Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида



Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида
Детекция нуклеиновых кислот способом, основанным на связывании мишенеспецифичного гибрида

 


Владельцы патента RU 2437939:

КИАДЖЕН ГЕЙТЕРСБЁРГ, США (US)

Изобретение относится к области молекулярной биологии и может быть использовано в диагностических тест-системах различного назначения. Предложен способ детекции нуклеиновых кислот (НК)-мишеней, предусматривающий а) обогащение образца НК последовательностями-мишенями за счет образования ДНК-РНК гибрида между НК-мишенью и комплементарным, по меньшей мере, ее участку зондом, связывания полученных гибридов с твердым носителем и удаления негибридизованных и/или не связавшихся с подложкой НК; б) амплификацию обогащенных НК-мишенями образцов и с) детекцию НК-мишеней в полученном множестве с помощью олигонуклеотида, комплементарного первому участку НК-мишени, и зонда, комплементарного второму участку НК-мишени, где последовательность олигонуклеотида и последовательность зонда образуют с НК-мишенью ДНК-РНК гибрид, который и определяется любым из множества известных методов. Новый способ является высокочувствительным и высокоспецифичным и обеспечивает возможность различать высокогомологичные последовательности НК. 3 н. и 19 з.п. ф-лы, 19 табл.

 

Текст описания приведен в факсимильном виде.

1. Способ детекции, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени, включающий:
a) формирование множества обогащенных нуклеиновых кислот-мишеней, включающее:
i) смешивание, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени с нуклеиновой кислотой-зондом, комплементарным, по крайней мере, к участку, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени, для формирования ДНК-РНК гибрида-мишени, причем если нуклеиновая кислота-мишень является РНК, зонд является ДНК, и причем если нуклеиновая кислота-мишень является ДНК, зонд является РНК;
ii) связывание ДНК-РНК гибрида-мишени на твердом носителе; и
iii) удаление любой нуклеиновой кислоты, которая не образует ДНК-РНК гибрид-мишень, или которая не связана на твердом носителе, для формирования множества обогащенных нуклеиновых кислот-мишеней;
b) амплифицирование множества обогащенных нуклеиновых кислот-мишеней из стадии а) для формирования множества амплифицированных мишеней; и
c) детекцию, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени во множестве амплифицированных мишеней при
i) смешивании множества амплифицированных мишеней с выбираемым олигонуклеотидом и нуклеиновой кислотой-зондом, причем выбираемый олигонуклеотид гибридизуется с первым участком амплифицированных мишеней, а нуклеиновая кислота-зонд является комплементарным ко второму участку амплифицированных мишеней, причем если амплифицированная мишень является ДНК, то выбираемый олигонуклеотид и нуклеиновая кислота-зонд являются РНК, и если амплифицированная мишень является РНК, то выбираемый олигонуклеотид и нуклеиновая кислота-зонд являются ДНК, для формирования комплекса ДНК-РНК гибрид-мишень /олигонуклеотид/ зонд; и
ii) детекции комплекса ДНК-РНК гибрид-мишень /олигонуклеотид/ зонд посредством ДНК-РНК гибрид-специфического связывающего агента, для детекции, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени.

2. Способ по п.1, в котором на стадии связывания (а) твердый носитель конъюгирован с ДНК-РНК гибрид-специфическим связывающим агентом, тем самым связывая, по крайней мере, одну нуклеиновую кислоту-мишень на твердом носителе.

3. Способ по п.1, в котором ДНК-РНК гибрид-специфический связывающий агент выбран из группы, состоящей из ДНК-РНК гибрид-специфического антитела, моноклонального или поликлонального антитела или их фрагментов, белка, каталитически неактивной рибонуклеазы Н, нуклеиновой кислоты, аптамера нуклеиновой кислоты и олигонуклеотида, и причем ДНК-РНК гибрид-специфический связывающий агент связывается с ДНК-РНК гибридом с образованием триплексной структуры.

