Идентификация варианта днк, связанного с гиполактазией взрослого типа
Владельцы патента RU 2391404:
НЭШНЛ ПАБЛИК ХЕЛС ИНСТИТЬЮТ (FI)
Изобретение относится к области биотехнологии и касается варианта ДНК, связанного с гиполактазией взрослого типа. Сущность изобретения включает молекулу нуклеиновой кислоты, содержащей 5'-концевую часть гена кишечной лактазы-флоризингидролазы (LPH), принимающего участие в или служащего индикатором гиполактазии взрослого типа, при этом указанная молекула нуклеиновой кислоты выбрана из группы, состоящей из: (а) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:1 или включающей ее, причем последовательность SEQ ID NO:1 и (b) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:2 или включающей ее, (с) молекулы нуклеиновой кислоты, состоящей, по меньшей мере, из 20 нуклеотидов, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по пункту (а) или (b), причем указанный полинуклеотид/ молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток цитозина в положении, соответствующем положению -13910 в 5'-направлении от гена LPH; и (d) молекулы нуклеиновой кислоты, состоящей, по меньшей мере, из 20 нуклеотидов, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по пункту (а) или (b), причем указанный полинуклеотид/ молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток гуанина в положении, соответствующем положению -22018 в 5'-направлении от гена LPH. Настоящее изобретение также касается способов тестирования на наличие или предрасположенность к гиполактазии взрослого типа, которые основываются на анализе SNP, содержащегося в вышеуказанной молекуле нуклеиновой кислоты. 16 н. и 49 з.п. ф-лы, 8 табл., 9 ил.
Текст описания приведен в факсимильном виде.
1. Молекула нуклеиновой кислоты, включающая 5'-концевую часть гена кишечной лактазы-флоризингидролазы (LPH), принимающая участие в или служащая индикатором гиполактазии взрослого типа, причем указанную молекулу нуклеиновой кислоты выбирают из группы, состоящей из:
(a) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:1 или включающей ее;
(b) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:2 или включающей ее;
(c) молекулы нуклеиновой кислоты, состоящей, по меньшей мере, из 20 нуклеотидов, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с последовательностью SEQ ID NO:1 подпункта (а), причем указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток цитозина в положении, соответствующем положению -13910 в 5'-направлении от первого ATG кодона гена LPH; и
(d) молекулы нуклеиновой кислоты, состоящей, по меньшей мере, из 20 нуклеотидов, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с последовательностью SEQ ID NO:2 подпункта (b), причем указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток гуанина в положении, соответствующем положению -22018 в 5'-направлении от первого ATG кодона гена LPH;
причем указанная молекула нуклеиновой кислоты максимально простирается на 30000 нуклеотидов от 5'- и/или 3'-конца молекулы нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1 или 2, соответственно.
2. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, которая представляет собой геномную ДНК.
3. Молекула нуклеиновой кислоты по п.2, в которой указанная геномная ДНК является частью гена.
4. Молекула нуклеиновой кислоты, являющаяся индикатором перситентности лактазы взрослого типа, включающая 5'-концевую часть гена кишечной лактазы-флоризингидролазы (LPH), причем указанную молекулу нуклеиновой кислоты выбирают из группы, состоящей из:
(a) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:3 или включающей ее;
(b) молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность SEQ ID NO:4 или включающей ее;
(c) молекулы нуклеиновой кислоты, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по пункту (а) или (b), причем указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток тимидина в положении, соответствующем положению -13910 от первого ATG кодона гена LPH, и причем указанная гибридизующаяся молекула нуклеиновой кислоты включает, по меньшей мере, 100 нуклеотидов в 5'- и 3'-направлении от положения -13910 от первого ATG кодона гена LPH; и
(d) молекулы нуклеиновой кислоты, комплементарная цепь которой гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по пункту (а) или (b), причем указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит остаток аденозина в положении, соответствующем положению - 22018 от первого ATG кодона гена LPH, и причем указанная гибридизующаяся молекула нуклеиновой кислоты включает, по меньшей мере, 100 нуклеотидов в 5'- и 3'-направлении от положения -22018 от первого ATG кодона гена LPH.
5. Молекула нуклеиновой кислоты по п.4, которая представляет собой геномную ДНК.
6. Молекула нуклеиновой кислоты по п.5, в которой указанная геномная ДНК является частью гена.
7. Фрагмент молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6, имеющий, по меньшей мере, 14 нуклеотидов, причем указанный фрагмент включает нуклеотидное положение -13910 или нуклеотидное положение -22018 от первого ATG кодона гена LPH.
8. Молекула нуклеиновой кислоты, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-3 и 7.
9. Молекула нуклеиновой кислоты, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты по любому из пп.4-7.
