Патенты автора Дегтярев Сергей Харитонович (RU)

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метелирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР и способ идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метилирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР. Указанный способ включает формирование панели генов-онкомаркеров колоректального рака: ADHFE1, ALX4, CNRIP1, EID3, ELMO1, ESR1, FBN1, HLTF, LAMA1, NEUROG1, NGFR, RARB, RXRG, RYR2, SDC2, SEPT9, SFRP2, SOCS3, SOX17, THBD, TMEFF2, UCHL1 и VIM. Изобретение расширяет арсенал олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченных праймеров. 2 н.п. ф-лы., 3 ил., 4 табл., 3 пр., 1 прил.

Изобретение относится к области биотехнологии. Штамм Micrococcus luteus, депонированный под регистрационным номером В-12410 во Всеросиийской Коллекции Промышленных Микроорганизмов ФГУП ГосНИИГенетика, является продуцентом сайт-специфической метилзависимой эндонуклеазы MluVI. Изобретение обеспечивает получение нового фермента MD-эндонуклеазы, который узнает и расщепляет обе цепи последовательности ДНК 5'-GCGC^NGCGC-3'/3'-CGCGN^CGCG-5' перед центральным нуклеотидом (N) с образованием однонуклеотидных 5'-выступающих концов при наличии в данной последовательности не менее шести С5-метилированых цитозинов, и может быть использовано для крупноблочного сайт-специфичного гидролиза ДНК, содержащей С5-метилцитозиновые основания. 2 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N16 (pM.AluBI), являющийся продуцентом ДНК-метилтрансферазы AluBI, переносящей метальную группу с S-аденозил-L-метионина (SAM) на 6-й атом азота аденинового основания сайта узнавания, с образованием метилированной последовательности 5′-(m6A)GCT-3′/3′-TCG(m6A)-5′ на обеих цепях ДНК. Штамм получен путем трансформации клеток Escherichia coli RR1 плазмидой pM.AluBI-16. Данная плазмида сконструирована на основе вектора pUC19 и содержит ген, кодирующий ДНК-метилтрансферазу AluBI из природного штамма Arthrobacter luteus В. Изобретение позволяет получить рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N16 (рМ.AluBI), продуцирующий с высоким выходом ДНК-метилтрансферазу с новой специфичностью. 4 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N42 (pElmI), являющийся продуцентом метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазы ElmI, расщепляющей обе цепи последовательности ДНК 5′-GC^NGC-3′/3′-CGN^CG-5′, в которой не менее трех цитозинов метилированы в положении С5 с образованием 5′-выступающих однонуклеотидных концов. Штамм получен путем трансформации клеток Escherichia coli ER2267 плазмидой pElmI. Данная плазмида сконструирована на основе вектора pMTL22 и содержит ген, кодирующий метилзависимую сайт-специфическую ДНК-эндонуклеазу ElmI из природного штамма Escherichia coli N17. Изобретение позволяет получить ДНК-эндонуклеазы ElmI заданной специфичности с более высоким выходом. 4 ил., 4 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой способ сайт-специфического гидролиза С5-метилированной последовательности ДНК. Готовят реакционную смесь, содержащую буферный раствор и образец С5-метилированной ДНК, добавляют к смеси диметилсульфоксид до конечной концентрации 15-25%, а затем MD-эндонуклеазу, смесь инкубируют в течение часа при 30-37°C с последующим анализом результата гидролиза ДНК методом гель-электрофореза, при этом в качестве MD-эндонуклеазы используют GlaI с концентрацией 4-8 е.а./мкл или PcsI с концентрацией 1-2 е.а./мкл. Изобретение позволяет повысить эффективность сайт-специфического гидролиза С5-метилированной последовательности ДНК. 3 з.п. ф-лы, 3 ил., 4 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии. Способ предусматривает приготовление реакционной смеси, содержащей буферный раствор и исследуемый образец ДНК. Добавляют к смеси ДНК-метилтрансферазу с активностью 2 е.а./мкл, модифицирующую цитозин в положении С5, выбранную из группы: Fsp4HI, НаеIII, HspAI, AluI, в зависимости от того, какой сайт необходимо расщепить, смесь инкубируют в течение часа, полученную С5-метилированную ДНК обрабатывают MD-эндонуклеазой ElmI с активностью 2 е.а./мкл или PkrI с активностью 2 е.а./мкл в зависимости от того, в какой позиции необходимо гидролизовать ДНК. С помощью данного способа можно осуществить исчерпывающий сайт-специфический гидролиз ДНК по шести- и восьминуклеотидным последовательностям, не расщепляемым традиционно используемыми эндонуклеазами рестрикции. 2 з.п. ф-лы, 3 ил., 6 пр.

