyr Asp Thr
355 360 365
Lys Gly Val Lys Gly Ile Glu Ile Thr Lys Ile Gln Pro Asn Ser Leu
370 375 380
Ala Ala Gln Arg Gly Leu Lys Ala Gly Asp Ile Ile Ile Gly Ile Asn
385 390 395 400
Arg Gln Met Ile Glu Asn Ile Arg Glu Leu Asn Lys Val Leu Glu Thr
405 410 415
Glu Pro Ser Ala Ile Ala Leu Asn Ile Leu Arg Gly Asn Ser Asn Phe
420 425 430
Tyr Leu Leu Val Gln
435
<210> 26
<211> 144
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> PE (NT035)
<400> 26
Ser Ala Gln Ile Gln Lys Ala Glu Gln Asn Asp Val Lys Leu Ala Pro
1 5 10 15
Pro Thr Asp Val Arg Ser Gly Tyr Ile Arg Leu Val Lys Asn Val Asn
20 25 30
Tyr Tyr Ile Asp Ser Glu Ser Ile Trp Val Asp Asn Gln Glu Pro Gln
35 40 45
Ile Val His Phe Asp Ala Val Val Asn Leu Asp Lys Gly Leu Tyr Val
50 55 60
Tyr Pro Glu Pro Lys Arg Tyr Ala Arg Ser Val Arg Gln Tyr Lys Ile
65 70 75 80
Leu Asn Cys Ala Asn Tyr His Leu Thr Gln Val Arg Thr Asp Phe Tyr
85 90 95
Asp Glu Phe Trp Gly Gln Gly Leu Arg Ala Ala Pro Lys Lys Gln Lys
100 105 110
Lys His Thr Leu Ser Leu Thr Pro Asp Thr Thr Leu Tyr Asn Ala Ala
115 120 125
Gln Ile Ile Cys Ala Asn Tyr Gly Lys Ala Phe Ser Val Asp Lys Lys
130 135 140
<210> 27
<211> 197
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> P26 (NT010)
<400> 27
Met Lys Asn Ile Ala Lys Val Thr Ala Leu Ala Leu Gly Ile Ala Leu
1 5 10 15
Ala Ser Gly Tyr Ala Ser Ala Glu Glu Lys Ile Ala Phe Ile Asn Ala
20 25 30
Gly Tyr Ile Phe Gln His His Pro Asp Arg Gln Ala Val Ala Asp Lys
35 40 45
Leu Asp Ala Glu Phe Lys Pro Val Ala Glu Lys Leu Ala Ala Ser Lys
50 55 60
Lys Glu Val Asp Asp Lys Ile Ala Ala Ala Arg Lys Lys Val Glu Ala
65 70 75 80
Lys Val Ala Ala Leu Glu Lys Asp Ala Pro Arg Leu Arg Gln Ala Asp
85 90 95
Ile Gln Lys Arg Gln Gln Glu Ile Asn Lys Leu Gly Ala Ala Glu Asp
100 105 110
Ala Glu Leu Gln Lys Leu Met Gln Glu Gln Asp Lys Lys Val Gln Glu
115 120 125
Phe Gln Ala Gln Asn Glu Lys Arg Gln Ala Glu Glu Arg Gly Lys Leu
130 135 140
Leu Asp Ser Ile Gln Thr Ala Thr Asn Asn Leu Ala Lys Ala Lys Gly
145 150 155 160
Tyr Thr Tyr Val Leu Asp Ala Asn Ser Val Val Phe Ala Val Glu Gly
165 170 175
Lys Asp Ile Thr Glu Glu Val Leu Lys Ser Ile Pro Ala Ser Glu Lys
180 185 190
Ala Gln Glu Lys Lys
195
<210> 28
<211> 346
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> PHiD (NT080)
<400> 28
Cys Ser Ser His Ser Ser Asn Met Ala Asn Thr Gln Met Lys Ser Asp
1 5 10 15
Lys Ile Ile Ile Ala His Arg Gly Ala Ser Gly Tyr Leu Pro Glu His
20 25 30
Thr Leu Glu Ser Lys Ala Leu Ala Phe Ala Gln Gln Ala Asp Tyr Leu
35 40 45
Glu Gln Asp Leu Ala Met Thr Lys Asp Gly Arg Leu Val Val Ile His
50 55 60
Asp His Phe Leu Asp Gly Leu Thr Asp Val Ala Lys Lys Phe Pro His
65 70 75 80
Arg His Arg Lys Asp Gly Arg Tyr Tyr Val Ile Asp Phe Thr Leu Lys
85 90 95
Glu Ile Gln Ser Leu Glu Met Thr Glu Asn Phe Glu Thr Lys Asp Gly
100 105 110
Lys Gln Ala Gln Val Tyr Pro Asn Arg Phe Pro Leu Trp Lys Ser His
115 120 125
Phe Arg Ile His Thr Phe Glu Asp Glu Ile Glu Phe Ile Gln Gly Leu
130 135 140
Glu Lys Ser Thr Gly Lys Lys Val Gly Ile Tyr Pro Glu Ile Lys Ala
145 150 155 160
Pro Trp Phe His His Gln Asn Gly Lys Asp Ile Ala Ala Glu Thr Leu
165 170 175
Lys Val Leu Lys Lys Tyr Gly Tyr Asp Lys Lys Thr Asp Met Val Tyr
180 185 190
Leu Gln Thr Phe Asp Phe Asn Glu Leu Lys Arg Ile Lys Thr Glu Leu
195 200 205
Leu Pro Gln Met Gly Met Asp Leu Lys Leu Val Gln Leu Ile Ala Tyr
210 215 220
Thr Asp Trp Lys Glu Thr Gln Glu Lys Asp Pro Lys Gly Tyr Trp Val
225 230 235 240
Asn Tyr Asn Tyr Asp Trp Met Phe Lys Pro Gly Ala Met Ala Glu Val
245 250 255
Val Lys Tyr Ala Asp Gly Val Gly Pro Gly Trp Tyr Met Leu Val Asn
260 265 270
Lys Glu Glu Ser Lys Pro Asp Asn Ile Val Tyr Thr Pro Leu Val Lys
275 280 285
Glu Leu Ala Gln Tyr Asn Val Glu Val His Pro Tyr Thr Val Arg Lys
290 295 300
Asp Ala Leu Pro Glu Phe Phe Thr Asp Val Asn Gln Met Tyr Asp Ala
305 310 315 320
Leu Leu Asn Lys Ser Gly Ala Thr Gly Val Phe Thr Asp Phe Pro Asp
325 330 335
Thr Gly Val Glu Phe Leu Lys Gly Ile Lys
340 345
<210> 29
<211> 134
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> P6 (NT081)
<400> 29
Cys Ser Ser Ser Asn Asn Asp Ala Ala Gly Asn Gly Ala Ala Gln Thr
1 5 10 15
Phe Gly Gly Tyr Ser Val Ala Asp Leu Gln Gln Arg Tyr Asn Thr Val
20 25 30
Tyr Phe Gly Phe Asp Lys Tyr Asp Ile Thr Gly Glu Tyr Val Gln Ile
35 40 45
Leu Asp Ala His Ala Ala Tyr Leu Asn Ala Thr Pro Ala Ala Lys Val
50 55 60
Leu Val Glu Gly Asn Thr Asp Glu Arg Gly Thr Pro Glu Tyr Asn Ile
65 70 75 80
Ala Leu Gly Gln Arg Arg Ala Asp Ala Val Lys Gly Tyr Leu Ala Gly
85 90 95
Lys Gly Val Asp Ala Gly Lys Leu Gly Thr Val Ser Tyr Gly Glu Glu
100 105 110
Lys Pro Ala Val Leu Gly His Asp Glu Ala Ala Tyr Ser Lys Asn Arg
115 120 125
Arg Ala Val Leu Ala Tyr
130
<210> 30
<211> 433
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT013
<400> 30
Ser Glu Glu Asn Pro Ile Phe Ser Thr Ser Asp Ser Gly Glu Tyr His
1 5 10 15
Glu Leu Asn Thr Ser Pro Asn Lys Asn Ser Thr Ala Leu Gln Pro Asp
20 25 30
Glu Asp Ala Thr Ser Tyr Asp Asp Glu Leu Gln Ala Lys Asp Asp Glu
35 40 45
Val Asp Glu Val Lys Leu Ser Ser Asp Asp Leu Gly Thr Leu Pro Gln
50 55 60
His Ala Gln Asp Ala Leu Asn Gly Leu Leu Asp Ala Ala Asp Gln Ala
65 70 75 80
Ile Arg Ile Thr Asp Gln Phe Ser Tyr Thr Val Thr Glu Gly Asp Thr
85 90 95
Leu Lys Asp Val Leu Val Leu Ser Gly Leu Asp Asp Ser Ser Val Gln
100 105 110
Pro Leu Ile Lys Leu Asp Pro Glu Leu Ala His Leu Lys Ala Gly Gln
115 120 125
Gln Phe Tyr Trp Ile Leu Asn Lys Asn Asp Asn Leu Glu Tyr Leu Asn
130 135 140
Trp Leu Val Ser Glu Lys Glu Glu Arg Ile Tyr Glu Arg Leu Glu Asp
145 150 155 160
Gly Lys Phe Lys Arg Gln Val Ile Glu Lys Lys Ser Ile Trp Arg Lys
165 170 175
Glu Val Leu Lys Gly Glu Ile Gln Asn Ser Leu Asn Ser Ser Leu Arg
180 185 190
Glu Gln Gly Leu Asp Thr Arg Gln Ile Ser Gln Leu Ser Asn Ala Leu
195 200 205
Gln Trp Gln Val Ser Leu Arg Lys Leu Lys Lys Gly Thr Gln Phe Ala
210 215 220
Ile Leu Val Ser Arg Glu Tyr Leu Gly Asp Lys Leu Thr Gly Gln Gly
225 230 235 240
Asn Val Glu Ala Leu Arg Ile Ser Ser Gly Gly Lys Asn Tyr Tyr Ala
245 250 255
Val Gln Ala Ala Asn Gly Arg Tyr Tyr Asn Gln Gln Gly Glu Thr Leu
260 265 270
Gly Lys Gly Phe Ala Arg Tyr Pro Leu Gln Arg Gln Ala Arg Val Ser
275 280 285
Ser Pro Phe Asn Pro Asn Arg Arg His Pro Val Thr Gly Arg Val Arg
290 295 300
Pro His Lys Gly Val Asp Phe Ser Val Ser Gln Gly Thr Pro Val Ile
305 310 315 320
Ala Pro Ala Asp Gly Thr Val Glu Lys Val Ala Tyr Gln Ala Gly Gly
325 330 335
Ala Gly Arg Tyr Val Met Leu Arg His Gly Arg Glu Tyr Gln Thr Val
340 345 350
Tyr Met His Leu Ser Lys Ser Leu Val Lys Ala Gly Gln Thr Val Lys
355 360 365
Lys Gly Glu Arg Ile Ala Leu Ser Gly Asn Thr Gly Ile Ser Thr Gly
370 375 380
Pro His Leu His Tyr Glu Phe Arg Ile Asn Gly Arg Ala Val Asn Pro
385 390 395 400
Leu Thr Val Lys Leu Pro Gly Thr Ser Ser Gly Met Thr Ser Ala Glu
405 410 415
Arg Lys Gln Phe Leu Val Arg Val Arg Glu Ala Glu Lys Met Leu Lys
420 425 430
Pro
<210> 31
<211> 192
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT106
<400> 31
Ser Ser Asn Pro Glu Thr Leu Lys Ala Thr Asn Asp Ser Phe Gln Lys
1 5 10 15
Ser Glu Thr Ser Ile Pro His Phe Ser Pro Leu Ala Thr Gly Gly Val
20 25 30
Gln Leu Pro Lys Ala Asp Asp Ala Tyr Ser Leu Pro Asn Ile Glu Val
35 40 45
Lys Lys Gly Glu Asp Ile Asp Ile Arg Pro Pro Leu Ile Pro Leu Ala
50 55 60
Ile Ile Gln Asn Ser Ile Thr Lys Phe Asp Gly Glu Arg Ser Leu Ile
65 70 75 80
Val Tyr Pro Lys Gln Gln Ala Lys Leu Tyr Asn Leu Gln Gln Val Lys
85 90 95
Arg Leu Leu Lys Asp Glu Gly Ile Ser Ser Thr Thr Asp Gly Ser Ile
100 105 110
Leu Thr Thr Asp Trp Ala Lys Thr Glu Arg Ile Gly Asp Lys Ser Ile
115 120 125
Glu Ile Lys Tyr Gln Ile Glu Gln Val Met Thr Ala Asp Val Ser Val
130 135 140
Leu Thr Val Ser Ile Leu His Met Arg Arg Asp Gly Ile Ile Phe Thr
145 150 155 160
Pro Asn Val Ser Asp Lys Gln Tyr Tyr Thr Ser Glu Arg Leu Asn Arg
165 170 175
Ile Val Leu Thr Leu Thr Thr Ala Tyr Asn Lys Gln Leu Gln Asp Leu
180 185 190
<210> 32
<211> 537
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT107
<400> 32
Gln Pro Asp Thr Gly Ser Leu Asn Arg Glu Leu Glu Gln Arg Arg Ile
1 5 10 15
Gln Pro Glu Ala Lys Pro Ser Gly Glu Leu Phe Asn Gln Ala Ala Lys
20 25 30
Ser Pro Tyr Thr Ala Gln Tyr Lys Gln Glu Leu Lys Phe Pro Leu Thr
35 40 45
Gln Val Gln Ile Leu Asp Arg Asn Asn Gln Glu Val Val Thr Asp Glu
50 55 60
Leu Ala His Ile Leu Lys Asn Tyr Val Gly Lys Glu Val Ser Leu Ser
65 70 75 80
Asp Leu Ser Asn Leu Ala Asn Glu Ile Ser Glu Phe Tyr Arg Asn Asn
85 90 95
Asn Tyr Leu Val Ala Lys Ala Ile Leu Pro Pro Gln Glu Ile Glu Gln
100 105 110
Gly Thr Val Lys Ile Leu Leu Leu Lys Gly Asn Val Gly Glu Ile Arg
115 120 125
Leu Gln Asn His Ser Ala Leu Ser Asn Lys Phe Val Ser Arg Leu Ser
130 135 140
Asn Thr Thr Val Asn Thr Ser Glu Phe Ile Leu Lys Asp Glu Leu Glu
145 150 155 160
Lys Phe Ala Leu Thr Ile Asn Asp Val Pro Gly Val Asn Ala Gly Leu
165 170 175
Gln Leu Ser Ala Gly Lys Lys Val Gly Glu Ala Asn Leu Leu Ile Lys
180 185 190
Ile Asn Asp Ala Lys Arg Phe Ser Ser Tyr Val Ser Val Asp Asn Gln
195 200 205
Gly Asn Lys Tyr Thr Gly Arg Tyr Arg Leu Ala Ala Gly Thr Lys Val
210 215 220
Asn Asn Leu Thr Gly Trp Gly Asp Glu Leu Lys Leu Asp Leu Leu Ser
225 230 235 240
Ser Asn Gln Ala Asn Leu Lys Asn Ala Arg Ile Asp Tyr Ser Ser Leu
245 250 255
Ile Asp Gly Tyr Ser Thr Arg Phe Gly Val Thr Ala Asn Tyr Leu His
260 265 270
Tyr Lys Leu Gly Gly Asn Phe Lys Ser Leu Gln Ser Gln Gly His Ser
275 280 285
His Asn Leu Gly Ala Tyr Leu Leu His Pro Thr Ile Arg Thr Pro Asn
290 295 300
Phe Arg Leu Ser Thr Lys Val Ser Phe Asn His Gln Asn Leu Thr Asp
305 310 315 320
Glu Gln Gln Ala Val Thr Val Lys Gln Lys Arg Lys Ile Asn Ser Leu
325 330 335
Thr Val Gly Ile Asp Gly Ser Trp Asn Leu Ile Lys Asp Gly Thr Thr
340 345 350
Tyr Phe Ser Leu Ser Thr Leu Phe Gly Asn Leu Ala Asn Gln Thr Asn
355 360 365
Glu Lys Lys His Asn Ala Lys Glu Asp Phe Gln Pro Gln Ser His Phe
370 375 380
Thr Val Tyr Asn Tyr Arg Leu Ser His Glu Gln Ile Leu Pro Lys Ser
385 390 395 400
Phe Ala Phe Asn Ile Gly Ile Asn Gly Gln Phe Ala Asp Lys Thr Leu
405 410 415
Glu Ser Ser Gln Lys Met Leu Leu Gly Gly Leu Ser Gly Val Arg Gly
420 425 430
His Gln Ala Gly Ala Ala Ser Val Asp Glu Gly His Leu Ile Gln Thr
435 440 445
Glu Phe Lys His Tyr Leu Pro Val Phe Ser Gln Ser Val Leu Val Ser
450 455 460
Ser Leu Phe Tyr Asp Tyr Gly Phe Gly Lys Tyr Tyr Lys Asn Ser Gln
465 470 475 480
Ser Leu Ala Gln Ser Val Lys Asn Ser Val Lys Leu Gln Ser Val Gly
485 490 495
Ala Gly Leu Ser Phe Ser Asp Ala Gly Ser Tyr Ala Ile Asn Val Ser
500 505 510
Val Ala Lys Pro Leu Asp Asn Asn Ile Asp Asn Ala Asp Lys His Gln
515 520 525
Phe Trp Leu Ser Met Ile Lys Thr Phe
530 535
<210> 33
<211> 345
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT108
<400> 33
Thr Ser Asn Ile Lys Asn Ile Gln Ile Pro Thr Thr Leu Asn Gly Ser
1 5 10 15
Asp Pro Gln Gln Phe Gly Ala Lys Tyr Thr Asn Arg Thr Tyr Gln Gln
20 25 30
Ala Ala Leu Val Pro Val Ser Asn Ile Glu Asn Gln Ser Ala Val Ile
35 40 45
Asn Gln Gly Asp Phe Leu Thr Gln Leu Ser Asn Ile Lys Asn Tyr Ser
50 55 60
Ser Lys Leu Ser Thr Asn Phe Tyr Asp Asn Tyr Glu Lys Ile Thr Asn
65 70 75 80
Trp Val Leu Ser Gly Ala Asn Ile Asn Glu Leu Thr Gln Phe Asn Ile
85 90 95
His Pro Gln Ile Met Arg Gly Phe Asp Gly Tyr Gln Asn Val Leu Met
100 105 110
Thr Gly Tyr Tyr Ser Pro Ile Leu Tyr Ala Arg His Thr Pro Gln Gly
115 120 125
Gln Phe Lys Asn Pro Ile Tyr Arg Met Pro Val Lys Lys Arg Leu Ser
130 135 140
Arg Ala Gln Ile Tyr Ala Gly Ala Leu Thr Gly Lys Arg Leu Glu Leu
145 150 155 160
Ala Tyr Ser Asp Ser Met Leu Glu Asn Phe Leu Leu Gly Val Gln Gly
165 170 175
Ser Gly Tyr Val Asp Phe Gly Asp Gly Asn Leu Asn Tyr Phe Ala Tyr
180 185 190
Ala Gly Gln Asn Gly Tyr Pro Tyr Thr Ala Ile Gly Arg Leu Leu Val