10. Экспрессирующий вектор, включающий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-3 и 7.
11. Экспрессирующий вектор, включающий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.4-6.
12. Праймер или пара праймеров, причем праймер или пара праймеров гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-3 и 7, включающей нуклеотидное положение -13910 или -22018 от первого ATG кодона гена LPH, либо с комплементарной ей цепью.
13. Праймер или пара праймеров, причем праймер или пара праймеров гибридизуется в строгих условиях с молекулой нуклеиновой кислоты по любому из пп.4-7, включающей нуклеотидное положение -13910 или -22018 от первого ATG кодона гена LPH, либо с комплементарной ей цепью.
14. Хозяин - не человек, трансформированный вектором по п.10.
15. Хозяин - не человек по п.14, который является бактерией, дрожжевой клеткой, клеткой насекомого, клеткой гриба, клеткой млекопитающего, клеткой растения, трансгенным животным или трансгенным растением.
16. Хозяин - не человек, трансформированный вектором по п.11.
17. Хозяин - не человек по п.16, который является бактерией, дрожжевой клеткой, клеткой насекомого, клеткой гриба, клеткой млекопитающего, клеткой растения, трансгенным животным или трансгенным растением.
18. Диагностическая композиция для оценки наличия или предрасположенности к гиполактазии взрослого типа, включающая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-9, вектор по п.10 или 11, праймер или пару праймеров по п.12 или 13.
19. Способ тестирования на наличие или предрасположенность к гиполактазии взрослого типа или связанный с этим признак, включающий тестирование образца, полученного от вероятного пациента или лица, предположительно несущего такую предрасположенность, на присутствие молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-3, 7 и 8 в гомозиготном или гетерозиготном состоянии.
20. Способ по п.19, в котором указанное тестирование включает гибридизацию комплементарной молекулы нуклеиновой кислоты по п.8, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты, принимающей участие в или служащей индикатором гиполактазии взрослого типа, либо молекулы нуклеиновой кислоты по п.9, которая комплементарна последовательности дикого типа, в качестве зонда в строгих условиях с молекулами нуклеиновых кислот, содержащихся в указанном образце, и детектирование указанной гибридизации, причем молекула нуклеиновой кислоты дикого типа содержит тимидин в положении, соответствующем положению -13910 от первого ATG кодона гена LPH, и/или аденозин в положении, соответствующем положению -22018, а мутантная молекула нуклеиновой кислоты содержит цитозин в положении, соответствующем положению -13910, и/или гуанин в положении, соответствующем положению -22018.
21. Способ по любому из пп.19 или 20, дополнительно включающий расщепление продукта указанной гибридизации с помощью рестрикционной эндонуклеазы или подвергание продукта гибридизации расщеплению рестрикционной эндонуклеазой и анализ продукта указанного расщепления.
22. Способ по п.21, в котором образец представляет собой кровь, сыворотку, плазму, зародышевую ткань, слюну, мочу, слизистую оболочку, слизь, вагинальную ткань, эмбриональную ткань, полученную из влагалища, кожу, волосы, волосяной фолликул или иную ткань человека.
23. Способ по п.22, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
24. Способ по п.23, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
25. Способ по п.21, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
26. Способ по п.25, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
27. Способ по п.20, в котором зонд помечен детектируемой меткой.
28. Способ по п.19, в котором указанное тестирование включает определение нуклеотидной последовательности, по меньшей мере, части молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-9, причем указанная часть включает нуклеотидное положение -13910 и/или нуклеотидное положение -22018 от первого ATG кодона гена LPH.
29. Способ по п.28, в котором определение нуклеотидной последовательности осуществляют при помощи твердофазного минисеквенирования.
30. Способ по п.28, дополнительно включающий перед определением указанной нуклеотидной последовательности амплификацию, по крайней мере, указанной части указанной молекулы нуклеиновой кислоты.
31. Способ по п.19, в котором указанное тестирование включает проведение реакции амплификации, при этом, по меньшей мере, один из праймеров, используемых в этой реакции амплификации, представляет собой праймер по п.12 или принадлежит к паре праймеров по п.12, включая определение продукта амплификации.
32. Способ по п.19, в котором указанное тестирование включает проведение реакции амплификации, при этом, по меньшей мере, один из праймеров, используемых в этой реакции амплификации, представляет собой праймер по п.13 или принадлежит к паре праймеров по п.13, включая определение продукта амплификации.
33. Способ по любому из пп.19, 20 и 27-32, в котором образец представляет собой кровь, сыворотку, плазму, зародышевую ткань, слюну, мочу, слизистую оболочку, слизь, вагинальную ткань, эмбриональную ткань, полученную из влагалища, кожу, волосы, волосяной фолликул или иную ткань человека.