4. Способ по п.2, в котором ДНК-РНК гибрид-специфический связывающий агент является ДНК-РНК гибрид-специфическим антителом.

5. Способ по п.2, в котором ДНК-РНК гибрид-специфический связывающий агент является нуклеиновой кислотой-зондом, комплементарным к нуклеиновой кислоте-мишени.

6. Способ по п.3, в котором ДНК-РНК гибрид-специфический связывающий агент мечен детектируемой меткой.

7. Способ по п.6, в котором метка обнаруживается методами колориметрии, хемилюминесценции, флуоресценции или светорассеивания.

8. Способ по п.1, в котором амплифицирование производится изотермической амплификацией.

9. Способ по п.8, в котором ДНК-полимераза используется в изотермической амплификации.

10. Способ по п.8, в котором случайные праймеры используются в изотермической амплификации.

11. Способ по п.10, в котором случайные праймеры являются пентамерами.

12. Способ по п.10, в котором случайные праймеры содержат субпопуляцию последовательностей праймеров, специфических для заболевания.

13. Способ по п.1, в котором выбираемые олигонуклеотиды связаны с твердым носителем.

14. Способ по п.1, в котором твердый носитель выбран из группы, состоящей из планшета, микропланшета, микротитровального планшета, предметного стекла, чашки, микрошарика, частицы, микрочастицы, стакана, нити, чипа, микрочипа, полоски, мембраны, микроматрицы и пробирки.

15. Способ по п.14, в котором твердый носитель изготовлен из материала, выбранного из группы, состоящей из стекла, силикона, пластика, полистирола, полиэтилена, полипропилена и поликарбоната.

16. Способ по п.14, в котором твердый носитель модифицирован для содержания карбоксильной, амино, гидразидной, альдегидной группы, нуклеиновой кислоты или нуклеотидных производных, первичной аминогруппы или красителя.

17. Способ по п.1, дополнительно включающий добавление зонда-блокатора.

18. Способ детекции каждой из, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени, включающий:
a) гибридизацию, по крайней мере, одной нуклеиновой кислоты-мишени с нуклеиновой кислотой-зондом, комплементарным, по крайней мере, к участку нуклеиновой кислоты-мишени, для формирования ДНК-РНК гибрида-мишени, причем если нуклеиновая кислота-мишень является РНК, зонд является ДНК, и причем если нуклеиновая кислота-мишень является ДНК, зонд является РНК;
b) связывание ДНК-РНК гибрида-мишени ДНК-РНК гибрид-специфическим антителом, конъюгированным с твердым носителем;
c) отделение несвязанной нуклеиновой кислоты-мишени от захваченного ДНК-РНК гибрида-мишени;
d) амплифицирование связанного ДНК-РНК гибрида-мишени для формирования множества амплифицированных мишеней, причем в амплифицировании используют случайные праймеры и ДНК-полимеразу;
e) гибридизацию нуклеиновой кислоты-зонда, комплементарного к первому участку амплифицированных мишеней, для формирования амплифицированного гибрида ДНК-РНК;
f) гибридизацию олигонуклеотида, конъюгированного с твердым носителем, со вторым участком амплифицированного гибрида ДНК-РНК, причем твердый носитель является выбираемым;
g) выбор амплифицированного гибрида ДНК-РНК при помощи выбираемого твердого носителя; и
h) детекцию, по крайней мере, одной амплифицированной нуклеиновой кислоты-мишени путем связывания ДНК-РНК гибрид-специфического связывающего агента с амплифицированным гибридом ДНК-РНК, причем присутствие амплифицированного гибрида ДНК-РНК указывает на присутствие нуклеиновой кислоты-мишени.

19. Способ по п.18, в котором твердый носитель, конъюгированный с олигонуклеотидами, является отличимым микрошариком.

20. Способ по п.19, в котором отличимый микрошарик имеет детектируемую метку, выбранную из группы, состоящей из флуоресцентной метки, метки золотом и ферментативной метки.

