Стабильное и селективное образование триплексов и дуплексов хугстеновского типа с применением скрученных интеркалирующих нуклеиновых кислот (tina) и способ получения tina

Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии и может быть использовано для детекции нуклеиновых кислот, диагностики и/или лечения заболеваний. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, содержит скелетную мономерную единицу олигонуклеотида или олигонуклеотидного аналога, которая с помощью алкилендиола и линкера соединена с двумя циклическими кольцевыми системами. Кольцевые системы связаны между собой посредством конъюгатора. Гибкий мономер может быть адаптирован для встраивания в олигонуклеотид. Способ получения олигонуклеотида предусматривает в течение олигонуклеотидного синтеза встраивание гибкого мономера, увеличивающего стэкинг оснований и адаптированного для встраивания в олигонуклеотид. Олигонуклеотид может содержать один или более гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований. 4 н. и 8 з.п. ф-лы, 6 ил., 4 табл., 10 пр.

 

Текст описания приведен в факсимильном виде.

1. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, с общей структурой
X-L-I₁-C-I₂,
где Х представляет собой скелетную мономерную единицу олигонуклеотида или олигонуклеотидного аналога, и где Х соединен с L через алкилендиол,
L представляет собой линкер, включающий алкильную цепь, оксаалкильную цепь, азаалкильную цепь, тиаалкильную цепь, карбоксамидную группу, тиокарбоксамидную группу, сульфонамидную группу или их комбинации, и включает 0-60 атомов;
I₁ представляет собой моноциклическую или полициклическую ароматическую кольцевую систему, выбранную из группы, состоящей из бензола, нафталена, азулена и бициклических гетероароматических кольцевых систем,
С представляет собой конъюгатор, выбранный из группы алкила от 1 до 12 атомов углерода, алкенила от 2 до 12 атомов углерода, алкинила от 2 до 25 атомов углерода или диазо или их комбинаций с длиной не более чем 25 атомов углерода или/и атомов азота,
I₂ выбран из группы бициклических ароматических кольцевых систем, трициклических ароматических кольцевых систем, тетрациклических ароматических кольцевых систем, пентациклических ароматических кольцевых систем и их гетероароматических аналогов и их замещенных.

2. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где длина скелетной мономерной единицы X, включая атом фосфора, составляет менее чем 6 атомов, где длина скелетной единицы представляет собой наименьшую дистанцию от одного мономера до следующего.

3. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где алкилендиол Х представляет собой этиленгликоль.

4. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где алкенил конъюгатора С представляет собой ацетилен или циклические ацетилены.

5. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.4, где С выбран из группы, содержащей неразветвленную цепь или разветвленную цепь или моноциклические ароматические кольца и их замещенные производные.

6. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где длина L составляет по меньшей мере 2 атома.

7. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где I₁ представляет собой бензол.

8. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где I₂ представляет собой пирен.

9. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, имеющий формулу

где R представляет собой арилэтинил.

10. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, адаптированный для встраивания в олигонуклеотид, с общей структурой
X-L-I₁-C-I₂,
где Х представляет собой скелетную мономерную единицу, подходящую для включения в олигонуклеотид или олигонуклеотидный аналог, и выбран из группы, состоящей из фосфорамидита, фосфордиамидита, фосфордиэстера, фосфортриэстера, фосфоната, Н-фосфоната, фосфита, хлорфосфита, хлорфосфорамидита, фосфонамидита, фосфонхлоридита, трифосфата, дифосфата,
L представляет собой линкер, включающий алкильную цепь, оксаалкильную цепь, азаалкильную цепь, тиаалкильную цепь, карбоксамидную группу, тиокарбоксамидную группу, сульфонамидную группу или их комбинации, и включает 0-60 атомов;
I₁ представляет собой моноциклическую или полициклическую ароматическую кольцевую систему, выбранную из группы, состоящей из бензола, нафталена,
С представляет собой конъюгатор, выбранный из группы алкила от 1 до 12 атомов углерода, алкенила от 2 до 12 атомов углерода, алкинила от 2 до 25 атомов углерода или диазо или их комбинаций с длиной не более чем 25 атомов углерода или/и атомов азота,
I₂ выбран из группы бициклических ароматических кольцевых систем, трициклических ароматических кольцевых систем, тетрациклических ароматических кольцевых систем, пентациклических ароматических кольцевых систем и их гетероароматических аналогов и их замещенных производных.

11. Олигонуклеотид для образования двухцепочечных нуклеиновых кислот и триплексных нуклеиновых кислот, где указанный олигонуклеотид включает один или несколько гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований, по любому из предыдущих пунктов.

12. Способ получения олигонуклеотида по п.11, включающий этапы, на которых:
а. обеспечивают гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, подходящий для встраивания в олигонуклеотид, по п.10;
b. обеспечивают стандартные реагенты для олигонуклеотидного синтеза,
с. в течение олигонуклеотидного синтеза встраивают один или несколько гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований, в олигонуклеотид,
d. таким образом создают олигонуклеотид, включающий гибкий скелетный мономер.