Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с



Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с
Однонуклеотидные полиморфизмы для прогнозирования результатов лечения заражения вирусом гепатита с

 


Владельцы патента RU 2567663:

Ф. ХОФФМАНН-ЛЯ РОШ АГ (CH)

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа прогнозирования устойчивого вирусологического ответа у человеческого индивида, инфицированного вирусом гепатита С с генотипом 1, на лечение с помощью интерферона. Представленный способ включает предоставление образца от человеческого индивида, выявление наличия однонуклеотидного полиморфизма в хромосоме 4 и определениЕ того, что указанный индивид имеет высокую вероятность устойчивого вирусологического ответа на лечение интерфероном в случае, если указанный однонуклеотидный полиморфизм присутствует и выбран из группы, включающей G в rs10009948, G в rs10023606 и Т в rs7673763. Изобретение позволяет различать потенциальных пациентов, реагирующих и не проявляющих ответ на стандартное медицинское лечение. 1 з.п. ф-лы, 3 ил., 4 табл., 1 пр.

 

Настоящее изобретение относится к способам, применимым для прогнозирования реакции пациентов, инфицированных вирусом гепатита С (ВГС), на фармакологическое лечение.

ПРЕДПОСЫЛКИ СОЗДАНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Стандарт лечения хронического гепатита С представляет собой комбинацию пэгинтерферона и рибавирина.1 В целом доля устойчивого вирусологического ответа (УВО) при стандартном лечении составляет примерно 50%,2-4 хотя трудно предсказать, будет ли у конкретного пациента достигнут УВО.

Вероятность достижения УВО варьирует в зависимости от конкретной группы пациентов и вирусных факторов. Например, у более молодых пациентов, европейцев и азиатов, и у лиц без прогрессирующего фиброза печени, более вероятно излечение инфекции ВГС после лечения.5-8 Кроме того, пациенты, инфицированные вирусом гепатита С, имеющим генотип 2 или 3, а не генотип 1, и пациенты с низким базовым уровнем РНК ВГС в сыворотке крови имеют лучшие шансы излечения.2-4,6-8.

Более точное прогнозирование УВО в настоящее время возможно только после начала лечения. Вне зависимости от генотипа ВГС, индивиды, у которых происходит устранение РНК ВГС через 4 или 12 недель лечения, имеют гораздо более высокие шансы на достижение УВО, чем пациенты с устойчивой вирусемией.9 Ранний вирусологический ответ (РВО, отсутствие детектируемой РНК ВГС на 4 неделе) является значимым прогностическим параметром УВО и, наоборот, отсутствие раннего вирусологического ответа (РВО, снижение уровня РНК ВГС более чем на два 1од10 на 12 неделю) является значимым прогностическим параметром отсутствия ответа на лечение, вне зависимости от характера предварительного лечения.10

Возможность проспективно различать потенциальных пациентов, реагирующих и не проявляющих ответ на стандартное медицинское лечение, может иметь большое значение для лечения пациентов с хроническим гепатитом С. Решение о характере лечения может быть принято с учетом вероятности того, будет ли конкретный пациент реагировать на стандартное медицинское лечение. Например, у пациентов с низкой вероятностью достижения УВО при существующих стандартах лечения возможна задержка лечение до введения противовирусных препаратов прямого действия. Напротив, у пациентов с высокой вероятностью достижения УВО может быть предпочтительно незамедлительное начало терапии с известным режимом.

В дополнение к факторам организма-хозяина и вируса, генетическое разнообразие хозяина также влияет на реакцию на лечение с помощью стандартной схемы.11 Последние данные полногеномного анализа ассоциаций (англ. genome-wide association studies, GWAS) указывают на то, что одинонуклеотидный полиморфизм (ОНП, англ. single nucleotide polymorphism, SNP) в промоторной области гена IL-28b оказывает сильное влияние на вероятность УВО у пациентов, получавших терапию пэгинтерфероном вместе с рибавирином.12-14 Целью такого анализа было выявление ОНП, ассоциированных как с ранним вирусологическим ответом (РВО), так и с УВО в разнообразной когорте пациентов, включающей пациентов, не получавших лекарственной терапии, и пациентов, резистентных к предшествующему курсу терапии пэгинтерфероном альфа-2b (12 кДа) и рибавирином, которые получали монотерапию пэгинтерфероном альфа-2а (40 кДа) или комбинированную терапию либо с пэгинтерфероном альфа-2а (40 кДа) или обычным интерфероном вместе с рибавирином.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение основано на обнаружении ассоциации между несколькими генотипами ОНП на четвертой хромосоме человека и УВО у пациентов, получавших интерфероновую терапию. В одном варианте реализации настоящее изобретение обеспечивает способ прогнозирования устойчивого вирусологического ответа у человеческого индивида, инфицированного ВГС, на лечение интерфероном, способ, включающий, предоставление образцов от указанного индивида, выявление наличия однонуклеотидного полиморфизма в 4 хромосоме и установление того, что для указанного индивида характерна высокая вероятность устойчивого вирусологического ответа на лечение интерфероном, если присутствует указанный однонуклеотидный полиморфизм, при этом указанный одинонуклеотидный полиморфизм выбран из группы, включающей G в rs10009948, G в rs10023606 и Т в rs7673763.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ

Фигура 1. Результаты полногеномного анализа ассоциаций для (а) УВО, (b) РВО и (с) УВО после корректировки по rs12979860 на хромосоме в популяции с генотипом 1.

Фигура 2. График квантиль-квантиль распределения критериальной статистики для (а) УВО и (b) PBO. Серые кружки обозначают ожидаемые p-значения, синие кружки обозначают наблюдаемые p-значения.

Фигура 3. Неравновесное сцепление значимых ОНП (p<10-5), в области IL-28 в популяции европейцев с генотипом 1.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Определения

Для облегчения понимания настоящего изобретения ниже приведены определения ряда терминов. Термины, определенные в настоящей заявке, имеют значения, которые обычно понимает специалист в областях, связанных с настоящим изобретением. Не подразумевается, что такие термины, как «один, некоторый» и «конкретный» обозначают понятие только в единственном числе, но такие термины включают общий класс, в котором конкретный пример может быть использован для иллюстрации. В настоящей заявке термины применяются для описания конкретных вариантов реализации изобретения, но их применение не определяет границы настоящего изобретения, помимо тех, которые указаны в формуле настоящего изобретения.

Термин «ответ/реагирование» на лечение интерфероном обозначает желаемый ответ на введение агента. Вирусологические конечные показатели включают «ранний вирусологический ответ» (PBO), определяемый как ≥2-log падение уровня РНК вируса гепатита С в сыворотке крови, по сравнению с исходным уровнем на 12-ю неделю лечения (согласно тесту Cobas Amplicor HCV Monitor Test, v2.0, предел количественного обнаружения - 600 МЕ/мл), «полный PBO» (пРВО), определяемый как отсутствие детектируемой РНК вируса гепатита С в сыворотке крови (согласно тесту Cobas Amplicor HCV Test, v2.0, предел количественного обнаружения - 50 МЕ/мл) и «устойчивый вирусологический ответ» (УВО), определяемый как отсутствие детектируемой РНК вируса гепатита С (<50 МЕ/мл) в конце последующего 24-недельного периода без лечения.

Термины «образец» или «биологический образец» относятся к образцу ткани или жидкости, изолированной от индивида, включающему, но не ограниченному перечисленными, например, биоптат ткани, плазму, сыворотку, цельную кровь, спинномозговую жидкость, лимфатическую жидкость, наружные срезы кожи, дыхательных путей, кишечного пути и мочеполовых путей, слезы, слюну, молоко, клетки крови, опухоли, органы. Кроме того, в понятие данного термина входят образцы компонентов клеточных культур in vitro (включающие, но не ограниченные перечисленными, кондиционированную среду, полученную вследствие роста клеток в культуральной среде, предположительно инфицированные вирусом клетки, рекомбинантные клетки и клеточные компоненты).