Группа изобретений относится к области молекулярной биологии и может быть использована в молекулярно-генетической диагностике онкологических заболеваний. Способ предусматривает проведение биоинформационного анализа предшествующих публикаций о генах-онкомаркерах колоректального рака и отбор генов, метилирование сайтов PuCGPy регуляторных областей которых происходит с высокой частотой в ДНК клеток колоректального рака, с учетом возможности выявления метилирования гена на ранних стадиях заболевания и формирование панели из следующих генов-онкомаркеров колоректального рака: CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1. Затем проводят гидролиз высокоочищенной геномной ДНК из исследуемого биоматериала метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера с последующей амплификацией в реальном времени с использованием геномных праймеров и зондов, комплементарных последовательностям регуляторных областей генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 в исследуемой ДНК, и гибридных праймеров, 3'-концы которых комплементарны 5'-концам ДНК в заданных местах гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности. Заключение о наличии последовательности Pu(5mC)GPy (где 5mC - 5-метилцитозин, Pu - A или G, Py - T или C) в регуляторных областях генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 делают по появлению флуоресцентного сигнала. В качестве адаптерной последовательности используют универсальный олигонуклеотидный адаптер 5'-CCTGCTCTTTCATCG-3'/3'-p-GGACGAGAAAGTAGC-p-5'. Использование изобретений позволяет упростить и повысить точность определения метилирования сайтов PuCGPy. 2 н. и 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой штамм Plantibacter flavus 3Kz, депонированный в ВКПМ под регистрационным номером В-12248, являющийся продуцентом метилзависимой сайт-специфической эндонуклеазы PfsI, которая узнает и расщепляет обе цепи последовательности ДНК , перед центральным нуклеотидом N, с образованием однонуклеотидных 5′-выступающих концов, при наличии в данной последовательности не менее семи С5-метилированых цитозинов. Изобретение позволяет получить бактериальный штамм, продуцирующий метилзависимую сайт-специфическую эндонуклеазу PfsI с новой сайт-специфичностью. 2 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к фармацевтической промышленности, а именно к способу получения рекомбинантного штамма бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI) . Рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI) получают трансформацией клеток штамма Escherichia coli RR1 плазмидой pM.AgsI-106, продуцирующий ДНК-метилтрансферазу M.AgsI, узнающую нуклеотидную последовательность ДНК 5′-TTSAA-3′ и метилирующую внешний остаток аденина этой последовательности с образованием 5′-TTSA(m6A)-3′. Вышеописанный способ позволяет получить рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI), продуцирующий высокоактивную ДНК-метилтрансферазу заданной специфичности. 5 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Описан способ определения нуклеотидной последовательности (сайта) 5'-R(5mC)GY-3'/3'-YG(5mC)R-5' в заданном положении протяженной ДНК. Способ включает гидролиз высокоочищенной геномной ДНК метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера с последующей амплификацией в реальном времени с использованием геномного праймера и зонда, комплементарных исследуемой ДНК и гибридного праймера, 3' конец которого комплементарен 3' концу ДНК от заданного места гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности и составление заключения о наличии последовательности R(5mC)GY (где 5mC - 5-метилцитозин, R - А или G, Y - Τ или С) по появлению флуоресцентного сигнала. Адаптерная последовательность - 5'-CCTGCTCTTTCATCG-3'/3'-p-GGACGAGAAAGTAGC-p-5'. Способ проводят в единой реакционной смеси с добавлением состава компонентов, обеспечивающих восстанавление S-S связей в белках, стабилизирующих ферменты и являющихся донором метальных групп. Изобретение упрощает способ определения нуклеотидной последовательности R(5mC)GY в заданном положении протяженной ДНК, расширяет его функциональные возможности и сокращает время анализа. 2 з.п.