Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1

Изобретение относится к биохимии. Описан способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1, отличающийся тем, что используются: 5'-флуоресцентно-меченый прямой А-аллель-специфичный праймер DGAT1-А: 5'-ROX-CGTAGCTTTGGCAGGTAAAGC-3' (SEQ ID NO: 1), 5'-флуоресцентно-меченый прямой K-аллель-специфичный праймер DGAT1-K: 5'-Cy5-CGTAGCTTTGGCAGGTAACAA-3' (SEQ ID NO: 2), обратный общий праймер DGAT1-R: 5'-GGCAGCTCCCCCGTTGG-3' (SEQ ID NO: 3), анти-праймер DGAT1-S, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида: 5'-ACCTGCCAAAGCTACG-3'-BHQ2 (SEQ ID NO: 4). Изобретение представляет эффективный способ генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР в реальном времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. 2 ил., 1 табл.

 

Изобретение относится к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных, в частности к оценке аллельного полиморфизма гена DGATI (диацилглицерол О-ацилтрансфераза 1) крупного рогатого скота молекулярно-генетическим методом исследования.

Разработанный нами способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования кр.рог.ск. по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции вместе с его ближайшим прототипом [1] относятся к категории анти-праймер-опосредованной количественной ПЦР в реальном времени (anti-primer-based quantitative real-time PCR, aQRT-PCR), предложенной J.Li & G.M. Makrigiorgos (2009) [2], способной эффективно генотипировать биологические объекты на основе полиморфизма единичных нуклеотидных замен.

Цель изобретения - разработка эффективного способа генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР в реальном времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией.

Нами разработан способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции, предусматривающий использование двух 5'-флуоресцентно-меченых прямых аллель-специфичных праймеров (DGAT1-A + DGAT1-K), одного обратного общего праймера (DGAT1-R), и одного анти-праймера (DGAT1-S), меченого гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида (табл. 1, фиг. 1)

Основное отличие разработанного нами способа от прототипа [1] кроется в конструктивных особенностях 5'-флуоресцентно-меченых прямых аллель-специфичных праймеров, полностью состоящих из ген-специфичных последовательностей, на которых, в том числе и путем конкурентной гибридизации, отжигается комплементарный анти-праймер меньшей длины, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида.

Условия проведения реакции

Экстракция нуклеиновой кислоты из образцов цельной крови крупного рогатого скота, консервированной 10 мМ ЭДТА-Na2, осуществлялась сорбционным способом («ДНК-сорб Б», ЦНИИЭМ, Россия).

Разработанный способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 выполняли на амплификаторе Rotor Gene 6000 (Corbett Research, Австралия) согласно протоколу, представленному в табл. 1.

В работе использовали реактивы для молекулярно-биологических исследований производства ООО «СибЭнзим» (Россия) и ООО «ДНК-синтез» (Россия).

Апробацию разработанного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 провели на пробах ДНК 70 чистопородных и помесных по голштинской породе быков-производителей ГУП ГПП «Элита» Высокогорского района Республики Татарстан Российской Федерации.

Заключение

В результате практических исследований, направленных на апробацию разработанного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции нами был получен обеспечиваемый предложенным способом технический результат, выраженный в эффективной идентификации искомых генотипов (АА, KK, AK) ввиду корректной интерпретации данных кривых увеличения интенсивности флуоресценции (фиг. 2).

Источники информации

2. Rashydov, A.N. Identification of allele variants of cattle milk productivity genes using PCR and the anti-primer method / A.N. Rashydov, V.G. Spiridonov, O.N. Konoval, M.D. Melnychuk // Cytology and Genetics. - 2010. - V. 44. - N. 5. - P. 272-275.

2. Li, J. Anti-primer quenching-based real-time PCR for simplex or multiplex DNA quantification and single-nucleotide polymorphism genotyping / J. Li, G.M. Makrigiorgos // Nature protocols. - 2007. - V. 2. - N. 1. - P. 50-58.

Краткое описание графических материалов

Пояснение к фиг. 1

Выравнивание фланкируемых с праймерами DGAT1-A + DGAT1-K + DGAT1-R нуклеотидных последовательностей аллелей А и K гена DGAT1 Bos Taurus

Пояснение к фиг. 2

Результат предложенного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования кр.рог.ск. по аллелям А и K гена DGAT1 (праймеры DGAT1-A + DGAT1-K + DGAT1-R и анти-праймер DGAT1-S)

Обозначения

Слева - канал детекции Orange. Справа - канал детекции Red. Кривые роста флуоресценции для генотипов АА (1-3), AK (7-9) и KK (4-6). OKO (10).

Способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и К гена DGAT1, отличающийся тем, что используются:

5'-флуоресцентно-меченый прямой A-аллель-специфичный праймер DGAT1-А: 5'-ROX-CGTAGCTTTGGCAGGTAAAGC-3' (SEQ ID NO: l),

5'-флуоресцентно-меченый прямой K-аллель-специфичный праймер DGAT1-К: 5'-Cy5-CGTAGCTTTGGCAGGTAACAA-3' (SEQ ID NO: 2),

обратный общий праймер DGAT1-R: 5'-GGCAGCTCCCCCGTTGG-3' (SEQ ID NO: 3),

анти-праймер DGAT1-S, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида: 5'-ACCTGCCAAAGCTACG-3'-BHQ2 (SEQ ID NO: 4).



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к птицеводству и может быть использовано при выращивании перепелов японской породы. Способ предусматривает скармливание в производственных условиях перепелам-несушкам в период яйцекладки селена в виде препарата Селениум Ист в дозе 125 г/т комбикорма и йода в виде препарата Йоддар-Zn в дозе 62,5 г/т комбикорма.

Изобретение относится к сельскому хозяйству и может быть использовано в технологии выращивания поросят в племенных и фермерских хозяйствах. Предложен способ повышения продуктивных качеств и сохранности поросят в период доращивания.

Изобретение относится к сфере сельского хозяйства, в частности к птицеводству. Обработку яиц осуществляют путем орошения скорлупы из пульверизатора водным раствором препарата «Селен-актив» в концентрации 0,1%.

Изобретение относится к области сельского хозяйства и может быть использовано при создании агробиокомплексов, предназначенных для выращивания растений, животных, рыб и птиц.

Изобретение относится к пантовому оленеводству. Изобретение представляет собой способ видового определения порошка из консервированных пантов марала, новозеландского и северного оленей, характеризующийся тем, что определение проводят по диапазону концентраций в порошке хрома и/или алюминия, причем при диапазоне концентрации хрома в пределах 2,5-7,5 мкг/г и/или алюминия в пределах 85,0-125,0 мкг/г порошок следует считать изготовленным из пантов марала, при диапазоне хрома 0,1-1,0 мкг/г и/или алюминия 4,5-12,5 мкг/г из пантов новозеландского оленя, при диапазоне хрома 20,0-45,0 мкг/г и/или алюминия 185,0-285,0 мкг/г из пантов северного оленя.

Изобретение относится к животноводству, в частности к способу идентификации поверхностно локализованных биологически активных центров на теле овец. Способ характеризуется тем, что производят измерение величины биоэлектрического потенциала и при его средних значениях от 53,3 до 72 мкА идентифицируют наличие и место локализации биологически активного центра.
Изобретение относится к ветеринарной медицине. Для выращивания телят вводят в рацион стимулирующую минеральную кормовую добавку, в качестве которой используют препарат мицеллат углекислого кальция «Алексанат Зоо».
Изобретение относится к птицеводству и может быть использовано для стимуляции роста птицы, повышения яйценоскости. Предлагаемый биологически активный стимулятор для птицеводства представляет собой водно-спиртовый экстракт из вегетативной части растений - акантопанакса сидячецветкового и патриции скабиозолистной, взятых в равных количествах.
Изобретение относится к молочному скотоводству, в частности к способам формирования племенного стада коров голштинской породы в условиях муссонного климата. Ежегодно в племенном стаде коров, родившихся летом, осеменяют в сроки, не позволяющие проводить их отел в летние месяцы, а коров-рекордисток осеменяют в сроки, позволяющие их отел проводить осенью, причем первый отел полученных от них телочек проводят также осенью.

Изобретение относится к птицеводству. Для разведения савки Oxyura leucocephala содержат птиц в период размножения на участках обитания с гнездовьями, ежедневно кормят маточное поголовье смесью растительных и животных кормов, проводят ток, спаривание птиц, яйцекладку и насиживание яиц до вылупления птенцов, вскармливают птенцов со взрослыми самками.