21. Мультиплексный способ детекции, по крайней мере, одной ДНК-мишени, включающий:
a) гибридизацию, по крайней мере, одной ДНК-мишени, по крайней мере, с одним первым РНК-зондом, который является комплементарным, по крайней мере, к участку, по крайней мере, одной ДНК-мишеии, для формирования, по крайней мере, одного ДНК-РНК гибрида;
b) связывание, по крайней мере, одного ДНК-РНК гибрида, по крайней мере, одним ДНК-РНК гибрид-специфическим антителом, конъюгированным с микрошариком;
c) отделение несвязанной нуклеиновой кислоты от, по крайней мере, одного ДНК-РНК гибрида для формирования, по крайней мере, одной обогащенной мишени;
d) амплифицирование, по крайней мере, одной обогащенной ДНК-мишени для формирования, по крайней мере, одной амплифицированной ДНК-мишени с использованием случайных праймеров и ДНК-полимеразы;
e) гибридизацию второго РНК-зонда, комплементарного к первому участку амплифицированной ДНК-мишени, для формирования амплифицированного ДНК-РНК гибрида;
f) гибридизацию ДНК-олигонуклеотида со вторым участком амплифицированной(ых) ДНК-мишени(ей), причем ДНК-олигонуклеотид конъюгирован, по крайней мере, с одним выбираемым микрошариком; и
g) детекцию, по крайней мере, одной амплифицированной ДНК-мишени посредством связывания ДНК-РНК гибрид-специфического антитела с амплифицированным ДНК-РНК гибридом и выбор амплифицированной мишени на основе конкретного выбираемого микрошарика.

22. Способ по п.1, в котором нуклеиновой кислотой-мишенью является нуклеиновая кислота HPV, причем нуклеиновые кислоты-зонды, комплементарные, по крайней мере, к участку нуклеиновой кислоты-мишени, включают последовательность, выбранную из SEQ ID NO:36-56, а последовательности олигонуклеотидов включают последовательность, выбранную из SEQ ID NO:66-124.



 

Похожие патенты:
Изобретение относится к области медицины и ветеринарии. .

Изобретение относится к высокопроизводительному мультиплексному тестированию на микроорганизмы, которые могут присутствовать в биологическом образце, с применением ферментных методов на основе нуклеиновых кислот.

Изобретение относится к биотехнологии, к способу введения молекулы пептидной нуклеиновой кислоты (ПНК) в цитозоль или в ядро клетки. .

Изобретение относится к области биотехнологии и вирусологии. .
Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к способу измерения длины теломер клеток лейкоконцентрата пуповинной крови. .

Изобретение относится к области медицины, а именно к молекулярной генетике. .

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой наборы праймеров для проведения LIMP или ПЦР, используемые для детекции Saccharomyces pastorianus. .

Изобретение относится к биотехнологии. .
Изобретение относится к области биохимии. .

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к бактерии, принадлежащей к роду Bacillus, обладающей способностью к продукции пуриновых нуклеозидов, способу получения пуринового нуклеозида и способу получения пуринового нуклеотида.

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к способу амплификации специфичных фрагментов нуклеиновых кислот. .

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу амплификации специфичных фрагментов нуклеиновых кислот с помощью полимеразной цепной реакции в конвекционной ячейке Бенара-Рэлея.

Изобретение относится к области диагностической медицины, а именно к молекулярной биологии. .
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу получения плазмидной ДНК из бактериальных клеток. .

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к выделению физиологически активных соединений, и может быть использовано в медицине. .

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности, к олигонуклеотиду с двойной специфичностью, способу его получения и способам, в которых он используется.
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к выделению физиологически активных соединений. .

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к способу детектирования и типирования папилломавируса человека (HPV) в образце, а также к реакционному сосуду, набору и зонду для детектирования и типирования HPV
Наверх