Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.



Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.
Химерный белок, используемый для диагностики лайм-боррелиоза.

 


Владельцы патента RU 2546246:

БИОМЕРЬЕ (FR)

Изобретения относятся к химерным белкам, нуклеиновой кислоте, кодирующей такой белок, экспрессирующей кассете, обеспечивающей экспрессию нуклеиновой кислоты, вектора, включающего экспрессирующую кассету, способу диагностики и набора для диагностики. Охарактеризованный химерный белок боррелии включает по меньшей мере одну последовательность внеклеточного домена белка VlsE боррелии первого вида, соответствующего определенному штамму, и по меньшей мере одну последовательность области IR6 белка VlsE боррелии второго вида или боррелии первого вида, но соответствующего штамму, отличающемуся от штамма первого вида, причем боррелии выбраны из Borrelia stricto-sensu, Borrelia afzelii и Borrelia garinii. Представленные изобретения позволяют производить диагностику Лайм-боррелиоза с повышенной специфичностью и чувствительностью. 6 н. и 8 з.п. ф-лы, 8 табл., 7 пр.

 

Лайм-боррелиоз (LB) представляет собой неконтагиозное инфекционное заболевание, вызываемое спирохетой, называемой Borrelia burgdorferi, и передаваемое человеку при укусе клеща семейства иксодовых клещей. LB при отсутствии лечения вызывает различные патологические нарушения (дерматологического, артритического, сердечного, неврологического и иногда офтальмологического характера). Он представляет собой трансмиссионное инфекционное заболевание, наиболее часто встречающееся в США и в некоторых странах северного полушария с умеренным климатом.

В эту инфекцию вовлечены несколько видов боррелий, в настоящее время обозначаемых как группа burgdorferi или Borrelia burgdorferi sensu lato (включающая Borrelia burgdorferi sensu stricto, B. garinii и B. afzelii). Эти виды являются патогенными для человека.

В США вовлеченный инфекционный вид представляет собой Borrelia burgdorferi sensu stricto. В Европе к этому виду добавляются B. garinii и B. afzelii. В Азии вовлеченные виды представляют собой B. garinii и B. afzelii.

В США заявляют приблизительно о 10000 случаев. В Европе частота появления составляет менее 5 случаев на 100000.

Лайм-боррелиоз эволюционирует, проходя три различные стадии от ранней стадии инфицирования до поздней. Ранняя стадия (стадия I) может быть бессимптомной или выражаться псевдогриппозной картиной. В 50-80% случаев через несколько дней после укуса клеща на коже отмечается появление воспаленной сыпи очень специфического внешнего вида, называемой мигрирующей эритемой (EM). При отсутствии лечения гематогенная диссеминация боррелий проявляется спустя несколько недель во внезапном возникновении воспалительных артритов, неврологических (нейроборрелиоз) и менингеальных поражений, проявлений на коже и в деятельности сердца (стадия II). Через несколько месяцев или лет болезнь переходит в атрофическую хроническую форму, энцефалопатию, энцефаломиелит и хронический артрит (стадия III).

Для каждого вида Borrelia burgdorferi существует особый органический тропизм. Если первая стадия мигрирующей эритемы неясно связана с тремя видами, то переход в неврологическую форму предпочтительно связан с видом B. garinii, артриты чаще связаны с B. burgdorferi sensu stricto, атрофический хронический акродерматит специфичен для B. afzelii.

Сходство клинических симптомов между лайм-боррелиозом и другими не связанными с ним болезнями, а также вариабельность проявлений затрудняет клиническую диагностику. Если доказательства анамнеза отсутствуют (укус клеща или EM), то диагностика боррелиоза на основании клинических наблюдений может быть особенно затрудненной. Ранняя стадия болезни может быть бессимптомной до момента, когда она достигнет очень далеко зашедших клинических стадий.

Именно поэтому диагностика LB основана как на клинических признаках, так и на обнаружении в сыворотке антител, специфических для патогенных Borrelia burgdorferi, чаще всего способом ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay (ферментный иммуносорбентный тест)) или EIA, IFA.

В Европе оценка серологического ответа осложнена в силу существования трех патогенных видов и межвидовой вариабельности в отношении главных иммунодоминантных антигенов. Антигены, используемые в настоящее время в стандартной программе обнаружения IgG и IgM LB, представляют собой обработанные ультразвуком клеточные образцы Borrelia burgdorferi sensu lato. Результаты серологических исследований с данными антигенами в высокой степени вариативны в отношении специфичности и чувствительности. Таким образом, по причине недостаточной специфичности, вовлекающей перекрестную реактивность с антителами, связанными с патогенными бактериями, в частности, с Treponema pallidum (этиологический агент сифилиса), спирохетами, риккетсиями, эрлихиями или Helicobacter pylori, диагностика образцов с положительным результатом в испытаниях ELISA должна быть подтверждена иммуноблоттингом. Чувствительность также представляет собой основной фактор. На практике, Borrelia burgdorferi sensu lato экспрессирует различные поверхностные белки вследствие адаптации к различным микросредам, так что генетическое различие и дифференциальная экспрессия генов Borrelia burgdorferi у больных имеют существенное значение для разработки серологических тестов LB.

Таким образом, было необходимо разработать набор, который смягчает указанные ранее недостатки и в большей степени соответствует требуемым критериям специфичности и чувствительности.

Белок VlsE (surface expressed lipoprotein with Extensive antigenic Variation (экспрессируемый поверхностью липопротеин с расширенной антигенной вариативностью)), главным образом, экспрессируется in vivo транзиторным образом и вскоре после инфицирования хозяина. Он является очень иммуногенным у инфицированного хозяина и вызывает продуцирование IgG и IgM. Локус Vls находится в линейной плазмиде длиной 28 т.п.о. (Ip28-1), имеющейся у трех геновидов боррелий, ответственных за лайм-боррелиоз, и состоит из молчащих кассет и экспрессирующего сайта (VlsE). In vivo нерегулярные рекомбинации между экспрессирующими и молчащими кассетами внезапно возникают в ходе инфицирования и лежат в основе антигенной вариабельности VlsE. Белок VlsE состоит из шести вариабельных областей VR1-VR6, расположенных на поверхности белка VlsE и отделенных промежутками от константных областей IR1-IR6.

Известно, что белки VlsE обладают значительной межвидовой и внутривидовой гетерогенностью. В 2004 году Göttner и соавт. [1] описали степень идентичности приблизительно от 47 до 58% на уровне белка VlsE, происходящего от четырех штаммов.

Для смягчения указанных ранее проблем чувствительности и специфичности заявителями получен химерный белок боррелии, включающий по меньшей мере одну последовательность внеклеточного домена белка VlsE боррелии первого вида, соответствующего определенному штамму, и по меньшей мере одну последовательность области IR6 белка VlsE боррелии второго вида или боррелии первого вида, но соответствующего штамму, отличающемуся от штамма первого вида, причем указанный химерный белок включает (или в основном состоит из, или также состоит из):

- последовательность внеклеточного домена белка VlsE боррелии первого вида, состоящую из пяти вариабельных областей VR1, VR2, VR3, VR4 и VR5 и шести константных областей IR1, IR2, IR3, IR4, IR5 и IR6, причем по меньшей мере одна указанная последовательность внеклеточного домена выбрана из группы, в которую входят последовательности SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4 и 5 или вариант одной из указанных последовательностей SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4 и 5, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 50% (предпочтительно по меньшей мере 60% или по меньшей мере 70% и преимущественно по меньшей мере 80% или по меньшей мере 85%) относительно последовательностей SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4 и 5, соответственно, при условии, что этот вариант способен образовывать иммунологический комплекс с антителами, продуцируемыми вследствие инфицирования боррелиями;

- по меньшей мере одна последовательность области IR6 боррелии второго вида или боррелии первого вида, но соответствующего штамму, отличающемуся от штамма первого вида, выбрана из группы, в которую входят последовательности SEQ ID NO: 6, 7 и 8 или вариант одной из указанных последовательностей SEQ ID NO: 6, 7 и 8, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 80% (предпочтительно по меньшей мере 85% и преимущественно по меньшей мере 90%) относительно последовательностей SEQ ID NO: 6, 7 и 8, соответственно, при условии, что вариант этой последовательности способен образовывать иммунологический комплекс с антителами, продуцируемыми вследствие инфицирования боррелиями.

