Патенты автора Останкова Юлия Владимировна (RU)

Группа изобретений относится к биотехнологии. Представлены способ лабораторной персонифицированной диагностики состояния иммунитета пациентов и набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров, и флуоресцентно меченых зондов, и стандартных образцов. Диагностику проводят с использованием олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и соответствующих флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам выявляемых фрагментов, а также с использованием стандартных образцов плазмидной ДНК. Способ включает синтетическую последовательность, представляющую собой нуклеотидные последовательности, соответствующие фрагментам целевых молекул ДНК TREC, KREC и двух эталонных нормировочных генов HPRT и RPP30, со спейсерами между ними, с известными концентрациями. Выделенную ДНК используют для одновременной амплификации в одной емкости участков целевых молекул ДНК TREC, KREC и двух эталонных нормировочных генов HPRT и RPP30. Определение уровня TREC и KREC проводят с нормализацией на эталонные гены, «нормировочный коэффициент» при этом вычисляется как среднее геометрическое или среднее арифметическое от значения всех эталонных нормировочных генов. Вывод о состоянии иммунитета делают на основании нормального или сниженного уровней TREC и KREC. Технический результат заключается в расширении арсенала средств, используемых для диагностики состояния иммунитета пациентов. 2 н. и 4 з.п. ф-лы, 3 ил., 2 табл., 5 пр.

Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ выявления вируса гепатита В при низкой вирусной нагрузке путем определения в пробе крови ДНК вируса методом ПЦР с детекцией по трем мишеням в режиме реального времени. Выявление проводят в плазме и/или сыворотке крови, сгустке крови, тканях печени. Диагностика проводится в два этапа. На первом этапе проводится амплификация ДНК вируса с использованием олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих полный геном вируса, а на втором этапе трех пар олигонуклеотидных праймеров к трем регионам (ген S, ген X, ген Core) генома вируса, а также одной пары к фрагменту гена человека HPRT и соответствующих олигонуклеотидных флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам амплифицируемых фрагментов, несущих на 5'-конце флуорофоры, а на 3'-конце нефлуоресцентные тушители. Регистрируют полученные результаты посредством гибридизационно-флуоресцентной детекции в режиме реального времени. На втором этапе в исследование вводится позитивный контрольный образец, представляющий собой плазмиду, содержащую нуклеотидные последовательности трех целевых регионов генома ВГВ. Способ обеспечивает повышение чувствительности и надежности диагностики. 2 ил., 2 табл., 4 пр.

Изобретение относится к медицине, в частности к способам лабораторной диагностики заболеваний печени, и может найти применение для уточнения причины фиброза печени в клинико-лабораторных условиях. Решается задача разработки способа определения причин развития фиброза печени, который позволяет сократить количество измеряемых показателей с одновременным повышением чувствительности и сохранением требуемой специфичности. В качестве определяемых белковых продуктов предложено использовать цитокины CCL2/MCP-1, CCL8/MCP-2, IFNγ. Их концентрацию определяют в плазме крови и по соответствию концентрации маркера пороговым значениям диагностируют причину фиброза печени. В результате анализа были получены следующие пороговые значения для дифференциальной диагностики хронического гепатита В и хронического гепатита С: CCL2/MCP-1 - 245,3 пг/мл, CCL8/MCP-2 - 21,5 и 28,0 пг/мл, IFNγ - 2,5 пг/мл. Использование данного алгоритма для диагностики стадий фиброза печени позволяет достигнуть чувствительности метода 83,3-86,2% при достаточной специфичности. 1 ил., 2 пр.

Группа изобретений относится к биотехнологии и медицине, а именно к иммунодиагностике, в частности к проблеме оценки иммунного статуса новорожденных. Диагностику проводят с использованием ДНК, выделенной из цельной крови или сухих пятен крови (сухой капли крови). Диагностику проводят в два этапа с использованием олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и соответствующих флуоресцентно меченных зондов, комплементарных участкам выявляемых фрагментов. Анализ результатов проводят с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени», анализ TREC и KREC проводят с нормализацией на эталонные гены, абсолютное количество целевых молекул TREC, KREC и нормировочных генов в анализируемых образцах определяют с использованием калибровочных кривых, построенных при амплификации серии последовательных разведений стандартных образцов ДНК с известными концентрациями искомых продуктов (TREC, KREC) и эталонных генов (GAPDH, HPRT, RPP30) или известным количеством клеток, по результатам определения TREC и KREC делают выводы о состояния иммунитета новорожденных. На первом этапе выделенную ДНК используют для одновременной амплификации в одной емкости участков молекул ДНК TREC, KREC и двух эталонных нормировочных генов GAPDH и HPRT. «Нормировочный коэффициент» при этом вычисляется как среднее геометрическое или среднее арифметическое от значения всех эталонных нормировочных генов. При обнаружении по результатам проведения первого этапа отсутствия или низкого уровня целевых молекул ДНК TREC, KREC для выявленных образцов проводят второй этап, включающий две мультиплексных постановки из одной навески экстрагированной ДНК: в одной (целевой) емкости проводят амплификацию участков молекул ДНК TREC, KREC и одного эталонного нормировочного гена GAPDH, во второй (нормировочной) емкости проводят амплификацию участков молекул ДНК трех эталонных генов - GAPDH, HPRT и RPP30. При анализе результатов производится корреляционный пересчет данных, полученных для мультиплексной постановки эталонных генов, на данные, полученные для эталонного гена в целевой емкости, после чего вводится «нормировочный коэффициент», вычисляемый как среднее геометрическое или среднее арифметическое от значения всех эталонных нормировочных генов. Далее производится расчет данных, полученных для молекул ДНК TREC, KREC. Обеспечивается повышение чувствительности и достоверности диагностики, снижение ложноположительных (отсутствие и/или низкие уровни молекул ДНК TREC, KREC) результатов. 2 н. и 3 з.п. ф-лы, 9 ил., 4 пр.