195 200 205
Glu Asp Gly Glu Ile Pro Lys Glu Lys Met Ser Ile Gln Ala Ile Arg
210 215 220
Glu Trp Gly Asn Arg Asn Pro Ser Arg Val Gln Ser Leu Leu Glu Arg
225 230 235 240
Asn Glu Ala Tyr Val Phe Phe Lys Asn Asp Pro Ser Gly Lys Val Lys
245 250 255
Gly Ser Ala Gly Val Pro Leu Val Ala Met Ala Ser Val Ala Ser Asp
260 265 270
Arg Asn Ile Ile Pro Ser Gly Ser Val Leu Leu Val Glu Val Pro Asp
275 280 285
Ile Asp Asn Asn Gly Asn Trp Ile Gly Thr His Lys Leu His Leu Met
290 295 300
Val Ala Leu Asp Val Gly Gly Ala Val Lys Gly His His Phe Asp Leu
305 310 315 320
Tyr Arg Gly Ile Gly Ala Arg Ala Gly His Ile Ala Gly Leu Ser Lys
325 330 335
His Tyr Gly Arg Val Trp Val Leu Arg
340 345
<210> 34
<211> 534
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT109
<400> 34
Ser Ser Asn Lys Tyr Asp Ala Glu Ala Ile Asn Ile Ser Gly Ser Leu
1 5 10 15
Arg Met Gln Ser Tyr Arg Leu Leu Tyr Glu Met Gln Glu Gln Pro Glu
20 25 30
Ser Val Glu Thr Asn Leu Arg Arg Tyr His Ile Ser Leu His Ser Ser
35 40 45
Ala Leu Leu Glu Val Gln Asn Gln Phe Phe Thr Pro Asn Val Leu Lys
50 55 60
His Ser Tyr Gln Asn Ile Leu Gln Arg Trp Thr Asn Met Glu Lys Tyr
65 70 75 80
Ala Arg Gln Gln Asp Val Lys Asn Tyr Ser Lys Gln Leu Thr Asn Tyr
85 90 95
Val Ala Asp Val Asp Tyr Phe Val Phe Glu Leu Gln Arg Phe Ser Glu
100 105 110
Gln Lys Trp Ile Leu Gly Val Ser Val Leu Gly Phe Ala Met Leu Leu
115 120 125
Ile Leu Leu Met Val Ser Tyr Val Ile Trp Tyr Thr Asn Arg Glu Val
130 135 140
Val Lys Pro Leu His Leu Met Thr Lys Ala Ser Met Gln Val Gln Met
145 150 155 160
Arg Gln Phe Asn His Ile Pro Leu Asp Thr Arg Lys Gln Asn Glu Leu
165 170 175
Gly Thr Leu Ala Arg Val Phe Thr Gln Met Ser Thr Glu Leu Gly Gln
180 185 190
Leu Tyr Ser Arg Leu Glu Glu Ala Val Asn Glu Lys Thr Gln Lys Leu
195 200 205
Arg Gln Thr Asn Arg Thr Leu Ser Thr Leu Tyr Gln Ser Ala Gln Leu
210 215 220
Leu Asn Thr Asn Thr Ile Asn Asp Lys Ile Leu Asn Gln Val Leu His
225 230 235 240
Tyr Ile Phe Ile Ser Asp His Leu Asn Phe Val Lys Val Glu Val Met
245 250 255
Gly Ala Glu His Trp Asp Ile Thr Leu Gly Lys Gln Asp Ala Asn Asn
260 265 270
Glu Leu Gln Ile Glu Thr Leu Ser Val Asp Asn Glu Glu Leu Gly Val
275 280 285
Leu Ser Trp Gln Ala Gly Leu Pro Cys Pro Asp Pro Arg Ile Met Gln
290 295 300
Asn Leu Ala Gln Met Leu Ala Arg Ala Leu Tyr Phe His Lys Asn Leu
305 310 315 320
Arg Gln Lys Glu Gln Ile Leu Leu Met Glu Glu Arg Ser Ile Ile Ala
325 330 335
Arg Glu Leu His Asp Ser Leu Ala Gln Val Leu Ser Phe Leu Gln Ile
340 345 350
Gln Leu Thr Leu Leu Lys His Asn Leu Lys Lys Glu Asp Glu Gln Ser
355 360 365
Lys Glu Lys Ser Leu Ala Ile Ile Ala Asn Phe Glu Gln Ala Leu Ser
370 375 380
Gly Gly Tyr Ala Gln Leu Arg Glu Leu Leu Ala Thr Phe Arg Leu Thr
385 390 395 400
Ile Gln Glu Ala Asn Leu Gln Leu Ala Leu Lys Gln Val Ile Asp Ser
405 410 415
Leu Arg Ser Gln Thr Thr Met Gln Met Asn Val Asn Cys Gln Leu Pro
420 425 430
Ser Gln Ser Leu Asn Pro Gln Gln Leu Val His Val Leu Gln Ile Val
435 440 445
Arg Glu Ala Thr Thr Asn Ala Ile Lys His Ser Gln Gly Thr Val Ile
450 455 460
Glu Ile Ser Ala Arg Ile Asn Ala Glu Gly Glu Tyr Glu Ile Leu Val
465 470 475 480
Glu Asp Asp Gly Val Gly Ile Pro Asn Leu Glu Glu Pro Glu Gly His
485 490 495
Tyr Gly Leu Asn Ile Met Ala Glu Arg Cys Arg Gln Leu Asn Ala Gln
500 505 510
Leu His Ile His Arg Arg Glu Gln Gly Gly Thr Gln Val Lys Ile Thr
515 520 525
Leu Pro His Thr Leu Tyr
530
<210> 35
<211> 402
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT110
<400> 35
Ser Ser Arg Lys Leu Lys Leu Gln Ser Leu Ala Asn Lys Gly Asp Val
1 5 10 15
Arg Ala Leu Gln Val Leu Lys Leu Gln Glu His Pro Gly Arg Phe Ile
20 25 30
Thr Val Val Gln Ile Leu Leu Asn Met Val Ala Ile Leu Gly Gly Gly
35 40 45
Ile Gly Glu Ser Ala Leu Ser Pro Tyr Ile Ala Asp Ile Leu Asn Arg
50 55 60
Ser Phe Glu Gly Ser Trp Ile Glu Pro Thr Ala Ser Thr Ile Ala Phe
65 70 75 80
Ile Leu Val Thr Cys Leu Phe Ile Leu Phe Ala Asp Leu Ile Pro Lys
85 90 95
Arg Ile Ala Ile Thr Tyr Pro Glu Met Val Ala Leu Ser Val Val Gly
100 105 110
Ile Met Asn Phe Ser Met Tyr Val Phe Lys Pro Leu Val Trp Phe Phe
115 120 125
Asp Thr Ile Ala Asn Val Phe Phe Arg Leu Phe Arg Ile Ser Thr Val
130 135 140
Arg Glu Asp Gly Met Thr Ser Glu Asp Ile Phe Ala Val Val Glu Ala
145 150 155 160
Gly Ala Glu Ala Gly Val Leu Lys Thr Gln Glu His Tyr Leu Ile Glu
165 170 175
Asn Ile Phe Asp Met Gln Ala Arg Thr Val Thr Ser Thr Met Thr Thr
180 185 190
Arg Glu Asn Ile Val Tyr Leu Asp Arg Thr Phe Ser Arg Gln Glu Val
195 200 205
Met Asp Thr Leu Ser Arg Asp Ser His Ser Lys Ile Val Ile Cys Asp
210 215 220
Asn Gly Leu Asp Lys Ile Leu Gly Tyr Ile Glu Ser His Thr Leu Leu
225 230 235 240
Thr Met Tyr Leu Gln Asn Glu Asn Val Val Leu Thr Asp Pro Lys Leu
245 250 255
Leu Arg Lys Ala Leu Phe Val Pro Asp Thr Leu Ser Leu Tyr Glu Val
260 265 270
Leu Glu Leu Phe Lys Ser Thr Gly Glu Asp Phe Ala Ile Ile Val Asn
275 280 285
Glu Tyr Ala Leu Val Val Gly Ile Val Thr Leu Asn Asp Val Met Ser
290 295 300
Ile Val Met Gly Glu Leu Val Ser Asn Glu Glu Glu Tyr Ile Val Ser
305 310 315 320
Arg Asp Glu Asn Ser Trp Leu Ile Asp Gly Ala Thr Pro Leu Lys Glu
325 330 335
Val Thr Arg Val Leu Asp Ile Ala Tyr Phe Pro Asp Glu Glu Asn Tyr
340 345 350
Glu Thr Ile Ser Gly Phe Met Met Tyr Met Leu Arg Lys Ile Pro Lys
355 360 365
Lys Thr Asp Ser Val Val Tyr Gly Lys Tyr Lys Phe Glu Val Ile Asp
370 375 380
Thr Glu Asn Phe Lys Ile Asp Gln Ile Leu Val Ser Leu Val Lys Glu
385 390 395 400
Gln Glu
<210> 36
<211> 265
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT111
<400> 36
Gln Asp Lys Asp Thr Glu Ala Lys Ile Lys Gln Leu Asn Gln Thr Val
1 5 10 15
Ala Gln Leu Ser Ala Glu Asn Thr Lys Leu Lys Glu Gln Ile Glu Lys
20 25 30
Thr Val Pro Ala Ile Ile Val Glu Asn Asp Glu Ile Phe Asn Gln Ser
35 40 45
Glu Ile Ile Lys His Pro Lys Ser Lys Glu Asp Tyr Gln Pro Glu Glu
50 55 60
Thr Lys Ile Glu Tyr Ser Ile Ser Thr Ile Lys Thr Asn Ile Asp Trp
65 70 75 80
Leu Asn Asp Leu Leu Trp Lys Lys Leu Thr Glu Asn Glu Glu Thr Lys
85 90 95
Asn Ile Ser Arg Glu Gln Phe Val Ala Arg Tyr Gln Thr Ala Phe Glu
100 105 110
Glu Asp Lys Lys Glu Ala Lys Glu Thr Pro Ser Phe Gly Ile Ser His
115 120 125
Ser Ile Trp Thr Asn Phe Ile Gly Gln Lys Glu Lys Leu Ala Thr Phe
130 135 140
Ala Ile Ser Phe Tyr Asp Tyr Glu Gly Gly Ala His Gly Ile Glu Gly
145 150 155 160
Asn Arg Tyr Phe Thr Ile Asp Leu Thr Thr Arg His Ile Leu Thr Leu
165 170 175
Asn Asp Leu Phe Asn Glu Lys Asp Leu Pro Lys Val Lys Thr Leu Leu
180 185 190
Trp Glu Gln Tyr Asn Asn Ser Asn Lys Glu Tyr Glu Pro Ile Ile Glu
195 200 205
Ala Asp Ser Phe Asn Leu Ser Asn Asn Ile Tyr Leu Asp Ser Lys Gly
210 215 220
Val His Phe Ile Tyr Asp Val Tyr Glu Ile Ala Pro Tyr Ala Ala Gly
225 230 235 240
Glu Gln Asp Leu Met Leu His Phe Gly Gln Leu Glu Glu Leu Phe Lys
245 250 255
Pro Glu Phe Arg Gln Gly Asn Asp Ile
260 265
<210> 37
<211> 231
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT112
<400> 37
Ala Asn His Asn Ala Thr Lys Gln Ala Ser Glu Arg Asn Asp Ser Leu
1 5 10 15
Glu Asp Phe Asn Arg Thr Met Trp Lys Phe Asn Tyr Asn Val Ile Asp
20 25 30
Arg Tyr Val Leu Glu Pro Ala Ala Lys Gly Trp Asn Asn Tyr Val Pro
35 40 45
Lys Pro Ile Ser Ser Gly Leu Ala Gly Ile Ala Asn Asn Leu Asp Glu
50 55 60
Pro Val Ser Phe Ile Asn Arg Leu Ile Glu Gly Glu Pro Lys Lys Ala
65 70 75 80
Phe Val His Phe Asn Arg Phe Trp Ile Asn Thr Val Phe Gly Leu Gly
85 90 95
Gly Phe Ile Asp Phe Ala Ser Ala Ser Lys Glu Leu Arg Ile Asp Asn
100 105 110
Gln Arg Gly Phe Gly Glu Thr Leu Gly Ser Tyr Gly Val Asp Ala Gly
115 120 125
Thr Tyr Ile Val Leu Pro Ile Tyr Asn Ala Thr Thr Pro Arg Gln Leu
130 135 140
Thr Gly Ala Val Val Asp Ala Ala Tyr Met Tyr Pro Phe Trp Gln Trp
145 150 155 160
Val Gly Gly Pro Trp Ala Leu Val Lys Tyr Gly Val Gln Ala Val Asp
165 170 175
Ala Arg Ala Lys Asn Leu Asn Asn Ala Glu Leu Leu Arg Gln Ala Gln
180 185 190
Asp Pro Tyr Ile Thr Phe Arg Glu Ala Tyr Tyr Gln Asn Leu Gln Phe
195 200 205
Lys Val Asn Asp Gly Lys Leu Val Glu Ser Lys Glu Ser Leu Pro Asp
210 215 220
Asp Ile Leu Lys Glu Ile Asp
225 230
<210> 38
<211> 341
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT113
<400> 38
Ser Asn Ser Ser Asn Gln Gly Ile Asn Tyr Asp Glu Ala Phe Ala Lys
1 5 10 15
Asp Thr Gln Gly Leu Asp Ile Leu Thr Gly Gln Phe Ser His Asn Ile
20 25 30
Asp Arg Ile Trp Gly Val Asn Glu Leu Leu Val Ala Ser Arg Lys Asp
35 40 45
Tyr Val Lys Tyr Thr Asp Ser Phe Tyr Thr Arg Ser His Val Ser Phe
50 55 60
Asp Glu Gly Asn Ile Val Ile Glu Thr Gln Gln Asp Leu Asn Arg Leu
65 70 75 80
His Asn Ala Ile Val His Thr Leu Leu Met Gly Ala Asp Ala Lys Gly
85 90 95
Ile Asp Leu Phe Thr Ser Gly Asp Val Pro Ile Ser Ser Arg Pro Phe
100 105 110
Leu Leu Gly Gln Val Val Asp His Gln Gly Gln Gln Ile Ala Asn Gln
115 120 125
Val Ile Ala Ser Asn Phe Ala Thr Tyr Leu Ile Gln Asn Lys Leu Gln
130 135 140
Thr Arg Arg Leu Gln Asn Gly His Thr Val Gln Phe Val Ser Val Pro
145 150 155 160
Met Ile Ala Asn His Val Glu Val Arg Ala Arg Lys Tyr Leu Pro Leu
165 170 175
Ile Arg Lys Ala Ala Gln Arg Tyr Gly Ile Asp Glu Ser Leu Ile Leu
180 185 190
Gly Ile Met Gln Thr Glu Ser Ser Phe Asn Pro Tyr Ala Ile Ser Tyr
195 200 205
Ala Asn Ala Ile Gly Leu Met Gln Val Val Pro His Thr Ala Gly Arg
210 215 220
Asp Val Phe Ala Met Lys Gly Lys Gly Gly Gln Pro Ser Thr Arg Tyr
225 230 235 240
Leu Tyr Asp Pro Ala Asn Asn Ile Asp Ala Gly Val Ser Tyr Leu Trp
245 250 255
Ile Leu Gln Asn Gln Tyr Leu Asp Gly Ile Thr Asn Pro Thr Ser Lys
260 265 270
Arg Phe Ala Met Ile Ser Ala Tyr Asn Ser Gly Ala Gly Ala Val Leu
275 280 285
Arg Val Phe Asp Asn Asp Lys Asp Thr Ala Ile Tyr Lys Ile Asn Gln
290 295 300
Met Tyr Pro Glu Gln Val Tyr Arg Ile Leu Thr Thr Val His Pro Ser
305 310 315 320
Ser Gln Ala Arg Asn Tyr Leu Leu Lys Val Asp Lys Ala Gln Lys Lys
325 330 335
Phe Arg Val Arg Arg
340
<210> 39
<211> 574
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT114
<400> 39
Asp Ser Pro Asn Thr Ala Thr Ala Ser Ile Asn Leu Glu Gln Glu Lys
1 5 10 15
Gln Asn Trp Ala Ser Ile Gln His Gln Asp Tyr Leu Lys Arg Leu Lys
20 25 30
Gln Arg Glu Val Phe Leu Gln Val Glu Gly Leu Leu Lys Ser Ala Val
35 40 45
Lys Lys Gln Gln Phe Ser Glu Ala Ile Gln Asn Ile Thr Lys Thr Leu
50 55 60
Ile Asp Ser Leu Gln Gly Tyr Pro Leu Gln Tyr Asp Leu Leu Ala Arg
65 70 75 80
Phe Trp Glu Thr Lys Ile Ala Phe Leu Gln Asn Asp Asp Ile Gln Gly
85 90 95
Lys Gln Gln Ala Ile Asn Glu Val Asn Ala Leu Val Gln Gln Asn Tyr
100 105 110
Pro Phe Val Thr Pro Ala Phe Gln Ala Leu Leu Gln Lys Leu Ser Thr
115 120 125
Leu Asn Glu Gln Gln Thr Ser Ala Thr Ser Asp Asn Ala Lys Glu Asn
130 135 140
Asn Arg Val Gln Lys Glu Gln Asn Gln Val Glu Asn Pro Lys Gln Leu
145 150 155 160
Ala Glu Ile Val Arg Lys Ser Asp Pro Asn Thr Leu Asp Lys Thr Val
165 170 175
Leu Ile Asp Ala Phe Pro Arg Tyr Leu Lys Thr Leu Pro Glu Gln Met
180 185 190
Asn Asn Leu Ser Phe Glu Ser Tyr Gln Lys Trp Ala Asn Thr Trp Gln
195 200 205
Leu Ser Glu Asp Glu Ile Lys Gln Trp Lys Ile Ala Phe Leu Asn Arg
210 215 220
Phe Phe Asp Asn Glu Asn Thr Asp Phe Gln Lys Trp Arg Asp Glu Gln
225 230 235 240
Ile Arg Gln Leu Gln Thr Asp Asn Leu Thr Glu Arg Arg Leu Arg Met
245 250 255
Ala Ile Trp Gln Lys Thr Glu Leu Thr Ser Trp Leu Asn Leu Leu Ser
260 265 270
Ala Glu Ser Lys Ser Lys Gln Glu Trp Arg Tyr Trp Glu Ala Lys Gln
275 280 285
Asp Ile Leu Lys Asn Thr Lys Lys Leu Thr Ala Leu Ser Lys Glu Arg
290 295 300
Gly Phe Tyr Pro Met Leu Ala Ala Thr Gln Leu Lys Gln Ala Tyr Gln
305 310 315 320
Leu Asn Val Pro Ile Ala Ser Ser Phe Thr Gln Ala Glu Gln Leu Pro
325 330 335
Phe Lys Gln Val Phe Ala Met Ile Thr Glu Leu Arg Glu Leu Gly Arg
340 345 350
Asn Gly Leu Ala Lys Gln Arg Trp Arg Ile Leu Leu Asp Asn Val Asp
355 360 365
Phe Thr Thr Gln Leu Lys Leu Ser Glu Tyr Ala Lys Asn Gln Gln Trp
370 375 380