Описанный ранее химерный белок может включать, кроме того, вариабельную последовательность VR6 вида боррелии, причем эта последовательность идентифицирована в SEQ ID NO: 9 в перечне последовательностей.

Предпочтительный химерный белок включает (или в основном состоит из, или состоит из):

- последовательность SEQ ID NO: 1 или вариант последовательности SEQ ID NO: 1, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 50% (предпочтительно по меньшей мере 60% или по меньшей мере 70% и преимущественно по меньшей мере 80% или по меньшей мере 85%) относительно SEQ ID NO: 1;

- последовательность SEQ ID NO: 6 или вариант последовательности SEQ ID NO: 6, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 80% (предпочтительно по меньшей мере 85% и преимущественно по меньшей мере 90%) относительно SEQ ID NO: 6;

- последовательность SEQ ID NO: 7 или вариант последовательности SEQ ID NO: 7, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 80% (предпочтительно по меньшей мере 85% и преимущественно по меньшей мере 90%) относительно SEQ ID NO: 7;

- последовательность SEQ ID NO: 8 или вариант последовательности SEQ ID NO: 8, причем этот вариант имеет степень идентичности по меньшей мере 80% (предпочтительно по меньшей мере 85% и преимущественно по меньшей мере 90%) относительно SEQ ID NO: 8;

- и при необходимости вариабельную последовательность VR6, идентифицированную в SEQ ID NO: 9.

Таким образом, один из химерных белков по настоящему изобретению включает (или в основном состоит из, или состоит из) последовательность SEQ ID NO: 1, последовательность SEQ ID NO: 6, последовательность SEQ ID NO: 7 и последовательность SEQ ID NO: 8, кроме того, при необходимости последовательность SEQ ID NO: 9.

Предпочтительные химерные белки по настоящему изобретению идентифицируются, в частности, как белки, включающие (или содержащие в основном, или содержащие) последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21 и SEQ ID NO: 23; причем наиболее предпочтительный белок представляет собой белок, включающий или содержащий последовательность, идентифицированную в SEQ ID NO: 20 в перечне последовательностей.

SEQ ID NO: 1 соответствует последовательности внеклеточного домена VlsE B. garinii (штамм pBi), укороченного в его сигнальной последовательности (aa 1-19) и C-концевой области зрелого белка, расположенной после домена IR6, то есть этот внеклеточный домен включает области IR1, VR1, IR2, VR2, IR3, VR3, IR4, VR4, IR5, VR5 и IR6 B. garinii (штамм pBi).

SEQ ID NO: 2 соответствует последовательности внеклеточного домена VlsE B. garinii (штамм pBr), укороченного в его сигнальной последовательности и C-концевой области зрелого белка, расположенной после домена IR6, то есть этот внеклеточный домен включает области IR1, VR1, IR2, VR2, IR3, VR3, IR4, VR4, IR5, VR5 и IR6 B. garinii (штамм pBr).

SEQ ID NO: 3 соответствует последовательности внеклеточного домена VlsE B. garinii (штамм pLi), укороченного в его сигнальной последовательности и C-концевой области зрелого белка, расположенной после домена IR6, то есть этот внеклеточный домен включает области IR1, VR1, IR2, VR2, IR3, VR3, IR4, VR4, IR5, VR5 и IR6 B. garinii (штамм pLi).

SEQ ID NO: 4 соответствует последовательности внеклеточного домена VlsE B. afzelii (штамм pKo), укороченного в его сигнальной последовательности и C-концевой области зрелого белка, расположенной после домена IR6, то есть этот внеклеточный домен включает области IR1, VR1, IR2, VR2, IR3, VR3, IR4, VR4, IR5, VR5 и IR6 B. afzelii (штамм pKo).

SEQ ID NO: 5 соответствует последовательности внеклеточного домена VlsE B. burgdorferi sensu stricto (штамм B31), укороченного в его сигнальной последовательности и C-концевой области зрелого белка, расположенной после домена IR6, то есть этот внеклеточный домен включает области IR1, VR1, IR2, VR2, IR3, VR3, IR4, VR4, IR5, VR5 и IR6 B. burgdorferi sensu stricto (штамм B31).

SEQ ID NO: 6 соответствует последовательности домена IR6 B. burgdorferi sensu stricto (штамм B31).

SEQ ID NO: 7 соответствует последовательности домена IR6 B. afzelii (штамм ACA-1).

SEQ ID NO: 8 соответствует последовательности домена IR6 B. garinii (штамм Ip90).

SEQ ID NO: 9 соответствует последовательности вариабельной области VR6 B. burgdorferi sensu stricto (штамм B31). Эта последовательность может быть введена в конструкцию в качестве плеча спейсера между доменами IR6.

Последовательность по меньшей мере из 6 гистидиновых остатков (полигистидиновая цепочка, идентифицированная в SEQ ID NO: 10, кодируемая любой из нуклеиновых последовательностей, идентифицированных в SEQ ID NO: 11, 12 и 13, может быть присоединена на уровне N-концевого или C-концевого участка белка с целью обеспечения его очистки на металлохелатной смоле, а также могут быть присоединены добавочные аминокислоты, представленные в SEQ ID NO: 14 и кодируемые последовательностью SEQ ID NO: 15 в начале полигистидиновой цепочки. В этой конфигурации белок включает или состоит из последовательности, идентифицированной как SEQ ID NO: 21. Альтернативным образом, последовательность из 8 гистидиновых остатков, представленная в SEQ ID NO: 16 и кодируемая последовательностью SEQ ID NO: 17, может быть введена в N-концевом участке белка вместо последовательности из 6 гистидиновых остатков, что позволяет стабилизировать адгезию рекомбинантного белка на металлохелатной смоле и улучшить условия очистки, а также могут быть введены добавочные аминокислоты, представленные в SEQ ID NO: 18 и кодируемые последовательностью SEQ ID NO: 19. В этой конфигурации белок включает или состоит из последовательности, идентифицированной как SEQ ID NO: 23.

Предпочтительные белки по настоящему изобретению представляют собой белки, идентифицированные как SEQ ID NO: 21 и 23 и соответственно кодируемые последовательностями SEQ ID NO: 22 и 24.

Настоящее изобретение относится также к последовательностям ДНК, кодирующим ранее определенные белки, в частности, к последовательностям, идентифицированным как SEQ ID NO: 22 и 24.

Настоящее изобретение относится также к экспрессирующей кассете, являющейся функциональной в клетке, производной от прокариотического (пример: Escherichia coli) или эукариотического организма, такого, как дрожжи (пример: Pichia, Schizosaccharomyces), и обеспечивающей экспрессию ранее описанной нуклеиновой кислоты (ДНК), когда она находится под контролем элементов, разрешающей ее экспрессию, а также к вектору, включающему такую кассету.