ф-лы, 2 ил., 2 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Способ предусматривает картирование положений ряда метилированных нуклеотидных последовательностей Pu(5mC)GPy в протяженной ДНК для построения эпигенетического профиля и выявления аномально метилированных участков ДНК. Способ включает выделение высокоочищенной геномной ДНК, которую гидролизуют в реакционном буфере метилзависимой сайт-специфической эндонуклеазой GlaI в течение времени и при температуре, достаточных для полного гидролиза продукта с получением смеси фрагментов геномной ДНК. Выделяют указанную смесь фрагментов ДНК из раствора осаждением, а для дальнейшего анализа отбирают GlaI-фрагменты ДНК размером 150-500 п.н., наиболее оптимально подходящие для NGS-секвенирования. Определяют нуклеотидный состав концов образовавшихся коротких GlaI фрагментов геномной ДНК методами NGS-секвенирования, программно фильтруют полученные данные для исключения фрагментов с низким качеством чтения, с концами, неспецифичными для GlaI-фрагментов, и по признаку присутствия динуклеотида GPy на 5′-концах последовательностей и определяют положения в референсном геноме нуклеотидных последовательностей Pu(5mC)GPy отфильтрованных GlaI-фрагментов с использованием любого программного обеспечения класса «геномный ассемблер». Применение данного способа позволяет упростить, повысить надежность и достоверность способа определения позиций (картирования) большого числа метилированных сайтов PuCGPy в геноме. 4 з.п. ф-лы, 3 ил.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N41 (pBpuN4/MR), который получен путем трансформации штамма Escherichia coli ER2267 плазмидой pBpuN4/MR N41, полученной на основе плазмиды pUC19 и содержащей ген, кодирующий ДНК-метилтрансферазу M.BpuN4I, метилирующую один из цитозинов в положении С5 в последовательности 5'-GGNNCC-3', и ген рестриктазы BpuN4I. Настоящий рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N41 (pBpuN4/MR) является продуцентом сайт-специфической эндонуклеазы рестрикции BpuN4I, узнающей последовательность ДНК 5'-G^GNNCC-3'/3'-CCNNG^G-5' и расщепляющей обе её цепи после первого гуанина с образованием 5'-выступающих четырёхнуклеотидных липких концов. Настоящее изобретение позволяет получить рестриктазу заданной специфичности с высоким выходом. 3 ил., 4 пр.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложенный способ предусматривает получение образцов высокоочищенной ДНК, фрагментацию выделенной ДНК эндонуклеазой рестрикции, не имеющей сайта узнавания в амплифицируемом районе, гидролиз фрагментированной ДНК метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI или ее изошизомером, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера к гидролизованной ДНК с последующей амплификацией в реальном времени с использованием праймера и зонда, комплементарных исследуемой ДНК и гибридного праймера, 3' конец которого комплементарен не менее 3 нуклеотидам 3' конца ДНК у исследуемого места гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности, и составление заключения на основании флуоресцентного сигнала о наличии последовательности Pu(5mC)GPy. 3 з.п. ф-лы, 4 ил., 5 табл., 5 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой штамм бактерии Microbacterium testaceum 17В, депонированный под ВКПМ В-10628 во Всероссийской Коллекции Промышленных микроорганизмов ФГУП ГосНИИгенетика, являющийся продуцентом сайт-специфической эндонуклеазы MteI

Изобретение относится к области биотехнологии и генной инженерии и касается штамма бактерий Planomicrobium koreense 78k

Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в медицинской практике

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к штамму бактерий Arthrobacter oxydans 25K

Изобретение относится к биотехнологии и генной инженерии и касается штамма бактерий, продуцирующего новую сайт-специфическую эндонуклеазу KroI

Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано для сайт-специфического гидролиза ДНК, содержащей С5-метилцитозиновые основания

Изобретение относится к области биотехнологии

Изобретение относится к биотехнологии и генной инженерии

Изобретение относится к области биотехнологии и генной инженерии и может быть использовано для анализа ДНК

Изобретение относится к биотехнологии и генной инженерии и касается получения нового штамма, используемого для выделения новой эндонуклеазы рестрикции Gla I

Изобретение относится к биотехнологии и генной инженерии и касается получения нового штамма, используемого для выделения новой эндонуклеазы рестрикции BisI, которая может быть использована для выявления модифицированной ДНК

 


Наверх