Phe Glu Leu Ala Val Asp Ala Ser Ile Val Ala Lys Ala Trp Gly Tyr
385 390 395 400
Leu Ser Leu Arg Leu Pro Asn Ala Tyr Ser Glu Tyr Phe Asn Ala Ala
405 410 415
Leu Gln Asn Leu Asn Ile Ser Lys Thr Phe Ala Met Ala Ile Ala Arg
420 425 430
Gln Glu Ser Ala Trp Asn Pro Met Ala Gln Ser Ser Ala Asn Ala Arg
435 440 445
Gly Leu Met Gln Leu Leu Pro Ser Thr Ala Lys Leu Thr Ala Glu Asn
450 455 460
Asn Gln Leu Pro Tyr Gln Gly Glu Gln Asp Leu Phe Lys Pro Leu Asn
465 470 475 480
Asn Ile Leu Leu Gly Thr Ala His Leu Asn Glu Leu Asn Gly Lys Tyr
485 490 495
Pro Asn Asn Arg Ile Leu Ile Ala Ala Ala Tyr Asn Ala Gly Ala Asn
500 505 510
Arg Val Glu Lys Trp Leu Ser Arg Ala Ser Gly Lys Leu Ala Leu Asp
515 520 525
Glu Phe Val Ala Ser Ile Pro Phe Tyr Glu Thr Arg Gly Tyr Val Gln
530 535 540
Asn Val Val Ala Tyr Asp Phe Tyr Tyr Gln Ile Leu Gln Asn Lys Glu
545 550 555 560
Asn Pro Gln Ile Phe Ser Gln Glu Glu Leu Asn Arg Leu Tyr
565 570
<210> 40
<211> 147
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT115
<400> 40
Gly Trp His Phe Gln Gln Ser Val Thr Met Pro Asn Glu Trp Arg Thr
1 5 10 15
Leu Ala Leu Glu Ser Asp Asp Ser Tyr Asn Asp Phe Thr Val Ile Met
20 25 30
Arg Arg Lys Leu Gln Glu Asn Gln Val Asn Val Val Asn Leu Glu Gln
35 40 45
Asn Ile Pro Ile Leu Arg Ile Asn Lys Gln Ile Thr Ser Asp Gln Val
50 55 60
Ala Ser Ile Phe Lys His Gly Arg Glu Ala Glu Lys Leu Leu Met Leu
65 70 75 80
Glu Val Glu Ala Thr Phe Arg Leu Ala Asn Gly Glu Ser Tyr Pro Ile
85 90 95
Asn Ala Lys Val Asn Arg Thr Phe Phe Asp Asn Ala Arg Ala Ala Leu
100 105 110
Ala Lys Ser Glu Glu Arg Glu Val Ile Trp Asn Asp Met Arg Glu Gln
115 120 125
Val Ala Arg Gln Leu Ile Val Lys Ile Ile Ala Leu Gln Asn Gln Ile
130 135 140
Lys Arg Lys
145
<210> 41
<211> 612
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT116
<400> 41
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Phe Asp Val Asp Asp Val Ser Asn Pro Ser
1 5 10 15
Ser Ser Lys Pro Arg Tyr Gln Asp Asp Thr Ser Ser Ser Arg Thr Lys
20 25 30
Ser Asn Leu Glu Lys Leu Ser Ile Pro Ser Leu Gly Gly Gly Met Lys
35 40 45
Leu Val Ala Gln Asn Leu Ser Gly Asn Lys Glu Pro Ser Phe Leu Asn
50 55 60
Glu Asn Gly Tyr Ile Ser Tyr Phe Ser Ser Pro Ser Thr Ile Glu Asp
65 70 75 80
Asp Val Lys Asn Val Lys Thr Glu Asn Lys Ile His Thr Asn Pro Ile
85 90 95
Gly Leu Glu Pro Asn Arg Ala Leu Gln Asp Pro Asn Leu Gln Lys Tyr
100 105 110
Val Tyr Ser Gly Leu Tyr Tyr Ile Glu Asn Trp Lys Asp Phe Ser Lys
115 120 125
Leu Ala Thr Glu Lys Lys Ala Tyr Ser Gly His Tyr Gly Tyr Ala Phe
130 135 140
Tyr Tyr Gly Asn Lys Thr Ala Thr Asp Leu Pro Val Ser Gly Val Ala
145 150 155 160
Thr Tyr Lys Gly Thr Trp Asp Phe Ile Thr Ala Thr Lys Tyr Gly Gln
165 170 175
Asn Tyr Ser Leu Phe Ser Asn Ala Arg Gly Gln Ala Tyr Phe Arg Arg
180 185 190
Ser Ala Thr Arg Gly Asp Ile Asp Leu Glu Asn Asn Ser Lys Asn Gly
195 200 205
Asp Ile Gly Leu Ile Ser Glu Phe Ser Ala Asp Phe Gly Thr Lys Lys
210 215 220
Leu Thr Gly Gln Leu Ser Tyr Thr Lys Arg Lys Thr Asp Ile Gln Gln
225 230 235 240
Tyr Glu Lys Glu Lys Leu Tyr Asp Ile Asp Ala His Ile Tyr Ser Asn
245 250 255
Arg Phe Arg Gly Lys Val Thr Pro Thr Lys Ser Thr Ser Asp Glu His
260 265 270
Pro Phe Thr Ser Glu Gly Thr Leu Glu Gly Gly Phe Tyr Gly Pro Asn
275 280 285
Ala Glu Glu Leu Gly Gly Lys Phe Leu Ala Arg Asp Lys Arg Val Phe
290 295 300
Gly Val Phe Ser Ala Lys Glu Thr Pro Glu Thr Glu Lys Glu Lys Leu
305 310 315 320
Ser Lys Glu Thr Leu Ile Asp Gly Lys Leu Ile Thr Phe Ser Thr Lys
325 330 335
Thr Ala Asp Ala Thr Thr Ser Thr Thr Ala Ser Thr Thr Ala Asp Val
340 345 350
Lys Thr Asp Glu Lys Asn Phe Thr Thr Lys Asp Ile Ser Ser Phe Gly
355 360 365
Glu Ala Asp Tyr Leu Leu Ile Asp Asn Tyr Pro Val Pro Leu Phe Pro
370 375 380
Glu Gly Asp Thr Asp Asp Phe Val Thr Ser Lys His His Asp Ile Gly
385 390 395 400
Asn Lys Thr Tyr Lys Val Glu Ala Cys Cys Lys Asn Leu Ser Tyr Val
405 410 415
Lys Phe Gly Met Tyr Tyr Glu Asp Lys Glu Lys Lys Asn Thr Asn Gln
420 425 430
Thr Gly Gln Tyr His Gln Phe Leu Leu Gly Leu Arg Thr Pro Ser Ser
435 440 445
Gln Ile Pro Val Thr Gly Asn Val Lys Tyr Leu Gly Ser Trp Phe Gly
450 455 460
Tyr Ile Gly Asp Asp Lys Thr Ser Tyr Ser Thr Thr Gly Asn Lys Gln
465 470 475 480
Gln Asp Lys Asn Ala Pro Ala Glu Phe Asp Val Asn Phe Asp Asn Lys
485 490 495
Thr Leu Thr Gly Lys Leu Lys Arg Ala Asp Ser Gln Asn Thr Val Phe
500 505 510
Asn Ile Glu Ala Thr Phe Lys Asn Gly Ser Asn Ala Phe Glu Gly Lys
515 520 525
Ala Thr Ala Asn Val Val Ile Asp Pro Lys Asn Thr Gln Ala Thr Ser
530 535 540
Lys Val Asn Phe Thr Thr Thr Val Asn Gly Ala Phe Tyr Gly Pro His
545 550 555 560
Ala Thr Glu Leu Gly Gly Tyr Phe Thr Tyr Asn Gly Asn Asn Pro Thr
565 570 575
Ala Thr Asn Ser Glu Ser Ser Ser Thr Val Pro Ser Pro Pro Asn Ser
580 585 590
Pro Asn Ala Arg Ala Ala Val Val Phe Gly Ala Lys Arg Gln Val Glu
595 600 605
Lys Thr Asn Lys
610
<210> 42
<211> 350
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT117
<400> 42
Asn Thr Ile Ile Pro Asn Tyr Asn Thr Asp Ala His Leu Tyr Glu Phe
1 5 10 15
Thr Gln Thr Tyr Asp Leu Val Val Pro Lys Gly Ser Gln Gly Gln Thr
20 25 30
Asn Leu Trp Val Pro Leu Pro Phe Asn Gly Glu Tyr Gln Gln Val Lys
35 40 45
Ser Ile His Phe Glu Gly Asn Tyr Met Asn Ala Tyr Val Thr Glu Asn
50 55 60
Asn Lys Tyr Gly Ala Lys Thr Leu Phe Ala Thr Trp Asp Lys Asp Ala
65 70 75 80
Gln Lys Arg Asp Leu Lys Val Thr Met Val Ile Glu Thr Lys Asp Arg
85 90 95
Glu Pro Met Val Lys Gly Ala Leu Glu Asn Tyr Thr Pro Pro Lys Asp
100 105 110
Ile Gln Tyr Ser Val Asp Val Gln Glu Tyr Leu Lys Ala Thr Pro His
115 120 125
Ile Lys Thr Asp Gly Ile Val Lys Glu Phe Ala Asp Lys Ile Leu Gly
130 135 140
Lys Glu Thr Asn Pro Leu Lys Lys Ala Glu Leu Ile His His Trp Ile
145 150 155 160
Val Lys Asn Met Glu Arg Asp Asn Ser Val Leu Gly Cys Gly Asp Gly
165 170 175
Asp Val Glu Lys Ile Leu Thr Thr Gly Val Leu Lys Gly Lys Cys Thr
180 185 190
Asp Ile Asn Ser Val Phe Val Ala Leu Ala Arg Ala Ala Gly Ile Pro
195 200 205
Ala Arg Glu Ile Phe Gly Ile Arg Leu Gly Thr Ala Glu Lys Met Gly
210 215 220
Lys Tyr Ser Lys Gly Ala Phe Gly Ser Ala Asn Glu Gln Gly Ile Val
225 230 235 240
Asn Val Ser Gly Gly Gln His Cys Arg Ala Glu Phe Tyr Leu Ala Gly
245 250 255
Phe Gly Trp Val Pro Val Asp Ser Ala Asp Val Ala Lys Met Arg Leu
260 265 270
Ala Glu Lys Lys Ser Val Glu Asp Lys Asp Thr Gln Ala Val Ala Lys
275 280 285
Tyr Leu Phe Gly Asn Trp Glu Ala Asn Trp Val Gly Phe Asn His Ala
290 295 300
Arg Asp Phe Asp Leu Tyr Pro Gln Pro Glu Leu Ala Pro Ile Asn Asn
305 310 315 320
Phe Gly Tyr Pro Tyr Ala Glu Val Gly Gly Asp Pro Leu Asn Ser Phe
325 330 335
Asp Pro Lys Glu Phe Lys Tyr Asp Tyr Val Ser Lys Lys Leu
340 345 350
<210> 43
<211> 184
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT118
<400> 43
Trp Phe Tyr Ser Leu Asn Gln Glu Thr Ala Asp Leu Ser Glu Leu Val
1 5 10 15
Lys Lys Pro Asp Ser Pro Asp Tyr Val Gly Tyr Lys Met Glu Thr Thr
20 25 30
Val Phe Ser Pro Glu Gly Lys Lys Gln Tyr Leu Ala Leu Ser Asp Lys
35 40 45
Ile Glu His Tyr Thr Val Asn Glu Gln Thr Leu Phe Thr Ala Pro Leu
50 55 60
Val Tyr Leu Tyr Pro Thr Thr Ser Asn Glu Lys Glu Gln Asn Pro Asn
65 70 75 80
Gln Asn Val Asp Phe Phe Ser Thr Gln Asn Trp Lys Leu Ser Ala Asn
85 90 95
Gln Ala Arg Leu Thr Lys Asp Gln Ile Leu Tyr Leu Glu Gly Asn Val
100 105 110
Val Val Gln Ser Leu Thr Ser Asp Ser Arg Leu Gln Arg Ile Glu Thr
115 120 125
Glu Ser Ala Val Val Asn Leu Lys Thr Gln Asp Met Thr Ser Glu Thr
130 135 140
Gln Val Lys Ile Lys Gly Lys Asn Phe Ser Ser Thr Gly Leu Lys Leu
145 150 155 160
Val Gly Asn Leu Arg Gln Gln Val Ala Thr Leu Lys Glu Gln Val Lys
165 170 175
Thr Tyr Tyr Glu Val Ser Lys Gln
180
<210> 44
<211> 909
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT123
<400> 44
Gln Ser Leu Glu Leu Ser Pro Asn Asn Asp Leu Pro Phe Asp Pro Asn
1 5 10 15
Ile Gln His Gly Lys Leu Ser Asn Gly Leu Gln Tyr Phe Val Leu Lys
20 25 30
Asn Thr Glu Pro Lys Glu Arg Val Tyr Ile Arg Leu Val Ile Asn Ala
35 40 45
Gly Ser Met His Glu Asp Asp Asp Gln Lys Gly Ile Ala His Leu Val
50 55 60
Glu His Met Ala Phe Asn Gly Ser Lys Lys Tyr Pro Glu Asn Gln Ile
65 70 75 80
Ile Asn Ala Leu Glu Lys Leu Gly Met Lys Phe Ala Arg Asp Ile Asn
85 90 95
Ala Phe Thr Asp Phe Glu Asn Thr Val Tyr Thr Leu Asn Leu Asp Ser
100 105 110
Asn Asn Gln Gln Lys Leu Glu Leu Ala Phe Asp Val Ile Asn Glu Trp
115 120 125
Met Asn Asn Ile Thr Phe Leu Pro Lys Asp Val Asp Gly Glu Arg Gly
130 135 140
Val Val Gln Glu Glu Trp Arg Arg Arg Leu Ser Pro Met Leu Arg Ile
145 150 155 160
Gly Asn Lys Lys Ser Ala Ile Glu Met Ala Gly Ser Arg Tyr Val Leu
165 170 175
Arg Asp Pro Ile Gly Asp Met Asp Ile Ile Lys Thr Ile Ser Ala Lys
180 185 190
Arg Val Ala Asp Phe Tyr His Lys Trp Tyr Arg Pro Asp Asn Met Ser
195 200 205
Val Ile Ile Val Gly Asp Ile Asp Thr Lys Gln Val Val Lys Leu Leu
210 215 220
Lys Gln Asn Leu Ser Gln Glu Asn Pro Ile Thr Lys Thr Thr Leu Glu
225 230 235 240
Lys Ile Asp Phe Asn Ile Pro Leu Ile Asn Lys Trp Arg Leu Asp Ser
245 250 255
Ile Ser Glu Gln Gly Thr Thr Ile Pro Ser Ile Glu Leu Ser Phe Phe
260 265 270
Glu Asn Thr Ile Glu Thr Asn Thr Leu Ala Ser Tyr Lys Gln Glu Leu
275 280 285
Ile Gln Gln Ile Thr Thr Arg Leu Leu Asn Leu Arg Leu Gln Gln Trp
290 295 300
Glu Lys Glu Thr Glu Asn Gly Val Asp Ser Ala Asn Phe Tyr Arg Thr
305 310 315 320
His Leu Gly Lys Glu Thr Leu Gln Ser Ile Phe Ser Leu Gln Leu Ile
325 330 335
Asp Thr Gln Tyr Ser Lys Thr Ile Asp Lys Leu Phe Ala Phe Ile Ala
340 345 350
Ser Ile Lys Gln Gln Gly Phe Thr Gln Asn Glu Leu Asn Gly Glu Ile
355 360 365
Lys Arg Leu Thr Gln Leu Asn Glu Lys Gln Leu Asn Ile Arg Ser Gly
370 375 380
Ser Leu Lys Ile Ala Asp Asp Leu Ile Thr Ser Val Ala Asn Lys Gln
385 390 395 400
Val Val Leu Ser Val Asn Asp Arg Tyr Glu Leu Asn Lys Arg Phe Leu
405 410 415
Ser Gln Ile Thr Leu Ala Asp Leu Gln Arg Thr Leu Asn Gln Thr Leu
420 425 430
Ala Leu Lys Ala Lys Leu Leu Leu Ile Thr Gln Pro Leu Pro Gln Lys
435 440 445
Ala Leu Pro Phe Asp Val Val Glu Ile Glu Thr Arg Trp Asn Asn Ala
450 455 460
Met Lys Met Gln Gln His Gln Trp Asp Glu Lys Lys Gln Ile Glu Lys
465 470 475 480
Leu Pro His Leu Thr Phe Asn Thr Gly Ser Leu Ser Gln Glu Lys Tyr
485 490 495
Trp Asp Arg Gly Asp Ile Tyr Glu Phe Arg Leu Ser Asn Gly Ser Lys
500 505 510
Leu Ile Tyr His Tyr Ser Asp Lys Thr Pro Asn Gln Val His Phe Arg
515 520 525
Ala Val Thr Gln Gly Gly Leu Arg Ser Ile Pro Asp Lys Asp Tyr His
530 535 540
Leu Leu Arg Ala Ala Val Ser Val Val Asp Glu Thr Gly Val Gly Glu
545 550 555 560
Leu Ser Leu Ser Ala Val Asn Gln Ile Phe Ser Arg Asp Pro Leu Val
565 570 575
Ile Ala Thr Val Ile Asp Asp Asp Lys Gln Gly Phe Thr Gly Val Ser
580 585 590
Lys Pro Lys Asp Leu Glu Asn Leu Leu Thr Leu Phe Arg Leu Lys Leu
595 600 605
Arg Ser Ser Pro Ile Ser Asp Leu Ala Leu Glu Lys Tyr Arg Arg Glu
610 615 620
Thr Arg Asp Tyr Phe Lys Gln Ile Asp Leu Glu Thr Gln Phe Met Gln
625 630 635 640
Ala Val Ser Lys Leu Arg Phe Pro Asn Ile Glu Thr Val Tyr Thr Gln
645 650 655
Lys Gln Ala Gln Gln Leu Ala Phe Asp Lys Asn Gln Leu Ser Asn Ala
660 665 670
Tyr Gln Arg Tyr Ile Leu Asn Lys Thr Asp Phe Thr Tyr Phe Ile Ile
675 680 685
Gly Asp Ile Glu Leu Asn Gln Val Lys Lys Leu Ala Glu Arg Tyr Leu
690 695 700
Ala Ser Val Glu Ser Lys Thr Gln Ile Arg His Phe Val Pro Thr Ile
705 710 715 720
Ile His Thr Pro Thr Gln Ser Phe Ile Met Asn Gly Leu Lys Glu Pro
725 730 735
Arg Ala Asp Val Glu Ile Tyr Leu Thr Ala Asp Asn Thr Trp Arg Ala
740 745 750
Glu Gln Lys Tyr Leu Phe Asn Ile Leu Ala Asp Ile Val Gln Glu Lys
755 760 765
Leu Arg Leu Ile Leu Arg Glu Lys Val Ser Gly Val Tyr Ser Val Asn
770 775 780
Ser Trp Phe Met Gln Asp Val His Thr Pro Gln Ile Glu Gly Lys Ile
785 790 795 800
Glu Phe Ser Cys Asp Pro Lys Arg Val Glu Glu Leu Thr His Leu Thr
805 810 815