Белок по настоящему изобретению является предпочтительно приемлемым для диагностики инфицирования боррелиями. Таким образом, настоящее изобретение относится к способу диагностики in vitro лайм-боррелиоза в биологическом образце (например, в образце сыворотки, крови, плазмы и т.д.), согласно которому биологический образец приводят в контакт по меньшей мере с одним ранее определенным белком и выявляют возможное образование иммунологического комплекса между указанным белком и антителами биологического образца (IgG и/или IgM), например, посредством прибавления по меньшей мере одного антииммуноглобулина человека, меченого любым приемлемым маркером. Под маркером понимают индикатор, способный генерировать сигнал. В неограничительный перечень таких индикаторов входят ферменты, производящие сигнал, детектируемый, например, колориметрией, по флуоресценции или люминесценции, такие, как пероксидаза хрена, щелочная фосфатаза, β-галактозидаза, глюкозо-6-фосфатдегидрогеназа; хромофоры, такие, как флуоресцентные, люминесцирующие или окрашивающие соединения; группировки, обладающие электронной плотностью, детектируемой электронной микроскопией или по их электрическим свойствам, таким, как проводимость, способами амперометрии или вольтамперометрии или по измерению сопротивления; группировки, детектируемые оптическими способами, такими, как дифракция, резонанс поверхностного плазмона, изменение краевого угла, или физическими способами, такими как спектроскопия атомных взаимодействий, туннельный эффект, и т.д.; радиоактивные молекулы, содержащие 32P, 35S или 125I. Белок предпочтительно иммобилизуют на твердой подложке, которая может представлять собой конус прибора Vidas®, лунки планшета для микротитрования, отдельные частицы, гель и т.д.

В одном из вариантов осуществления настоящего изобретения образец, кроме того, приводят в контакт по меньшей мере с одним слитым химерным белком, выбранным из описанных далее белков, таких как:

(a) белок, аминокислотная последовательность которого включает (или состоит из нее) последовательность SEQ ID NO: 25 и последовательность SEQ ID NO: 26 или последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 25, и последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 50% относительно SEQ ID NO: 26;

(b) белок, аминокислотная последовательность которого включает (или состоит из нее) последовательность SEQ ID NO: 27 и последовательность SEQ ID NO: 28 или последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 27, и последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 50% относительно SEQ ID NO: 28;

(c) белок, аминокислотная последовательность которого включает (или состоит из нее) последовательность, выбранную из таких последовательностей, как:

(i) последовательность SEQ ID NO: 29 и последовательность SEQ ID NO: 31 или последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 29, и последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 50% относительно SEQ ID NO: 31;

(ii) последовательность SEQ ID NO: 30 и последовательность SEQ ID NO: 31 или последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 30, и последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 50% относительно SEQ ID NO: 31;

(iii) последовательность SEQ ID NO: 29, последовательность SEQ ID NO: 30 и последовательность SEQ ID NO: 31 или последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 29, последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 40% относительно SEQ ID NO: 30, и последовательность, имеющая степень идентичности по меньшей мере 50% относительно SEQ ID NO: 31;

(d) белок, аминокислотная последовательность которого включает (или состоит из нее) последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO: 32, 34, 36, или последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO: 33, 35, 37 и 38, описанных более подробно далее.

Каждый из белков, идентифицированных ранее, включает по меньшей мере одну последовательность внеклеточного домена белка DbpA вида боррелии, выбранного из B. afzelii (SEQ ID NO: 25), B. burgdorferi sensu stricto (SEQ ID NO: 27) и B. garinii (группа III: SEQ ID NO: 29) (группа IV: SEQ ID NO: 30) или последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 40% относительно указанных последовательностей, и по меньшей мере одну последовательность белка OspC B. afzelii (SEQ ID NO: 26), B. burgdorferi sensu stricto (SEQ ID NO: 28) и B. garinii (SEQ ID NO: 31) или последовательность, имеющую степень идентичности по меньшей мере 50% относительно указанных последовательностей. Предпочтительно одна или несколько последовательностей DbpA находятся на N-концевом участке рекомбинантного белка, а последовательность OspC находится на C-концевом участке рекомбинантного белка.

Соответственно описанному ранее последовательность по меньшей мере из 6 гистидиновых остатков может быть присоединена на уровне N-концевого или C-концевого участка белка с целью обеспечения его очистки на металлохелатной смоле. Последовательность из 6 гистидиновых остатков, идентифицированная в SEQ ID NO: 10, находится предпочтительно на N-концевом участке конструкции. Добавочные аминокислоты могут находиться в начале цепочки поли-His в результате инсерции в последовательность ДНК, кодирующей малую последовательность, которая позволяет облегчать клонирование требуемой последовательности в экспрессирующей плазмиде, например, звено "MRGS" (SEQ ID NO: 14), кодируемое последовательностью ATGAGGGGATCC (SEQ ID NO: 15).

Область связывания может быть введена между каждой из последовательностей DbpA и OspC, образующих химерный рекомбинантный белок. Область такого типа соответствует области гибкого спейсера, обеспечивающей лучшую доступность потенциальных антител к каждому из доменов. Она, в общем случае, содержит много аминокислотных остатков Gly и Ser, представляющих собой аминокислоты, охарактеризованные как аминокислоты, придающие гибкость в третичной структуре белка. Также возможно вводить в требуемую кодирующую последовательность плечо ДНК (или линкер) для облегчения связи между последовательностями, кодирующими два требуемых белка. Например, это может быть звено "GSGG" (SEQ ID NO: 46), кодируемое последовательностью GGTTCCGGGGGT (SEQ ID NO: 47) и действующее в качестве плеча связывания между белками DbpA группы IV и OspC B. garinii.

Примеры таких белков представлены последовательностями SEQ ID NO: 33, 35, 37 и 38 в перечне последовательностей.

Белки, описанные ранее и идентифицированные как SEQ ID NO: 32-38 в перечне последовательностей, соответственно кодируются соответствующими последовательностями ДНК, идентифицированными в SEQ ID NO: 39-45.

Настоящее изобретение относится также к набору для диагностики in vitro лайм-боррелиоза, содержащему по меньшей мере один химерный белок VlsE, описанный ранее, и при необходимости по меньшей мере один слитый химерный белок DbpA/OspC, определенный ранее, и предпочтительно содержащему по меньшей мере один вид антииммуноглобулина человека, меченного любым приемлемым маркером, соответствующим приведенным ранее определениям.

Примеры

Пример 1. Получение плазмидных конструкций, кодирующих химерные рекомбинантные белки VlsE

Последовательности ДНК, кодирующие различные последовательности белка, идентифицированы в таблице 1.

Таблица 1
Происхождение последовательностей
Виды B. Burgdorferi
*Изолят; **аминокислоты (aa); ***№ позиции в GenBank
Белок B. sensu stricto B. afzelii B. garinii
VlsE - - *PBi; **aa 20-293; ***AJ630106 (GenScript Corp)
IR6 *B31; **aa 274-305; ***U76405 (GeneArt GmbH) *ACA-1; **aa 172-188; ***U76405 (GeneArt GmbH) *Ip90; **aa 167-191; ***AAN87834 (GeneArt GmbH)

Последовательности были оптимизированы в отношении их экспрессии в E. Coli с использованием набора GeneOptimizer™ и синтезированы соответственно методике GenScript corporation (Скотч-Плейнс, NJ, США) или GeneArt GmbH (Регенсбург, Германия).

Дополнительные изменения ДНК, делеции или ассоциации различных последовательностей реализовывали способом ПЦР (PCR), применяемым в генной инженерии, с использованием методик ПЦР, хорошо известных специалистам в данной области техники и описанных, например, в Sambrook J. et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 1989. Последовательности ДНК были связаны в экспрессионный вектор pMR [2] или pET-3d (Novagen®). Соответствующие плазмидные конструкции и белки, указанные в примере (bLYM110, bLYM125), описаны в таблице 2.