Термины «интерферон» и «интерферон-альфа» используются в настоящей заявке взаимозаменяемо и относятся к семейству высоко гомологичных видоспецифичных белков, которые подавляют репликацию вируса и клеточную пролиферацию и модулируют иммунный ответ. Типичные интерфероны, которые можно применять в настоящем изобретении, включают, но не ограничены перечисленными, рекомбинантный интерферон альфа-2b, такой как интерферон Intron® А, доступный от Schering Corporation, Kenilworth, NJ, рекомбинантный интерферон альфа-2а, такой как Roferon®-A интерферон, доступный от Hoffmann-La Roche, Nutley, NJ, рекомбинантный интерферон альфа-2С, такой как Berofor® альфа-2-интерферон, доступный от Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc, Ridgefield, Коннектикут, интерферон альфа-n1, очищенную смесь из природных интерферонов-альфа, такую как Sumiferon®, доступный от Sumitomo, Япония или как Wellferon® интерферон альфа-n1 (INS), доступный от Glaxo-Wellcome Ltd, Лондон, Великобритания, или консенсусный интерферон альфа, такой как описанный в патентах США. №№4897471 и 4695623 (в частности, примеры 7, 8 или 9 в них) и конкретный продукт, доступный от Amgen, Inc., Newbury Park, Калифорния, или интерферон альфа-n3, смесь природных интерферонов-альфа, производимую Interferon Sciences и доступную от Purdue Frederick Co., Norwalk, Коннектикут, под торговой маркой Alferon. Применение интерферона альфа-2а и альфа-2b является предпочтительным. Интерфероны могут включать пэгилированные интерфероны, как указано ниже.

Термины «пэгилированный интерферон», «пэгилированный интерферон-альфа» и «пэгинтерферон» используются в настоящей заявке взаимозаменяемо и обозначают модифицированные с помощью полиэтиленгликоля конъюгаты интерферона-альфа, предпочтительно интерферона-альфа-2а и альфа-2b. Типичный подходящий пэгилированный интерферон-альфа включает, но не ограничен перечисленными, Pegasys® и Peg-Intron®.

Термин «рибавирин» относится к соединению, амиду 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-дигидрокси-5-дигидроксиметил-тетрагидрофуран-2-ил-1Н-[1,2,4]триазол-3-карбоновой кислоты, который представляет собой синтетический не интерферониндуцирующий нуклеозидный аналог с противовирусной активностью широкого спектра, и доступный под наименованиями Виразол® и Копегус®.

«Противовирусные препараты прямого действия» оказывают специфический противовирусный эффект независимо от иммунной функции. Примеры противовирусных препаратов прямого действия для лечения ВГС включают, но ограничены перечисленными, ингибиторы протеаз, ингибиторы полимераз, ингибиторы NS5A, ингибиторы IRES и ингибиторы геликазы.

В настоящее время рекомендуемая терапия первого ряда у пациентов с хроническим гепатитом С включает пэгилированный интерферон-альфа в сочетании с рибавирином в течение 48 недель у пациентов с вирусом генотипа 1 или 4 и в течение 24 недель у пациентов с вирусом генотипа 2 или 3. Комбинированная терапия с применением рибавирина оказалась более эффективной, чем монотерапия с помощью интерферона-альфа у пациентов, у которых наблюдался рецидив после одного или более курса терапии с помощью интерферона-альфа, а также у пациентов, ранее не получавших лечение. Тем не менее, рибавирин обладает значительными побочными эффектами, в том числе тератогенным и канцерогенным эффектами. Кроме того, рибавирин вызывает гемолитическую анемию, требующую снижения дозы или прекращения терапии рибавирином примерно у 10-20% пациентов, что может быть связано с накоплением трифосфата рибавирина в эритроцитах. Таким образом, для уменьшения стоимости лечения и уменьшения частоты побочных эффектов, желательно адаптировать лечение к более короткому сроку без ущерба для эффективности. Более короткая «продолжительность лечения» для пациентов с генотипом 1 с помощью пэгилированного интерферона-альфа и рибовирина, составляет, например, 24 недели. Более короткая продолжительность лечения для пациентов с генотипом 1 с помощью пэгилированного интерферона-альфа с рибавирином в комбинации с противовирусным агентом прямого действия может составить, например, 8 недель, 12 недель или 16 недель.

При использовании в настоящей заявке термин «аллель» и «аллельный вариант» относится к альтернативным формам гена, включая интроны, экзоны, интрон/экзон границы и 3' и/или 5'-нетранслируемые области, которые связаны с геном или его частью. Как правило, аллели расположены в одном и том же локусе или положении на гомологичных хромосомах. Если субъект имеет две одинаковых аллели гена, то его называют гомозиготным по гену или аллели. Если субъект имеет две различные аллели гена, то его называют гетерозиготным по гену. Аллели конкретного гена могут отличаться друг от друга по одному нуклеотиду или по нескольким нуклеотидам, и могут включать замены, делеции и вставки нуклеотидов.

При использовании в настоящей заявке термин «полиморфизм» относится к сосуществованию более чем одной формы нуклеиновой кислоты, включая экзоны и интроны или ее часть (например, аллельный вариант). Часть гена, для которой существует по меньшей мере две различные формы, т.е. две различных нуклеотидных последовательности, называют полиморфной областью гена. Полиморфные области может представлять собой один нуклеотид, то есть «одинонуклеотидный полиморфизм» или «ОНП», идентичность которого различна в различных аллелях. Полиморфная область также может представлять собой несколько нуклеотидов.

Многочисленные способы выявления полиморфизмов известны в данной области, и их можно применять в связи с настоящим изобретением. Как правило, они включают в себя выявление одной или более мутации в исходной последовательности нуклеиновых кислот либо непосредственно (например, путем гибридизации) или опосредованно (выявление изменений по вторичной молекуле, например, по последовательности белка или связывающей способности белка).

Один из известных способов обнаружения полиморфных аллелей представляет собой аллель-специфичную гибридизацию с применением зондов, перекрывающих мутацию или полиморфный сайт, и включающих около 5, 10, 20, 25 или 30 нуклеотидов вокруг мутации или полиморфной области. Для применения в наборе для пользователя может быть предусмотрено, например, несколько зондов, способных к гибридизации специфично с аллельными вариантами, такими как однонуклеотидные полиморфизмы, или такие зонды даже могут быть прикреплены к твердофазному носителю, например, бусине или чипу.

Однонуклеотидный полиморфизм «rs12979860» относится к ОНП, идентифицированному по его номеру в базе данных ОНП (dbSNP, www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/), и он находится на хромосоме 19 человека в промоторной области гена IL28b.

Результаты такого анализа данных из двух крупных мультинациональных исследований (описанных в разделе Примеры) подтверждают и расширяют значимые ассоциации между ОНП в области IL-28 и УВО после лечения пэгинтерфероном и рибавирином, которые были впервые описаны Ге с соавторами.12 В настоящем анализе, верхний (первостепенный) ОНП (rs1297980) был ассоциирован как с РВО (р=5.0×10-26), так и с УВО (р=1.4×10-21). Включение пациентов, достигших УВО после лечения не только с помощью пэгинтерферона альфа-2а (40 кДа) и рибавирина, но и с помощью монотерапии с пэгинтерфероном альфа-2а (40 кДа) и комбинации стандартного лечения с помощью интерферона и рибавирина, а также хорошая согласованность с родословной большой подгруппы пациентов, не проявляющих ответ на лечение, являются уникальными достоинствами данного исследования.