Asn Gln Val Leu Asp Asp Ile Val Lys Asn Gly Ile Asp Glu Asn Leu
820 825 830
Leu Arg Lys Lys Leu Ala Glu Gln His Thr Gln Ile Arg Arg Glu Phe
835 840 845
Asp Ser Leu Val Ser Val Ala Ser Ile Ile Glu Glu Ser Tyr Trp Gln
850 855 860
Gln Asp Asn Pro Asp Ala Ile Tyr Thr Tyr Gln His Leu Asp Gln Leu
865 870 875 880
Ala Thr Lys Ala Thr Ile Asp Ala Leu Ala Gln Lys Ala Leu Lys Lys
885 890 895
Ser Gly Arg Phe Val Ser Val Leu Lys Ala Ala Thr Tyr
900 905
<210> 45
<211> 458
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT124
<400> 45
Trp Phe Thr Gly Lys Lys Ala Glu Glu Glu Tyr Leu His Gln Leu Lys
1 5 10 15
Gln Leu Asn Gln Leu Phe Thr Lys Thr Glu Ala Leu Glu Glu Ser Lys
20 25 30
Ile Phe Tyr Lys Asn Ile Lys Phe Glu Arg Gly Leu Phe Ala Ser His
35 40 45
Ile Gln Asp Gln Ile Glu Ile His Lys Ala Asn Glu Thr Ile Ile Ile
50 55 60
Pro Leu Ser Ser Thr Leu Tyr His Gly Pro Leu Pro Leu Asp Arg Val
65 70 75 80
Ala Lys Leu Asn Phe Val Pro Ala Ile Phe Ser Ser Gln Thr Leu Leu
85 90 95
Gly Lys Asn Ala Thr Thr Gln Ala Phe Phe Asp Ile Thr Glu Ser Glu
100 105 110
Lys Pro Leu Gln Leu Asn Phe Ala Met Asn Tyr Ser Leu Ser Gly Asn
115 120 125
Ala Glu Leu Lys Leu Ala Ser Gly Gln Tyr His Asn Glu Gln Ser Lys
130 135 140
Thr Asp Phe Asp Trp Ser Asn Val Val Leu Asn Ile Asp Leu Asn Gln
145 150 155 160
Asn Thr Pro Asn Asn Tyr Val Leu Ser Val Asp Thr Phe Asn Ser Asn
165 170 175
Ala Pro Asn His Ala Val Ser Thr Ala Ser Ser Ile Lys Ile Lys Asp
180 185 190
Leu Val Val Gln Gly Ser Leu Gln Ser Thr Lys Trp Pro Phe Ile Tyr
195 200 205
Ser Gly Asn Ile Asn Ser Lys Ile Gly Tyr Phe Glu Gln Asn Thr Glu
210 215 220
Ser Pro Glu Thr Gly Glu Lys Phe Ser Leu Ile Gln Lys Asn Ser Gln
225 230 235 240
Ala Asn Leu Thr Thr Gln Val Glu Gly Asp Thr Val Asn Ile Ile Asn
245 250 255
Lys Thr Asn Leu Asp Glu Leu His Ile Asn Gly Asn Asn Leu Gly Lys
260 265 270
Val Thr Asn Asn Val Glu Phe Asn His Ile Asp Gly Asn Ala Leu Gln
275 280 285
Glu Leu Leu Asn Ile Leu Val Ala Ile Gly Lys Ala Asp Ser Asp Met
290 295 300
Pro Leu Ser Lys Thr Leu Val Gln Lys Leu Gln Gln Ala Gly Met Ile
305 310 315 320
Ile Ala Asn Asn Gln Pro Gln Ile Lys Phe Thr Pro Leu Ser Ile Ser
325 330 335
Asp Glu Lys Gly Lys Val Ala Leu Asp Leu Asn Ile Ala Leu Val Pro
340 345 350
Asn Pro Lys Phe Asp Leu Met Arg Ser Gly Leu Tyr Lys Gln Phe Lys
355 360 365
Asp Phe Ser Ile Asn Phe Asp Val Asn Lys Glu Thr Ala Ile Ser Leu
370 375 380
Leu Ser Lys Phe Val Pro Glu Asn Gln Lys Gln Asp Phe Val His Arg
385 390 395 400
Leu Asn Glu Leu Val Thr Glu Gly Glu Val Asn Asp Ile Ile Val Asn
405 410 415
Thr Asp Lys Thr Val Thr Leu Thr Leu Ala Leu Glu Asn Asn Asp Leu
420 425 430
Lys Leu Asn Gly Lys Pro Ile Pro Glu Glu Gln Leu Lys Val Val Leu
435 440 445
Phe Ile Leu Val Met Gly Gly Phe Gly Arg
450 455
<210> 46
<211> 6
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Линкер 1
<400> 46
Gly Ser Gly Gly Gly Gly
1 5
<210> 47
<211> 8
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Линкер 2
<400> 47
Gly Ser Gly Ser Gly Gly Gly Gly
1 5
<210> 48
<211> 17
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Гистидиновая метка
<400> 48
Met Gly Ser Ser His His His His His His Glu Asn Leu Tyr Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 49
<211> 277
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT018 из Fi176
<400> 49
Lys His Gly Gln Lys Arg Asp Asp Leu Asn Lys Ala Leu Tyr Phe Ser
1 5 10 15
Arg Leu Glu Glu Ile Glu Gln Asp Asn Ser Gln Gly Leu Val Glu Asn
20 25 30
Val Glu Gln Leu Lys Gln Glu Leu Gln Lys Thr Leu Leu Asp Asp Val
35 40 45
Pro Ser Lys Val Gln Glu Asn Val Asp Tyr Ser Gly Lys Ser Tyr Gly
50 55 60
Lys Ile Trp Phe Val Ser Gly Val Leu Ala Leu Gly Ile Ile Ala Gly
65 70 75 80
Ser Pro Tyr Phe Met Val Gly Ser Trp Gln Ala Glu Ser Met Leu Glu
85 90 95
Gln Thr Tyr Ala Lys Leu Pro Tyr Phe Phe Asp Arg Met Lys Asp Glu
100 105 110
Asp Lys Asn Pro Phe Ser Asp Thr Glu Met Gln Gln Phe Ser Thr Ala
115 120 125
Leu Arg Ile Asp Leu Gln Lys Asn Pro Thr Asp Ala Lys Lys Trp Trp
130 135 140
Met Leu Gly Gln Ile Gly Met Asn Leu Gly Asp Ala Arg Leu Ala Phe
145 150 155 160
Asp Ser Tyr Gln Lys Ala Asn Lys Leu Glu Pro Asp Asn Val Gln Tyr
165 170 175
Lys Leu Gly Tyr Ala Arg Ile Leu Met Phe Ser Glu Asp Ala Thr Asp
180 185 190
Lys Leu Lys Gly Gly Asn Leu Leu Arg Glu Val Ile Arg Gln Glu His
195 200 205
Thr Asn Ile Glu Ala Leu Ser Leu Leu Ala Phe Arg Tyr Phe Glu Thr
210 215 220
Glu Asp Tyr Lys Met Ala Ala Val Thr Trp Ala Met Met Leu Arg Leu
225 230 235 240
Met Pro Lys Asp Asp Glu Arg Val Pro Leu Ile Glu Lys Ser Ile Arg
245 250 255
Thr Ala Arg Asp Ala Leu Glu Ala Gln Asn Glu Glu Lys Ser Lys Ser
260 265 270
Ile Thr Pro Glu Lys
275
<210> 50
<211> 160
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT024 из Fi176
<400> 50
Met Lys Thr Ile Asp Ile Thr Ala Asn Ser Lys Met Asp Asp Gln Ala
1 5 10 15
Arg Met Asn Leu Ala Gln Glu Phe Ala Asn Lys Gln Gln Trp Ser Ser
20 25 30
Val Phe Asp Ile Met Tyr Pro Met Ala Leu Glu Gly Asn Thr Thr Ala
35 40 45
Gln Ser Asn Leu Gly Met Leu Tyr Asn Leu Gly Arg Gly Thr Val Arg
50 55 60
Asp Tyr Glu Lys Ala Tyr Trp Trp Phe Ser Glu Ala Ala Glu Lys Gly
65 70 75 80
Ser Val Lys Gly Leu Asn Asn Leu Gly Val Met Tyr Leu Arg Gly Asp
85 90 95
Tyr Val Lys Gln Asn Thr Glu Gln Ala Ile Lys Leu Phe Glu Arg Thr
100 105 110
Ala Arg Ala Lys Asp Thr Asp Ala Met Met Met Leu Ser Asn Ile Tyr
115 120 125
Arg Leu Gln Asn Gln Pro Glu Lys Ser Leu Glu Trp Leu Lys Lys Ala
130 135 140
Ala Glu Leu Gly Asn Lys Glu Ala Lys Gln Arg Leu Ser Ser Gln Pro
145 150 155 160
<210> 51
<211> 102
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT032 из Fi176
<400> 51
Gly Phe Asn Gly Asn Asn Ser Gln Gly Gly Phe Gln Gln Thr Ala Pro
1 5 10 15
Ala Ala Ile Ser Val Lys Gln Ala Leu Ser Ala Ala Asp Asn Ser Met
20 25 30
Ile Thr Leu Val Gly Asn Ile Thr Gln Gln Ile Asp Asp Asp Glu Phe
35 40 45
Trp Phe Thr Asp Gly Thr Gly Gln Ile Lys Ile Glu Ile Lys Lys Arg
50 55 60
Val Trp Asn Gly Leu Asn Val Asp Ser Lys Asp Lys Val Lys Ile Tyr
65 70 75 80
Gly Lys Leu Asp Asn Glu Ala Phe Glu Lys Ala Glu Leu Asp Val Leu
85 90 95
Arg Val Glu Lys Ala Glu
100
<210> 52
<211> 521
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT067 из Fi176
<400> 52
Val Ile Val Pro Glu Gly Thr Gln Leu Asp Glu Lys Gln His Ile Val
1 5 10 15
Phe Asn Asn Gly Ala Glu Pro Gln Ser Phe Asp Pro His Lys Thr Glu
20 25 30
Gly Val Pro Glu Ser Asn Val Ala Tyr Gln Leu Leu Glu Gly Leu Val
35 40 45
Thr Ser Asp Ser Glu Gly Lys Leu Gln Pro Gly Val Ala Glu Ser Trp
50 55 60
Glu Asn Thr Pro Asp Phe Lys Thr Trp Thr Phe His Leu Arg Lys Asp
65 70 75 80
Ala Lys Trp Ser Asn Gly Asp Pro Val Thr Ala His Asp Phe Val Phe
85 90 95
Ala Trp Arg Arg Leu Val Asp Pro Ala Thr Ala Ala Pro Tyr Ala Ser
100 105 110
Tyr Leu Ser Tyr Leu Gln Val Glu Asn Ala Gln Asp Ile Ile Asp Gly
115 120 125
Lys Lys Lys Pro Ala Glu Leu Gly Val Glu Ala Lys Asp Asp Tyr Thr
130 135 140
Phe Val Val His Ala Ile Asn Pro Val Pro Tyr Ala Val Ser Leu Thr
145 150 155 160
Thr His Gln Ser Leu Leu Pro Leu Pro Gln Lys Val Val Glu Lys Leu
165 170 175
Gly Asp Ala Trp Val Lys Lys Glu Asn Tyr Val Gly Asn Gly Ala Tyr
180 185 190
Lys Leu Ala Asn His Ile Ile Asn Glu Lys Ile Glu Phe Glu Arg Asn
195 200 205
Pro Leu Tyr Trp Asn Asp Lys Glu Thr Val Ile Asn Ser Ala Thr Phe
210 215 220
Leu Ala Ile Glu Asn Pro Ser Thr Asp Val Ala Arg Tyr Arg Ala Gly
225 230 235 240
Asp Leu Asp Met Thr Ser Tyr Gly Leu Pro Pro Glu Gln Phe Ala Lys
245 250 255
Leu Lys Lys Glu Leu Leu Gly Glu Val Tyr Val Thr Arg Thr Leu Gly
260 265 270
Thr Tyr Ser Tyr Glu Leu Asn Asn Lys Lys Ala Pro Phe Asp Asn Val
275 280 285
Asn Ile Arg Lys Ala Leu Asn Leu Ser Leu Asp Arg His Val Ile Thr
290 295 300
Asp Lys Val Leu Gly Gln Gly Gln Thr Pro Thr Tyr Val Phe Thr Pro
305 310 315 320
Thr Tyr Ile Glu Glu Gly His Leu Ile Gln Gln Pro Ala Tyr Ser Lys
325 330 335
Glu Pro Met Ala Gln Arg Asn Glu Glu Ala Ile Lys Leu Leu Glu Glu
340 345 350
Ala Gly Tyr Ser Lys Ala Asn Pro Leu Lys Phe Ser Ile Leu Tyr Asn
355 360 365
Thr Asn Glu Asn His Lys Lys Val Ala Ile Ala Ala Ala Ser Met Trp
370 375 380
Lys Ala Asn Thr Lys Gly Leu Ile Asp Val Lys Leu Glu Asn Gln Glu
385 390 395 400
Trp Lys Thr Tyr Ile Asp Ser Arg Arg Ala Gly Arg Tyr Asp Ala Ala
405 410 415
Arg Ala Gly Trp Ser Ala Asp Tyr Asn Gln Ala Thr Thr Phe Gly Asn
420 425 430
Tyr Phe Leu Ser Asn Ser Ser Asn Asn Thr Ala Lys Tyr Ala Asn Pro
435 440 445
Glu Tyr Asp Lys Ala Met Ala Glu Ser Tyr Ala Ala Thr Asp Ala Glu
450 455 460
Gly Arg Ala Lys Ala Tyr Ala Lys Ala Glu Glu Ile Leu Ala Lys Asp
465 470 475 480
Tyr Gly Ile Val Pro Ile Phe Asn Tyr Val Asn Pro Arg Leu Val Lys
485 490 495
Pro Tyr Val Lys Gly Tyr Ser Gly Lys Asp Pro Gln Asp His Ile Tyr
500 505 510
Leu Arg Asn Leu Tyr Ile Ile Lys His
515 520
<210> 53
<211> 157
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT038 из R2846
<400> 53
Lys Gln Asp Gly Ser Ala Asp Met Asp Lys Lys Val Lys Asn Gly Glu
1 5 10 15
Leu Val Lys Thr Lys Val Lys Leu Val Ser Ala Asn Gly Thr Asn Pro
20 25 30
Val Lys Ile Ser Asn Val Ala Glu Gly Thr Glu Asp Thr Asp Ala Val
35 40 45
Ser Phe Lys Gln Leu Lys Ala Leu Gln Asn Lys Gln Val Thr Leu Ser
50 55 60
Ala Ser Asn Ala Tyr Ala Asn Gly Gly Ser Asp Ala Asp Val Gly Lys
65 70 75 80
Val Thr Gln Thr Leu Ser Asn Gly Leu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Thr
85 90 95
Asp Gly Glu Leu Leu Asn Ile Lys Ala Asp Lys Asp Thr Val Thr Ile
100 105 110
Thr Arg Ala Ser Gly Ala Asn Gly Ala Ala Ala Thr Asp Ala Asp Lys
115 120 125
Ile Lys Val Ala Ser Asp Gly Ile Ser Ala Gly Asn Lys Ala Val Lys
130 135 140
Asn Val Ala Ala Gly Glu Ile Ser Ala Thr Ser Thr Asp
145 150 155
<210> 54
<211> 252
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT001 из Fi176
<400> 54
Lys Glu Asp Lys Lys Pro Glu Ala Ala Ala Ala Pro Leu Lys Ile Lys
1 5 10 15
Val Gly Val Met Ser Gly Pro Glu His Gln Val Ala Glu Ile Ala Ala
20 25 30
Lys Val Ala Lys Glu Lys Tyr Gly Leu Asp Val Gln Phe Val Glu Phe
35 40 45
Asn Asp Tyr Ala Leu Pro Asn Glu Ala Val Ser Lys Gly Asp Leu Asp
50 55 60
Ala Asn Ala Met Gln His Lys Pro Tyr Leu Asp Glu Asp Ala Lys Ala
65 70 75 80
Lys Asn Leu Asn Asn Leu Val Ile Val Gly Asn Thr Phe Val Tyr Pro
85 90 95
Leu Ala Gly Tyr Ser Lys Lys Ile Lys Asn Val Asn Glu Leu Gln Glu
100 105 110
Gly Ala Lys Val Val Val Pro Asn Asp Pro Thr Asn Arg Gly Arg Ala
115 120 125
Leu Ile Leu Leu Glu Lys Gln Gly Leu Ile Lys Leu Lys Asp Ala Asn
130 135 140
Asn Leu Leu Ser Thr Val Leu Asp Ile Val Glu Asn Pro Lys Lys Leu
145 150 155 160
Asn Ile Thr Glu Val Asp Thr Ser Val Ala Ala Arg Thr Leu Asp Asp
165 170 175
Val Asp Leu Ala Val Val Asn Asn Thr Tyr Ala Gly Gln Val Gly Leu
180 185 190
Asn Ala Gln Asp Asp Gly Val Phe Val Glu Asp Lys Asp Ser Pro Tyr
195 200 205
Val Asn Ile Ile Val Ser Arg Thr Asp Asn Lys Asp Ser Lys Ala Val
210 215 220
Gln Asp Phe Val Lys Ser Tyr Gln Thr Glu Glu Val Tyr Gln Glu Ala
225 230 235 240
Gln Lys His Phe Lys Asp Gly Val Val Lys Gly Trp
245 250
<210> 55
<211> 243
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT016 из Fi176
<400> 55
Ser Ser Gly Ser Lys Asp Val Glu Gln Ala Ser Val Asn Glu Leu Tyr
1 5 10 15
Thr Lys Gly Thr Thr Ser Leu Gln Glu Gly Ser Tyr Ser Glu Ala Ile
20 25 30
Arg Tyr Leu Lys Ala Thr Thr Glu Arg Phe Pro Gly Ser Val Tyr Gln
35 40 45
Glu Gln Ala Met Leu Asp Leu Ile Tyr Ala Asn Tyr Lys Thr Gln Asp
50 55 60
Tyr Thr Gln Val Leu Leu Met Val Asp Ser Phe Leu His Gln Phe Pro
65 70 75 80
Gln Ser Pro Asn Gln Ala Tyr Ala Val Tyr Met Ala Gly Leu Thr Asn
85 90 95
Ala Ala Thr Gly Asp Asn Phe Ile Gln Asp Phe Phe Gly Ile Asp Arg
100 105 110
Ala Thr Arg Glu Thr Thr Ser Met Arg Thr Ala Phe Ser Asn Phe Gln
115 120 125
Asn Leu Val Arg Val Phe Pro Asn Ser Pro Tyr Ser Gln Asp Ala Leu
130 135 140