Таблица 2
Соответствующие плазмидные конструкции и белки
Характеристики рекомбинантных белков Характеристики плазмидных конструкций
Название N-концевая метка Последовательность B. burgdorferi Родительский вектор Сайт инсерции в векторе последовательности вставки
bLYM110 SEQ ID NO: 21 6 × His VlsE garinii pBi aa 20-293 + 3 IR6 [sensu stricto B21 aa 274-305 + afzelii ACA-1 aa 172-188 + garinii Ip90 aa 167-191] pMR78 5'BamHI/3'HindIII
bLYM125 SEQ ID NO: 23 8 × His pET-3d 5'NcoI/3'BamHI

Пример 2. Экспрессия рекомбинантных белков примера 1 и очистка

Для трансформации бактерии E. coli (штамм BL21) согласно традиционной методике, известной специалистам в данной области техники, использовали плазмидную конструкцию, описанную в примере 1. Трансформированные бактерии селекционировали по их резистентности к ампициллину, приданной вектором pMR или pET.

Затем осуществляли селекцию клона рекомбинантной бактерии для посева прекультуры в 40 мл среды 2xYT (триптон, 16 г/л; экстракт дрожжей, 10 г/л; NaCl, 5 г/л, pH=7,0), содержавшей 100 мкг/мл ампициллина. После инкубации в течение 15-18 часов при 30°C при перемешивании со скоростью 250 об/мин данную прекультуру использовали для осуществления посева в 1 л среды 2xYT, содержавшей 2% глюкозы и 100 мкг/мл ампициллина. Данную культуру инкубировали при 30°C при перемешивании со скоростью 250 об/мин до достижения оптической плотности DO при 600 нм значения 1,0/1,2. Культуру выдерживали в течение 3 часов 30 мин или 4 часов при 30°C после прибавления 0,4 мМ изопропил-β-D-тиогалактопиранозида (IPTG) и собирали центрифугированием при 6000 g в течение 30 мин. Осадок клеток хранили при -60°C. Для очистки влажную биомассу ресуспендировали в лизирующем буферном растворе, содержавшем ингибиторы протеаз без ЭДТА (Roche) и бензоназонуклеазу (Novagen®), и осуществляли разрушение клеток при 1,6 кбар в деструкторе клеток (Constant System Ltd, Давентри, Великобритания). Затем лизат центрофугировали при 10000 об/мин в течение 45 минут при 2-8°C. После фильтрования через фильтр пористостью 0,22 мкм надосадочную жидкость вводили в колонку Ni-NTA (Quiagen®), кондиционированную лизирующим буферным раствором. Затем смолу промывали тем же самым буферным раствором до достижения A280 нм значения базовой линии. Элюирование осуществляли элюирующим буферным раствором, а очищенный белок подвергали диализу на кассете Pierce для диализа Slide-A-Lyser® с отсечкой 10000 или 20000 а.е.м. против диализного буферного раствора. Условия очистки на геле Ni-NTA описаны в таблице 3.

Таблица 3
Очистка рекомбинантных белков
Белок bLYM110
SEQ ID NO: 21
bLYM125
SEQ ID NO: 23
Буферный раствор для лизиса и промывки Буферный раствор A1 Буферный раствор A1 + мочевина, 2 M
Элюирующий буферный раствор Буферный раствор B2 Буферный раствор B2, модифицированный 600 мМ имидазола
Элюирование, стадия 1 86% буферного раствора A + 14% буферного раствора B (4CV) 92% буферного раствора A + 8% буферного раствора B (4CV)
Элюирование, стадия 2 100% буферного раствора B 100% буферного раствора B
Выход очистки, мг белка/г влажной биомассы 0,5 0,8
Выход очистки, мг белка/л культуры 8,7 17
1 Фосфат натрия, 50 мкМ, имидазол, 30 мкМ, NaCl, 500 мМ, Tween 20, 0,1%, глицерин, 5%, pH=7,8
2 Фосфат натрия, 50 мкМ, имидазол, 325 мМ, NaCl, 500 мМ, глицерин, 5%, pH=7,5

Образцы анализировали на геле NuPAGE® Novex®, 4-12%, в циркуляционном буферном растворе NuPAGE® MES-SDS согласно руководства изготовителя (Invitrogen™). Белки окрашивали бриллиантовым синим Кумасси или электрофоретически переносили на нитроцеллюлозную мембрану. Мембрану блокировали 5%-м (масс./об.) раствором сухого молока в PBS и инкубировали с анти-пентагистидиновым антителом (Qiagen®) в PBS, содержавшим 0,05% Tween 20. Конъюгат антимышиного IgG козы, меченный пероксидазой хрена, (Jackson Immunoresearch laboratories) в PBS/Tween использовали в качестве вторичного антитела.

Определение концентрации белков осуществляли, используя набор Bradford Assay Kit (Pierce Coomassie Plus, Perbio Science) с BSA в качестве стандартного белка.

Пример 3. Обнаружение IgG и IgM человека с химерным рекомбинантным белком bLYM110 примера 2 способом линейного иммуноблоттинга

Рекомбинантный белок наносили на поливинилидендифторидную мембрану (PVDF, Immobilon, Millipore®, Бедфорд, Массачусетс, США) по приведенной далее методике.

Концентрацию белка в PBS с pH=7,2 устанавливали равной 1 мг/мл и разбавляли PBS с pH=7,2, дополненным 0,03% Tween 20 (разведение 1/200). Мембрану из PVDF смачивали метанолом, промывали в деминерализованной воде и накладывали на бумагу с влажным пятном. Пластмассовую линейку погружали в разбавленный раствор белков и фиксировали на мембране из PVDF. После нанесения белков и высушивания мембрану разрезали в вертикальном направлении на полоски. Перед применением полоски инкубировали с 5%-м раствором желатина в TBS с pH=7,5 в течение 1 часа при 37°C. Процедуры иммуноблоттинга осуществляли при комнатной температуре соответственно описанному Bretz A.G. и соавт. [3]. Полоски инкубировали в течение 2 часов с пробами сыворотки человека, разбавленными в соотношении 1/200 в TBS с 1% желатина, промывали и инкубировали с отличающимися от человеческого IgG или IgM, меченными щелочной фосфатазой (Sigma™, Сент-Луис, США) и разбавленными в соотношении 1/1000 в TBS с 1% желатина. После промывки полоски инкубировали с субстратом BCIP-NBT (KPL, Гейтерсбург, MD, США) в течение 30 минут, промывали в дистиллированной воде и сушили.

Группа проб испытуемых сывороток

Пробы сыворотки человека отбирали у типичных, клинически хорошо охарактеризованных больных LB, соответствующих различным стадиям LB (22 с мигрирующей эритемой [EM], 5 с кардитом, 20 с нейроборрелиозом [NB], 20 с артритом Лайма [LA], 20 с атрофическим хроническим акродерматитом [ACA] и 10 с доброкачественной лимфоцитомой кожи [LCB]). Антиборрелиозные IgG были найдены описанным ранее иммуноблоттингом при использовании лизатов целых клеток [4] в сыворотке больных LA, ACA и кардитом. EM, NB и LCB были идентифицированы клинически, но все соответствующие пробы сыворотки не были определены как положительные ни посредством иммуноблоттинга [4], ни посредством коммерческих наборов (VIDAS® Lyme (biomérieux®), Borrelia IgG (Diasorin®) и Borrelia IgM (r-biopharm®)). Напротив, во всех случаях NB, включенных в исследование, имелись антитела, обнаруживаемые в спинномозговой жидкости [LCR] (индекс находился в интервале от 2 до 27,1).