34. Способ по п.33, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
35. Способ по п.34, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
36. Способ по любому из пп.19, 20, 27-32, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
37. Способ по п.36, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
38. Способ по любому из пп.30-32, в котором указанная амплификация осуществляется при помощи или представляет собой полимеразную цепную реакцию (ПЦР).
39. Способ по п.38, в котором образец представляет собой кровь, сыворотку, плазму, зародышевую ткань, слюну, мочу, слизистую оболочку, слизь, вагинальную ткань, эмбриональную ткань, полученную из влагалища, кожу, волосы, волосяной фолликул или иную ткань человека.
40. Способ по п.39, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
41. Способ по п.40, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
42. Способ по п.38, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
43. Способ по п.42, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
44. Способ тестирования на наличие или предрасположенность к гиполактазии взрослого типа или связанный с этим признак, включающий тестирование образца, полученного от вероятного пациента или лица, предположительно несущего такую предрасположенность, на присутствие молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.4-7 и 9 в гомозиготном или гетерозиготном состоянии.
45. Способ по п.44, в котором указанное тестирование включает гибридизацию комплементарной молекулы нуклеиновой кислоты по п.8, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты, принимающей участие в или служащей индикатором гиполактазии взрослого типа, либо молекулы нуклеиновой кислоты по п.9, которая комплементарна последовательности дикого типа, в качестве зонда в строгих условиях с молекулами нуклеиновых кислот, содержащихся в указанном образце, и детектирование указанной гибридизации, причем молекула нуклеиновой кислоты дикого типа содержит тимидин в положении, соответствующем положению -13910 от первого ATG кодона гена LPH, и/или аденозин в положении, соответствующем положению -22018, а мутантная молекула нуклеиновой кислоты содержит цитозин в положении, соответствующем положению -13910, и/или гуанин в положении, соответствующем положению -22018.
46. Способ по п.45, дополнительно включающий расщепление продукта указанной гибридизации с помощью рестрикционной эндонуклеазы или подвергание продукта гибридизации расщеплению рестрикционной эндонуклеазой и анализ продукта указанного расщепления.
47. Способ по п.45, в котором зонд помечен детектируемой меткой.
48. Способ по п.44, в котором указанное тестирование включает определение нуклеотидной последовательности, по меньшей мере, части молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-9, причем указанная часть включает нуклеотидное положение -13910 и/или нуклеотидное положение -22018 от первого ATG кодона гена LPH.
49. Способ по п.48, в котором определение нуклеотидной последовательности осуществляют при помощи твердофазного минисеквенирования.
50. Способ по п.48, дополнительно включающий, перед определением указанной нуклеотидной последовательности, амплификацию, по крайней мере, указанной части указанной молекулы нуклеиновой кислоты.
51. Способ по п.44, в котором указанное тестирование включает проведение реакции амплификации, при этом, по меньшей мере, один из праймеров, используемых в этой реакции амплификации, представляет собой праймер по п.12 или принадлежит к паре праймеров по п.12, включая определение продукта амплификации.
52. Способ по п.44, в котором указанное тестирование включает проведение реакции амплификации, при этом, по меньшей мере, один из праймеров, используемых в этой реакции амплификации, представляет собой праймер по п.13 или принадлежит к паре праймеров по п.13, включая определение продукта амплификации.
53. Способ по любому из пп.44-52, в котором образец представляет собой кровь, сыворотку, плазму, зародышевую ткань, слюну, мочу, слизистую оболочку, слизь, вагинальную ткань, эмбриональную ткань, полученную из влагалища, кожу, волосы, волосяной фолликул или иную ткань человека.
54. Способ по п.53, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
55. Способ по п.54, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
56. Способ по любому из пп.44-52, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
57. Способ по п.56, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
58. Способ по любому из пп.50-52, в котором указанная амплификация осуществляется при помощи или представляет собой полимеразную цепную реакцию (ПЦР).
59. Способ по п.58, в котором образец представляет собой кровь, сыворотку, плазму, зародышевую ткань, слюну, мочу, слизистую оболочку, слизь, вагинальную ткань, эмбриональную ткань, полученную из влагалища, кожу, волосы, волосяной фолликул или иную ткань человека.
60. Способ по п.59, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
61. Способ по п.60, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
62. Способ по п.58, в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты из указанного образца фиксирована на твердой подложке.
63. Способ по п.62, в котором твердая подложка представляет собой чип, кварцевую пластину, бусины или микротитровальный планшет.
64. Применение молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-9 для анализа на наличие или предрасположенность к гиполактазии взрослого типа.
65. Набор для анализа на наличие или предрасположенность к гиполактазии взрослого типа, включающий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-9, праймер или пару праймеров по п.12 или 13, или вектор по п.10 или 11 в одном или нескольких контейнерах.