Ala Arg Met Ala Tyr Ile Lys Asp Ala Leu Ala Arg His Glu Leu Glu
145 150 155 160
Ile Ala Lys Phe Tyr Ala Lys Arg Lys Ala Trp Val Ala Val Ala Asn
165 170 175
Arg Val Val Gly Met Leu Lys Gln Tyr Pro Asp Thr Lys Ala Thr Tyr
180 185 190
Glu Gly Leu Phe Leu Met Gln Glu Ala Tyr Glu Lys Met Gly Leu Thr
195 200 205
Ala Leu Ala Asn Asp Thr Gln Lys Ile Ile Asp Ala Asn Lys Asp Lys
210 215 220
Thr Phe Ala Pro Ile Glu Lys Pro Asn Glu Pro Asp Leu Lys Val Pro
225 230 235 240
Ala Val Lys
<210> 56
<211> 337
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT052 из R2846
<400> 56
Asp Thr Leu Glu Gln Gln Phe Gln Gln Gly Leu Glu Ala Thr Lys Arg
1 5 10 15
Gly Asp Tyr Gln Thr Ala Phe Lys Leu Trp Leu Pro Leu Ala Glu Gln
20 25 30
Gly Asn Ala Ser Ile Gln Phe Asn Leu Gly Leu Met Tyr Lys Lys Gly
35 40 45
Gln Gly Ile Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys
50 55 60
Ala Ala Glu Gln Gly Val Ala Asp Ala Gln Leu Asn Leu Gly Asn Met
65 70 75 80
Tyr Ala Lys Gly Leu Gly Val Lys Gln Asp Asp Val Glu Ala Val Lys
85 90 95
Trp Tyr Arg Gln Ala Ala Glu Gln Gly Asn Ala Lys Ala Gln Phe Asn
100 105 110
Leu Gly Leu Met Tyr Asp Asn Gly Arg Gly Val Lys Gln Asp Tyr Phe
115 120 125
Glu Ala Val Lys Trp Phe Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Asp
130 135 140
Ala Gln Phe Asn Leu Gly Asn Met Tyr Tyr Asn Gly His Gly Val Lys
145 150 155 160
Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys Ala Ala Glu Gln
165 170 175
Gly Tyr Ala Asp Ala Gln Phe Asn Leu Gly Asn Met Tyr Tyr Asn Gly
180 185 190
His Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys
195 200 205
Ala Ala Glu Gln Gly His Ala Lys Ala Gln Tyr Asn Leu Gly Asn Met
210 215 220
Tyr Ala Asn Gly Arg Gly Val Lys Gln Asp Tyr Phe Glu Ala Val Lys
225 230 235 240
Trp Tyr Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Asp Ala Gln Ala Asn
245 250 255
Leu Gly Ser Ala Tyr Ser Ala Gly His Gly Val Arg Gln Asp Tyr Ile
260 265 270
Glu Ala Val Lys Trp Phe Lys Lys Ala Ala Glu Asn Gly Ser Ala Asp
275 280 285
Gly Gln Phe Lys Leu Gly Leu Val Tyr Leu Ile Gly Gln Gly Ile Gln
290 295 300
Lys Asp Arg Thr Leu Ala Lys Glu Trp Leu Gly Lys Ala Cys Asp Asn
305 310 315 320
Gly Asn Gln Asn Gly Cys Glu Tyr Tyr Gly Glu Leu Asn Arg Gly Glu
325 330 335
Arg
<210> 57
<211> 143
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT002 из Fi176
<400> 57
Cys Ser Ser Phe Gln Asn Asp Asp Tyr Ala Met Asn Tyr Lys Gly Gln
1 5 10 15
Ile Gly Asp Pro Ile Met Ala Ile Ala Met Leu Ser Glu Gln Gln His
20 25 30
Glu Trp Ala Gly Thr Pro Tyr Val Leu Gly Gly Val Ser Arg Arg Gly
35 40 45
Val Asp Cys Ser Gly Phe Val Gln Lys Thr Phe Phe Asp Arg Phe Asn
50 55 60
Leu Arg Leu Pro Arg Ser Thr Val Glu Gln Ala Asn Tyr Gly Lys His
65 70 75 80
Val Arg Lys Glu Asp Ile Gln Thr Gly Asp Leu Ile Phe Phe Lys Thr
85 90 95
Gly Arg Gly Pro Asn Gly Tyr His Val Gly Ile Tyr Val Lys Glu Asp
100 105 110
Lys Phe Leu His Ala Ser Thr Arg Gly Gly Val Val Tyr Ser Ser Met
115 120 125
Asn Asn Pro Tyr Trp Ser Lys Ala Phe Trp Gln Val Arg Arg Ile
130 135 140
<210> 58
<211> 146
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT026 из FI176
<400> 58
Val Pro Leu Trp Lys Thr Asp Ser Pro Lys Thr Ile Leu Ala Lys Glu
1 5 10 15
Gln His Arg Leu Tyr Leu Phe Leu Arg Gln Ile Gln Ala Arg Ala Glu
20 25 30
Asn Ser Ser Glu Val Trp Phe Leu Leu Ile Asn Arg Asn Leu Ala Thr
35 40 45
Gln Gln Trp Cys Leu Thr Ala Gln Val Lys Asn Asn Gln Thr Cys Asp
50 55 60
Cys Leu Asn Pro Ile Asn Cys Pro Lys Glu Val Tyr Val His Phe Tyr
65 70 75 80
Tyr Pro Tyr Phe Pro Asn Lys Thr Ile Ile Gln Ser His His Ile Tyr
85 90 95
Pro Lys Glu Ile Thr Arg Phe Asp Gly Ile Arg Asn Thr Ile Val Thr
100 105 110
Arg Cys Phe Ile Leu Gln Ala Glu Asn Glu Arg Thr Leu Phe Leu Phe
115 120 125
Phe Asn Val Gly Ser Ile Arg Leu Lys Thr Asn Gln Phe Asp Ser Ala
130 135 140
Cys Asn
145
<210> 59
<211> 556
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT009 из Fi176
<400> 59
Glu Gln Thr Val Asp Ile Glu Val Gln Gly Ile Arg Gly Phe Arg Ala
1 5 10 15
Val Arg Asn Thr Asp Leu Asn Val Asn Leu Ile Asn Lys Glu Glu Met
20 25 30
Asp Gly Ser Glu Arg Tyr Gln His Leu Val Thr Lys Ala Val Asp Arg
35 40 45
Gly Leu Arg Val Phe Gly Tyr Tyr Asp Ser Ser Val Arg Phe Glu Arg
50 55 60
Lys Gln Arg Gln Gly Lys Arg Asp Leu Leu Ile Ala His Val Thr Pro
65 70 75 80
Gly Glu Pro Thr Lys Ile Ala Gly Thr Asp Val Gln Ile Glu Gly Glu
85 90 95
Ala Ala Gln Asp Glu Asn Phe Asn Ala Leu Arg Lys Asn Leu Pro Lys
100 105 110
Asp Gly Val Leu Val Glu His Gln Thr Tyr Asp Asp Tyr Lys Thr Ala
115 120 125
Ile Ser Arg Leu Ala Leu Asn Arg Gly Tyr Phe Asp Gly Glu Phe Lys
130 135 140
Ile Ser Arg Leu Glu Ile Ser Pro Glu Thr His Gln Ala Trp Trp Arg
145 150 155 160
Met Leu Phe Asp Ser Gly Val Arg Tyr His Tyr Gly Asn Ile Thr Phe
165 170 175
Ser His Ser Gln Ile Arg Asp Asp Tyr Leu Asn Asn Ile Leu Asn Ile
180 185 190
Lys Ser Gly Asp Pro Tyr Leu Met Asn Asn Leu Ser Asp Leu Thr Ser
195 200 205
Asp Phe Ser Ser Ser Asn Trp Phe Ser Ser Val Leu Val Gln Pro Asn
210 215 220
Ile Asn His Lys Ser Lys Thr Val Asp Ile Glu Ile Ile Leu Tyr Pro
225 230 235 240
Arg Lys Lys Asn Ala Met Glu Leu Gly Val Gly Phe Asp Thr Asp Gly
245 250 255
Gly Val His Gly Gln Ile Gly Trp Thr Lys Pro Trp Ile Asn Ser Arg
260 265 270
Gly His Ser Leu Arg Ser Asn Leu Tyr Leu Ser Ala Pro Lys Gln Thr
275 280 285
Leu Glu Ala Thr Tyr Arg Ile Pro Leu Leu Lys Asn Pro Leu Asn Tyr
290 295 300
Tyr Tyr Asp Phe Ala Val Gly Trp Glu Gly Glu Lys Glu Asn Asp Thr
305 310 315 320
Asn Thr Arg Ala Leu Thr Leu Ser Ala Leu Arg Tyr Trp Asn Asn Ala
325 330 335
His Gly Trp Gln Tyr Phe Gly Gly Leu Arg Thr Arg Tyr Asp Ser Phe
340 345 350
Thr Gln Ala Asp Ile Thr Asp Lys Thr Leu Leu Leu Tyr Pro Thr Val
355 360 365
Gly Phe Thr Arg Thr Arg Leu Arg Gly Gly Ser Phe Ala Thr Trp Gly
370 375 380
Asp Val Gln Lys Ile Thr Phe Asp Leu Ser Lys Arg Ile Trp Leu Ser
385 390 395 400
Glu Ser Ser Phe Ile Lys Val Gln Ala Ser Ser Ala Trp Ile Arg Thr
405 410 415
Tyr Ala Glu Asn His Arg Ile Val Ala Arg Ala Glu Ile Gly Tyr Leu
420 425 430
His Thr Lys Asp Ile Glu Lys Ile Pro Pro Thr Leu Arg Phe Phe Ala
435 440 445
Gly Gly Asp Arg Ser Val Arg Gly Tyr Gly Tyr Lys Lys Ile Ala Pro
450 455 460
Lys Asn Arg Asn Gly Lys Leu Val Gly Gly Ser Arg Leu Leu Thr Thr
465 470 475 480
Ser Leu Glu Tyr Gln Tyr Gln Val Tyr Pro Asn Trp Trp Ala Ala Thr
485 490 495
Phe Ala Asp Ser Gly Leu Ala Ala Asp Asn Tyr Thr Ala Lys Glu Leu
500 505 510
Arg Tyr Gly Ala Gly Val Gly Val Arg Trp Ala Ser Pro Val Gly Ala
515 520 525
Ile Lys Phe Asp Ile Ala Thr Pro Ile Arg Asp Lys Asp Asn Ser Lys
530 535 540
Asn Ile Gln Phe Tyr Ile Gly Leu Gly Thr Glu Ile
545 550 555
<210> 60
<211> 126
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT025 из Fi176
<400> 60
Ile Ile Ala Ile Leu Ala Thr Ile Ala Ile Pro Ser Tyr Gln Asn Tyr
1 5 10 15
Thr Lys Lys Ala Ala Val Ser Glu Leu Leu Gln Ala Ser Ala Pro Tyr
20 25 30
Lys Ala Asp Val Glu Leu Cys Val Tyr Ser Thr Asn Glu Thr Thr Asn
35 40 45
Cys Thr Gly Gly Lys Asn Gly Ile Ala Ala Asp Ile Thr Thr Ala Lys
50 55 60
Gly Tyr Val Lys Ser Val Thr Thr Ser Asn Gly Ala Ile Thr Val Lys
65 70 75 80
Gly Asp Gly Thr Leu Ala Asn Met Glu Tyr Ile Leu Gln Ala Thr Gly
85 90 95
Asn Ala Ala Thr Gly Val Thr Trp Thr Thr Thr Cys Lys Gly Thr Asp
100 105 110
Ala Ser Leu Phe Pro Ala Asn Phe Cys Arg Ser Val Thr Lys
115 120 125
<210> 61
<211> 162
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT028 из Fi176
<400> 61
Pro Arg Thr Val Ser His Gln Val Ile Ser Glu Asn Asp Asp Ile Gln
1 5 10 15
Leu Thr Gly Leu Ile Asn Asn Leu Glu Lys Asp Asn Arg Thr Gly Ile
20 25 30
Phe His Lys Val Arg Thr Asn Arg Ser Ser Ala Leu Met Gly Asp Lys
35 40 45
Ala Leu Ala Ser Val Tyr Asn Glu Trp Val Gly Thr Arg Tyr Arg Met
50 55 60
Gly Gly Thr Thr Lys Arg Gly Ile Asp Cys Ser Ala Phe Met Gln Thr
65 70 75 80
Thr Phe Ser Glu Val Phe Gly Ile Glu Leu Pro Arg Ser Thr Ala Glu
85 90 95
Gln Arg His Leu Gly Arg Lys Ile Asn Lys Ser Glu Leu Lys Lys Gly
100 105 110
Asp Leu Val Phe Phe Arg Lys Asn Asn His Val Gly Val Tyr Ile Gly
115 120 125
Asn Asn Gln Phe Met His Ala Ser Thr Gly Gln Gly Val Thr Ile Ser
130 135 140
Ser Leu Asp Glu Lys Tyr Trp Ala Arg Thr Tyr Thr Gln Ser Arg Arg
145 150 155 160
Ile Met
<210> 62
<211> 895
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT029 из R2846
<400> 62
Ser Thr Pro Asp Leu Pro Gln Asn His Lys Ile Ile Thr Gly Thr Ala
1 5 10 15
Thr Val Ser His Thr Glu Asn Glu Met Thr Ile Lys Gln Thr Thr Pro
20 25 30
Thr Thr Gln Ile Asn Trp Asp Ser Phe Asn Ile Gly Lys Asp Lys Glu
35 40 45
Val Lys Phe Glu Gln Pro Ser Thr Ser Ala Val Ala Tyr Asn Arg Val
50 55 60
Thr Gly Gly Asn Ala Ser His Ile Gln Gly Lys Leu Thr Ala Asn Gly
65 70 75 80
Lys Val Tyr Leu Ala Asn Pro Asn Gly Val Ile Ile Thr Lys Gly Ala
85 90 95
Glu Ile Asn Val Ala Gly Leu Leu Ala Thr Thr Lys Asp Leu Glu Arg
100 105 110
Ile Ser Glu Asn Gly Asn Thr Asn Thr Asn Lys Phe Thr Arg Lys Ala
115 120 125
Lys Glu Gly Lys Val Leu Thr Glu Gly Gln Val Ile Asn Glu Gly Glu
130 135 140
Ile Lys Ala Lys Asp Phe Val Val Leu Asn Gly Asp Glu Val Ile Asn
145 150 155 160
Lys Gly Asn Ile Asn Val Glu Lys Asn Ser Thr Ile Asn Gly Glu Val
165 170 175
Tyr Leu Ser Ser Ser Asn Asn Phe Thr Phe Thr Leu Ser Asp Ser Gly
180 185 190
Ile Ser Val Ala Leu Glu Asp Asn Thr Val Gln Gly Ile Val Lys Asn
195 200 205
Glu Gly Ile Val Lys Asn Glu Gly Ser Ile Lys Ala Gly Glu Ile Thr
210 215 220
Leu Ser Ala Lys Gly Arg Lys Glu Ala Leu Asp Ser Leu Val Val Asn
225 230 235 240
Asn Gly Val Leu Glu Ala Thr Lys Val Ser Asn Arg Lys Gly Lys Ile
245 250 255
Val Leu Ser Ala Asp Asp Val Gln Leu Asn Asn Asn Ser Asp Ile Lys
260 265 270
Gly Glu Ile Val Asn Phe Gly Thr Glu Val Thr Ser Asn Glu Asp Lys
275 280 285
Lys Leu Lys Ile Thr Ser Gln Thr Gly Ser Lys Val Thr Ser Pro Lys
290 295 300
Ile Asn Phe Lys Gly Lys Ser Val Asn Ile Lys Gly Asp Phe Gly Arg
305 310 315 320
Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Tyr Asp Asp Glu His Lys Lys Leu Lys Thr
325 330 335
Glu Val Asn Ile Asp Val Pro Asn Thr Glu Asn Ile Gln Ile Ala Asp
340 345 350
Lys Asp Asn Ala Gly Thr Asp Ser Phe Ile Gln Thr Gly Ala Leu Ser
355 360 365
Ser Leu Leu Ala Asn Asn Gly Lys Val Asn Leu Lys Gly Lys Asp Val
370 375 380
Asn Ile Ser Gly Asn Ile Asn Ile Asn Ser Phe Arg Gly Thr Asp Ser
385 390 395 400
Leu Leu Lys Leu Thr Asn Lys Gly His Ile Asn Ile Asn His Ala Asp
405 410 415
Ile His Ser Lys Gly Arg Leu Phe Phe Ile Thr Ser Leu Gln Asn Asp
420 425 430
Val Asp Phe Gln Ser Asn Ile Thr Ile Thr Asp Ser Lys Ile Asn Leu
435 440 445
Gly Asn Gly Ala Met Gly Leu Gly Arg Ser Val Asn Glu Asn Asp Leu
450 455 460
Asp Arg Trp Arg Arg Thr Glu Tyr Ser Gln Arg Lys Lys Phe Asn Val
465 470 475 480
Asn Met Arg Asn Val Val Phe Asp Gln Val Asp Asp Val Val Val Ala
485 490 495
Gly Gly Phe Lys Glu Val Asn Leu Asn Asn Ile Val Ala Thr Gly Gln
500 505 510
Thr Asn Phe Tyr Ile Asp Gly Gly Val Ser Arg Asn Arg Asn Gly Val
515 520 525
Ser Ser Lys Tyr Glu Tyr Gly Val Leu Asp Leu Asp Lys Arg Thr Gln
530 535 540
Leu Ser Glu Leu Asp Gln Arg Arg Arg Arg Trp Gly Tyr Tyr Pro Asp
545 550 555 560
Leu Asp Leu Asp Met Asn Lys Ala Tyr Trp His Arg Phe Asp Met Phe
565 570 575
Ala Ser Lys Asn Thr Gly Arg Ser Thr Ile Lys Asp Thr Glu Ile Asn
580 585 590
Ile Ser Asn Ser Lys Ile Asn Leu Lys Asn Gly Phe Val His Leu Leu
595 600 605
Ala Glu Lys Ile Lys Leu Asp Asn Ser Lys Ile Asp Ile Thr Phe Asp
610 615 620
Lys Asp Asn Ser Gln Asp Ile Ser Thr Gln Ile Asn Arg Leu Gly Met
625 630 635 640
Asn Gly Lys Val Ser Met Val Asn Ser His Ile Lys Ile Val Gly Asp
645 650 655
Glu Lys Ile Asp Ile Ser Ala Lys Ala Pro Tyr Ala Thr Met Phe Leu
660 665 670
Ile Gly Glu Leu Ile Gly Glu Lys Ser Ser Ile Phe Val Lys Ser His
