Патенты автора Филипенко Максим Леонидович (RU)
Изобретение относится к области молекулярной биологии и диагностической медицины и может быть использовано для индикации М. tuberculosis в образце ДНК. Способ включает выделение ДНК из биологического образца, проведение количественной полимеразной цепной реакции с использованием одного из двух сконструированных наборов праймеров и флуоресцентного зонда, которые комплементарны наиболее консервативным и часто встречающимся участкам мобильного генетического элемента IS6110, с последующим анализом кривых накопления флуоресценции по сравнению с отрицательным контролем. Изобретение позволяет повысить клиническую и аналитическую чувствительность способа. 2 ил., 1 табл., 3 пр.
Группа изобретений относится к области медицины, в т.ч. ветеринарной медицины, в частности к серологической диагностике инфекционных болезней общих для человека и животных (к ним относится и COVID 19). Сущность группы изобретений состоит в использовании диагностического набора, включающего все необходимые компоненты для проведения иммуноферментного анализа, позволяющего выявлять вирус SARS-CoV-2 в образцах сыворотки крови на ранней стадии развития болезни с высокой специфичностью и чувствительностью за счет фрагмента белка N SARS CoV 2, иммобилизованного на поверхности лунок микропланшета, покрытых альбумином посредством наночастиц серебра. Группа изобретений относится также к способу выявления заражения людей и животных SARS CoV2, подразумевающему исследование сывороток крови человека и животных на наличие антител к антигенам SARS CoV2, иммобилизированным на поверхности ИФА микропланшета, при отсутствии антител к SARS CoV2 человек считается контактирующим с данным вирусом, в случае обнаружения антител у животного (кошка) - контактирующим только со своим владельцем. Группа изобретений обеспечивает чувствительную и эффективную серодиагностику COVID-19 на ранних этапах развития болезни. 2 н. и 2 з.п. ф-лы, 4 ил., 3 табл., 4 пр.
Предлагаемое изобретение относится к области биотехнологии и, в частности, к генетической инженерии. Описан способ выявления ДНК бактерии Mycobacterium tuberculosis с помощью изотермической петлевой амплификации. Выделяют ДНК из анализируемой пробы. Проводят изотермическую петлевую амплификацию с помощью олигонуклеотидных праймеров с последующей детекцией результатов амплификации. При этом проводят амплификацию фрагмента ДНК, комплементарного фрагменту мобильного генетического элемента IS6110 геномной ДНК бактерии Mycobacterium tuberculosis праймерами: IS61-c11b CGGAGAATTCCGGTGAGTCCGAGACTCT, IS61-c12b GCCAAAGCTTACCGCCCCGGCATGTCCG, IS6-F3 GTTCTTGGAAAGGATGGGGT, IS6-B3 ATCGACCTGCGCCTGG, IS6-FIP GGATCTCTGCGACCATCCGCTCATCGAGGAGGTACCCG, IS6-BIP CAGCACGATTCGGAGTGGGCACCACTTACGCACCGTCTC, IS6-LF CGCCCGCTCACGCAGC, IS6-LB CGATCAGTGAGGTCGCCC. Кроме того, амплификацию осуществляют, используя большой фрагмент Gss-полимеразы и интеркалирующий флуоресцентный краситель. Детекцию ДНК бактерии Mycobacterium tuberculosis осуществляют путем анализа кривых накопления флуоресценции после проведения амплификации. Технический результат - сокращение длительности анализа и повышение чувствительности способа выявления ДНК М. tuberculosis как по количеству выявляемой ДНК, так и по числу выявляемых штаммов М. tuberculosis. 2 з.п. ф-лы, 1 табл., 3 пр.