Группа отрицательного контроля включала 31 пробу сыворотки, при этом пробы ранее были определены в традиционных испытаниях как отрицательные в отношении присутствия антиборрелиозных антител. Кроме того, с рекомбинантным белком были испытаны 64 пробы сыворотки здоровых доноров крови, проживающих в регионе, эндемичном в отношении болезни Лайма (Монтей, Вале, Швейцария). Интенсивность реакции оценивали следующим образом: [+], [++], [+++], [-] или неоднозначные результаты. Неоднозначные результаты принимали за отрицательные.

Результаты представлены в приведенной далее таблице 4.

Таблица 4
IgG
Стадия I Стадия II Стадия III Доноры
EM (n=22) NB (n=20) Кардит (n=5) LA (n=19) ACA (n=20) Лимфоцитома (n=10) (n=64)
17 20 5 19 20 9 6
77,3% 100% 100% 100% 100% 90% 9,4%
12[+++] 11[+++] 4[+++] 13[+++] 20[+++] 3[+++] 6[+]
4[++] 7[++] 1[++] 4[++] 2[++]
1[+] 2[+] 2[+] 4[+]
Итого положительных реакций на IgG: 93,7%
IgM
EM (n=22) NB (n=20) Кардит (n=5) (n=64)
5 4 2 1
22% 20% 40% 1,5%
1[++] 2[++] 1[++] 1[+]
4[+] 1[+] 1[+]
Итого положительных реакций на IgM: 23,4%

Обнаружение IgG

Результаты показывают, что рекомбинантный белок bLYM110 представляет собой диагностический антиген, высоко чувствительный в отношении IgG на всех стадиях инфицирования. На стадии I инфицирования IgG были обнаружены в 17 случаях больных с EM из 22 (или 77,3% чувствительности). У пяти больных с EM, для которых найдены отрицательные результаты с рекомбинантным белком, такие же результаты определены штатным иммуноблоттингом и с коммерческими наборами. Семь проб сыворотки с EM, найденные положительными с рекомбинантным белком, не были обнаружены иммуноблоттингом, что представляет собой улучшение чувствительности с рекомбинантным белком на 31,8%. На первой стадии инфицирования в отсутствие характерного покраснения диагностика может быть затруднена, так как другие клинические проявления болезни Лайма не являются специфическими. Кроме того, традиционными испытаниями были обнаружены только несколько больных, имевших EM. Таким образом, белок по настоящему изобретению улучшил обнаружение IgG на стадии I инфицирования, обеспечив обнаружение их более чем у 77% больных, имевших EM.

Обнаружение IgM

Химерные антибелки IgM найдены в 23,4% проб сыворотки с LB. В сыворотке больных LB стадий I и II белок позволяет обнаруживать IgG чаще, чем IgM.

Пример 4. Получение плазмидных конструкций, кодирующих химерные рекомбинантные белки DpbA-OspC

Последовательности ДНК, кодирующие различные описанные последовательности DpbA и OspC, идентифицированы в таблице 5. Последовательности ДНК были оптимизированы в отношении облегчения экспрессии в E. Coli с использованием набора GeneOptimizer™ и синтезированы соответственно методике GenScript corporation (Скотч-Плейнс, NJ, США) или GeneArt GmbH (Регенсбург, Германия).

Таблица 5
Происхождение последовательностей
Виды B. Burgdorferi
*Изолят; **аминокислоты (aa); ***№ позиции в GenBank
Белок B. sensu stricto B. afzelii B. garinii
DbpA *B31; **aa 2-192; ***AF069269 *PKo; **aa 2-150; ***AJ131967 *40; **aa 2-187; ***AF441832; *PBi; **aa 2-176; ***AJ841673
OspC *B31; **aa 26-210; ***X73622 *PKo; **aa 2-212; ***X62162 *PEi ; **aa 32-208; ***AJ749866

Каждый химерный рекомбинантный белок содержит по меньшей мере одну эпитопную область, соответствующую внеклеточному домену последовательности DbpA Borrelia burgdorferi sensu stricto или B. afzelii или B. garinii, и по меньшей мере одну эпитопную область, соответствующую внеклеточному домену последовательности OspC Borrelia burgdorferi sensu stricto или B. afzelii или B. garinii.

Ассоциации различных нуклеотидных последовательностей, кодирующих последовательности DbpA и/или OspC, а также изменения нуклеотидных последовательностей, такие, как делеции, добавление последовательности связывания или добавление последовательности-линкера, осуществляли путем генной инженерии с использованием методик ПЦР, хорошо известных специалистам в данной области техники и описанных, например, в Sambrook J. et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 1989.

Последовательности ДНК, кодирующие требуемые химерные белки, были введены в экспрессионный вектор pMR [2] между сайтом рестрикции BamHI в положении 5' и сайтом EcoRI или HindIII в положении 3'. Соответствующие плазмидные конструкции и белки, указанные в примере (bLYM114, bLYM120 и bLYM121), описаны в таблице 6. MRGS в N-концевом участке рекомбинантных белков и соответствующая нуклеотидная последовательность ATG AGG GGA TCC были введены по методике клонирования, использованной для экспрессионного вектора pMR. В данной последовательности действительно необходим только кодон инициации ATG и, следовательно, аминокислота Met.

Последовательность поли-His (6 гистидиновых остатков) была введена на N-концевом участке каждого рекомбинантного белка. Данная последовательность обеспечивает очистку рекомбинантных белков на колонке для металлохелатной аффинной хроматографии. Она представляет собой область фиксации на геле Ni-NTA, которая в дальнейшем позволяет облегчать стадию очистки химерного рекомбинантного белка. Данный пептид HHHHHH (SEQ ID NO: 10) кодируется нуклеотидными последовательностями CATCATCATCATCATCAT (SEQ ID NO: 11) или CATCATCATCATCATCAC (SEQ ID NO: 12), или CATCATCACCACCATCAT (SEQ ID NO: 13), или любой другой последовательностью, кодирующей последовательность SEQ ID NO: 10.

Следует указать, что данная область особой фиксации, включающая гистидиновую последовательность, обеспечивает, в частности, ориентированную фиксацию рекомбинантного белка на подложке, образованной диоксидом кремния или оксидами металлов.

Таблица 6
Соответствующие плазмидные конструкции и белки
Характеристики рекомбинантных белков Характеристики плазмидных конструкций
Название N-концевая метка Последовательность B. burgdorferi Название Родительский вектор Сайт инсерции в векторе последовательности вставки
bLYM114 SEQ ID NO: 33 6 × His B. afzelii штамм PKo
DbpA aa 2-150 + OspC aa 2-212
pOL114 pMR78* 5'BamHI/3'EcoRI
bLYM120 SEQ ID NO: 35 6 × His B. sensu stricto штамм B31
DbpA aa 28-192 + OspC aa 26-210
pOL120 pMR78* 5'BamHI/3'HindIII
bLYM121 SEQ ID NO: 38 6 × His B. garinii
DbpA III aa 25-187 штамм 40 + DbpA IV aa 24-176 штамм PBi + OspC aa 32-208 штамм PEi
pOL121 pMR78* 5'BamHI/3'HindIII
● [2]

Пример 5. Экспрессия рекомбинантных белков bLYM114, bLYM120 и bLYM121 примера 4 и очистка

Для трансформации бактерии E. coli (штамм BL21) согласно традиционной методике, известной специалистам в данной области техники, была использована плазмидная конструкция, в которой в экспрессионный вектор (pMR) была вставлена последовательность SEQ ID NO: 40, 42 или 45. Трансформированные бактерии селекционировали по их резистентности к ампициллину, приданной вектором pMR.