675 680 685
Gln Gly Tyr Thr Phe Arg Thr Asp Gly Asp Thr Lys Ile Ala Gly Lys
690 695 700
Asn Ser Lys Asp Asp Leu Lys Ile Thr Ala Ile Asn Thr Gly Gly Arg
705 710 715 720
Thr Gly Lys Glu Val Ile Ile Asn Gly Ala Pro Gly Ser Ile Asp Asn
725 730 735
Asp Ala Asn Ile Ala Asn Met Ala Phe Thr Ile Gly Asp Asn Ala Asn
740 745 750
Thr Lys Thr Thr Ile Glu Asn Ala Asp Ile Thr Ala Leu Ala Pro Asn
755 760 765
Gly Gly Thr Ala Tyr Leu Ser Ser Lys Gly Val Glu Ile Glu Val Asn
770 775 780
Pro Asn Ser Asn Phe Thr Phe Phe Glu Leu Pro Arg Glu Lys Asn Phe
785 790 795 800
Asn Gln Thr Lys Ile Asn Gly Asp Ser Thr Lys Leu Ser Glu Arg Gly
805 810 815
Phe Ala Arg Leu Tyr Asp Lys Ile Asn Gly Val Arg Ala Ser Asn Leu
820 825 830
Ser Ala Glu Gln Leu Asn Val Thr Asp Ser Ser Glu Lys Ile Ile Asn
835 840 845
Thr Lys Leu Val Ser Ser Leu Asp Val Glu Lys Leu Val Ser Val Ala
850 855 860
Val Cys Asp Ala Gly Lys Gly Cys Glu Glu Gln Gln Phe Gly Asp Lys
865 870 875 880
Gly Asn Asn Thr Lys Val Ser Val Gly Glu Leu Glu Ala Glu Gln
885 890 895
<210> 63
<211> 183
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT031 из R2846
<400> 63
Met Lys Gly Lys Ile Thr Leu Phe Phe Thr Ala Leu Cys Phe Gly Leu
1 5 10 15
Thr Gly Cys Ile Ala Pro Pro Lys Gly Leu Glu Lys Glu Arg Phe Ser
20 25 30
Ile Asn Ser Tyr Arg Glu Ile Ser Pro Gln Asp Leu Thr Cys His Cys
35 40 45
Asn Thr Val Arg Leu Gly Gly Lys Ile Val Asn Thr Thr Val Leu Ala
50 55 60
Asn Gln Thr Lys Ile Glu Val Leu Ser Leu Pro Val Ser Ser Ile Ser
65 70 75 80
Gly Lys Pro Phe Val Glu Leu Gln Ser Asp Gly Arg Phe Ile Val Tyr
85 90 95
Phe Asn Gly Phe Val Glu Pro Glu Asn Leu Lys Glu Arg Tyr Ile Thr
100 105 110
Val Gly Gly Gln Leu Thr Gly Thr Glu Lys Gly Lys Ile Glu Gln Ala
115 120 125
Asp Tyr Thr Tyr Pro Val Val Gln Ala Asp Lys Tyr Arg Ile Trp Thr
130 135 140
Leu Ser Thr Thr Tyr Asn Tyr Pro Thr Asp Asp Trp Asp Glu Asp Asp
145 150 155 160
Asp Trp Gly Phe Phe Arg Trp Arg His Arg Pro Trp Tyr Val Gln Pro
165 170 175
Glu Ile His Tyr Tyr Leu Asn
180
<210> 64
<211> 117
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT015 из Fi176
<400> 64
Ala Gln Asn Ala Asn Val Thr Thr Pro Gln Ala Gln Lys Met Gln Val
1 5 10 15
Glu Lys Val Asp Lys Ala Leu Gln Lys Gly Glu Ala Asp Arg Tyr Leu
20 25 30
Cys Gln Asp Asp Lys Val Val Arg Val Val His Ala Thr His Lys Lys
35 40 45
Tyr Lys Lys Asn Leu His Tyr Val Thr Val Thr Phe Gln Gly Val Ser
50 55 60
Glu Lys Leu Thr Leu Met Ile Ser Glu Arg Gly Lys Asn Tyr Ala Asn
65 70 75 80
Ile Arg Trp Met Trp Gln Glu Arg Asp Asp Phe Ser Thr Leu Lys Thr
85 90 95
Asn Leu Gly Glu Ile Leu Ala Thr Gln Cys Val Ser Gln Thr Ser Glu
100 105 110
Arg Leu Ser Gly Gln
115
<210> 65
<211> 134
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT023 из Fi176
<400> 65
Asn Thr Asp Ile Phe Ser Gly Asp Val Tyr Ser Ala Ser Gln Ala Lys
1 5 10 15
Glu Ala Arg Ser Ile Thr Tyr Gly Thr Ile Val Ser Val Arg Pro Val
20 25 30
Lys Ile Gln Ala Asp Asn Gln Gly Val Val Gly Thr Leu Gly Gly Gly
35 40 45
Ala Leu Gly Gly Ile Ala Gly Ser Ala Ile Gly Gly Gly Arg Gly Gln
50 55 60
Ala Ile Ala Ala Val Val Gly Ala Ile Gly Gly Ala Ile Ala Gly Ser
65 70 75 80
Lys Ile Glu Glu Lys Met Ser Gln Val Asn Gly Ala Glu Leu Val Ile
85 90 95
Lys Lys Asp Asp Gly Gln Glu Ile Val Val Val Gln Lys Ala Asp Ser
100 105 110
Ser Phe Val Ala Gly Arg Arg Val Arg Ile Val Gly Gly Gly Ser Ser
115 120 125
Leu Asn Val Ser Val Leu
130
<210> 66
<211> 345
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT100 из R2846
<400> 66
Met Asp Leu Gly Pro Ile Tyr Asn Thr Arg Asp Ile Asn Asp Gly Lys
1 5 10 15
Val Ile Asn Ile Asp Asn Pro Asn Tyr Thr Asn Pro Val Ala Ile Lys
20 25 30
Lys Asn Glu Asn Asn Asn Ala Tyr Gln Phe Asn His Leu Lys Thr Leu
35 40 45
Gly Leu Tyr Ile Gln Asn Thr Thr Tyr Phe Thr Asp Asn Phe Ile Ile
50 55 60
Thr Gly Gly Leu Arg Tyr Glu Tyr Phe Asp Gln Val Val Gly Arg Ser
65 70 75 80
Thr Leu Lys Asn Ile Arg Ser Gly Tyr Leu Ala Gln Lys Asp Gly Lys
85 90 95
Leu Leu Tyr Gln Leu Gly Ser Val Tyr Lys Phe Thr Pro Asn Ile Ala
100 105 110
Thr Phe Phe Asn His Ala Glu Ser Phe Arg Pro Gln Asn Asn Arg Thr
115 120 125
Leu Ile Ile Asn Gly Glu Leu Pro Ala Glu Gln Gly Lys Ser Phe Glu
130 135 140
Thr Gly Leu Lys Tyr Glu Asn Ala Tyr Leu Asn Ala Thr Val Ala Leu
145 150 155 160
Phe Asn Ile Asn Lys Arg Asn Val Ala Glu Thr Val Asn Val Asn Gly
165 170 175
Thr Asn Glu Leu Gln Ile Val Gly Lys Gln Arg Ser Arg Gly Ile Glu
180 185 190
Phe Asp Leu Asn Gly Gln Leu Thr Asp Asn Leu Ser Ile Ala Ala Asn
195 200 205
Tyr Thr Tyr Thr Lys Val Lys Asn Leu Glu Asn His Asn Asn Lys Leu
210 215 220
Ala Val Gly Lys Gln Leu Ser Gly Val Pro Lys His Gln Ala Ser Leu
225 230 235 240
Phe Leu Ala Tyr Asn Ile Gly Glu Phe Asp Phe Gly Asn Ile Arg Val
245 250 255
Gly Gly Gly Ala Arg Tyr Leu Gly Ser Trp Tyr Ala Tyr Asn Asn Thr
260 265 270
Tyr Thr Lys Ala Tyr Lys Leu Pro Gln Ala Ile Val Tyr Asp Ala Phe
275 280 285
Ile Ala Tyr Asp Thr Lys Ile Ser Gly Lys Lys Val Ser Phe Gln Leu
290 295 300
Asn Gly Lys Asn Leu Ser Asn Lys Val Tyr Ser Pro Ser Thr Ser Gly
305 310 315 320
Asn Ala Ser Arg Thr Leu Ile Pro Val Ala Leu Gly Tyr Ala Arg Glu
325 330 335
Val Ile Leu Asn Thr Lys Ile Glu Phe
340 345
<210> 67
<211> 505
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Вариант NT066 из Fi176
<400> 67
Phe Lys Lys Ser Leu Ile Val Ala Ala Ser Phe Ala Ser Leu Ser Leu
1 5 10 15
Phe Asn Ser Ala Thr Ala Glu Leu Val Tyr Lys Pro Leu Glu Gln Pro
20 25 30
Val Glu Pro Ala Lys Pro Asp Leu Lys Ile Glu Ser Val Asn Glu Lys
35 40 45
Phe Ala Glu Lys Tyr Pro Asn Gln Tyr Asn Ser Trp Arg Ser Thr Ala
50 55 60
Asn Gly Asp Gly Glu Asn Ile Ile Tyr Ala Asp Glu Glu Asn Pro Arg
65 70 75 80
Leu Ile Val Leu Trp Gly Gly Tyr Ala Phe Ala Lys Glu Tyr Asn Ala
85 90 95
Pro Arg Gly His Phe Tyr Ala Val Thr Asp Val Arg Asn Ile Leu Arg
100 105 110
Thr Gly Ala Pro Lys Thr Ala Asn Asp Gly Pro Gln Ala Met Ala Cys
115 120 125
Trp Thr Cys Lys Gly Pro Asp Val Pro Arg Leu Ile Ala Glu Trp Gly
130 135 140
Glu Lys Asp Tyr Phe Asn Ala Lys Trp Ala Lys Gly Gly Pro Glu Ile
145 150 155 160
Val Asn Ser Ile Gly Cys Ala Asp Cys His Asp Thr Thr Ser Lys Asp
165 170 175
Phe Ala Glu Gly Lys Pro Ala Leu Arg Ile Ala Arg Pro His Ile Leu
180 185 190
Arg Ala Leu Asp Ala Leu Glu Lys Ala Thr Ala Glu Lys Asp Lys Ala
195 200 205
Glu Gly Arg Pro His Asn Asn Leu Ser Phe Asn Thr Ala Ala Arg Thr
210 215 220
Glu Lys Arg Ala Glu Ile Cys Ala Asn Cys His Val Glu Tyr Tyr Phe
225 230 235 240
Ala Gly Asp Ile Lys Gln Val Thr Phe Pro Trp Asp Asn Gly Gln Thr
245 250 255
Val Asp Asp Ile Glu Lys Tyr Tyr Asp Asp Ile Gly Phe Thr Asp Trp
260 265 270
Thr His Ser Leu Ser Lys Ala Pro Met Leu Lys Ala Gln His Pro Asp
275 280 285
Phe Glu Ile Trp Ser Leu Gly Met His Gly Lys Asn Gly Val Thr Cys
290 295 300
Val Asp Cys His Met Pro Lys Val Gln Gly Ala Asp Gly Lys Val Tyr
305 310 315 320
Thr Asp His Gln Ile Gln Asn Pro Phe Glu Ala Phe Asp His Thr Cys
325 330 335
Ala Asn Cys His Asp Gln Ser Lys Glu Lys Leu Arg Asp Ile Val Thr
340 345 350
Ser Arg Lys Lys Glu Val Lys Asp Val Met Gly Arg Leu Glu Asp Gln
355 360 365
Val Val Lys Ala His Phe Glu Ala Lys Ala Ala Trp Asp Ala Gly Ala
370 375 380
Thr Lys Glu Glu Met Glu Ala Ala Leu Met Asp Ile Arg His Ala Gln
385 390 395 400
Trp Arg Trp Asp Tyr Thr Ala Ala Ser His Gly Gly His Met His Ala
405 410 415
Pro Glu Val Val Leu Arg Val Leu Ala Ser Gly Leu Asp Lys Val Ala
420 425 430
Asp Ala Arg Thr Lys Leu Ala Val Ile Leu Thr Lys His Gly Val Lys
435 440 445
Thr Pro Val Gln Ile Pro Asp Ile Ser Thr Ala Asp Lys Ala Trp Lys
450 455 460
Val Met Gly Ile Asp Ile Glu Lys Glu Arg Lys Ala Lys Glu Glu Phe
465 470 475 480
Leu Lys Thr Val Val Pro Gln Trp Glu Gln Gln Ala Arg Glu Lys Gly
485 490 495
Leu Leu Val Asp Pro Pro Ala Gln Lys
500 505
<210> 68
<211> 6
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> His метка
<400> 68
His His His His His His
1 5
<210> 69
<211> 28
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT018
<400> 69
Met Asn Phe Thr Leu Ile Phe Ile Leu Thr Thr Leu Val Val Ala Leu
1 5 10 15
Ile Cys Phe Tyr Pro Leu Leu Arg Gln Phe Lys Ala
20 25
<210> 70
<211> 20
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT024
<400> 70
Met Lys Leu Lys Leu Phe Phe His Ile Val Leu Leu Cys Phe Ser Leu
1 5 10 15
Pro Val Trp Ala
20
<210> 71
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT032
<400> 71
Met Lys Lys Phe Ala Leu Ala Thr Ile Phe Ala Leu Ala Thr Thr Ser
1 5 10 15
Ala Phe Ala
<210> 72
<211> 20
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT067
<400> 72
Met Gln His Lys Leu Leu Phe Ser Ala Ile Ala Leu Ala Leu Ser Tyr
1 5 10 15
Ser Val Gln Ala
20
<210> 73
<211> 23
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT038
<400> 73
Met Pro Phe Gln Tyr Val Thr Glu Asp Gly Lys Thr Val Val Lys Val
1 5 10 15
Gly Asn Gly Tyr Tyr Glu Ala
20
<210> 74
<211> 21
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT001
<400> 74
Met Lys Leu Lys Gln Leu Phe Ala Ile Thr Ala Ile Ala Ser Ala Leu
1 5 10 15
Val Leu Thr Gly Cys
20
<210> 75
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT016
<400> 75
Met Arg Lys Ile Lys Ser Leu Ala Leu Leu Ala Val Ala Ala Leu Val
1 5 10 15
Ile Gly Cys
<210> 76
<211> 11
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT052
<400> 76
Met Leu Leu Phe Ile Leu Ser Ile Ala Trp Ala
1 5 10
<210> 77
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT002
<400> 77
Met Lys Val Tyr Lys Ser Phe Leu Ile Ala Thr Ala Ser Leu Phe Leu
1 5 10 15
Phe Ala
<210> 78
<211> 24
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT026
<400> 78
Met Gln Lys Gly Met Thr Leu Val Glu Leu Leu Ile Gly Leu Ala Ile
1 5 10 15
Ile Ser Ile Val Leu Asn Phe Ala
20
<210> 79
<211> 22
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT009
<400> 79
Met Asn Lys Thr Leu Leu Lys Leu Thr Ala Leu Phe Leu Ala Leu Asn
1 5 10 15
Cys Phe Pro Ala Phe Ala
20
<210> 80
<211> 23
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT025
<400> 80
Met Lys Leu Thr Thr Gln Gln Thr Leu Lys Lys Gly Phe Thr Leu Ile
1 5 10 15
Glu Leu Met Ile Val Ile Ala
20
<210> 81
<211> 21
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT028
<400> 81
Met Leu Lys Arg Ile Leu Val Ile Ile Gly Leu Ala Val Leu Ala Thr
1 5 10 15
Ala Cys Ser Asn Ala
20
<210> 82
<211> 21
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT029
<400> 82
Met Tyr Lys Leu Asn Val Ile Ser Leu Ile Ile Leu Thr Thr Tyr Thr
1 5 10 15
Gly Ala Thr Tyr Ala
20
<210> 83
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT031
<400> 83
Met Lys Gly Lys Ile Thr Leu Phe Phe Thr Ala Leu Cys Phe Gly Leu
1 5 10 15
Thr Gly
<210> 84
<211> 17
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT015
<400> 84
Met Leu Lys Lys Thr Ser Leu Ile Phe Thr Ala Leu Leu Leu Ala Gly
1 5 10 15
Cys
<210> 85
<211> 20
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT023
<400> 85
Met Lys Lys Thr Asn Met Ala Leu Ala Leu Leu Val Ala Phe Ser Val
1 5 10 15
Thr Gly Cys Ala
20
<210> 86
<211> 30
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT100
<400> 86
Met Asp Leu Gly Pro Ile Tyr Asn Thr Arg Asp Ile Asn Asp Gly Lys
1 5 10 15
Val Ile Asn Ile Asp Asn Pro Asn Tyr Thr Asn Pro Val Ala
20 25 30
<210> 87
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT040
<400> 87
Met Met Lys Thr Leu Leu Lys Gly Gln Thr Leu Leu Ala Leu Met Ile
1 5 10 15
Ser Leu Thr Leu Ser Ser Leu Leu Leu Leu
20 25
<210> 88
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT048
<400> 88
Met Lys Ser Val Pro Leu Ile Thr Gly Gly Leu Ser Phe Leu Leu Ser
1 5 10 15
Ala Cys
<210> 89
<211> 22
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT124
<400> 89
Met Lys Lys Ser Lys Ile Ala Ala Gly Val Val Ile Ser Leu Ala Ala
1 5 10 15
Val Trp Cys Ala Gly Ala