Способ определения абсолютной длины теломер лейкоцитов с помощью метода проточной цитометрии // 2763935
Изобретение относится к медицине, клинической и лабораторной практике. Способ определения абсолютной длины теломер (АДТ) лейкоцитов с помощью метода проточной цитометрии заключается в том, что измеряют длину теломер на проточном цитометре для определения значения средней интенсивности флуоресценции (СИФ). Далее получают значения СИФ. Строят калибровочную прямую для перевода СИФ в молекулярный эквивалент флуоресценции (МЭФ). Затем получают уравнение для перевода СИФ в МЭФ. Получают значения МЭФ. Рассчитывают значения АДТ на основе регрессионной модели. При этом регрессионную модель получают на основе регрессионного анализа значений МЭФ и с использованием данных АДТ, полученных параллельно методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР РВ). Изобретение обеспечивает простой, быстрый, точный и универсальный способ определения АДТ. 2 з.п. ф-лы, 4 пр., 5 ил.
Группа изобретений относится к области генетической инженерии, конкретно к биотехнологии. В изобретении раскрыта рекомбинантная химерная обратная транскриптаза, обладающая повышенной процессивностью и устойчивостью к ингибиторам амплификации. Также раскрыт способ получения данной химерной обратной транскриптазы. 2 н.п. ф-лы, 3 ил., 1 табл., 5 пр.
Предлагаемое изобретение относится к области биотехнологии и, в частности, к генетической инженерии. Проводят изотермическую петлевую амплификацию с помощью специально подобранных олигонуклеотидных праймеров, комплементарных участку геномной РНК коронавируса SARS-CoV2 и геномной РНК бактериофага MS2, при этом амплификацию двух фрагментов ДНК, комплементарных геномной РНК коронавируса SARS-CoV2 и геномной РНК бактериофага MS2, осуществляют одновременно в одной реакционной смеси. Детекция результатов амплификации происходит в реальном времени так и после амплификации с помощью интеркалирующего флуоресцентного красителя по анализу кривых плавления амплифицированных фрагментов. Технический результат: сокращение длительности способа выявления РНК вируса SARS-CoV2. 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ выявления вариаций и изменений числа копий в генах BRCA1 и BRCA2. Изобретение обеспечивает более точное выявление не только герминальных вариаций числа копий в генах BRCA1 и BRCA2, но и соматических изменений числа копий, а также снижение стоимости анализа. 3 з.п. ф-лы, 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, способ включает в себя совмещенную обратную транскрипцию образцов РНК, выделенных из фиксированной формальдегидом ткани в парафиновых блоках, и амплификацию их кДНК в режиме реального времени с использованием разработанного набора олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно меченных зондов. Изобретение позволяет проводить дифференциальную диагностику саркомы Юинга, обеспечивает уменьшение времени, затрачиваемого на проведение анализа, и снижение его стоимости. 1 з.п. ф-лы, 2 ил., 2 табл., 2 пр.
Способ контролируемой фрагментации ДНК // 2757686
Изобретение относится к области молекулярной биологии и биотехнологии. Предложен способ контролируемой фрагментации ДНК. Добавляют к раствору ДНК стеклянные шарики размером 100-600 мкм в количестве 60-75% (г/мл) по массе от раствора ДНК. Полученную смесь обрабатывают ультразвуком с частотой 20-40 кГц в течение 10-600 секунд в ультразвуковой ванне с водой, охлажденной до температуры 5-10°С. Изобретение обеспечивает упрощение процедуры фрагментирования ДНК, расширение диапазона получаемых средних длин фрагментов от 50 до 1500 п.о., позволяет получать при заданном времени обработки необходимую среднюю длину фрагментов. 1 ил., 4 пр.
Способ определения антагонистической активности штаммов бактерий в отношении Pseudomonas aeruginosa // 2704115
Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к способу определения антагонистической активности штаммов бактерий в отношении Pseudomonas aeruginosa, включающему культивирование Pseudomonas aeruginosa и тестируемых штаммов на питательных средах, отличающемуся тем, что выявление антагонистической активности тестируемых штаммов осуществляют путем оценки продукции оксифеназинов P. aeruginosa в присутствии тестируемых штаммов в сравнении с чистой культурой P. aeruginosa на основе спектрофотометрической оценки их содержания в экстрактах, и при установлении факта подавления продукции оксифеназинов выявляют антагонистическую активность тестируемого штамма. Использование способа позволяет оценивать антагонистическую активность штаммов бактерий, подавляющих рост P. aeruginosa и препятствующих накоплению факторов патогенности, ассоциируемых с образованием биопленок. 4 пр., 2 табл.