Настоящее исследование позволяет выдвинуть несколько уникальных предположений. Во-первых, мы полагаем, что эффект rs12979860, наиболее вероятно, проявляется в действии на РВО, а не УВО. Ассоциация с РВО, но не с УВО, был отмечена у пациентов ранее не проявлявших ответ на терапию, и у пациентов, получавших монотерапию с помощью пэгинтерферона альфа-2а (40 кДа) или стандартную терапию с помощью интерферона и рибавирина. Мы объясняем это тем, что механизм, посредством которого действует данный ОНП, ассоциирован с быстрым снижением на первой фазе уровня РНК ВГС в сыворотке крови, но не с медленным снижением на второй фазе или обновлением гепатоцитов. Снижение РНК ВГС на первой фазе представляет собой хорошо охарактеризованное явление, которое происходит вскоре после начала терапии с интерфероном, и было предложено рассматривать такое снижение как показатель чувствительности конкретного пациента к интерферону.19

Кроме того, особый чип, используемый в данном исследовании, позволил нам оценить значимость серии ОНП, в дополнение к rs12979860, все из которых были определены в предыдущих исследованиях.12-14, 20, 21 Хотя некоторые высоко значимые маркеры были выявлены в области IL28b, ни один из них не был значимо ассоциирован с УВО после корректировки на rs1297980. Только один ОНП (rs8099917) был статистически значимо ассоциирован с РВО после корректировки на rs12979860, однако ассоциация была таковой, что не рассматривалась как значимая после поправки на множественные сравнения.

Кроме того, с поправкой на rs12979860 мы смогли начать изучение потенциальных ген-генных взаимодействий, которые могут оказывать влияние на вероятность достижения вирусологического ответа. Как отмечалось выше, ни один из Других высоко значимых ОНП в области IL28b, выявленных в первичном анализе, не сохранялся после такого процесса, однако, был выявлен ряд ранее не охарактеризованных ОНП, расположен на хромосоме 4.

Согласующиеся результаты, полученные в нескольких ретроспективных исследованиях12-14, 20-23, включая эту работу, позволяют нам с уверенностью сказать, что ОНП в промоторной области IL28b высоко ассоциирован с результатом лечения с помощью интерфероновой терапии. Было высказано предположение, что изменения в одном из нескольких промоторов в этой области изменяют экспрессию интерферона лямбда в печени. Интерферон лямбда представляет собой интерферон III типа, который запускает сигнальный путь, который перекрывается с сигнальным путем Jak/Stat интерферонов I типа (в том числе интерферона-альфа).24-26 Мы предполагаем, что у пациентов с «пермиссивным» ОНП инфекция ВГС вызывает локальную продукцию интерферонов, в том числе интерферонов III типа (например, IL28). Это приводит к интерферон-индуцированной экспрессии генов в печени. Это предположение согласуется с ранее полученными данными о том, что у пациентов, не реагирующих на интерфероновую терапию, увеличена экспрессия интерферон-стимулированных генов (ИСГ) в печени перед началом терапии, и эти гены находятся в кажущемся «предактивированном» состоянии.27 Эта кажущаяся парадоксальная связь между уровнем эндогенной индукции ИСГ и последующей реакцией на интерфероновую терапию не была четко объяснена. Некоторые исследователи предполагают, что некоторые из нижележащих эффектов индукции ИСГ по пути, схожим с протеинкиназой PKR, могут подавлять выработку эндогенного белка через фосфорилирование эукариотического фактора инициации 2 альфа (elF2a), в результате чего гепатоциты, будучи невосприимчивы к дальнейшей стимуляции экзогенным интерфероном, не в состоянии более ослаблять продукцию белка.28 РНК ВГС транслируется через внутренний входной сайт рибосомы и частично является elF2a-независимой. Таким образом, репликация РНК ВГС и сборка новых вирионов может продолжаться без ослабления, несмотря на «предактивированное» состояние.28 Эта гипотеза объясняет, почему генотип GWAS с недостаточным ответом связан с более низкой вирусной нагрузкой, чем генотип, в большей степени поддающийся лечению в нашем исследовании, несмотря на предыдущие исследования, на основании которых предполагают, что увеличение исходного уровня вирусной нагрузки является показателем неэффективного лечения.6 Эндогенная продукция интерферона частично снижает вирусную репликацию, но одновременно ослабляет синтез белка в клетках-хозяевах у таких пациентов. Может существовать пороговый уровень, при превышении которого клетки-хозяева не могут более снижать продукцию белка или увеличивать стимуляции ИСГ. Таким образом, экзогенный интерферон не может увеличить ответ в клетках-хозяевах. Как это ни парадоксально, введение экзогенного пэгилированного интерферона, однако, может «спасти» пациентов, которые менее чувствительны к эндогенному интерферону. Генетический полиморфизм может играть определенную роль в экспрессии ИСГ. Это позволяет нам предположить, что в конечном итоге будет возможно селективно воздействовать на интерфероновый путь для получения более благоприятного профиля ИСГ, обуславливающего устранение ВГС.

Более затруднительно объяснить возможный механизм, посредством которого ОНП в хромосоме 4 ассоциирован с УВО, хотя не с РВО. Согласно самому простому объяснению, в этой области может находиться ген, который вовлечен в процесс, который ассоциирован исключительно с УВО, такой как обновление гепатоцитов. Дополнительные взаимодействия между генами хозяина или генами вируса и хозяина могут быть вовлечены в механизм, посредством которого оба локуса проявляют свое действие, и они требуют тщательной дальнейшей оценки.

Открытие локуса восприимчивости к интерфероновому лечению в области IL28b имеет значение для терапии с помощью существующих стандартов лечения, т.е. терапии с помощью пэгинтерферона с рибавирином. В ближайшем будущем, будет возможно предвидеть, что у некоторых пациентов генотип IL28b будет определен до начала терапии, и что пациентов будут стратифицировать не только на основании генотипа ВГС, как рекомендуется в настоящее время1, но также и на основании генотипов самих пациентов. В отличие от существующей парадигмы лечения, начальная схема лечения будет основана как на генотипе вируса, так и генотипе человека. Предполагаемую роль рибавирина в этой связи будет необходимо определить в проспективных исследованиях.

Это открытие также имеет последствия для существующих программ разработки противовирусных препаратов прямого действия для лечения ВГС. Противовирусные препараты прямого действия оказывают специфические противовирусные эффекты независимо от иммунной функции, но считается, что по меньшей мере некоторые классы разрабатываемых лекарств могут использовать аддитивное (если не синергическое) иммуномодулирующее действие.

Действительно, вполне вероятно, что интерфероновая терапия остается основой лечения, поскольку она необходима для предотвращения появления устойчивых ВГС.29 РНК вируса гепатита С кодирует специфические белки, которые могут препятствовать индукции интерферона I типа. Например, протеаза NS3-4A ВГС блокирует индуцированную дцРНК продукцию интерферона, препятствуя фосфорилированию интерферон-регулирующего фактора-3 (IRF-3).30 Таким образом, протеаза NS3-4A является двойной терапевтической мишенью, ингибирование которой может блокировать вирусную репликацию и восстанавливать контроль со стороны IRF-3 репликации РНК ВГС. Ингибиторы протеазы, такие как телапревир, которые обладают надежными противовирусными эффектами при введении в сочетании со вторым низкомолекулярным соединением или стандартной медицинской терапии, а также ингибируют функции протеазы, посредством которых ВГС ухудшает ответ хозяина на интерферон. Важным является наблюдение того, являются ли результаты лечения схожими, при комбинировании противовирусных препаратов прямого действия с пэгинтерфероном и рибавирином у пациентов с интерфероном-резистентным и интерферон-восприимчивым фенотипами IL28b. Возможно, что интерферон-резистентные пациенты будут реагировать на тройную терапию (противовирусное средство прямого действия плюс пэгинтерферон плюс рибавирин) также, как если бы они получали монотерапию с помощью противовирусного препарата прямого действия в отдельности. Если это так, то пациенты с интерферон-резистентным фенотипом IL28b могут быть гораздо более восприимчивыми к выбору мутаций устойчивости во время лечения с помощью таких лекарств, как телапревир.31 Эти возможности предлагают сценарий, в которых для пациентов с интерферон-восприимчивыми ОНП (rs12979860) можно применять сокращенную схему лечения с помощью пэгинтерферона и рибавирина, а пациентам с интерферон-резистентным генотипом может подойти более продолжительное лечение и/или более интенсивная схема лечения. Кроме того, безинтерфероновое комбинированное лечение с помощью противовирусных средств прямого действия может быть более подходящим для пациентов с интерферон-резистентным генотипом.

