Зонд для анализа нуклеиновых кислот

 

Изобретение относится к зондам для выбранных последовательностей нуклеиновых кислот. Зонды включают в себя элемент, узнающий последовательность, являющийся нуклеиновой кислотой или пептидной нуклеиновой кислотой, ковалентно связанный с репортерной группой, являющейся асимметричным цианиновым соединением. Сигнальные свойства репортерной группы значительно изменяются при ее присоединении к нуклеиновой кислоте, включая выбранную последовательность. Структура зондов в части, близко находящейся к репортерной группе, такова, что подавляется всякое внутримолекулярное взаимодействие, оказывающее влияние на сигнал репортерной группы. Или последовательность оснований зондов, по крайней мере на конце, ближайшем к репортерной группе, минимально влияет на сигнальные свойства репортерной группы. Технический результат - повышение специфичности и чувствительности зондирования. 2 с. и 14 з.п. ф-лы, 21 ил.

Текст описания в факсимильном виде (см. графическую часть)

Формула изобретения

1. Зонд для выбранных последовательностей нуклеиновых кислот (ВП), включающий в себя элемент, узнающий последовательность (ЭУП), являющийся нуклеиновой кислотой или пептидной нуклеиновой кислотой, связанный ковалентно с репортерной группой (группами) (РГ), являющейся асимметричным цианиновым соединением, сигнальные свойства которой значительно изменяются при ее присоединении к нуклеиновой кислоте (НК), включая выбранную последовательность (ВП), при этом зонд, по крайней мере, в части, близко находящейся от РГ, имеет такую структуру, что подавляется всякое внутримолекулярное взаимодействие между ЭУП и РГ, которое оказывает влияние на сигнал РГ или зонд, имеет такую последовательность оснований, которая, по крайней мере, на конце, ближайшем к РГ, минимально влияет на сигнальные свойства РГ.

2. Зонд для выбранных последовательностей нуклеиновых кислот (ВП), включающий в себя элемент, узнающий последовательность (ЭУП), являющийся нуклеиновой кислотой или пептидной нуклеиновой кислотой, связанный ковалентно с репортерной группой или группами (РГ), являющейся асимметричным цианиновым соединением, сигнальные свойства которой значительно изменяются при ее присоединении к нуклеиновой кислоте (НК), включая выбранную последовательность (ВП), при этом зонд имеет такую последовательность оснований различных пиримидинов, по крайней мере, на конце, ближайшем к РГ, которая минимально влияет на сигнальные свойства РГ.

3. Зонд по п.1, отличающийся тем, что при связывании с ВП он образует структуру, которая увеличивает влияние на сигнал, вызванный присоединением РГ к НК.

4. Зонд по п.1, отличающийся тем, что ЭУП является нуклеиновой кислотой (НК), основание или основания которой, на том конце, где присоединена РГ, являются такими, к которым РГ имеет наименьшее аффинное сродство, и/или такими, взаимодействие РГ с которыми минимально влияет на сигнальные свойства РГ.

5. Зонд по п.1, отличающийся тем, что пептидная нуклеиновая кислота имеет полный нейтральный или положительный заряд, причем на одно основание приходится не более одного заряда.

6. Зонд по п.1, отличающийся тем, что пептидная нуклеиновая кислота имеет полный нейтральный или положительный заряд, причем на три основания приходится не более одного заряда.

7. Зонд по п.1, отличающийся тем, что ЭУП является пептидной нуклеиновой кислотой (ПНК).

8. Зонд по любому из пп.1-7, отличающийся тем, что наблюдаемым сигнальным свойством является люминесценция.

9. Зонд по любому из пп.1-8, отличающийся тем, что сигнал РГ увеличивает свою интенсивность при связывании РГ с ВП.

10. Зонд по любому из пп.1-9, отличающийся тем, что репортерная группа является веществом, которое имеет а) сродство к ssHK и/или dsHK между 0,1 и 10⁸М^-1 (-1<logК<8), б) квантовый выход люминесценции в водном растворе меньше, чем 0,05 в) при наличии связи с НК квантовый выход люминесценции больше, чем 0,01, г) увеличение квантового выхода люминесценции при связывании с НК, по крайней мере, пятикратное, д) максимальное молярное поглощение составляет, по крайней мере, 1000 М^-1см^-1,

11. Зонд по п.5 или 6, отличающийся тем, что РГ является положительно заряженным соединением.

12. Зонд по любому из пп.1-11, отличающийся тем, что связь между ЭУП и РГ имеет, по крайней мере, один положительный заряд.

13. Зонд по любому из п.11 или 12, отличающийся тем, что ЭУП является нуклеиновой кислотой или пептидной нуклеиновой кислотой, где более чем 50% оснований являются пиримидиновыми.

14. Зонд по любому из пп.11-13, отличающийся тем, что, по крайней мере, в каждом втором положении последовательности ЭУП находится пиримидиновое основание.

15. Зонд по любому из пп.11-14, отличающийся тем, что основания, находящиеся на том конце ЭУП, к которому прикреплена РГ, являются двумя тиминами или цитозином и тимином.

16. Зонд по любому из пп.11-15, отличающийся тем, что снования составе ЭУП являются пиримидиновыми.

РИСУНКИ

Рисунок 1, Рисунок 2, Рисунок 3, Рисунок 4, Рисунок 5, Рисунок 6, Рисунок 7, Рисунок 8, Рисунок 9, Рисунок 10, Рисунок 11, Рисунок 12, Рисунок 13, Рисунок 14, Рисунок 15, Рисунок 16, Рисунок 17, Рисунок 18, Рисунок 19, Рисунок 20, Рисунок 21, Рисунок 22, Рисунок 23, Рисунок 24, Рисунок 25, Рисунок 26, Рисунок 27, Рисунок 28, Рисунок 29, Рисунок 30, Рисунок 31, Рисунок 32, Рисунок 33, Рисунок 34, Рисунок 35, Рисунок 36, Рисунок 37, Рисунок 38, Рисунок 39, Рисунок 40, Рисунок 41, Рисунок 42, Рисунок 43, Рисунок 44, Рисунок 45, Рисунок 46, Рисунок 47, Рисунок 48, Рисунок 49, Рисунок 50, Рисунок 51, Рисунок 52, Рисунок 53, Рисунок 54, Рисунок 55, Рисунок 56, Рисунок 57, Рисунок 58, Рисунок 59, Рисунок 60, Рисунок 61, Рисунок 62, Рисунок 63, Рисунок 64, Рисунок 65, Рисунок 66, Рисунок 67, Рисунок 68, Рисунок 69, Рисунок 70, Рисунок 71, Рисунок 72, Рисунок 73, Рисунок 74, Рисунок 75, Рисунок 76, Рисунок 77, Рисунок 78, Рисунок 79, Рисунок 80, Рисунок 81, Рисунок 82, Рисунок 83, Рисунок 84, Рисунок 85, Рисунок 86, Рисунок 87