Затем осуществляли селекцию клона рекомбинантной бактерии для посева прекультуры в 40 мл среды 2xYT (триптон, 16 г/л; экстракт дрожжей, 10 г/л; NaCl, 5 г/л, pH=7,0), содержавшей 100 мкг/мл ампициллина. После инкубации в течение 15-18 часов при 30°C при перемешивании со скоростью 250 об/мин данную прекультуру использовали для осуществления посева в 1 л среды 2xYT, содержавшей 2% глюкозы и 100 мкг/мл ампициллина. Данную культуру инкубировали при 30°C при перемешивании со скоростью 250 об/мин до достижения оптической плотности DO при 600 нм значения 1,0/1,2. Культуру выдерживали в течение 3 часов 30 мин или 4 часов при 30°C после прибавления 0,4 мМ изопропил-β-D-тиогалактопиранозида (IPTG) и собирали центрифугированием при 6000 g в течение 30 мин. Осадок клеток хранили при -60°C. Для очистки влажную биомассу размораживали и ресуспендировали в лизирующем буферном растворе, содержавшем ингибиторы протеаз без ЭДТА (Roche™) и бензоназонуклеазу (Novagen®), и осуществляли разрушение клеток при 1,6 кбар в деструкторе клеток (Constant System Ltd, Давентри, Великобритания). Затем лизат центрофугировали при 10000 об/мин в течение 45 мин при 2-8°C. Полученная надосадочная жидкость содержит растворимые белки. Надосадочную жидкость фильтровали через фильтр пористостью 0,45 мкм и очищали аффинной хроматографией на металлохелатной колонке (матрица "никель-нитрилуксусная кислота" (Ni-NTA, Qiagen)). С этой целью надосадочную жидкость вводили (1 мл/мин) при 18-25°C в колонку объемом 8 мл с гелем Ni-NTA, кондиционированную буферным раствором A (см. таблицу 7). Затем колонку промывали буферным раствором A до достижения на выходе из колонки DO280 нм=0. Элюирование рекомбинантного белка осуществляли подачей буферного раствор B, соответственно указаниям, приведенным в таблице 7, а очищенный белок подвергали диализу в кассете для диализа с отсечкой 10000 или 20000 а.е.м. (Slide-A-Lyser®, Pierce) против диализного буферного раствора. Условия очистки на геле Ni-NTA описаны в таблице 7.

Таблица 7
Очистка рекомбинантных белков
Белок bLYM114 bLYM120 bLYM121
Буферный раствор для лизиса и промывки Буферный раствор A1
Элюирующий буферный раствор Буферный раствор B2
Элюирование, стадия 1 90% буферного раствора A + 10% буферного раствора B (4CV) 92% буферного раствора A + 8% буферного раствора B (4CV) 100% буферного раствора B
Элюирование, стадия 2 100% буферного раствора B 100% буферного раствора B нет данных
Выход очистки, мг белка/г влажной биомассы 12 13 20
Выход очистки, мг белка/л культуры 80 122 245
1 Фосфат натрия, 50 мкМ, имидазол, 30 мкМ, NaCl, 500 мМ, Tween 20, 0,1%, глицерин, 5%, pH=7,8
2 Фосфат натрия, 50 мкМ, имидазол, 325 мМ, NaCl, 500 мМ, глицерин, 5%, pH=7,5

Образцы анализировали на геле NuPAGE® Novex®, 4-12%, в буферном растворе NuPAGE® MES-SDS согласно руководства изготовителя (Invitrogen). Белки окрашивали бриллиантовым синим Кумасси или электрофоретически переносили на нитроцеллюлозную мембрану. Мембрану блокировали 5%-м (масс./об.) раствором сухого молока в PBS и инкубировали с анти-пентагистидиновым антителом (Qiagen®) в PBS, содержавшим 0,05% Tween 20. Конъюгат антимышиного IgG козы, меченный пероксидазой хрена, (Jackson Immunoresearch laboratories) в PBS/Tween использовали в качестве вторичного антитела.

Определение концентрации белков осуществляли, используя набор Bradford (Pierce Coomassie Plus, Perbio Science) с BSA в качестве стандартного белка.

Пример 6. Обнаружение IgG и IgM человека с химерным рекомбинантным белком способом линейного иммуноблоттинга

Каждый рекомбинантный белок наносили на поливинилидендифторидную мембрану (PVDF, Immobilon, Millipore®, Бедфорд, Массачусетс, США) по приведенной далее методике. Концентрацию белка в PBS с pH=7,2 устанавливали равной 1 мг/мл и разбавляли PBS с pH=7,2, дополненным 0,03% Tween 20 (разведение 1/200). Мембрану из PVDF смачивали метанолом, промывали в деминерализованной воде и накладывали на бумагу с влажным пятном. Пластмассовую линейку погружали в разбавленный раствор белков и фиксировали на мембране из PVDF. После нанесения белков и высушивания мембрану разрезали в вертикальном направлении на полоски. Перед применением полоски инкубировали с 5%-м раствором желатина в TBS с pH=7,5 в течение 1 часа при 37°C. Процедуры иммуноблоттинга осуществляли при комнатной температуре соответственно описанному Bretz A.G. и соавт. [3]. Полоски инкубировали в течение 2 часов с пробами сыворотки человека, разбавленными в соотношении 1/200 в TBS с 1% желатина, промывали и инкубировали с антителом анти-IgG или анти-IgM человека, меченным щелочной фосфатазой (Sigma™, Сент-Луис, США) и разбавленным в соотношении 1/1000 в TBS с 1% желатина. После промывки полоски инкубировали с субстратом BCIP-NBT щелочной фосфатазы (KPL, Гейтерсбург, MD, США) в течение 30 мин, затем промывали в дистиллированной воде и сушили.

Группа проб испытуемых сывороток

Пробы сыворотки человека отбирали у типичных, клинически хорошо охарактеризованных больных LB, соответствующих различным стадиям LB (22 с мигрирующей эритемой [EM], 5 с кардитом, 20 с нейроборрелиозом [NB], 20 с артритом Лайма [LA], 20 с атрофическим хроническим акродерматитом [ACA] и 10 с доброкачественной лимфоцитомой кожи [LCB]). Антиборрелиозные IgG были найдены иммуноблоттингом при использовании лизатов целых клеток [4] в сыворотке больных LA, ACA и кардитом. EM, NB и LCB были идентифицированы клинически, но все соответствующие пробы сыворотки не были определены как положительные ни посредством иммуноблоттинга [4], ни посредством коммерческих наборов (VIDAS® Lyme (biomérieux), Borrelia IgG (Diasorin®) и Borrelia IgM (r-biopharm®)). Напротив, во всех случаях NB, включенных в исследование, имелись антитела, обнаруживаемые в спинномозговой жидкости [LCR] (индекс находился в интервале от 2 до 27,1 при определении с набором VIDAS® Lyme (biomérieux)). Присутствие IgM было определено только в клинических случаях стадий I и II, но не на хронических стадиях.

Группа отрицательного контроля включала 31 пробу сыворотки, при этом пробы ранее были определены в традиционных испытаниях как отрицательные в отношении присутствия антиборрелиозных антител. Кроме того, с рекомбинантным белком были испытаны 64 пробы сыворотки здоровых доноров крови, проживающих в регионе, эндемичном в отношении болезни Лайма (Монтей, Вале, Швейцария).

Интенсивность реакции оценивали следующим образом: [+], [++], [+++], [-] или неоднозначные результаты. Неоднозначные результаты принимали за отрицательные.

Результаты представлены в приведенной далее таблице 8.