Наш уникальный набор данных, включающих учет клинических испытаний терапии пэгинтерфероном альфа-2а с рибавирином для пациентов, которые были ранее нечувствительны к стандартному режиму лечения с помощью пэгилированного интерферона, выявил корреляцию ОНП rs12979860 с РВО, но не с УВО. Иными словами, данный ОНП определяет восприимчивость пациента к интерферону, но не конечный ответ на терапию, и таким образом помогает выявить пациентов с вероятным или маловероятным достижением УВО на основании характерной для них вероятности достижения РВО. Маловероятно, что данный ОНП предсказывает УВО независимо от РВО. Это имеет огромное значение для применения противовирусных препаратов прямого действия вместе с интерфероном.

Применение базовых генетических прогностических показателей восприимчивости к интерферону позволяет адаптировать для каждого конкретного пациента терапию с помощью противовирусного препарата прямого действия, а также стандартную интерфероновую терапию. Пациентам, которые определены как слабо восприимчивые к интерферону, т.е. с двумя аллелями Т в rs12979860, может плохо подходить терапия с помощью низкомолекулярных соединений, действие которых основано на аддитивном или синергетическом эффекте на сигнальные пути, опосредованные эндогенным или экзогенным интерфероном, особенно, если они предоставляются в качестве монотерапии в дополнение к стандартной терапии. Проблема может состоять в том, что у таких пациентов может быть повышенный риск появления мутаций лекарственной устойчивости в результате эффективной монотерапии.

Наоборот, пациентам с фенотипом восприимчивости к интерферону, то есть имеющие две аллели С в rs12979860, хорошо подходят более короткие курсы стандартной терапии в отдельности или в сочетании с низкомолекулярными соединениями. Кроме того, что генетическая предрасположенность к восприимчивости к интерфероновому лечению позволяет «настраивать» комбинирование противовирусных препаратов прямого действия. Пациентам, для которых предсказано наличие приемлемой восприимчивости к эндогенному интерферону, могут хорошо подходить препараты, направленно воздействующие на вирусных функции, такие как ингибиторы протеаз, которые также оказывают ингибирующий эффект на ответ на эндогенный интерферон, и для них не очень эффективными оказываются препараты, которые уменьшают количество вирусного ПАМП (патоген-ассоциированного молекулярного паттерна, например, ингибиторы полимеразы), поскольку они могут ухудшать у способность пациента к собственному излечению через восприимчивость к его эндогенному интерферону. Кроме того, пациентам, для которых предсказана слабая восприимчивость к интерферону, может в большей степени подойти «четверная» терапия в качестве терапии первой линии (2 противовирусных препарата прямого действия в добавление к пэгинтерферону с рибавирином), по сравнению с противовирусным средством прямого действия в отдельности, или тройная терапия (стандартная терапия с одним противовирусным средством прямого действия).

ПРИМЕРЫ

Способы

Сбор образцов от пациентов и вирусологические конечные показатели

Были проанализированы образцы из подгруппы пациентов с хроническим гепатитом С, вовлеченных в 2 крупномасштабных рандомизированных многонациональных клинических испытания III фазы.3, 15 В одном исследовании пациентов, ранее не получавших лечение интерфероном, рандомизировали через 48 недель лечения с помощью пэгинтерферона альфа-2а (40 кДа) в отдельности или в комбинации с рибавирином или стандартным интерфероном альфа-2b вместе с рибавирином.3 Только пациентов, нечувствительных к предыдущим 12-недельному курсу лечения с помощью пэгинтерферона альфа-2b (12 кДа) вместе с рибавирином, допускали ко второму клиническому испытанию, в котором рандомизировали пациентов либо через 48 или через 72 недели лечения либо с помощью стандартного, либо с помощью индукционного режима дозирования пэгинтерферона альфа-2а (40 кДа) (все пациенты получали стандартную дозу рибавирина).15 План клинического исследования, критерии включения и исключения, а также первичные результаты этих исследований опубликованы в других источниках.3, 15

Образцы крови, собранные от пациентов, которые согласились принять участие в генетических исследованиях, депонированы в репозитории клинических образцов Roche. ДНК выделяли из образцов, депонированных в репозитории Roche, и нормализовали до 50 нг/мкл. На начальном этапе качество образцов проверяли с помощью анализа TaqMan, специфичного в отношении Y-хромосомы (Y-chromosome specific TaqMan Assay, Applied Biosystems, Foster City, CA) для оценки как качества ДНК и гендерного соответствия клиническим данным.

Вирусологические конечные показатели включали ранний вирусологический ответ (РВО), определяемый как отсутствие детектируемой РНК ВГС в сыворотке крови (согласно тесту Cobas Amplicor HCV Monitor Test, v2.0, предел количественного обнаружения - 50 МЕ/мл) или ≥2-log падение уровня РНК ВГС в сыворотке крови, по сравнению с исходным уровнем на 12-й недели лечения (согласно тесту Cobas Amplicor HCV Monitor Test, v2.0, предел количественного обнаружения - 600 МЕ/мл) и устойчивый вирусологический ответ (УВО), определяемый как отсутствие детектируемой РНК ВГС (<50 МЕ/мл) в конце последующего 24-недельного периода без лечения.

При исследовании УВО с помощью анализа GWAS, группа пациентов, демонстрирующих ответ, состояла из всех пациентов с генотипом-1 с УВО из популяции пациентов, ранее не получавших лечение интерфероном. Группа пациентов, не демонстрировавших ответ, состояла из 1) пациентов с генотипом-1, не проявляющих УВО, из исследуемой популяции пациентов, повторно получающих лечение с помощью пэгилированного интерферона, 2) пациентов с генотипом-1, не проявляющих УВО, из популяции пациентов, ранее не получавших интерфероновую терапию, получающих лечение с помощью пэгилированного интерферона с рибавирином.

Все пациенты, проявляющие ответ на лечение, из популяции исследуемых пациентов, повторно получающих лечение с помощью пэгилированного интерферона, были исключены из анализа.

При исследовании РВО с помощью анализа GWAS, группа пациентов с РВО включала всех пациентов с генотипом-1 пациентам с РВО из популяции пациентов, ранее не получавших лечение интерфероном. Группа пациентов, не проявляющих РВО, состояла из 1) всех пациентов из популяции пациентов, повторно получающих лечение с помощью пэгилированного интерферона и 2) пациентов с генотипом 1, не проявляющих РВО, получающих лечение с помощью пэгилированного интерферона вместе с рибавирином из популяции пациентов, ранее не получавших лечение.

Дополнительные исследования были проведены для ОНП в области IL28b среди европейцев с генотипом 1, самостоятельно проводивших оценку своего состояния, отдельно в каждом клиническом испытании (более подробную информацию см. в разделе Результаты).

Анализ генотипических данных

Образцы генотипировали по 1016423 маркерам с помощью Illumina Infinium® HD Assay Super с использованием чипов HumanOmni1 Quad (v1.0) и сканера Iscan. Первоначальный контроль качества проводили для обнуленных ОНП на несовпадающие сигналы среди повторных образцов, на избыточную гетерозиготность, низкий уровень сигнала (<0,95), кластеризованное распределение, показатель GenTrain, интенсивность и ширину кластера. В общей сложности 25 образцов не прошли первоначальную проверку качества или последующие попытки генотипирования. После контроля качества были получены 1002139 ОНП с генотипическими сигналами. Число ОНП на хромосому, распределение частот аллелей и равновесие Харди-Вайнберга рассчитывали популяции европейцев, самостоятельно проводивших оценку своего состояния.

Статистический анализ

Ассоциации между вирусологическим ответом (РВО или УВО) и базовыми переменными (возраст, индекс массы тела [ИМТ], уровень РНК ВГС и уровень АЛТ, вводимыми как непрерывные переменные, и пол, генотип, гистологический диагноз [наличие или отсутствие цирроза печени] и раса, вводимыми как качественные переменные) оценивали в одномерной регрессионной логистической модели.

