Патенты автора Куклева Любовь Михайловна (RU)
Предложен набор рекомбинантных флуоресцентных штаммов бактерий вида Yersinia pestis античного биовара основного подвида и алтайского биовара центральноазиатского подвида для индикации возбудителя чумы в экспериментальных образцах. Рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis античного биовара основного подвида представляют собой штамм Y. pestis КМ2083, содержащий плазмиду pTurboGFP-B, штамм Y. pestis KM2084, содержащий плазмиду pKatushka2S-B, и штамм Y. pestis KM2048, содержащий плазмиду pTurboGFP-B. Рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis алтайского биовара центральноазиатского подвида представляют собой штамм Y. pestis КМ2081, содержащий плазмиду pTurboGFP-B, штамм Y. pestis KM2082, содержащий плазмиду pKatushka2S-B. Указанные рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis депонированы в Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора. Указанные плазмиды pTurboGFP-B и pKatushka2S-B содержат гены флуоресцентных белков TurboGFP и Katushka2S. Изобретение обеспечивает быструю и надежную индикацию чумного микроба в экспериментальных образцах в процессе изучения механизмов персистенции возбудителя во внешней среде в экспериментально смоделированных условиях, механизмов пато- и иммуногенеза чумы. 5 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к индикации и идентификации штаммов возбудителя чумы по их принадлежности к виду Yersinia pestis, к подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям по наличию генов основных факторов патогенности методом ДНК-чипа. Способ включает выделение ДНК штамма, проведение мультиплексных ПЦР в один прием в шести реакционных смесях на ДНК мишени: «pla», «3а», «cafl», «yihN» в первой; «irp2», «lcrV» во второй; «glpD», «Pro», «Med24», «45» в третьей; «Med70», «Phage» в четвертой; «Alt», «His», «U1» в пятой; «Caucas», «Tal», «Micr» в шестой с последующей гибридизацией с иммобилизованными зондами, индикацией и идентификацией штаммов по наличию и отсутствию сигналов флуоресценции. У всех штаммов Y. pestis будет наблюдаться флуоресценция по мишеням «yihN» и «3а». При дифференциации подвидов будет отсутствовать сигнал флуоресценции у штаммов Y. pestis основного подвида по мишени «45», у штаммов алтайского биовара центральноазиатского подвида по мишени «Alt», у гиссарского биовара центральноазиатского подвида по мишени «His», у таласского биовара центральноазиатского подвида по мишени «Та1», у биовара microtias центральноазиатского подвида по мишени «Micr», у штаммов улегейского подвида по мишени «U1», у штаммов кавказского подвида по мишени «Caucas». При дифференциации штаммов Y. pestis основного подвида по принадлежности к биоварам будет отсутствовать сигнал флуоресценции у штаммов восточного биовара (1.ORI) по мишени «glpD», у всех штаммов средневекового биовара кроме 2.MED0 по мишени «Med24» и будут отмечаться сигналы флуоресценции у штаммов ветви 2.MED0 по мишени «pCKP», у штаммов античного биовара основного подвида по мишеням «glpD» и «Med24». Для штаммов филогенетической ветви «1» (1.ANT и 1.ORI) будет характерно наличие флуоресцентного сигнала по мишени «Phage», для штаммов филогенетической ветви «2» (2.ANT и 2.MED) будет характерно отсутствие сигнала флуоресценции по мишени «Med70». При детекции основных генов патогенности будет наблюдаться сигнал флуоресценции у штаммов Y. pestis, содержащих остров высокой патогенности HPI в составе хромосомной области пигментации по мишени «irp2», у штаммов, несущих ген pla плазмиды pPst по мишени «pla», у штаммов с геном lcrV плазмиды pCad по мишени «lcrV», у штаммов, содержащих ген cafl плазмиды pFra по мишени «caf». Изобретение позволяет определить принадлежности к виду, подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям и наличие основных генов патогенности методом ДНК-чипа, который предусматривает выделение ДНК-штамма, проведение шести мультиплексных ПЦР на ДНК мишени yihN», «3а», «45», «Alt», «His», «U1», «Caucas», «Tal», «Micr», «glpD», «Med24», «Pro», «Med70», «Phage», «pla», «cafl», «irp2», «lcrV», с последующей гибридизацией с иммобилизованными зондами, индикацией и идентификацией штаммов по наличию и отсутствию сигналов флуоресценции в соответствии с таблицами. 6 табл., 9 пр.
Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в научно-исследовательских учреждениях медицинского профиля и службах Роспотребнадзора. Сущность изобретения заключается в обеспечении быстрой и надежной дифференциации штаммов средневекового биовара от штаммов Y. pestis других биоваров и подвидов с последующим разделением штаммов средневекового биовара по их филогенетической принадлежности. Технический результат достигается способом дифференциации штаммов возбудителя чумы средневекового биовара с определением их филогенетической принадлежности методом ПНР с электрофоретическим учетом результатов, с использованием соответствующих праймеров SEQ ID NO:1-4 на ДНК мишени «(-183)2.med», «pCKF», «(-100)2.med1» и «(-73)2.med3» с последующей дифференциацией по размеру амплификатов в соответствии с таблицей. 1 табл., 4 пр.
Изобретение относится к биохимии и области медицинской микробиологии. Описан способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы Yersinia pestis. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени с праймерами SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13 и зондами SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 на ДНК-мишени 45, 89, Caucasic(-91), His(-205), Alt(-90), Uleg(-88), Tal(-72). Подвидовую дифференциацию штаммов Yersinia pestis проводят по отсутствию сигнала флуоресценции по специфической для подвида ДНК-мишени и по его наличию по остальным используемым ДНК-мишеням. 1 ил., 6 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, последовательное проведение ПЦР с праймерами на ДНК мишени «Med24», «glpD», «pCKF» и с праймерами «1.ANT/1.ORI», «2.ANT/2.MED следующего состава:
Дифференциацию осуществляют путем сравнения наличия и размеров образуемых амплифицированных фрагментов исследуемого штамма с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты 0.ANT, 1.ANT, 2.ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.ORI) биоваров. Представленное изобретение позволяет быстро и эффективно разделить штаммы возбудителя чумы по их биоварной и внутрибиоварной принадлежности. 1 табл., 3 пр.
СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ // 2561469
Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу определения геновариантов штаммов возбудителя чумы методом мультилокусного секвенирования. Заявленный способ предусматривает выделение хромосомной ДНК исследуемого штамма, амплификацию ДНК мишеней в полимеразной цепной реакции с использованием сконструированных праймеров, секвенирование амплифицированных фрагментов. Геновариант исследуемого штамма возбудителя чумы определяют по вариабельным нуклеотидам, маркерным для отдельных геновариантов. Способ позволяет эффективно и надежно определять геноварианты штаммов Y.pestis. 1 табл., 4 пр.
СПОСОБ ПОДВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ // 2552611
Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы. Способ предусматривает выделение ДНК, проведение ПЦР с применением синтезированных праймеров для амплификации фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDF_0064-YPDSF_0065 исследуемого штамма. Дифференциацию осуществляют путем сравнения размеров полученных ампликонов исследуемого штамма с размерами аналогичных фрагментов, характерных для штаммов основного (151 п.н. и 374 п.н.), кавказского (185 п.н. и 434 п.н.), алтайского и гиссарского (202 п.н. и 374 п.н.), а также улегейского (185 п.н. и 374 п.н.) подвидов. Изобретение позволяет эффективно проводить подвидовую дифференциацию штаммов Y. pestis и значительно сократить время выполнения анализа. 4 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к cпособу дифференциации типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара. Способ предусматривает проведение в двух реакционных смесях ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов с использованием соответствующих олигонуклеотидных праймеров и зондов на ДНК-мишени «Med24» и «pCKF» следующего состава: праймеры прямой Med24 RealTime-S GCCAGTGTGTGTCTAAA, обратный Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG и зонд Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, праймеры прямой pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, обратный pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA и зонд pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1. Разделяют типичные и атипичные штаммы средневекового биовара следующим образом: отсутствие гибридизационно-флуоресцентного сигнала по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у типичных штаммов, наличие по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у атипичных штаммов, наличие ДНК-сигнала по «Med24» и отсутствие по «pCKF» у штаммов, не относящихся к штаммам средневекового биовара. 1 ил., 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области медицинской микробиологии и касается способа дифференциации штаммов Yersinia pestis
СПОСОБ ПОДВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pestis МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО СИКВЕНС-ТИПИРОВАНИЯ // 2415948
Изобретение относится к области медицинской микробиологии, в частности к подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы
Изобретение относится к биотехнологии