СПОСОБ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ФОСФОРИЛГУАНИДИНОВЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ // 2698134
Изобретение относится к биотехнологии. Изобретение может быть использовано в разработке и оптимизации ПЦР и ОТ-ПЦР систем, применяемых для выявления нуклеиновых кислот, в том числе при диагностике генетических, вирусных и других заболеваний. Предложен способ матричного ферментативного синтеза ДНК. Способ отличается тем, что в качестве праймеров при проведении полимеразной цепной реакции (ПЦР) и ПЦР в сочетании с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) используют нейтральные производные олигонуклеотидов, а именно фосфорилгуанидины. Фосфорилгуанидины содержат одну или более фосфатных групп, в которых на атоме фосфора введен остаток гуанидина или замещенного гуанидина. Техническим результатом является повышение достоверности, чувствительности и специфичности выявления анализируемых последовательностей нуклеиновых кислот, а также упрощение способа матричного синтеза ДНК. 6 з.п. ф-лы, 16 ил., 14 пр.
Комбинация генов, конститутивно экспрессирующихся в здоровых и варикозно-измененных венах // 2682745
Изобретение относится к биотехнологии. Предложена комбинация генов, конститутивно экспрессирующихся в здоровых и варикозно-измененных венах, которые могут быть использованы в дальнейших исследованиях по экспрессии генов в таких образцах. Был проведен поиск и выбор оптимальных генов-нормализаторов, конститутивно экспрессирующихся в венах, а именно в норме и при патологии - варикозной болезни. Полученная комбинация включает в себя два из трех генов: АСТВ, POLR2A и GAPDH (в любом сочетании), конститутивно экспрессирующихся в венах как в норме, так и при варикозной болезни вен, и может быть использована в качестве генов-нормализаторов для количественного определения уровня мРНК генов в здоровых и варикозно-измененных венах. 2 табл.
Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой набор синтетических олигонуклеотидов для выявления маркерных участков генов бактерий и архей из микробиоты кишечника человека. Был разработан и экспериментально протестирован новый способ профилирования микробиоты кишечника индивида. Способ основан на полуколичественном и качественном определении представителей прокариотических таксонов, которые имеют описанную ассоциацию с теми или иными патологиями человека и наиболее представлены в микробиоте кишечника человека. Набор включает олигонуклеотиды, специфичные к и способные гибридизоваться с фрагментами генов 16S рРНК указанных в описании бактериальных и архейных таксонов. Набор позволяет повысить точность и скорость определения микроорганизмов, потенциально ответственных за заболевания человека. 2 н. и 6 з.п. ф-лы, 48 ил., 6 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии. Предложен способ определения доли мтДНК с делециями в биологических образцах, включающий выделение ДНК из образцов, одновременную амплификацию соответствующих участков ДНК в режиме триплекс при помощи ПЦР в реальном времени с последующим определением стартовых количеств выбранных фрагментов ДНК, отличающийся тем, что для каждого образца одновременно амплифицируют и детектируют по каналам FAM, HEX, ROX фрагменты мтДНК D-loop и ND4 и ядерной ДНК LINE-1, определяют стартовые количества этих фрагментов ДНК, далее рассчитывают относительное количество мтДНК по соотношению [D-loop]/[LINE-l], после чего определяют долю мтДНК с делециями от общего количества мтДНК по формуле l-[ND4]/[D-loop]. Способ позволяет снизить ошибки при выявлении делеций мтДНК. 1 табл.