Логистическую регрессию (PROC LOGISTIC, SAS v9.2) использовали для проверки связи между отдельными ОНП и наличием/отсутствием ответа после корректировки с учетом базового ИМК, пола, возраста, вирусной нагрузки, уровня АЛТ, а также компонентов анализа главных компонентов (АГК).

Анализ родословной основан на АГК, как было предложено Перселлом с соавторами (Purcell et al.)16 с использованием набора данных родословных, созданных с помощью с помощью общей популяции («pgt»). Общая популяция была дополнена образцами из базы образцов основателей НарМар III фазы от 11 этнически различных групп пациентов и проанализирована с помощью SAS JMP Genomics (SAS Institute Inc., Сагу, NC, USA). Компоненты АГК сравнивали с учетом отклоняющихся вариантов и без них. Отклоняющиеся варианты определяли как индивидов, чья родословная характеризовалась по меньшей мере 6 стандартными отклонения от среднего значения на одну из верхних десяти выведенных осей вариации.

ОНП, которые локализовались в Х и Y хромосомах или в митохондриальной ДНК, были удалены, вместе с теми ОНП, которые не были генотипированы с помощью образцов НарМар III фазы (версия номер 27), или локализовались в регионах с известным высоким неравновесным сцеплением (Chr5, 44-51.5Mb; Chr6, 24-ЗбМЬ; Chr8, 8-12Mb; Chr11, 42-58Mb; Chr17, 40-43Mb). Оставшиеся ОНП были разрежены с использованием PLINK16 с размером окна, равным 1000, r2<0.25 и сдвигом окна, равным 100.

Ассоциацию между вирусологическим ответом (РВО и УВО) и отдельными ОНП анализировали с помощью логистического регрессионного анализа. Делали корректировки с учетом базовых характеристик (ИМТ, пол, возраст, базовый уровень РНК ВГС, уровень АЛТ и компонентов АГК). Статистическую значимость оценивали с помощью критерия отношения правдоподобия (КОП).

Нулевую модель определяли следующим образом:

Вирусологический ответ = ИМТ + пол + возраст + уровень РНК ВГС + АЛТ + компоненты АГК.

В нулевой модели генетический эффект ОНП считался равным нулю.

Альтернативную модель определяли как:

Вирусологический ответ = ИМТ + пол + возраст + уровень РНК ВГС + АЛТ + компоненты АГК + ОНП

Оценки максимального правдоподобия для каждой альтернативной модели (т.е. с учетом ОНП) сравнивали с соответствующей нулевой моделью (т.е. без учета ОНП) с помощью КОП, имеющим распределение хи-квадрат и число степеней свободы, равное числу различных параметров. ОНП вводили в модель в виде непрерывных переменных (0, 1, 2). Компоненты АГК представляли собой пять верхних компонентов в анализе популяций. Схожие модели применяли при анализе популяции европейцев с самостоятельной оценкой состояния и в популяции с генотипом, отличным от генотипа.

Неравновесие по сцеплению (НС) рассчитывали среди значимых ОНП (p<10-5) в области IL-28 в популяции европейцев «pgt». График НС г2 был создан в программе Haploview v4.1,17 при этом блоки НС выводили методом Габриэля и соавторов (Gabriel et al.)18

Результаты

Были доступны образцы для в общей сложности 406 пациентов, ранее не получавших лечение, и 426 пациентов, которые не проявляли ответа на предшествующий курс лечения с помощью пэгинтерфероном альфа-2b (12 кДа). Анализ РВО был основан на данных от 800 пациентов, в том числе 363 пациентов (45%), которые достигли РВО, и 437 пациентов (55%), которые не достигли РВО. Анализ УВО был основан на данных от 663 пациентов, в том числе 245 пациентов (37%), которые достигли УВО, и 418 (63%) пациентов, которые не достигли УВО. Базовые характеристики пациентов, включенных в анализ РВО и УВО, приведены в Таблице 1.

Одномерные модели логистической регрессии исходных факторов показали, что генотип ВГС (р=1.50×10-25), возраст (5.80×10-18), уровень АЛТ (р=7.50×10-10), раса (=9.20×10-7), ИМТ (р=4.70×10-5) и гистологический диагноз (р=1.30×10-5) значимо ассоциированы связаны с РВО, и генотип ВГС (р=4.30×10-27), возраст (р=5.50×10-18), уровень АЛТ (р=2.10×10-8), раса (р=2.10×10-8), гистологический диагноз (р=5.40×10-7), ИМТ (р=7.20×10-6) и уровень РНК ВГС (р=0.0022) значимо ассоциированы с УВО. Следует отметить, что пол не показал значимой ассоциации ни с РВО, ни с УВО и уровень РНК ВГС значимо не был ассоциирован с УВО.

Результаты GWAS в общей популяции пациентов с генотипом 1

В общей сложности 4 образца, в которых был проанализирован генотип, исключены из-за высоких коэффициентов родства (указывающих на высокую степень родства). Анализ данных от пациентов с генотипом 1, в том числе 627 пациентов с известным статусом РВО (215 пациентов, проявляющих ответ [34,3%], и 412 пациентов, не проявляющих ответ [65,7%]) и 516 пациентов с известным статусом УВО (128 проявляющих ответ [24,8%] и 388 пациентов, не проявляющих ответ [75,2%]).

Результаты полногеномного анализа ассоциаций для УВО и РВО представлены согласно хромосомам на Фигуре 1. Ряд высокозначимых p-значений был определен в области IL-28 на хромосоме 19. Графики квантиль-квантиль показывают, что ожидаемые и наблюдаемые p-значения соответствуют в значительной степени за исключением нескольких больших отклонениям, значениям, ассоциированным с хромосомой 19 (Фигура 2).

Логистический регрессионный анализ для УВО и РВО выявил 12 и 19 ОНП, соответственно, с p<10-5 (Таблица 2).

Верхние 6 ОНП, ассоциированные с УВО и РВО, соответственно, были идентичны и она попадают в область IL-28 на хромосоме 19. Два самых верхних ОНП для УВО и РВО представляли собой rs12979860 ((р=1.4×10-21 и р=5.0×10-26, соответственно) и rs12980275 (р=5.8×10-18 и р=4.9×10-23 соответственно). Среди оставшихся шесть ОНП, ассоциированных с УВО (Таблица 2), ни один не был ассоциирован с РВО, ни один не был локализован на хромосоме 19 и четыре (rs943897, rs17671102, rs4961441 и rs1892723) могли представлять собой ложные ассоциации из-за малого количества наблюдений в редких гомозиготных классах (ВВ <10 человек). Из оставшихся 13 ОНП, связанных с РВО (Таблица 2), ни один не был ассоциирован с УВО, только один (rs4803223) был локализован на хромосоме 19, и два (rs1189800 и rs4975629) могли представлять собой ложные ассоциации.

Данные логистического регрессионного анализа всех ОНП с p<10-5 для любой модели УВО и РВО приведены в Таблице 3 для популяции в целом и для подгруппы европейце, проводивших самостоятельную оценку. Когда анализ повторяли после корректировки на эффект rs12979860, ни один из маркеров не проявлял значимой ассоциации с УВО и только один маркер был значимо ассоциирован с РВО (rs8099917, p=0.0130).

Данные последующего исследования неравновесия по сцеплению среди ОНП в области IL-28, представленные в Таблице 3, указывают на один кластер с высокой степенью неравновесности по сцеплению (между rs12979860 и rs12980275, r2=0.98) и второй кластер ОНП ниже, включающий rs12980275, rs12979860, rs8109886 и rs8099917 (Фигура 3).

Результаты полногеномного анализа УВО после корректировки на rs12979860 показаны на Фигуре 1c. Результаты логистического регрессионного анализа для УВО после корректировки на rs12979860 и включение дополнительных пациентов, не проявляющих ответ, позволили выявить дополнительные 10 ОНП с p<10-5 (Таблица 4). Интересно, что три из пяти наиболее значимых ОНП (rs10009948, rs10023606 и rs7673763) локализованы на хромосоме 4. Любопытно, что они ассоциированы исключительно с УВО, но не с РВО.