Таблица 8
Реактивность при линейном иммуноблоттинге проб сыворотки больных лайм-боррелиозом с 3 химерными рекомбинантными белками
Рекомбинантный белок IgG IgM
Стадия I Стадия II Стадия III Стадия I Стадия II
EM (n=22) NB (n=20) Кардит (n=5) LA (n=19) ACA (n=20) LCB (n=10) EM (n=22) NB (n=20) Кардит (n=5)
bLYM114 5 10 0 7 12 2 7 7 2
bLYM120 6 7 0 8 6 0 11 7 2
bLYM121 2 10 5 9 8 0 7 7 2
Σ bLYM 114 + 120 + 121 9 13 5 18 17 2 11 7 2
Пробы сыворотки c положительным результатом, в % и по интенсивности реакции 40,9% 1[+++] 4[++] 4[+] 59,1% 8[+++] 2[++] 3[+] 100% 4[+++] 1[+] 94,7% 7[+++] 8[++] 3[+] 85% 8[+++] 5[++] 4[+] 20% 1[++] 1[+] 50% 1[+++] 7[++] 5[+] 35% 5[++] 2[+] 40% 2[++]
Итого положительных результатов, в % и по интенсивности реакции 66,7%
28[+++]
20[++]
16[+]
42,5%
1[+++]
14[++]
7[+]

Специфичность равна 100% на основании 31 пробы сыворотки, отобранной у здоровых участников и определенной как лайм-отрицательные посредством стандартных коммерческих тестов.

Обнаружение IgG

Результаты показывают, что слитые химерные рекомбинантные белки представляют собой диагностический инструмент, чувствительный в отношении IgG и IgM на всех стадиях инфицирования. Они позволяют выявить комплементарное действие трех рекомбинантных белков, основанных на последовательностях Borrelia afzelii, B. sensu stricto и B. garinii соответственно, для обнаружения IgG. Комбинированное применение трех химерных рекомбинантных белков позволяет на стадии I инфицирования обнаруживать IgG в 9 случаях больных с EM из 22 (или 40,9% чувствительности).

Обнаружение IgM

Химерные антибелки IgM найдены в 11 случаях из 22 (или 50% чувствительности). Таким образом, в сыворотке больных LB стадии I такие химерные белки позволяют обнаруживать IgM чаще, чем IgG. В испытаниях, осуществленных для контроля посредством иммуноблоттинга [4] и коммерческого набора Borrelia IgM (r-biopharm®), обнаружено не большее число проб сыворотки с положительными результатами на IgM. Кроме того, 3 пробы сыворотки, которые посредством иммуноблоттинга и набора Borrelia IgM (r-biopharm®) определены как отрицательные, определены как положительные посредством трех химерных белков, указанных в примере (3/3), или посредством трех белков, указанных в примере (1/3). Комбинированное применение трех рекомбинантных белков позволяет улучшить на 13,6% чувствительность обнаружения IgM на стадии I инфицирования.

Пример 7. Оценка и валидация химерных рекомбинантных белков bLYM114, bLYM120, bLYM121 и bLYM125 посредством теста VIDAS ® (bioMérieux)

Данную валидацию осуществляли посредством теста VIDAS®, применяя:

- 1) химерные рекомбинантные белки bLYM114, bLYM120 и bLYM121, полученные согласно примерам 4 и 5, для обнаружения IgM;

- 2) химерные рекомбинантные белки bLYM114, bLYM120, полученные согласно примерам 4 и 5, и химерный белок bLYM125, полученный согласно примерам 1 и 2, для обнаружения IgG.

Принцип теста VIDAS® состоит в следующем: конус образует твердую подложку, которая служит также системой подачи реактивов, содержащихся в полости конуса. Один или несколько рекомбинантных белков фиксируют на конусе. После стадии разбавления образец отбирают аспирацией и вводят за несколько приемов внутрь конуса. Данная процедура позволяет антиборрелиозным иммуноглобулинам образца связываться с рекомбинантными белками. Компоненты, оставшиеся несвязанными, удаляют промывкой. Антитело антииммуноглобулинов человека, конъюгированное с щелочной фосфатазой (PAL), инкубируют в конусе, в котором оно прикрепляется к антиборрелиозным иммуноглобулинам. На стадиях промывки удаляют конъюгат, оставшийся неприкрепленным. В ходе последней стадии обнаружения субстрат щелочной фосфатазы (PAL), представляющий собой 4-метилумбеллиферилфосфат, гидролизуют до 4-метилумбеллиферона, флуоресценцию которого измеряют при 450 нм. Интенсивность флуоресценции, измеренная посредством оптической системы Vidas®, пропорциональна содержанию антиборрелиозных иммуноглобулинов, присутствующих в образце. Результаты автоматически анализируются системой VIDAS® и выражаются в RFV (Relative Fluorescent Value (относительные единицы флуоресценции)).

Таким образом, посредством системы Vidas® были проанализированы 255 положительных проб сыворотки (пробы с неоднозначным результатом + пробы с положительным результатом) и 298 отрицательных проб сыворотки (пробы с неоднозначным результатом + пробы с отрицательным результатом).

Конусы Vidas® Lyme IgG сенсибилизировали 300 мкл раствора, содержавшего белки bLYM114, bLYM120 и bLYM1251 по настоящему изобретению с концентрацией каждого из них в общем сенсибилизирующем растворе, равной 1 мкг/мл.

На первой стадии пробы сыворотки инкубировали в течение 5,3 мин для образования комплексов "антигены-антитела". На второй стадии анти-IgG человека, меченные PAL, инкубировали в течение 5,3 мин.

Результаты выражали в виде индекса по отношению к порогу положительного значения, составляющего 135 RFV согласно методике.

- Из 255 испытанных положительных проб сыворотки 246 найдены положительными и 9 условно отрицательными, что соответствует чувствительности 96,5%.

- Из 298 испытанных отрицательных проб сыворотки 284 найдены отрицательными и 14 условно положительными, что соответствует специфичности 95,3%.

Список литературы

1. Химерный белок боррелии для диагностики Лайм-боррелиоза, включающий по меньшей мере одну последовательность внеклеточного домена белка VlsE боррелии первого вида, соответствующего определенному штамму, и по меньшей мере одну последовательность области IR6 белка VlsE боррелии второго вида или боррелии первого вида, но соответствующего штамму, отличающемуся от штамма первого вида, причем указанный химерный белок включает:
- последовательность внеклеточного домена белка VlsE боррелии первого вида, состоящую из пяти вариабельных областей VR1, VR2, VR3, VR4 и VR5 и шести константных областей IR1, IR2, IR3, IR4, IR5 и IR6, причем по меньшей мере одна указанная последовательность внеклеточного домена выбрана из группы, в которую входят последовательности SEQ ID NO:1, 2, 3, 4 и 5;
- указанная по меньшей мере одна последовательность области IR6 боррелии второго вида или боррелии первого вида, но соответствующего штамму, отличающемуся от штамма первого вида, выбрана из группы, в которую входят последовательности SEQ ID NO:6, 7 и 8,
причем боррелии выбраны из Borrelia stricto-sensu, Borrelia afzelii и Borrelia garinii.

2. Белок по п. 1, включающий вариабельную последовательность VR6 вида боррелии, идентифицированную в SEQ ID NO:9.

3. Белок по п. 1, включающий:
- последовательность SEQ ID NO:1;
- последовательность SEQ ID NO:6;
- последовательность SEQ ID NO:7;
- последовательность SEQ ID NO:8.

4. Белок по п. 3, дополнительно включающий последовательность SEQ ID NO:9.

5. Белок по любому из пп. 1-4, включающий последовательность, выбранную из SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21 и SEQ ID NO:23.

6. Нуклеиновая кислота, кодирующая белок, определенный в любом из пп. 1-5.

7. Экспрессирующая кассета, являющаяся функциональной в клетке, производной от прокариотического или эукариотического организма, обеспечивающая экспрессию нуклеиновой кислоты по п. 6 и находящаяся под контролем элементов, необходимых для ее экспрессии.

8. Вектор для экспрессии нуклеиновой кислоты по п. 6, включающий экспрессирующую кассету по п. 7.