Изобретение относится к сельскому хозяйству, а именно к прединкубационной обработке яиц. Осуществляют трансовариальное использование водного раствора натриевой соли липоевой кислоты и цитрата. Производят обработку яиц путем их орошения перед инкубацией 0,01% раствором натриевой соли липоевой кислоты и 1% раствором цитрата. Обеспечивается повышение интенсивности роста и развития эмбрионов, снижение всех категорий отходов инкубации, увеличение вывода кондиционных цыплят. 6 табл., 6 пр.

Изобретение относится к ветеринарной медицине и касается способа выращивания телят в хозяйствах, неблагополучных по ОРВИ. Представленный способ включает введение биостимулятора перед вакцинацией, в качестве которого используют комплексный препарат на основе АСД-2 фракции, причем лечебный раствор препарата готовят на 0,9% изотоническом растворе натрия хлорида, а в качестве добавок в препарат вводят жидкую форму препарата "Виватон", выдержанную под вытяжкой в открытой посуде в течение 36-48 ч до полного исчезновения запаха аммиака, и Алоэ инъекционный. Готовая форма комплексного препарата-биостимулятора содержит, мас.%: АСД-2 фракция - 4; «Виватон» - 10; Алоэ инъекционный – 6; 0,9% изотонический раствор натрия хлорида - остальное. Телятам-нормотрофикам вводят препарат двухкратно в дозе 0,025 мл на 1 кг живой массы за 24 ч до введения вакцины и в день проведения вакцинации, а телятам-гипотрофикам - 2-кратно за 5-10 дней до вакцинации. Изобретение позволяет получить препарат, обладающий широким спектром действия, позволяющий повысить эффективность лечения телят при ОРВИ, и может быть использовано как на крупных животноводческих комплексах и фермах, так и на фермерских и личных хозяйствах. 1 з.п. ф-лы, 6 табл.

Изобретение относится к области сельского хозяйства, в частности к способу повышения воспроизводительных и продуктивных качеств калмыцкого скота. Способ включает вольную и косячную случки. Данные типы случек применяют с чередованием. В гурт из 150-160 коров запускают 1 быка-производителя на 45 дней, причем режим использования быка включает 3 дня нахождения быка-производителя в гурте и один день отдыха. После 45 дней использования быка его выводят из гурта и в этот же гурт запускают 2-3 быков с менее ценными генетическими показателями, которые осуществляют случку с оставшимися непокрытыми коровами на протяжении всего случного периода. Полученный молодняк включают в число ремонтных животных. использование изобретения позволит получить наибольшее количество телят с высоким генетическим потенциалом. 3 табл.

Изобретение относится к технологии кормопроизводства, а именно к способам производства корма для разведения полезных насекомых. Способ производства питательной среды для разведения амброзиевой совки Tarachidia candefacta Hubn. предусматривает дозирование и смешивание сухих листьев амброзии, сорбиновой кислоты, формалина, витаминов группы В, соевого шрота, желатина, сухих пивных дрожжей и дистиллированной воды в заданном соотношении. Использование изобретения позволит упростить и удешевить приготовление питательной среды для амброзиевой совки Tarachidia candefacta Hubn. 1 табл.

Изобретение относится к ветеринарии, в частности к способу коррекции воспроизводительной функции у коров. Способ включает внутримышечное введение иммуностимулятора. В качестве иммуностимулятора используют металлосукцинат, который вводят один раз в день в дозе 2,0 мл/100 кг живой массы на 10, 11, 12 сутки после отела. Использование изобретения позволит корректировать неспецифический иммунитет коров за счет активации обменных реакций в организме. 2 табл.

Изобретение относится к области ветеринарии. Изобретение представляет собой способ улучшения морфогенеза черепа самцов и самок американской норки окрасочного генотипа Standard (+/+ +/+), заключающийся в введении Биостила с кормом в дозе 0,5 мл/кг массы тела три раза в месяц 5-дневными курсами с интервалом 3 дня в течение пяти месяцев. Изобретение позволяет улучшить морфогенез черепа самцов и самок окрасочного генотипа Standard (+/+ +/+). 7 табл., 3 ил., 1 пр.