20
<210> 90
<211> 33
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT066
<400> 90
Met Lys Ile Tyr Leu Arg Phe Val Trp Ile Leu Ile Ile Ile Leu Asn
1 5 10 15
Phe Leu Leu Asn Leu Phe Ile Thr Thr Asn Gly Val Ile Ile Val Asn
20 25 30
Ala
<210> 91
<211> 22
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT097
<400> 91
Met Lys Lys Phe Asn Gln Ser Ile Leu Ala Thr Ala Met Leu Leu Ala
1 5 10 15
Ala Gly Gly Ala Asn Ala
20
<210> 92
<211> 25
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец P48
<400> 92
Met Ile Thr Ile Lys Lys Gly Leu Asp Leu Pro Ile Ala Gly Lys Pro
1 5 10 15
Ala Gln Val Ile His Ser Gly Asn Ala
20 25
<210> 93
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец HtrA
<400> 93
Met Lys Lys Thr Arg Phe Val Leu Asn Ser Ile Ala Leu Gly Leu Ser
1 5 10 15
Val Leu Ser Thr Ser Phe Val Ala Gln Ala
20 25
<210> 94
<211> 16
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец PE
<400> 94
Met Lys Lys Ile Ile Leu Thr Leu Ser Leu Gly Leu Leu Thr Ala Cys
1 5 10 15
<210> 95
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец PhiD
<400> 95
Met Lys Leu Lys Thr Leu Ala Leu Ser Leu Leu Ala Ala Gly Val Leu
1 5 10 15
Ala Gly
<210> 96
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец P6
<400> 96
Met Asn Lys Phe Val Lys Ser Leu Leu Val Ala Gly Ser Val Ala Ala
1 5 10 15
Leu Ala Ala
<210> 97
<211> 42
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT013
<400> 97
Met Pro Val Gln His Val Lys Leu Ala Arg Asp Arg Arg Lys Lys Arg
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Lys Val Gly Val Phe Phe Val Ala Ile Leu Leu Ile Leu
20 25 30
Thr Gly Ile Leu Leu Thr Ile Lys Asp Lys
35 40
<210> 98
<211> 17
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT106
<400> 98
Met Lys Lys Ile Ile Leu Asn Leu Val Thr Ala Ile Ile Leu Ala Gly
1 5 10 15
Cys
<210> 99
<211> 28
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT107
<400> 99
Met Lys Met Arg Pro Arg Tyr Ser Val Ile Ala Ser Ala Val Ser Leu
1 5 10 15
Gly Phe Val Leu Ser Lys Ser Val Met Ala Leu Gly
20 25
<210> 100
<211> 24
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT108
<400> 100
Met Ser Val Cys Lys Pro Phe Trp Phe Lys Thr Phe Ser Ile Ser Ile
1 5 10 15
Ile Thr Ala Leu Leu Val Ser Cys
20
<210> 101
<211> 30
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT109
<400> 101
Met Ile Met Glu Leu Phe His Thr Ile Leu Ala Ile Val Ala Leu Ile
1 5 10 15
Leu Ser Ser Ala Val Val Ser Ser Ala Glu Ile Ser Leu Ala
20 25 30
<210> 102
<211> 30
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT110
<400> 102
Met Ile Met Glu Leu Phe His Thr Ile Leu Ala Ile Val Ala Leu Ile
1 5 10 15
Leu Ser Ser Ala Val Val Ser Ser Ala Glu Ile Ser Leu Ala
20 25 30
<210> 103
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT111
<400> 103
Met Lys Lys Thr Leu Val Ala Ala Leu Ile Ser Ser Val Ile Leu Leu
1 5 10 15
Thr Gly Cys
<210> 104
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT112
<400> 104
Met Lys Thr Lys Val Ile Leu Thr Ala Leu Leu Ser Ala Ile Ala Leu
1 5 10 15
Thr Gly Cys
<210> 105
<211> 16
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT113
<400> 105
Met Lys Lys Tyr Leu Leu Leu Ala Leu Leu Pro Phe Leu Tyr Ala Cys
1 5 10 15
<210> 106
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT114
<400> 106
Met Lys Lys Val Ala Leu Ile Ser Leu Cys Ile Phe Thr Ala Leu Ser
1 5 10 15
Ala Phe Ala
<210> 107
<211> 35
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT115
<400> 107
Met Lys Tyr Leu His Phe Thr Arg Pro Thr Ile Lys Val Ile Phe Met
1 5 10 15
Ile Asn Ser Ile Lys Thr Leu Leu Leu Ile Ala Thr Leu Ala Ile Leu
20 25 30
Ser Ala Cys
35
<210> 108
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT116
<400> 108
Met Lys Ser Val Pro Leu Ile Thr Gly Gly Leu Ser Phe Leu Leu Ser
1 5 10 15
Ala Cys
<210> 109
<211> 19
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT117
<400> 109
Met Lys Lys Leu Ile Ala Val Ala Val Phe Ser Ala Cys Gly Ser Leu
1 5 10 15
Ala His Ala
<210> 110
<211> 18
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT118
<400> 110
Met Asn Ile Arg Trp Asn Val Ile Leu Gly Val Ile Ala Leu Cys Ala
1 5 10 15
Leu Ala
<210> 111
<211> 17
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT123
<400> 111
Met Lys Lys Thr Thr Ala Leu Phe Leu Leu Ile Phe Ser Leu Ile Ala
1 5 10 15
Cys
<210> 112
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Иммуностимулирующий олигонуклеотид
<400> 112
Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys
1 5 10 15
Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys Ile Cys
20 25
<210> 113
<211> 11
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Поликатионный олигопептид
<400> 113
Lys Leu Lys Leu Leu Leu Leu Leu Lys Leu Lys
1 5 10
<210> 114
<211> 122
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT119
<400> 114
Asp Thr Leu Glu Gln Gln Phe Gln Gln Gly Ser Glu Ala Thr Thr Arg
1 5 10 15
Gly Asp Tyr Gln Thr Thr Phe Lys Phe Leu Leu Pro Leu Ala Glu Gln
20 25 30
Gly Asn Ala Glu Ala Gln Leu Met Leu Gly Val Met Tyr Ala Arg Gly
35 40 45
Ile Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Gln
50 55 60
Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Asn Ala Gln Ala Ile Leu Gly Phe Ser
65 70 75 80
Tyr Leu Leu Gly Gln Ser Gly Val Gln Val Asn Lys Ser Leu Ala Lys
85 90 95
Glu Trp Phe Gly Lys Ala Cys Asp Asn Gly Asp Gln Asn Gly Cys Glu
100 105 110
Tyr Tyr Gly Lys Leu Asn Arg Gly Glu Leu
115 120
<210> 115
<211> 158
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT120
<400> 115
Asp Thr Leu Glu Gln Gln Phe Gln Gln Gly Leu Thr Ala Tyr Glu Gln
1 5 10 15
Ser Asn Tyr Gln Thr Ala Phe Lys Leu Trp Leu Pro Met Ala Glu Gln
20 25 30
Gly Tyr Ala Lys Ala Gln Phe Asn Leu Gly Val Met Tyr Ala Lys Gly
35 40 45
Gln Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Phe Arg Lys
50 55 60
Ala Ala Glu Gln Gly Tyr Ala Glu Ala Lys Phe Asn Leu Gly His Met
65 70 75 80
Tyr Ser Lys Gly Arg Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Asn
85 90 95
Trp Tyr Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly Asp Ala Asp Ala Gln Ala Ile
100 105 110
Leu Gly Phe Leu Tyr Leu Leu Gly Glu Arg Gly Val Gln Val Asn Lys
115 120 125
Ser Leu Ala Lys Glu Trp Phe Gly Lys Ala Cys Asp Asn Gly Asn Gln
130 135 140
Asn Gly Cys Glu Tyr Tyr Gly Lys Leu Asn Arg Gly Glu Leu
145 150 155
<210> 116
<211> 157
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT121
<400> 116
Asp Thr Leu Glu Gln Gln Phe Gln Gln Gly Leu Thr Ala Tyr Glu Gln
1 5 10 15
Ser Asn Tyr Gln Thr Ala Phe Lys Leu Trp Leu Pro Leu Ala Glu Gln
20 25 30
Gly Asp Ala Asn Val Gln Phe Asn Leu Gly Val Met Tyr Ala Glu Gly
35 40 45
Gln Gly Val Lys Gln Asp Asp Phe Glu Ala Val Lys Trp Tyr Arg Lys
50 55 60
Ala Ala Glu Gln Gly Asp Ala Asn Ala Gln Ala Tyr Leu Gly Leu Ala
65 70 75 80
Tyr Thr Glu Gly Arg Gly Val Arg Gln Asp Tyr Thr Glu Ala Val Lys
85 90 95
Trp Phe Arg Lys Ala Ala Glu Gln Gly His Ala Asn Ala Gln Ala Ile
100 105 110
Leu Gly Phe Ser Tyr Leu Leu Gly Lys Gly Val Gln Val Asn Lys Ser
115 120 125
Leu Ala Lys Glu Trp Phe Gly Lys Ala Cys Asp Asn Gly Asp Gln Gly
130 135 140
Gly Cys Lys Tyr Tyr Gly Lys Leu Asn Arg Gly Glu Arg
145 150 155
<210> 117
<211> 168
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT122
<400> 117
Phe Asp Lys Gln Glu Ala Lys Gln Lys Val Glu Asp Thr Lys Gln Thr
1 5 10 15
Val Ala Ser Val Ala Ser Glu Thr Lys Asp Ala Ala Ala Asn Thr Met
20 25 30
Thr Glu Val Lys Glu Lys Ala Gln Gln Leu Ser Thr Asp Val Lys Asn
35 40 45
Lys Val Ala Glu Lys Val Glu Asp Ala Lys Glu Val Ile Lys Ser Ala
50 55 60
Thr Glu Thr Ala Ser Glu Lys Ala Thr Glu Ile Lys Glu Ala Val Ser
65 70 75 80
Glu Lys Ala Ser Glu Met Lys Glu Ala Ala Ser Glu Lys Ala Ser Glu
85 90 95
Met Lys Glu Ala Ala Ser Glu Lys Ala Ser Glu Met Lys Glu Ala Ala
100 105 110
Ser Glu Lys Ala Ser Glu Met Lys Glu Ala Ala Ser Glu Lys Ala Ser
115 120 125
Glu Met Lys Glu Ala Ala Ser Glu Lys Val Gly Glu Met Lys Glu Lys
130 135 140
Ala Thr Glu Met Lys Glu Ala Val Ser Glu Lys Ala Thr Gln Ala Val
145 150 155 160
Asp Ala Val Lys Glu Ala Thr Lys
165
<210> 118
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Кодированный N-конец NT119
<400> 118
Met Arg Phe Thr Lys Thr Leu Phe Thr Thr Ala Leu Leu Gly Ala Ser
1 5 10 15
Ile Phe Ser Phe Gln Ser Thr Ala Trp Ala
20 25
<210> 119
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Кодированный N-конец NT120
<400> 119
Met Lys Leu Thr Lys Thr Leu Leu Thr Thr Ala Leu Phe Gly Ala Ser
1 5 10 15
Val Phe Ser Phe Gln Ser Thr Ala Trp Ala
20 25
<210> 120
<211> 26
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Кодированный N-конец NT121
<400> 120
Met Lys Leu Thr Lys Thr Leu Leu Thr Thr Ala Leu Leu Gly Ala Ser
1 5 10 15
Val Phe Ser Phe Gln Ser Thr Ala Trp Ala
20 25
<210> 121
<211> 23
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> Кодированный N-конец NT122
<400> 121
Met Glu Lys Ile Met Lys Lys Leu Thr Leu Ala Leu Val Leu Gly Ser
1 5 10 15
Ala Leu Ala Val Thr Gly Cys
20
<210> 122
<211> 173
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT004
<400> 122
Ser Glu Glu Gln Val Gln Arg Asp Val Tyr Gln Ser Leu Asp Asp Cys
1 5 10 15
Leu Ala Asp Trp Lys Lys Ile Glu Leu Cys Glu Ala Asp Lys Asn Thr
20 25 30
Glu Ser Thr Gln Lys Thr Glu Thr Thr Pro Gln Gln Gly Leu Gly Leu
35 40 45
Asn Ile Arg Asp Asn Gly Asn Ala Glu Ser Ala Val Lys Asn Pro Ala
50 55 60
Glu Asn Asn Val Gln Ala Asn Gln Ser Glu Asn Asn Ala Glu Ser Thr
65 70 75 80
Thr Lys Ala Glu Ser Thr Asp Pro Ser Leu Gly Ala Ala Ile Ala Gly
85 90 95
Gly Val Met Gly Tyr Leu Ala Ala Arg Ala Ile Ser Ser Phe Leu Gly
100 105 110
Pro Ser Tyr His Pro Gly Asn Arg Ala Val Thr Thr Pro Thr Gly Gln
115 120 125
Val Val Gln Pro Gln Thr Asn Arg Ser Val Gly Lys Pro Met Leu Val
130 135 140
Lys Gly Asn Ala Gly Ser Met Asn Ser Lys Pro Val Ser Arg Gly Gly
145 150 155 160
Phe Ser Ser Pro Asn Asn Thr His Arg Ser Ser Gly Gly
165 170
<210> 123
<211> 171
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT014
<400> 123
Val Ala Ala Val Ile Gly Gly Gly Ala Val Ala Ala Lys Val Ala Thr
1 5 10 15
Asp Pro Arg Thr Thr Gly Thr Gln Ile Asp Asp Glu Thr Leu Glu Phe
20 25 30
Lys Val Glu Asn Ala Val Glu Lys Asp Ala Gln Ile Lys Ala Glu Gly
35 40 45
Arg Val Asn Ala Val Ser Tyr Asn Gly Arg Val Leu Leu Ile Gly Gln
50 55 60
Val Pro Asn Ser Asp Val Lys Asp Thr Ala Thr Ala Leu Ala Lys Gly
65 70 75 80
Val Lys Gly Val Asn Glu Val Tyr Asn Glu Leu Thr Val Ser Ser Lys
85 90 95
Ile Ser Phe Ala Gln Ile Ser Lys Asp Ser Trp Leu Thr Thr Gln Val
100 105 110
Lys Ser Lys Met Phe Val Asp Gly Arg Val Lys Ala Thr Asp Val Lys
115 120 125
Val Ile Ser Glu Asn Gly Glu Val Phe Leu Leu Gly Asn Val Thr Gln
130 135 140
Ser Gln Ala Asn Ala Ala Ala Asp Ile Ala Ser Lys Ile Ser Gly Val
145 150 155 160
Lys Lys Val Ile Lys Val Phe Lys Tyr Leu Asp
165 170
<210> 124
<211> 387
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> NT022
<400> 124
Thr Ser Asn Phe Pro Ala Pro Ile Ser Asp Ala Asp Gly Asn Leu Ser
1 5 10 15
Pro Ser Val Ile Gln Ser Val Asn Gly Ser Asn Val Gly Gly Ala Trp
20 25 30
Gln Pro Glu Ile Gln Lys Asn Ser Leu Pro Thr Thr Gly Asn Met Val
35 40 45
Thr Pro Gln Pro Asn Phe Gln Pro Ile Asn Gln Gln Pro Thr Met Pro
50 55 60
Thr Ala Pro Ala Gln Pro Ala Phe Gln Pro Ser Pro Lys Thr Val Val
65 70 75 80
Ser Ala Pro Thr Val Gln Thr Lys Thr Val Thr Lys Thr Val Ala Asp
85 90 95
Cys Val Asp Gly Gln His Ile Asn Ile Pro Arg Asn Pro Asn Thr Asn
100 105 110
Val Pro Asp Tyr Ser Lys Ile Ser Lys Gly Ser Tyr Lys Gly Asn Thr
115 120 125
Tyr Lys Val Asn Lys Gly Asp Thr Met Phe Leu Ile Ala Tyr Leu Ala
130 135 140
Gly Ile Asp Val Lys Glu Leu Ala Ala Leu Asn Asn Leu Ser Glu Pro
145 150 155 160
Tyr Asn Leu Ser Leu Gly Gln Val Leu Lys Ile Ser Asn Cys Ser Thr