Диагностический анализ rs12979860 в популяции европейцев, осуществлявших самостоятельную оценку

Для того, чтобы лучше охарактеризовать и понять ассоциацию между IL28B, сначала была изучена ассоциация между rs12979860 в популяции европейцев, осуществлявших самостоятельную оценку, с генотипом, отличном от генотипа 1. С помощью такой же модели логистической регрессии, как в GWAS, видны пограничные значимые ассоциации между УВО и количеством аллели rs12979860 (ОШ=2.27, 95% ДИ [1.12; 4.70], р=0.02), при 5% номинальной ошибке 1 типа. Кроме того, показана значимая ассоциация между РВО и количеством аллели rs12979860 (ОШ=2,27, 95% ДИ [1,12; 4,70], р=0,02).

Кроме того, мы также описали ассоциацию между rs12979860 в двух исследованиях в отдельности. В популяции пациентов, ранее не получавших лечение, выявлена ассоциация между РВО и аллелью rs12979860 C с ОШ около 5 (OR=4,98 при 95% ДИ [2,35; 10,53], p=2.6×10-5). Ассоциация выявляется неизменно в трех группах пациентов.

В популяции пациентов, которые не реагировали на терапию с помощью пэгилированного интерферона, не было обнаружено ассоциации с устойчивым вирусологическим ответом. Однако ассоциация с rs12979860 сохранялась при сравнении пациентов с РВО (N=185) и пациентов, не проявляющих РВО (N=154) (ОШ=1,91 [1,22; 2,96], р=0,003). Ассоциация не зависела от базовой вирусной нагрузки, пола, возраста, лечения и уровня АЛТ.

Все композиции и/или способы, описанные и заявленные в настоящем изобретении, могут быть осуществлены и выполнены без излишних экспериментов в свете настоящего описания. Хотя композиции и способы настоящего изобретения описаны в соответствии с предпочтительными вариантами, как очевидно специалисту в данной области, возможны изменения в отношении композиций и/или способов и в отношении этапов или последовательности этапов способа, описанных в настоящей заявке, не выходящие за рамки идеи, сущности и объема настоящего изобретения. Все такие подобные изменения и модификации, очевидные для специалистов в данной области, находятся в пределах объема, сущности и идеи изобретения, которые определены прилагаемой формулой настоящего изобретения.

Цитируемая литература

1. Ghany MG, Strader DB, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C: An update. Hepatology 2009;49:1335-1374.

2. Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC, Rustgi VK, Shiffman M, Reindollar R, Goodman ZD, Koury K, Ling M, Albrecht JK. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial. Lancet 2001;358:958-965.

3. Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Lin A, Hoffman J, Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N Engl J Med 2002;347:975-982.

4. Hadziyannis SJ, Sette H, Jr., Morgan TR, Balan V, Diago M, Marcellin P, Ramadori G, Bodenheimer H, Jr., Bernstein D, Rizzetto M, Zeuzem S, Pockros PJ, Lin A, Ackrill AM. Peginterferon-alpha2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. Ann Intern Med 2004;140:346-355.

5. Conjeevaram MS, Fried MW, Jeffers LJ, Terrault NA, Wiley-Lucas ТЕ, Afdhal N, Brown RS, Belle SH, Hoofnagle JH, Kleiner DE, Howell CD. Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Gastroenterology 2006;131:470-477.

6. Dienstag JL, McHutchison JG. American Gastroenterological Association technical review on the management of hepatitis C. Gastroenterology 2006;130:231-264.

7. Missiha S, Heathcote J, Arenovich T, Khan K. Impact of asian race on response to combination therapy with peginterferon alfa-2a and ribavirin in chronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 2007;102:2181-2188.

8. Reddy KR, Messinger D, Popescu M, Hadziyannis SJ. Peginterferon alpha-2a (40 RDa) and ribavirin: comparable rates of sustained virological response in sub-sets of older and younger HCV genotype 1 patients. J Viral Hepat 2009;16:724-731.

9. Ferenci P, Fried MW, Shiffman ML, Smith Cl, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis С patients treated with peginterferon alfa-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 2005;43:425-433.

10. Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis C treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009;14:501-511.

11. Asselah T, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 2009;58:846-858.

12. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature 2009;461:399-401.

13. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahio M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009;41:1100-1104.

14. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K, Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 2009;41:1105-1109.

15. Jensen DM, Marcellin P, Freilich B, Andreone P, Di BA, Brandao-Mello CE, Reddy KR, Craxi A, Martin АО, Teuber G, Messinger D, Thommes JA, Tietz A. Re-treatment of patients with chronic hepatitis C who do not respond to peginterferon-alpha2b: a randomized trial. Ann Intern Med 2009;150:528-540.

16. Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MA, Bender D, Maller J, Sklar P, de Bakker PI, Daly MJ, Sham PC. PUNK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. Am J Hum Genet 2007;81:559-575.

17. Barrett JC, Fry B, Maller J, Daly MJ. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics 2005;21:263-265.

18. Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H, Moore JM, Roy J, Blumenstiel B, Higgins J, Defelice M, Lochner A, Faggart M, Liu-Cordero SN, Rotimi C, Adeyemo A, Cooper R, Ward R, Lander ES, Daly MJ, Altshuler D. The structure of haplotype blocks in the human genome. Science 2002;296:2225-2229.

19. Neumann AU, Lam NP, Dahari H, Gretch DR, Wiley ТЕ, Layden TJ, Perelson AS. Hepatitis С viral dynamics in vivo and the antiviral efficacy of interferon-alpha therapy. Science 1998;282:103-107.

20. Thomas DL, Thio CL, Martin MP, Qi Y, Ge D, O'huigin C, Kidd J, Kidd K, Khakoo SI, Alexander G, Goedert JJ, Kirk GD, Donfield SM, Rosen HR, Tobler LH, Busch MP, McHutchison JG, Goldstein DB, Carrington M. Genetic variation in IL28B and spontaneous clearance of hepatitis C virus. Nature 2009;461:798-801.

21. Rauch A, Kutalik Z, Descombes P, Cai T, Di IJ, Mueller T, Bochud M, Battegay M, Bernasconi E, Borovicka J, Colombo S, CernyA, Dufour JF, Furrer H, Gunthard HF, Heim M, Hirschel B, Malinverni R, Moradpour D, Mullhaupt B, Witteck A, Beckmann JS, Berg T, Bergmann S, Negro F, Telenti A, Bochud PY. Genetic Variation in IL28B Is Associated With Chronic Hepatitis C and Treatment Failure: A Genome-wide Association Study. Gastroenterology 2010.

22. McCarthy JJ, Li JH, Thompson A, Suchindran S, Lao XQ, Patel K, Tillmann HL, Muir AJ, McHutchison JG. Replicated association between an interleukin-28B gene variant and a sustained response to pegylated interferon and ribavirin [manuscript in press]. Gastroenterology 2010.

23. Montes-Cano M, et al. IL28B genetic variants and hepatitis virus infection by different viral genotypes [manuscript in press]. Hepatology 2010.

24. Marcello T, Grakoui A, Barba-Spaeth G, Machlin ES, Kotenko SV, MacDonald MR, Rice CM. Interferons alpha and lambda inhibit hepatitis C virus replication with distinct signal transduction and gene regulation kinetics. Gastroenterology 2006;131:1887-1898.

25. Robek MD, Boyd BS, Chisari FV. Lambda interferon inhibits hepatitis B and C virus replication. J Virol 2005;79:3851-3854.

26. Siren J, Pirhonen J, Julkunen I, Matikainen S. IFN-alpha regulates TLR-dependent gene expression of IFN-alpha, IFN-beta, IL-28, and IL-29. J Immunol 2005;174:1932-1937.

27. Asselah T, Bieche I, Narguet S, Sabbagh A, Laurendeau I, Ripault MP, Boyer N, Martinot-Peignoux M, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Liver gene expression signature to predict response to pegylated interferon plus ribavirin combination therapy in patients with chronic hepatitis C. Gut 2008;57:516-524.