Настоящее изобретение относится к генетической инженерии, в частности к генетически модифицированному иммунодефицитному грызуну, который экспрессирует полипептид M-CSF человека, полипептид IL-3 человека, полипептид GM-CSF человека, полипептид SIRPA человека и полипептид ТРО человека. Указанный грызун модифицирован таким образом, что содержит в своем геноме нуклеиновые кислоты, кодирующие человеческий M-CSF, человеческий IL-3, человеческий GM-CSF, человеческий SIRPA и человеческий ТРО, соответственно. При этом каждая из указанных нуклеиновых кислот является функционально связанной с промотором. Настоящее изобретение также раскрывает способ приживления гематопоэтической стволовой и прогениторной клетки (HSPC). Данный способ предусматривает введение HSPC генетически модифицированному иммунодефицитному грызуну согласно изобретению. Настоящее изобретение позволяет получать генетически модифицированных грызунов, демонстрирующих улучшенное приживление солидных опухолей, для использования в качестве моделей человеческой иммунной системы. 2 н. и 17 з.п. ф-лы, 17 ил., 2 пр.

Изобретение относится к генетической инженерии, в частности к генетически модифицированной свинье, которая является резистентной к инфекции вирусом репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС). Указанная генетически модифицированная свинья содержит инактивирующую мутацию в обоих аллелях гена CD163. Такая инактивирующая мутация приводит к получению белка CD163, который не может связывать ВРРСС, то есть мутация изменяет активность CD163. Указанная генетически модифицированная свинья может дополнительно содержать инактивирующую мутацию в обоих аллелях гена SIGLEC1. Также предложены способы получения таких генетически модифицированных свиней. Настоящее изобретение позволяет получать генетически модифицированных свиней, резистентных к ВРРСС. 5 н. и 19 з.п. ф-лы, 6 ил., 2 пр., 2 табл.

Настоящее изобретение относится к генетической инженерии, в частности к генетически модифицированным грызунам, а именно крысам и мышам. Указанные грызуны созданы для получения антител, содержащих лёгкую цепь иммуноглобулина с вариабельным доменом человека, в котором аминокислота гистидин кодируется замещенным или вставленным в зародышевый геном гистидиновым кодоном. Для получения таких грызунов производят модификацию его зародышевого генома для удаления или приведения в нефункциональное состояние эндогенных сегментов V и J лёгкой цепи иммуноглобулина. После чего в геном указанного грызуна вставляют единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области лёгкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности сегментов VL и JL человека, и генную последовательность константной области лёгкой цепи иммуноглобулина, функционально связанную с единственной реаранжированной генной последовательностью вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека. Лёгкая цепь иммуноглобулина способна образовывать пару со множеством тяжёлых цепей иммуноглобулина, выбираемых у грызуна, причём каждая из множества тяжёлых цепей иммуноглобулина специфически связывается с различными эпитопами. Настоящее изобретение позволяет получить антитела, имеющие более эффективную рециркуляцию, а также предупредить деградацию антител путём способствования диссоциации комплексов антитело-антиген в эндосомальном компартменте без снижения специфичности и аффинности антитела к антигену. 4 н. и 43 з.п. ф-лы, 14 ил., 6 табл., 5 пр.

Изобретение относится к пантовому оленеводству, в частности к способу оценки маралов-рогачей и перворожек по пантовой продуктивности. Способ осуществляется в период срезки пантов. Оценку проводят после третьей срезки пантов по параметру, равному разнице между весом пантов от перворожек и весом пантов после третьей срезки, при этом при величине параметра 2 кг и выше животное следует считать высокопродуктивным. Использование изобретения позволит повысить объективность оценки пантовой продуктивности путем исключения потерь высокопродуктивных животных и снижения в товарном стаде процента продуктивных маралов. 3 табл.

Изобретение относится к биохимии. Описан способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1, отличающийся тем, что используются: 5-флуоресцентно-меченый прямой А-аллель-специфичный праймер DGAT1-А: 5-ROX-CGTAGCTTTGGCAGGTAAAGC-3, 5-флуоресцентно-меченый прямой K-аллель-специфичный праймер DGAT1-K: 5-Cy5-CGTAGCTTTGGCAGGTAACAA-3, обратный общий праймер DGAT1-R: 5-GGCAGCTCCCCCGTTGG-3, анти-праймер DGAT1-S, меченый гасителем флуоресценции с 3-конца олигонуклеотида: 5-ACCTGCCAAAGCTACG-3-BHQ2. Изобретение представляет эффективный способ генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР в реальном времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. 2 ил., 1 табл.

Наверх