165 170 175
Lys Thr Val Thr Thr Thr Val Ser Val Lys Gln Pro Ala Val Thr Thr
180 185 190
Ser Thr Ala Thr Pro Val Lys Pro Ala Val Thr Tyr Thr Pro Gly Ala
195 200 205
Asn Gly Thr Gln Ile Gly Ser Asp Gly Thr Ile Ile Gly Pro Ile Lys
210 215 220
Ser Glu Ala Gly Thr Ser Pro Ser Val Pro Val Ala Thr Ser Ser Thr
225 230 235 240
Gln Val Thr Ser Ser Val Asn Asn Ala Asn Ser Thr Pro Ile Asn Ser
245 250 255
Asn Val Val Ala Pro Ile Ala Ser His Val Val Trp Gln Trp Pro Thr
260 265 270
Ser Gly Asn Ile Ile Gln Gly Phe Ser Ser Thr Asp Gly Gly Asn Lys
275 280 285
Gly Ile Asp Ile Ser Gly Ser Arg Gly Gln Ala Val Lys Ala Ala Ala
290 295 300
Ala Gly Arg Ile Val Tyr Ala Gly Asn Ala Leu Arg Gly Tyr Gly Asn
305 310 315 320
Leu Ile Ile Ile Lys His Asn Asp Asp Phe Leu Ser Ala Tyr Ala His
325 330 335
Asn Asp Lys Ile Leu Val Ala Asp Gln Gln Glu Val Lys Ala Gly Gln
340 345 350
Asp Ile Ala Lys Met Gly Ser Ser Gly Thr Asn Thr Val Lys Leu His
355 360 365
Phe Glu Ile Arg Tyr Lys Gly Lys Ser Val Asp Pro Val Arg Tyr Leu
370 375 380
Pro Arg His
385
<210> 125
<211> 20
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT004
<400> 125
Met Lys Lys Lys Asn Gln Ile Leu Val Ser Leu Ser Ile Val Ala Leu
1 5 10 15
Leu Gly Gly Cys
20
<210> 126
<211> 22
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT014
<400> 126
Met Thr Leu Ser Pro Leu Lys Lys Leu Ala Ile Leu Leu Gly Ala Thr
1 5 10 15
Ile Phe Leu Gln Gly Cys
20
<210> 127
<211> 22
<212> БЕЛОК
<213> Бактерии <прокариоты>
<220>
<223> N-конец NT022
<400> 127
Met Thr Leu Ser Pro Leu Lys Lys Leu Ala Ile Leu Leu Gly Ala Thr
1 5 10 15
Ile Phe Leu Gln Gly Cys
20
<210> 128
<211> 286
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NT061
<400> 128
Glu Glu Arg Val Val Ala Thr Val Asp Gly Ile Pro Ile Leu Glu Ser
1 5 10 15
Gln Val Arg Ala Asn Met Gly Lys Lys Gly Asp Arg Gln Ser Ala Leu
20 25 30
Asp Lys Ile Ile Asp Asp Leu Leu Val Gln Lys Ala Ile Gln Glu Ser
35 40 45
Gly Val Lys Ile Asp Pro Arg Glu Ile Asp Arg Val Val Glu Asp Thr
50 55 60
Ala Ala Arg Asn Gly Leu Thr Tyr Gly Gln Phe Leu Asp Ala Leu Asp
65 70 75 80
Tyr Gln Gly Ile Ser Leu Asn Thr Phe Arg Gln Gln Ile Ala Asn Gln
85 90 95
Met Val Met Gly Ala Val Arg Asn Lys Ala Ile Gln Glu Ser Ile Asp
100 105 110
Val Thr Arg Glu Glu Val Val Ala Leu Gly Gln Lys Met Leu Asp Glu
115 120 125
Ala Lys Ser Gln Gly Thr Ala Gln Lys Val Thr Gly Lys Glu Tyr Glu
130 135 140
Val Arg His Ile Leu Leu Lys Leu Asn Pro Leu Leu Asn Asp Ala Gln
145 150 155 160
Ala Lys Lys Gln Leu Ala Lys Ile Arg Ser Asp Ile Ile Ala Gly Lys
165 170 175
Thr Thr Phe Ala Asp Ala Ala Leu Lys Tyr Ser Lys Asp Tyr Leu Ser
180 185 190
Gly Ala Asn Gly Gly Ser Leu Gly Tyr Ala Phe Pro Glu Thr Tyr Ala
195 200 205
Pro Gln Phe Ala Gln Thr Val Met Lys Ser Lys Gln Gly Val Ile Ser
210 215 220
Ala Pro Phe Lys Thr Glu Phe Gly Trp His Ile Leu Glu Val Thr Gly
225 230 235 240
Val Ser Asp Gly Asp Leu Thr Ala Glu Ala Tyr Thr Gln Lys Ala Tyr
245 250 255
Glu Arg Leu Val Asn Thr Gln Leu Gln Asp Ala Thr Asn Asp Trp Val
260 265 270
Lys Ala Leu Arg Lys Arg Ala Asn Ile Gln Tyr Phe Asn Lys
275 280 285
<210> 129
<211> 27
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> N-конец NT061
<400> 129
Met Lys Met Lys Lys Phe Ile Leu Lys Ser Phe Leu Leu Ala Thr Leu
1 5 10 15
Gly Cys Val Ala Phe Thr Ser Met Ala Gln Ala
20 25
<210> 130
<211> 390
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NT017
<400> 130
Gly Leu Leu Ile Phe Ser Pro Val Ser Gln Ser Ser Asp Leu Asn Gln
1 5 10 15
Ile Gln Lys Gln Ile Lys Gln Gln Glu Ser Lys Ile Glu Lys Gln Lys
20 25 30
Arg Glu Gln Ala Lys Leu Gln Ala Asn Leu Lys Lys His Glu Ser Lys
35 40 45
Ile Asn Thr Val Glu Gly Glu Leu Leu Glu Thr Glu Ile Ser Leu Lys
50 55 60
Glu Ile Arg Lys Gln Ile Ala Asp Ala Asp Lys Gln Phe Lys Gln Leu
65 70 75 80
Glu Lys Gln Glu Arg Glu Gln Lys Ala Arg Leu Ala Lys Gln Met Asp
85 90 95
Ile Ile Tyr Arg Ser Gly Ile Asn Pro Ser Leu Ile Glu Arg Met Phe
100 105 110
Ala Gln Asp Pro Thr Lys Ala Glu Arg Met Lys Val Tyr Tyr Gln His
115 120 125
Leu Asn Gln Val Arg Ile Glu Met Ile Asp Asn Leu Lys Ala Thr Gln
130 135 140
Ala Gln Ile Ala Val Gln Lys Glu Ala Ile Leu Ala Gln Gln Lys Asn
145 150 155 160
His Arg Asn Gln Leu Ser Thr Gln Lys Lys Gln Gln Gln Ala Leu Gln
165 170 175
Lys Ala Gln Gln Glu His Gln Ser Thr Leu Asn Glu Leu Asn Lys Asn
180 185 190
Leu Ala Leu Asp Gln Asp Lys Leu Asn Ala Leu Lys Ala Asn Glu Gln
195 200 205
Ala Leu Arg Gln Glu Ile Gln Arg Ala Glu Gln Ala Ala Arg Glu Gln
210 215 220
Glu Lys Arg Glu Arg Glu Ala Leu Ala Gln Arg Gln Lys Ala Glu Glu
225 230 235 240
Lys Arg Thr Ser Lys Pro Tyr Gln Pro Thr Val Gln Glu Arg Gln Leu
245 250 255
Ile Asn Ser Thr Ser Gly Leu Gly Ala Ala Lys Lys Gln Tyr Ser Leu
260 265 270
Pro Val Ser Gly Ser Ile Leu His Thr Phe Gly Ser Ile Gln Ala Gly
275 280 285
Glu Val Arg Trp Lys Gly Met Val Ile Gly Ala Ser Ala Gly Thr Pro
290 295 300
Val Lys Ala Ile Ala Ala Gly Arg Val Ile Leu Ala Gly Tyr Leu Asn
305 310 315 320
Gly Tyr Gly Tyr Met Val Ile Val Lys His Gly Glu Thr Asp Leu Ser
325 330 335
Leu Tyr Gly Phe Asn Gln Ala Val Ser Val Lys Val Gly Gln Leu Val
340 345 350
Ser Ala Gly Gln Val Ile Ala Gln Val Gly Asn Thr Gly Glu Ile Ser
355 360 365
Arg Ser Ala Leu Tyr Phe Gly Ile Ser Arg Lys Gly Thr Pro Val Asn
370 375 380
Pro Ala Gly Trp Val Arg
385 390
<210> 131
<211> 20
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> N-конец NT017
<400> 131
Met Leu Arg Phe Gly Val Asn Gln Lys Thr Ser Leu Leu Leu Thr Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Cys
20
<---
1. Иммуногенная композиция, содержащая выделенный или рекомбинантный полипептидный антиген нетипируемого штамма H. influenzae NTHI1292 (NT067) и один или более фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей и/или адъювантов, для применения в способе индукции защитного иммунного ответа против инфекции H. influenzae у млекопитающего, причем указанный антиген NT067 представляет собой полипептид, включающий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 52.
2. Иммуногенная композиция по п.1, дополнительно содержащая один или несколько выделенных или рекомбинантных полипептидных антигенов нетипируемого штамма H. influenzae, выбранных из группы, состоящей из: (8) CGSHiGG_00130 (NT052), (1) NTHI0915 (NT018), (2) NTHI1416 (NT024), (3) NTHI2017 (NT032), (4) CGSHiGG_02400 (NT038), (6) NTHI0877 (NT001), (7) NTHI0266 (NT016), (9) NTHI1627 (NT002), (10) NTHI1109 (NT026), (11) NTHI0821 (NT009), (12) NTHI0409 (NT025), (13) NTHI1954 (NT028), (14) NTHI0371 (NT029), (15) NTHI0509 (NT031), (16) NTHI0449 (NT015), (17) NTHI1473 (NT023), (18) gi-145633184 (NT100), (19) NTHI1110 (NT040), (20) gi-46129075 (NT048), (21) gi-145628236 (NT053), (22) NTHI1230 (NT066), (23) NTHI0522 (NT097), (24) NT004, (25) NT014, (26) NT022.
3. Композиция по п.2, в которой
указанный антиген NT016 является полипептидом, включающим аминокислотную последовательность, которая на 90% или больше идентична SEQ ID NO:7 или SEQ ID NO:55;
указанный антиген NT014 является полипептидом, включающим аминокислотную последовательность, которая на 90% или больше идентична SEQ ID NO:123;
указанный антиген NT022 является полипептидом, включающим аминокислотную последовательность, которая на 90% или больше идентична SEQ ID NO:124.
4. Иммуногенная композиция по п.1, которая дополнительно содержит по меньшей мере один полипептид, выбранный из группы, состоящей из: (24) Р48 (NTHI0254, также определяемого как NT007), (25) HtrA (NTHI1905, также определяемого как NT006), (26) PE (NTHI0267, также определяемого как NT035), (27) Р26 (NTHI0501, также определяемого как NT010), (28) PHiD (NTHI0811, также определяемого как NT080), (29) Р6 (NTHI0501, также определяемого как NT081).
5. Иммуногенная композиция по п.1, которая дополнительно содержит по меньшей мере один полипептид, выбранный из группы, состоящей из: (30) NT013, (31) NT106, (32) NT107, (33) NT108, (34) NT109, (35) NT110, (36) NT111, (37) NT112, (38) NT113, (39) NT114, (40) NT115, (41) NT116, (42) NT117, (43) NT118, (44) NT123, (45) NT124, (46) NT119, (47) NT120, (48) NT121, (49) NT122 и/или (50) NT061.
6. Иммуногенная композиция по п.1, включающая комбинацию из двух или более антигенов.
7. Композиция по п.1, в которой по меньшей мере один выделенный или рекомбинантный полипептидный антиген нетипируемого штамма H. influenzae является консервативным в разных патогенных нетипируемых штаммах H. influenzae.
8. Композиция по п.1, дополнительно содержащая по меньшей мере еще один вакцинный антиген, не являющийся антигеном нетипируемого штамма H. influenzae, который выбирают из группы, включающей:
- антиген из серогруппы N. meningitidis A, B, C, W135 и/или Y;
- сахаридный или полипептидный антиген из Streptococcus pneumoniae;
- антиген из вируса гепатита А;
- антиген из вируса гепатита В;
- дифтерийный антиген, такой как дифтерийный токсоид;
- столбнячный антиген;
- антиген из Bordetella pertussis;
- полноклеточный коклюшный антиген;
- сахаридный антиген из Haemophilus unfluenzae B;
- полиомиелитный антиген;
- антигены кори, пароцита и/или краснухи;
- антиген(ы) гриппа;
- антиген из Moraxella catarrhalis;
- антиген из респираторно-синцитиального вируса;
- вакцинную композицию, включающую конъюгатную вакцину (адсорбированную) против дифтерии (D), столбняка (Т), коклюша (бесклеточный компонент) (Ра), гепатита В (рДНК) (HBV), полиомиелита (инактивированная) (IPV) и Haemophilus influеnzae типа b (Hib), например, Infantrix-hexa.
9. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в медицине.
10. Композиция по любому из пп. 1-8, которая является вакциной.
11. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в качестве иммунизирующего агента против Haemophilis influenzae sp.
12. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в качестве иммунизирующего агента против инфекционного заболевания, такого как отит, вызываемого нетипируемым штаммом Haemophilis influenzae.
13. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в качестве вакцины против заболеваний, вызываемых Haemophilis influenzae.
14. Способ профилактики или лечения инфекций, вызываемых нетипируемым штаммом H. influenzae, который включает стадию введения млекопитающему эффективного количества композиции, содержащей выделенный или рекомбинантный полипептидный антиген нетипируемого штамма H. influenzae NTHI1292 (NT067) и один или более фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей и/или адъювантов, причем указанный антиген NT067 представляет собой полипептид, включающий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 52.
15. Способ по п.14, который включает стадию, на которой указанный антиген, определенный в п.1, и по меньшей мере один антиген, определенный в любом из пп. 2-4, вводят одновременно.
16. Способ по п.14, в котором указанный антиген, определенный в п.1, и по меньшей мере один антиген, определенный в любом из пп. 2-4, вводят отдельно на протяжении нескольких стадий.
17. Способ получения композиции по любому из пп. 1-13, который включает стадию смешивания одного или более антигенов, содержащей выделенный или рекомбинантный полипептидный антиген нетипируемого штамма H. influenzae NTHI1292 (NT067), причем указанный антиген NT067 представляет собой полипептид, включающий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 52, с адъювантом.
18. Способ по п.17, который дополнительно включает стадию составления полученной смеси в качестве лекарственного средства или вакцины и необязательно включает стадию последующей упаковки состава для распространения в качестве лекарственного средства или вакцины.