Изобретение относится к медицинской биотехнологии и описывает способ выявления вируса парвовирус В19 при низкой вирусной нагрузке путем определения в пробе крови ДНК вируса методом ПЦР с дальнейшим секвенированием фрагментов. Выявление проводят в плазме и/или сыворотке крови, ротоглоточных смывах. Диагностика проводится в два этапа. На первом этапе используется асимметричная ПЦР с протяженными праймерами (прямой праймер 5'-agccattttaagtgttttactataattttattggtcagtttt-3', обратный праймер 5'-tgttgttcatatctggttaaatacttaaattc-3'), на втором этапе используются праймеры к областям генома парвовируса В19, при этом в составе амплификационной смеси на каждом этапе равномерное соотношение дезоксинуклеозидтрифосфатов со сниженной концентрацией и высокая концентрация MgCl2, на первом этапе в смеси присутствует глицерин в количестве 5% от конечного объема, а на втором этапе - формамид и DMSO в количестве 4% и 8% от конечного объема соответственно. Способ обеспечивает повышение чувствительности и специфичности диагностики. 2 ил., 2 табл., 3 пр.

Изобретение относится к медицинской биотехнологии. Изобретение представляет собой способ выявления ДНК вируса гепатита В в биологическом материале на основе двухэтапной полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией в режиме реального времени. Выявление проводят в плазме и/или сыворотке крови, сгустке крови, тканях печени. Диагностика проводится в два этапа. На первом этапе проводится амплификация ДНК вируса с использованием олигонуклеотидных праймеров, комплементарных областям наибольшего сходства геномов различных изолятов ВГВ в регионах S-гена и Х-гена (прямой праймер обратный праймер На втором этапе используют две пары олигонуклеотидов к двум регионам (ген S и ген X) генома вируса и соответствующие олигонуклеотидные флуоресцентно меченые зонды, комплементарные участкам амплифицируемых фрагментов, несущие на 5'-конце флуорофоры, а на 3'-конце не флуоресцентные тушители. Регистрируют полученные результаты посредством гибридизационно-флуоресцентной детекции в режиме реального времени. Способ обеспечивает повышение чувствительности и надежности диагностики. 1 ил., 2 табл., 4 пр.

Изобретение относится к медицине и предназначено для дифференциальной диагностики причин фиброза печени при вирусном гепатите В (ХГВ) и аутоиммунных поражениях печени (АПП). В плазме крови определяют концентрацию цитокинов CCL8/MCP-2, CXCL10/IP-10, IFN γ. На первой стадии оценивают концентрацию CCL8/MCP-2, при значениях которого ≥ 22,9 пг/мл пациента необходимо отнести к первой подгруппе с преимуществом ХГВ, при значениях < 22,9 пг/мл - ко второй подгруппе, с преимуществом АПП, затем оценивают CXCL10/IP-10, при его значении < 660,57 пг/мл для первой подгруппы диагностируют ХГВ, ≥ 660,57 пг/мл - диагностируют АПП, для второй подгруппы, если значение CXCL10/IP-10 < 376,4 пг/мл диагностируют ХГВ, при значении ≥ 376,4 проводят дополнительный анализ IFN γ, если значение IFN γ ≥7,19 пг/мл диагностируют ХГВ, а если <7,19 - АПП. Способ позволяет повысить точность дифференциальной диагностики причин фиброза печени. 1 ил., 4 пр.

Изобретение относится к медицине и, в частности, к вирусологии и инфекционным заболеваниям. Предложен способ выявления вируса гепатита В при низкой вирусной нагрузке путем определения в биопробе ДНК вируса методом ПЦР с дальнейшим секвенированием фрагментов. Выявление проводят в плазме и/или сыворотке крови, сгустке крови, ротоглоточных смывах, сперме, тканях печени. Выявление проводится в два этапа. На первом этапе используется асимметричная ПЦР с протяженными праймерами (прямой праймер: 5'-ctgcgcaccagcaccatgcaactttttcacctctgc-3', обратный праймер: 5'-cagaccaatttatgcctacagcctccta-3'). На втором этапе используются праймеры к одному из четырех регионов генома ВГВ. Способ обеспечивает повышение специфичности и чувствительности диагностики вируса гепатита В. 4 пр., 2 ил., 2 табл.

Изобретение относится к медицине и предназначено для уточнения стадии фиброза печени в клинико-лабораторных условиях. В качестве определяемых белковых продуктов используют цитокины CXCL11/ITAC, TNFα и CCL20/MIP-3α. Их концентрацию определяют в плазме крови и по соответствию концентрации маркера пороговым значениям диагностируют степень фиброза печени. Пороговые значения для дифференциальной диагностики F1 и F2: CXCL11/ITAC - 166,5 пг/мл, TNFα - 15,7 пг/мл, CCL20/MIP-3α - 10,6 пг/мл; для дифференциальной диагностики F2 и F3: TNFα - 15,8 пг/мл, CXCL11/ITAC - 301,8 пг/мл, CCL20/MIP-3α - 15,5 пг/мл. Способ позволяет сократить количество измеряемых показателей с одновременным повышением чувствительности метода до 67-91% и сохранением требуемой специфичности. 2 ил., 2 пр.

 


Наверх