28. Esteban M. Hepatitis С and evasion of the interferon system: a PKR paradigm. Cell Host Microbe 2009;6:495-497.

29. Asselah T, Benhamou Y, Marcellin P. Protease and polymerase inhibitors for the treatment of hepatitis C. Liver Int 2009;29 Suppl 1:57-67.

30. Foy E, Li K, Wang C, Sumpter R, Jr., Ikeda M, Lemon SM, Gale M, Jr. Regulation of interferon regulatory factor-3 by the hepatitis C virus serine protease. Science 2003;300:1145-1148.

31. Reesink HW, Zeuzem S, Weegink CJ, Forestier N, van VA, van de Wetering de Rooij, McNair L, Purdy S, Kauffman R, Alam J, Jansen PL. Rapid decline of viral RNA in hepatitis C patients treated with VX-950: a phase Ib, placebo-controlled, randomized study. Gastroenterology 2006;131:997-1002.

32. Gane E, Roberts S, Stedman C, Angus P, Ritchie B, Elston R, Ipe D, Morcos P, Najera I, Chu T, Berrey M, Bradford W, Laughlin M, Shulman N, Smith P. Combination therapy with a nucleoside polymerase (R7128) and protease (R7227/ITMN-191) inhibitor in HCV: safety, pharmacokinetics, and virologic results from INFORM-1 [abstract 193]. Hepatology 2009;50 (Supplement):394-5A.

33. Askarieh G, Alsio A, Pugnale P, Negro F, Ferrari C, Neumann AU, Pawlotsky JM, Schalm SW, Zeuzem S, Norkrans G, Westin J, Soderholm J, Hellstrand K, Lagging M. Systemic and intrahepatic interferon-gamma-inducible protein 10 kDa predicts the first-phase decline in hepatitis C virus RNA and overall viral response to therapy in chronic hepatitis C. Hepatology 2009.

34. Lanford RE, Hildebrandt-Eriksen ES, Petri A, Persson R, Lindow M, Munk ME, Kauppinen S, Orum H. Therapeutic silencing of microRNA-122 in primates with chronic hepatitis C virus infection. Science 2010;327:198-201.

ТАБЛИЦА 1
Анализ РВО (N=800) Анализ УВО (N=663)
без РВО (N=437) С РВО (N=363) без УВО (N=418) с УВО (N=245)
Пол Женский, n (%) 144 (33.0) 107 (29.5) 132 (31.6) 78 (31.8)
Мужской, n (%) 293 (67.0) 256 (70.5) 286 (68.4) 167 (68.2)
Средний возраст ± СО, года 48.14±8.89 41.97±9.54 48.07±9.03 40.87±9.51
Средний ИМТ ± СО, кг/м2 28.12±5.4 26.51±5.41 28.16±5.21 26.15±5.64
Раса/этническая принадлежность, n (%)
Белая европеоидная раса (европейцы) 392 (89.7) 288 (79.3) 369 (88.3) 196 (80.0)
Чернокожие 39 (8.9) 10 (2.8) 37 (8.9) 5 (2.0)
Азиаты 5 (1.1) 38 (10.5) 6 (1.4) 31 (12.7)
Другие 1 (0.2) 27 (7.4) 6 (1.4) 13 (5.3)
Средний уровень АЛТ ± СО 2.21±1.48 3.09±2.25 2.29±1.49 3.25±2.5
Гистологический диагноз, n (%)a
Без цирроза 324 (74.1) 316 (87.1) 307 (73.4) 222 (90.6)
Цирроз 111 (25.4) 47 (12.9) 109 (26.1) 23 (9.4)
Генотип ВГС, n (%)
1 412 (94.3) 215 (59.2) 388 (92.8) 128 (52.2)
отличный от 1 25 (5.7) 148 (40.8) 30 (7.2) 117 (47.8)
Уровень РНК ВГС в сыворотке, МЕ/мл × 106 4.8±5.8 6.3±8.0 5.0±6.0 6.2±8.8
а. Гистологический диагноз не был определен для 2 пациентов без РВО/УВО

1. Способ прогнозирования устойчивого вирусологического ответа у человеческого индивида, инфицированного ВГС с генотипом 1, на лечение с помощью интерферона, включающий:
предоставление образца от указанного человеческого индивида, выявление наличия однонуклеотидного полиморфизма в хромосоме 4, и определении того, что указанный индивид имеет высокую вероятность устойчивого вирусологического ответа на лечение интерфероном в случае, если указанный однонуклеотидный полиморфизм присутствует, при этом указанный однонуклеотидный полиморфизм выбран из группы, включающей G в rs10009948, G в rs10023606 и Т в rs7673763.

2. Способ по п.1, в котором указанное лечение с помощью интерферона включает лечение, выбранное из группы монотерапии с помощью пэгинтерферона альфа-2а, терапии с помощью пэгинтерферона альфа-2а с рибавирином или терапии с помощью интерферона альфа-2b с рибавирином.



 

Похожие патенты:

Группа изобретений относится к биотехнологии. Предложен способ определения наличия штамма молочнокислых бактерий, включающего IS-элемент, в молочном продукте.

Изобретение относится к области биотехнологии и может быть использовано для хранения препаратов ДНК в жидком виде. Получают композицию, содержащую буферный раствор, включающий 0,5-4% N-лаурилсаркозина, 5-20 мМ ЭДТА, 30-200 мМ Трис (гидроксиметил) аминометана и воду - остальное.

Группа изобретений относится к области биотехнологии и касается зонда пептидных нуклеиновых кислот (PNA) для обнаружения рода Salmonella в различных типах проб, набора, включающего такой зонд, способа обнаружения Salmonella и применений указанных зонда и набора в обнаружении Salmonella.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способам детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО).

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу захвата и амплификации избранной последовательности и набору для его осуществления. Способ включает получение субстрата, представленного твердофазной подложкой, содержащего первую и вторую популяции связанных с поверхностью олигонуклеотидов, где данные олигонуклеотиды распределены случайным образом относительно друг друга на субстрате.

Изобретение относится к области биотехнологии. Предложен способ скрининга на появление, предрасположенность к появлению и/или развитие неоплазмы.

Изобретение относится к области генетики и молекулярной биологии и касается способа анализа генетического полиморфизма в полиморфных точках генов. Охарактеризованное изобретение включает генотипирование локусов, ответственных за предрасположенность к шизофрении и алкоголизму, с помощью технологии ДНК-биочипов и набора реагентов.

Изобретение относится к области биотехнологии. Предложен способ тестирования собаки с целью определения вероятности наличия у собаки защиты от накопления меди в печени или к предрасположенности к накоплению меди в печени.

Группа изобретений относится к области биотехнологии. Способ диагностики наличия гломерулонефрита у кошки предусматривает измерение уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из люмикана; цепи коллагена альфа 1 (III), варианта 12; декорина; секретируемого родственного frizzled белка 2; ретинол-связывающего белка 5; MMP-2; MMP-7 и MMP-19, в биологическом образце, полученном от кошки.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу комбинирования определения генотипа IL28B вместе с измерением сывороточного уровня IFN-γ-индуцируемого белка 10 (IP-10) для прогнозирования получения устойчивого вирусологического ответа (SVR) или отсутствия ответа на пегинтерферон и рибавирин для индивидуальных пациентов, инфицированных HCV, а также к диагностическому набору для применения в данном способе. Способ включает определение генотипа IL28B с помощью полиморфного маркера rs12979860 и сывороточного уровня IP-10 в группах с генотипом IL28B, который обеспечивает дополнительную и независимую информацию в отношении вероятности SVR. Носители СС с IP-10<600 пг/мл имеют вероятность SVR 100% и вероятность 75%, когда IP-10>600 пг/мл. Носители СТ с IP-10<600 пг/мл имеют вероятность SVR 79% и вероятность 34%, когда IP-10>600 пг/мл. Носители ТТ с IP-10<600 пг/мл имеют вероятность SVR 50% и вероятность 10%, когда IP-10>600 пг/мл. Предложенное изобретение позволяет получить информацию об устойчивом вирусологическом ответе на пегинтерферон и рибавирин у индивидуальных пациентов, инфицированных HCV. 2 н. и 5 з.п. ф-лы, 15 ил., 4 табл.

