Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1



Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1
Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1
Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1
Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1
Способ проведения пцр в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1

 


Владельцы патента RU 2619167:

Вафин Рамиль Ришадович (RU)

Изобретение относится к биохимии. Описан способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1, отличающийся тем, что используются: 5'-флуоресцентно-меченый прямой А-аллель-специфичный праймер DGAT1-А: 5'-ROX-CGTAGCTTTGGCAGGTAAAGC-3' (SEQ ID NO: 1), 5'-флуоресцентно-меченый прямой K-аллель-специфичный праймер DGAT1-K: 5'-Cy5-CGTAGCTTTGGCAGGTAACAA-3' (SEQ ID NO: 2), обратный общий праймер DGAT1-R: 5'-GGCAGCTCCCCCGTTGG-3' (SEQ ID NO: 3), анти-праймер DGAT1-S, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида: 5'-ACCTGCCAAAGCTACG-3'-BHQ2 (SEQ ID NO: 4). Изобретение представляет эффективный способ генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР в реальном времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. 2 ил., 1 табл.

 

Изобретение относится к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных, в частности к оценке аллельного полиморфизма гена DGATI (диацилглицерол О-ацилтрансфераза 1) крупного рогатого скота молекулярно-генетическим методом исследования.

Разработанный нами способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования кр.рог.ск. по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции вместе с его ближайшим прототипом [1] относятся к категории анти-праймер-опосредованной количественной ПЦР в реальном времени (anti-primer-based quantitative real-time PCR, aQRT-PCR), предложенной J.Li & G.M. Makrigiorgos (2009) [2], способной эффективно генотипировать биологические объекты на основе полиморфизма единичных нуклеотидных замен.

Цель изобретения - разработка эффективного способа генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР в реальном времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией.

Нами разработан способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции, предусматривающий использование двух 5'-флуоресцентно-меченых прямых аллель-специфичных праймеров (DGAT1-A + DGAT1-K), одного обратного общего праймера (DGAT1-R), и одного анти-праймера (DGAT1-S), меченого гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида (табл. 1, фиг. 1)

Основное отличие разработанного нами способа от прототипа [1] кроется в конструктивных особенностях 5'-флуоресцентно-меченых прямых аллель-специфичных праймеров, полностью состоящих из ген-специфичных последовательностей, на которых, в том числе и путем конкурентной гибридизации, отжигается комплементарный анти-праймер меньшей длины, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида.

Условия проведения реакции

Экстракция нуклеиновой кислоты из образцов цельной крови крупного рогатого скота, консервированной 10 мМ ЭДТА-Na2, осуществлялась сорбционным способом («ДНК-сорб Б», ЦНИИЭМ, Россия).

Разработанный способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 выполняли на амплификаторе Rotor Gene 6000 (Corbett Research, Австралия) согласно протоколу, представленному в табл. 1.

В работе использовали реактивы для молекулярно-биологических исследований производства ООО «СибЭнзим» (Россия) и ООО «ДНК-синтез» (Россия).

Апробацию разработанного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 провели на пробах ДНК 70 чистопородных и помесных по голштинской породе быков-производителей ГУП ГПП «Элита» Высокогорского района Республики Татарстан Российской Федерации.

Заключение

В результате практических исследований, направленных на апробацию разработанного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и K гена DGAT1 в формате гибридизационно-флуоресцентной детекции нами был получен обеспечиваемый предложенным способом технический результат, выраженный в эффективной идентификации искомых генотипов (АА, KK, AK) ввиду корректной интерпретации данных кривых увеличения интенсивности флуоресценции (фиг. 2).

Источники информации

2. Rashydov, A.N. Identification of allele variants of cattle milk productivity genes using PCR and the anti-primer method / A.N. Rashydov, V.G. Spiridonov, O.N. Konoval, M.D. Melnychuk // Cytology and Genetics. - 2010. - V. 44. - N. 5. - P. 272-275.

2. Li, J. Anti-primer quenching-based real-time PCR for simplex or multiplex DNA quantification and single-nucleotide polymorphism genotyping / J. Li, G.M. Makrigiorgos // Nature protocols. - 2007. - V. 2. - N. 1. - P. 50-58.

Краткое описание графических материалов

Пояснение к фиг. 1

Выравнивание фланкируемых с праймерами DGAT1-A + DGAT1-K + DGAT1-R нуклеотидных последовательностей аллелей А и K гена DGAT1 Bos Taurus

Пояснение к фиг. 2

Результат предложенного способа проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования кр.рог.ск. по аллелям А и K гена DGAT1 (праймеры DGAT1-A + DGAT1-K + DGAT1-R и анти-праймер DGAT1-S)

Обозначения

Слева - канал детекции Orange. Справа - канал детекции Red. Кривые роста флуоресценции для генотипов АА (1-3), AK (7-9) и KK (4-6). OKO (10).

Способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и К гена DGAT1, отличающийся тем, что используются:

5'-флуоресцентно-меченый прямой A-аллель-специфичный праймер DGAT1-А: 5'-ROX-CGTAGCTTTGGCAGGTAAAGC-3' (SEQ ID NO: l),

5'-флуоресцентно-меченый прямой K-аллель-специфичный праймер DGAT1-К: 5'-Cy5-CGTAGCTTTGGCAGGTAACAA-3' (SEQ ID NO: 2),

обратный общий праймер DGAT1-R: 5'-GGCAGCTCCCCCGTTGG-3' (SEQ ID NO: 3),

анти-праймер DGAT1-S, меченый гасителем флуоресценции с 3'-конца олигонуклеотида: 5'-ACCTGCCAAAGCTACG-3'-BHQ2 (SEQ ID NO: 4).



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к птицеводству и может быть использовано при выращивании перепелов японской породы. Способ предусматривает скармливание в производственных условиях перепелам-несушкам в период яйцекладки селена в виде препарата Селениум Ист в дозе 125 г/т комбикорма и йода в виде препарата Йоддар-Zn в дозе 62,5 г/т комбикорма.

Изобретение относится к сельскому хозяйству и может быть использовано в технологии выращивания поросят в племенных и фермерских хозяйствах. Предложен способ повышения продуктивных качеств и сохранности поросят в период доращивания.

Изобретение относится к сфере сельского хозяйства, в частности к птицеводству. Обработку яиц осуществляют путем орошения скорлупы из пульверизатора водным раствором препарата «Селен-актив» в концентрации 0,1%.

Изобретение относится к области сельского хозяйства и может быть использовано при создании агробиокомплексов, предназначенных для выращивания растений, животных, рыб и птиц.

Изобретение относится к пантовому оленеводству. Изобретение представляет собой способ видового определения порошка из консервированных пантов марала, новозеландского и северного оленей, характеризующийся тем, что определение проводят по диапазону концентраций в порошке хрома и/или алюминия, причем при диапазоне концентрации хрома в пределах 2,5-7,5 мкг/г и/или алюминия в пределах 85,0-125,0 мкг/г порошок следует считать изготовленным из пантов марала, при диапазоне хрома 0,1-1,0 мкг/г и/или алюминия 4,5-12,5 мкг/г из пантов новозеландского оленя, при диапазоне хрома 20,0-45,0 мкг/г и/или алюминия 185,0-285,0 мкг/г из пантов северного оленя.

Изобретение относится к животноводству, в частности к способу идентификации поверхностно локализованных биологически активных центров на теле овец. Способ характеризуется тем, что производят измерение величины биоэлектрического потенциала и при его средних значениях от 53,3 до 72 мкА идентифицируют наличие и место локализации биологически активного центра.
Изобретение относится к ветеринарной медицине. Для выращивания телят вводят в рацион стимулирующую минеральную кормовую добавку, в качестве которой используют препарат мицеллат углекислого кальция «Алексанат Зоо».
Изобретение относится к птицеводству и может быть использовано для стимуляции роста птицы, повышения яйценоскости. Предлагаемый биологически активный стимулятор для птицеводства представляет собой водно-спиртовый экстракт из вегетативной части растений - акантопанакса сидячецветкового и патриции скабиозолистной, взятых в равных количествах.
Изобретение относится к молочному скотоводству, в частности к способам формирования племенного стада коров голштинской породы в условиях муссонного климата. Ежегодно в племенном стаде коров, родившихся летом, осеменяют в сроки, не позволяющие проводить их отел в летние месяцы, а коров-рекордисток осеменяют в сроки, позволяющие их отел проводить осенью, причем первый отел полученных от них телочек проводят также осенью.

Изобретение относится к птицеводству. Для разведения савки Oxyura leucocephala содержат птиц в период размножения на участках обитания с гнездовьями, ежедневно кормят маточное поголовье смесью растительных и животных кормов, проводят ток, спаривание птиц, яйцекладку и насиживание яиц до вылупления птенцов, вскармливают птенцов со взрослыми самками.

Изобретение относится к сельскому хозяйству, а именно к прединкубационной обработке яиц. Осуществляют трансовариальное использование водного раствора натриевой соли липоевой кислоты и цитрата. Производят обработку яиц путем их орошения перед инкубацией 0,01% раствором натриевой соли липоевой кислоты и 1% раствором цитрата. Обеспечивается повышение интенсивности роста и развития эмбрионов, снижение всех категорий отходов инкубации, увеличение вывода кондиционных цыплят. 6 табл., 6 пр.
Наверх