Изобретение относится к области молекулярной биологии и диагностической медицины. Описан способ определения последовательностей экзонов генов BRCA1 и BRCA2. Способ включает в себя два раунда амплификации экзонов с сайтами сплайсинга генов BRCA1 и BRCA2, секвенирование пулированной ДНК после амплификации с помощью MiSeq Illumina и анализ данных. В первом раунде амплификации для каждого образца ДНК проводят 86 моноплексных полимеразных цепных реакций (ПЦР), после чего продукты амплификации объединяют в эквимолярных количествах и очищают на магнитных частицах. Во второй раунд амплификации используют объединенную ДНК с первого раунда, разведенную 1:1000. На данном этапе происходит включение индексирующих и адаптерных нуклеотидных последовательностей. После этого продукты амплификации снова нормализуют и объединяют в эквимолярных количествах. Секвенирование осуществляют на MiSeq Illumina согласно инструкциям производителя. Изобретение обеспечивает снижение времени и стоимости анализа генов BRCA1/2, а также необходимость малого количества ДНК для выполнения данного анализа. 1 з.п. ф-лы, 3 табл.
Изобретение относится к биохимии. Описан способ диагностики рака толстой кишки путем определения уровня метилирования промоторной области гена COL1A2, посредством проведения пиросеквенирования, отличающийся тем, что исследуют уровень метилирования CpG динуклеотидов в промоторной области гена COL1A2, и при обнаружении снижения метилирования в опухолевой ткани на 10% и более по сравнению с нормальной тканью, делают вывод о высокой вероятности рака толстой кишки. При этом могут быть использованы следующие праймеры: ПЦР праймер (F): 5'-GTATTTGTGGTGAAGTGAGTGTTA-3', ПЦР праймер (R): 5'-biotin-CCTTTAAACCAAAAAAACCTCTAAAC-3', праймер для секвенирования: 5'-TAGGGTTTATAAGGTA-3'. Изобретение позволяет с высокой достоверностью диагностировать РТК, в том числе на ранней стадии опухолевого заболевания. 1 з.п. ф-лы, 2 табл., 2 пр.
Группа изобретений относиться к области медицины, а именно к иммунологии, и может быть использована для диагностики состояния иммунной системы пациента на основе оценки количества наивных Т и В клеток, экспрессирующих TREC и KREC. Для этого выделяют ДНК из анализируемого образца крови. Затем производят одновременную амплификацию участков молекул ДНК TREC, KREC и нормировочного локуса IL17RA, постоянно присутствующего в единичном экземпляре в каждом цикле амплификации, осуществляемой с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), проводимой в общей емкости при одинаковых условиях для всех амплификациируемых молекул и с участием олигонуклеотидных флуоресцентно меченых зондов, несущих на 5′-конце флуорофоры и на 3′-конце нефлуоресцентный тушитель, комплементарных центральной части амплифицируемых фрагментов. Регистрируют полученные результаты посредством гибридизационно-флуоресцентной детекции и определяют в режиме реального времени абсолютное количество молекул TREC, KREC и нормировочного локуса IL17RA в анализируемом образце ДНК с помощью калибровочных кривых, построенных при амплификации стандартных образцов ДНК, взятых не менее чем в 4-х последовательно убывающих десятикратных разведениях известных концентраций. По результатам оценки их количества производят диагностику состояния иммунной системы пациента. Группа изобретений относится также к набору праймеров, зондов и стандартных образцов для оценки количества ДНК молекул TREC, KREC, IL17RA и количества геном эквивалентов ДНК. Использование данной группы изобретения позволяет определять количество TREC и KREC наивных Т и В клеток в образцах крови с применением набора заявленных праймеров. 2 н. и 3 з.п. ф-лы, 3 табл., 4 пр., 4 табл.
Изобретение относится к ветеринарной медицине, а именно к определению наличия антител к бактериальным антигенам в сыворотке крови животных. Для этого антиген смешивают с тестируемой сывороткой крови в различных разведениях в лунках микропланшета с V-образным дном с последующей визуализацией результатов реакции агглютинации с использованием источника ультрафиолетового излучения, преимущественно трансиллюминатора. В качестве антигена используют флюоресцентно-меченую суспензию инактивированных бактериальных клеток, которую получают при обработке бактериальных клеток 1,0% водным раствором флюоресцентного красителя, выбранного из группы: бромистый этидий, пропидия иодид, акридиновый оранжевый. Изобретение позволяет упростить проведение иммуноферментного анализа для определения наличия различных патогенных микроорганизмов и автоматизировать учет результатов. 2 з.п. ф-лы, 3 табл., 4 пр.
Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу выявления устойчивых к пиразииамиду изолятов Mycobacterium tuberculosis, путем определения наличия мутаций в гене pncA, ассоциированных с формированием устойчивости к пиразинамиду, посредством проведения ПЦР в режиме «реального времени» с использованием HRM-анализа. При этом проводят амплификацию на смеси равного количества тестируемой ДНК и ДНК дикого типа с использованием праймеров: Pnc18U: 5'-TACGCTCCGGTGTAGGCAC-3' и Pnc15R: 5'-GAAGCGGCGGACTACCATC-3', формируют гетеродуплексы за счет одновременной коамплификации ДНК дикого типа и тестируемой ДНК, при этом на первом этапе ПЦР проводят уравнивание концентрации с помощью количественной ПЦР с использованием той же пары праймеров (Pnc18U/Pnc15R) с построением калибровочной кривой и использованием регрессионного уравнения. Изобретение благодаря высокой специфичности и чувствительности позволяет надежно и быстро определить тип мутаций в гене pncA, ассоциированных с возникновением устойчивости к пиразинамиду.1 ил.
Изобретение относится к области онкологии и молекулярной биологии. Предложен способ определения чувствительности клеток немелкоклеточного рака легких к действию препаратов, реактивирующих р53 белок, включающий выделение РНК из образцов, синтез кДНК генов CDKN1A, BTG2 и E2F1 методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с детекцией результатов в режиме реального времени с последующим определением соотношения количества кДНК гена E2F1 к количеству кДНК гена CDKN1A или гена BTG2, где при величине соотношения E2F1/CDKN1A>3 или E2Fl/BTG2>1,5 считают клетки немелкоклеточного рака легких чувствительными к препаратам, реактивирующим белок р53. Изобретение может быть использовано при лечении онкологических заболеваний. 3 ил., 3 табл., 1 пр.
Изобретение относится к области молекулярной биологии и медицины
Изобретение относится к биотехнологии
СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АНТИГЕНОВ БАКТЕРИЙ // 2451083
Изобретение относится к области микробиологии и ветеринарной медицины и касается способа определения антигенов бактерий
Изобретение относится к новому химическому соединению, конкретно к этидий этилсульфату (3,8-диамино-5-этил-6-фенилфенантридиний этилсульфату), формулы I: который может использоваться как флуоресцентный краситель для обнаружения нуклеиновых кислот
Изобретение относится к ветеринарной медицине, в частности к способам контроля инфицированности сельскохозяйственной птицы бактериальными инфекциями
Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой рекомбинантную плазмидную ДНК pBinPLUS-ARS-EPSPS размером 14,8 т.п.н., обеспечивающую экспрессию гена агробактериальной 5-енолпирувил-шикимат-3-фосфат-синтетазы под управлением промотора гена альфа-тубулина хлореллы в трансгенных микроводорослях рода хлорелла, состоящую из следующих элементов: ДНК векторной плазмиды pBinPLUS-ARS размером 12440 п.н., HindIII-BglII фрагмента ДНК размером 500 п.н., содержащего промотор гена альфа-тубулина хлореллы, BglII-XbaI фрагмента ДНК размером 1610 п.н., содержащего кодирующую последовательность гена EPSPS с сигнальным пептидом, XbaI-HindIII фрагмента ДНК размером 230 п.н., содержащего 35S терминатор вируса мозаики цветной капусты
Изобретение относится к ветеринарной медицине и птицеводству
Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой способ получения трансгенных растений моркови, продуцирующих интерлейкин-10 человека
Изобретение относится к молекулярной биологии и ветеринарной медицине и может быть использовано для контроля эффективности противоэпизоотических мероприятий при сальмонеллезах сельскохозяйственных животных и птицы
Изобретение относится к биотехнологии, генной и белковой инженерии, конкретно - к пептиду, обладающему способностью специфически взаимодействовать с антителами против бензо[ ]пирена и бенз[ ]антрацена
Изобретение относится к области молекулярной биологии
Изобретение относится к молекулярной биологии и ветеринарной медицине
Изобретение относится к биотехнологии, в частности к генетической инженерии высших растений