9. Способ диагностики in vitro лайм-боррелиоза в биологическом образце, согласно которому биологический образец приводят в контакт по меньшей мере с одним белком по любому из пп. 1-5 и выявляют возможное образование иммунологического комплекса между указанным белком и антителами биологического образца.

10. Способ по п. 9, в котором антитела биологического образца представляют собой IgG и/или IgM.

11. Способ по п. 9, в котором образование иммунологического комплекса определяют посредством прибавления по меньшей мере одного антииммуноглобулина человека, меченного любым приемлемым маркером.

12. Способ по любому из пп. 9-11, в котором белок иммобилизуют на твердой подложке.

13. Набор для диагностики in vitro лайм-боррелиоза, включающий по меньшей мере один химерный белок боррелии, отличающийся тем, что белок представляет собой белок по любому из пп. 1-5.

14. Набор по п. 13, включающий по меньшей мере один антииммуноглобулин человека, меченный любым приемлемым маркером.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к медицине, а именно, к психиатрии, и может быть использовано для прогноза эффективности лечения больных шизофренией. Для этого у больных шизофренией перед назначением лечения проводится иммунологическое обследовании и определение биохимических показателей сыворотки крови.

Группа изобретений относится к медицине и касается способа диагностики нарушения почек у собак, включающего стадию измерения уровня экспрессии группы биомаркеров в биологическом образце от собаки, где биомаркеры представляют собой кластерин (CLU), секретируемый связанный с frizzle белок-2 (SFRP2); матрилин-2 (Matn2); лумикан (LUM); декорин (DCN); альфа 1 (III) цепи коллаген, вариант 12 (COL3A1); ретинол-связывающий белок 4 (rbp4); ММР-9; трансферрин (TF); Аро-С-1 (АроС1); и ингибин-бета A (INHBA).

Изобретение относится к иммунологии и медицинской диагностике и представляет собой способ иммунохроматографического определения специфических антител. В основе способа лежит контакт мембранной тест-полоски с анализируемой жидкой пробой и инициируемое этим контактом движение по мембранам тест-полоски реагентов, которые содержатся в пробе или нанесены на мембрану и в ходе взаимодействий в порах мембраны или на ее поверхности формируют иммунные комплексы.
Изобретение относится к области медицины и предназначено для лечения заболеваний и биологических состояний, опосредованных, по меньшей мере частично, активным галектином-3.
Изобретение относится к области медицины, в частности к офтальмологии. Изобретение представляет способ дифференциальной диагностики типов хориоидальной неоваскуляризации (ХНВ) при влажной форме возрастной макулярной дистрофии, отличающийся тем, что производят забор влаги передней камеры глаза, определяют концентрацию фактора роста эндотелия сосудов, после чего оценивают результат по уровню данных показателей.

Изобретение относится к иммунологическим методам анализа и может быть использовано для массового скрининга инфекций TORCH-группы у новорожденных, беременных женщин и женщин, планирующих беременность.
Группа изобретений относится к медицине, в частности к клинической лабораторной диагностике, иммунохимии, и касается диагностики цитомегаловирусной инфекции методом иммунного блоттинга, который является референтным, наиболее высокочувствительным, высокоспецифичным, подтверждающим (или исключающим) диагноз при подозрении на инфицирование в случае получения положительных или сомнительных (неопределенных) результатов.

Изобретение относится к области медицинской иммунологии и предназначено для определения функциональной активности компонента С3 комплемента человека по его действию на инфузории.

Изобретение относится к медицине, а именно к травматологии, и может быть использовано для прогнозирования замедленной консолидации переломов. Описано прогнозирование замедленной консолидации переломов, которое осуществляют на основании определения относительного содержания ростового фактора (TGFβ1), лимфоцитарно-тромбоцитарной адгезии (ЛТА), дезоксипиридинолина (ДПИД), регистрации показателя микроциркуляции (ПМ) конечностей пациента на 10-е сутки посттравматического периода и расчета коэффициента по предлагаемой формуле, на основании значения которого прогнозируют замедленную консолидацию переломов.

Группа изобретений относится к медицине и касается способа идентификации пациентов с инфарктом миокарда, имеющих повышенный риск развития патологического состояния сердца, включающего исследование, после инфаркта, образца биологической жидкости пациента на предмет уровней сосудистого эндотелиального фактора роста В (VEGFB), тромбоспондина-1 (THBS1) и плацентарного фактора роста (PGF).

Изобретение относится к области биотехнологии и иммунологии. Предложены антитела, направленные на интегрин α2β1, включая гуманизированные антитела к интегрину альфа-2 (α2), а также способы лечения антителами к интегрину α2.

Изобретение относится к области биотехнологии и иммунологии. Представлена клетка-хозяин Bordetella pertussis, Bordetella bronchiseptica или Bordetella parapertussis, которая используется в качестве адъюванта или для профилактики или лечения коклюша, имеющая сниженную активность эндогенной гликозилтрансферазы с по меньшей мере 98% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 по сравнению с активностью гликозилтрансферазы соответствующего родительского штамма, где сниженная активность достигается применением инактивирующего вектора, который вызывает инактивацию экспрессии последовательности эндогенной нуклеиновой кислоты, кодирующей гликозилтрансферазу, или приводит к сниженному уровню экспрессии последовательности эндогенной нуклеиновой кислоты, кодирующей гликозилтрансферазу, слиянием последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей гликозилтрансферазу, со слабым или индуцибельным промотором.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложены варианты антиген-связывающего полипептида, специфичного к полипептиду LIGHT, характеризующиеся наличием вариабельной области тяжелой и легкой цепей, а также варианты конъюгатов на их основе для лечения заболевания или состояния.

Изобретение относится к области биотехнологии и иммунологии. Описаны биспецифические антитела против фактора роста сосудистого эндотелия человека VEGF и ангиопоэтина-2 человека ANG-2, способы их получения, фармацевтические композиции, содержащие указанные антитела, и их применения.

Изобретения относятся к области биотехнологии и касаются вектора, клетки-хозяина, содержащего вектор, генетически модифицированного микроорганизма Clostridium thermocellum, способа получения такого микроорганизма и способа преобразования лигноцеллюлозной биомассы в этанол.

Представленные изобретения касаются выделенного полинуклеотида, кодирующего полипептид, вовлеченный в биосинтез пирипиропена А, вектора и клетки-хозяина, включающих такой полипептид, и способов получения предшественников пирипиропена А, включающих культивирование клетки-хозяина.

Изобретение относится к области биотехнологии и иммунологии. Описано антитело и его функциональный фрагмент, специфически узнающее Siglec-15 человека и обладающее активностью ингибирования образования остеокластов.

Изобретение относится к области биотехнологии и иммунологии. Описано выделенное антитело человека или его антигенсвязывающий фрагмент.

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к интегративной генетической конструкции pWpr-le. Предложенное изобретение может использоваться для введения в хромосому клетки Bacillus subtilis и родственных видов рода Bacillus гена релизинг фактора гормона роста человека/свиньи и последующей его экспрессии в указанных клетках.

Изобретение относится к биотехнологии, в частности к опухолеспецифичным промоторам, и может быть использовано в противоопухолевой терапии. Сконструированы опухолеспецифичные промоторы широкого спектра действия, обеспечивающие экспрессию терапевтического гена внутри раковой клетки.

Изобретение относится к области микробиологии и молекулярной генетики и касается рекомбинантного полипептида StV, рекомбинантной ДНК stV, кодирующей указанный рекомбинантный полипептид StV, рекомбинантной плазмидной ДНК PQE-stV, представляющей собой плазмидную ДНК PQE-30, несущую указанную рекомбинантную ДНК stV, и штамма-продуцента Escherichia coli M15-StV, продуцирующего рекомбинантный полипептид StV.
Наверх