Изобретение относится к области биотехнологии. Предложен способ специфического выделения полного ДНК-содержимого бактериальных возбудителей инфекции. Нежизнеспособные клетки отделяют от жизнеспособных путем центрифугирования. Используют промывочный раствор, содержащий детергент и электролит. Проводят лизис жизнеспособных клеток. ДНК лизата связывают с матрицей, промывают и элюируют. Преимуществом изобретения являются высокие показатели измерительной технологии, высокий выход ДНК бактерий, чувствительность методики, быстрота выполнения способа. 3 з.п. ф-лы, 6 ил., 3 пр.

Изобретение относится к медицине, а именно к акушерству и гинекологии, и предназначено для выявления риска развития преэклампсии. Для прогнозирования риска развития преэклампсии у женщин русской национальности, уроженок Центрального Черноземья, выделяют ДНК из периферической венозной крови и проводят анализ полиморфизмов генов цитокинов. Прогнозируют минимальный риск развития преэклампсии при сочетании трех генетических вариантов четырех генетических полиморфизмов: G I-ТАС (rs4512021) и +36 GG TNFR1; +250 A Ltα, G I-TAC (rs4512021) и +36 GG TNFR1; +250 G Ltα (rs909253), +36 A TNFR1 (rs767455), -403 G/A RANTES (rs2107538). Использование изобретения позволяет повысить эффективность выявления риска развития преэклампсии. 4 ил., 2 табл., 4 пр.

Изобретение относится к медицине, а именно к акушерству и гинекологии, и предназначено для выявления риска развития и степени тяжести преэклампсии. Для прогнозирования риска возникновения преэклампсии тяжелого течения у женщин русской национальности, уроженок Центрального Черноземья, выделяют ДНК из периферической венозной крови и анализируют генетические полиморфизмы: -308 G/A TNFα (rs1800629), +36 A/G TNFR1 (rs767455), -801 G/A SDF 1(rs1801157), C/G MCP-1 (rs285765). Повышенный риск развития преэклампсии тяжелого течения прогнозируют при наличии сочетания генетических вариантов -801A SDF1, +36 GG TNFR1 и -308 A TNFα. Пониженный риск развития преэклампсии тяжелого течения прогнозируют при наличии сочетания генетических вариантов -801 G SDF1 и G МСР (rs 285765). Использование изобретения позволяет повысить эффективность выявления тяжелого течения преэклампсии. 4 ил., 2 табл., 4 пр.

Изобретение касается способа дифференциальной диагностики новообразований щитовидной железы (ЩЖ) человека. Способ включает выделение из образца опухолевой ткани ЩЖ человека и образца прилежащей неизмененной ткани железы (в качестве контроля) суммарного пула РНК (в том числе содержащий и микроРНК) любым из известных способов. Далее проводят измерение уровней экспрессии 13 микроРНК, а именно микроРНК-21, -221, -222, -205, -146b, -31, -187, -181b, -375, -199b, -144, -200а, -200b (диагностируемые микроРНК) в опухолевых образцах в сравнении с нормальными тканями методом ОТ-ПЦР в реальном времени. Заключение о наличии и типе новообразования ЩЖ составляют на основании комплексного критерия, рассчитанного на основе средних значений уровней экспрессии микроРНК в разных типах новообразований ЩЖ. Изобретение позволяет упростить возможность определения типа злокачественного новообразования (папиллярный, медуллярный, фолликуллярный рак) или доброкачественного (опухолеподобные патологии (ОПП), фолликулярная аденома) и сократить его длительность. 1 з.п. ф-лы, 7 табл., 4 пр.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ определения наличия в биологических жидкостях, окружающей среде и продуктах питания бактерий Escherichia coli штамма O157:Н7, включающий дезинтеграцию бактерий ферментативной обработкой и лизис неионным детергентом, адсорбцию на парамагнитных частицах при помощи специфического моноклонального антитела, детекцию антигена бактерий Е.coli O157:Н7 при помощи специфического биотинилированного моноклонального антитела, связывание полученного комплекса с нековалентным коньюгатом ДНК-матрицы с нейтравидином, диссоциацию твердофазного комплекса "антитело-антиген Е.coli O157:Н7 - биотинилированное антитело-коньюгат" добавлением раствора глицин - HCl рН 2.6, ПЦР-амплификацию ДНК-матрицы и выявление наличия бактерий Е.coli O157:Н7 по скорости нарастания флуоресцентного сигнала. Данный способ отличается высокой специфичностью и чувствительностью детекции и может быть использован в ранней диагностике геморрагического колита и санитарно-гигиеническом контроле над наличием его возбудителя. 5 ил., 8 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу диагностики хронической сердечной недостаточности (ХСН). Способ включает исследование крови человека методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. Определяют циркулирующие уровни микроРНК и при концентрации микроРНК-423-5р более 35500 копий/мкл устанавливают хроническую сердечную недостаточность. Предложенное изобретение позволяет с повышенной достоверностью проводить диагностику ХСН на ранних стадиях заболевания. 2 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу диагностики хронической сердечной недостаточности (ХСН). Способ включает исследование крови человека методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. Определяют циркулирующие уровни микроРНК и при одновременном определении концентрации микроРНК-423-5р более 35500 копий/мкл и микроРНК-34а-5р более 4538 копий/мкл устанавливают хроническую сердечную недостаточность, а при одновременном определении концентрации микроРНК-423-5р более 35500 копий/мкл и концентрации микроРНК-21-5р более 711755 копий/мкл устанавливают хроническую сердечную недостаточность на фоне воспалительной кардиомиопатии. Предложенное изобретение позволяет с повышенной достоверностью проводить диагностику ХСН на ранних стадиях заболевания. 2 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой выделенную нуклеиновую кислоту для типирования и/или маркировки штаммов Bifidobacterium lactis, состоящую из последовательности локуса CRISPR В.lactis, выбранной из группы, состоящей из a) Balal (SEQ ID NO: 1); b) последовательности повтора Balal, выбранной из последовательности SEQ ID NO: 2 и ее вариантов; c) последовательности спейсера Balal, выбранной из SEQ ID NO:3-24; где варианты последовательности SEQ ID NO: 2 выбраны из группы, состоящей из: замены Т в положении 12, замены Т в положении 14 и замены А в положении 36. Изобретение относится также к вектору, содержащему нуклеиновую кислоту, клетке, трансформированной нуклеиновой кислотой, и к способу типирования штаммов B. lactis. Изобретение позволяет эффективно проводить типирование микроорганизмов. 14 н. и 1 з.п. ф-лы, 12 ил., 3 табл., 1 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии. Способ обнаружения вещества, которое опосредует положительную регуляцию транскрипции гена биологического маркера, или определения, опосредует ли вещество положительную регуляцию транскрипции гена биологического маркера, состоит из следующих этапов: обеспечение первой системы анализа, включающей последовательность мРНК, которая содержит область, кодирующую первый репортерный белок, функционально связанную с промотором первого биологического маркера; обеспечение второй системы анализа, включающей вторую последовательность мРНК, которая содержит область, кодирующую второй репортерный белок, функционально связанную с промотором второго биологического маркера; осуществление контакта указанной второй системы анализа с веществом; осуществления контакта указанной первой системы анализа со стандартным веществом или контрольным веществом и определение уровней транскрипции указанных первой и второй последовательностей мРНК. При этом уровень транскрипции второй последовательности мРНК выше, чем уровень транскрипции первой последовательности мРНК, если указанное вещество опосредует положительную регуляцию транскрипции гена биологического маркера. Гены первого биологического маркера и второго биологического маркера выбраны из группы, состоящей из проапоптотического белка, гомологичного С/ЕВР (CHOP), связывающего шаперонного белка эндоплазматического ретикулума (BiP), фактора активации транскрипции 4 (ATF-4), белка 1, связывающего X-box (Xbp-1) и синтетазы аминокислот. 13 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 пр.
Наверх